新疆泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法研究

[目的]寻找一种有效的泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用CTAB法、SDS加酶法、实验室改进法、试剂盒法提取泥火山土壤宏基因组,比较4种方法的提取效果。[结果]试剂盒法的提取效率最高、纯度最好;实验室改进法次之;SDS加酶法提取量最多。实验室改进法获得的DNA稀释10倍可直接用于PCR扩增。[结论]从经济和DNA质量的角度考虑,实验室改进法可作为新疆泥火山土壤宏基因组DNA提取最有效的方法。     

磁铁矿尾矿宏基因组DNA提取方法的初步研究

[目的]寻找一种有效的磁铁矿尾矿宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用直接提取法和SDS高-盐法提取邯邢矿区磁铁矿尾矿宏基因组DNA,比较2种方法的提取效果。[结果]直接提取法的提取效果较差,基本上没有提出DNA,SDS高-盐法的提取效果较好,DNA得率较高;23 S rDNA特异序列扩增结果显示,所提DNA能够满足PCR扩增的需要。[结论]所取尾矿样品中含有大量的金属离子,这些金属离子不但影响溶菌酶的活性,而且影响后续PCR扩增效率,所以提取DNA前需对样品进行高浓度TE处理。     

宏基因组技术构建土壤宏基因组文库研究进展

土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具.阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基因组文库存在的问题.     

稻田土壤细菌宏基因组文库构建

为了从土壤宏基因组文库中筛选获得具有微生物农药活性的化合物及其基因簇,本研究构建了稻田土壤细菌宏基因组文库.采用直接裂解法提取土样DNA并对其纯化,之后RFLP-PCR分析土样DNA中细菌16S rDNA 基因的多样性,最后以提纯的土壤DNA为外源片段,以Fosmid载体构建了土壤宏基因组文库.提取纯化后的DNA片段大于23kb,RFLP-PCR分析土样DNA具有丰富的遗传多样性,构建获得的土样宏基因组文库约含10 000个克隆子,文库容量为3.56×10(8)bp.本研究掌握了构建土壤宏基因组文库的方法,构建的宏基因组文库可为后续的文库筛选以及获得绿色环保的微生物农药奠定了基础.     

宏基因组技术及其应用研究进展

传统培养方法从环境中只能获得1%左右的微生物,而宏基因组技术作为一种不依赖于培养的新理念和新方法,可以克服上述瓶颈,使从探究环境中获得大量未能培养的微生物成为现实.宏基因组技术于10年前诞生,至今已取得了令人瞩目的进展.对宏基因组学的概念、方法和应用等方面进行了综述,以期为同类研究提供参考.     

环境微生物的宏基因组学研究进展

在当前的实验室条件下自然界中约有99%的微生物不可培养,这使微生物资源的开发利用受到了限制。宏基因组技术通过不培养微生物而直接对环境中总DNA进行克隆筛选来突破这个瓶颈。宏基因组技术现在已经用于各种微生态环境的研究中,大大加深了我们对环境中的微生物多样性以及微生物功能的认识。     

番茄灰霉病病株根际土壤宏基因组文库的构建

利用宏基因组DNA提取试剂盒提取番茄灰霉病病株根际土壤微生物宏基因组DNA,经PstⅠ和HindⅢ双酶切,回收1-5kb大小的片段,与经过相同酶酶切的PblueScriptⅡKS（＋）质粒载体相连接,转入大肠杆菌DH5a,构建了番茄灰霉病病株根际土壤微生物宏基因组文库。     

一种适宜于文库构建的土壤微生物总DNA提取方法

采用改良的方法提取2种土壤微生物总DNA,并采用透析法对提取的DNA进行纯化,与MO BIO公司PowerSoil DNA isolation Kit试剂盒法进行比较,结果表明,改良的土壤微生物总DNA提取方法提取到的DNA明显高于试剂盒提取的DNA,且A260/A280及A260/A230与试剂盒提取的相差不大,片段也较大,是一种经济方便的土壤微生物总DNA提取方法,比较适合用于构建高质量的宏基因组文库.     

稻瘟病抗性鉴定田土壤宏基因组文库构建及分析

从稻瘟病抗性鉴定田中提取土壤微生物宏基因组DNA,EcoRⅠ和BamHI双酶切后插入到经同样双酶切的pSK 载体中,转化至DH5α感受态细胞,构建了土壤微生物宏基因组文库。随机挑选了9个克隆测序,并通过NCBI的Blastx分析了序列可能所属的物种和基因。结果其中有6个能与库中序列达到较大匹配,3个的分析结果表明可能是新基因,说明所建文库的生物多样性和新基因数较丰富。     

叶围微生物宏基因组文库的构建和分析

宏基因组文库技术是开发利用未培养微生物基因资源的有效途径。采用CTAB-SDS法直接从植物叶面沉积样品中提取基因组DNA,构建了以puc19为载体的基因组文库,共获得8126个阳性克隆,文库DNA总容量约30.1MB,平均插入片段长度为3.8kb。叶围微生物基因组文库的成功构建,对于以后研究植物和叶围微生物的关系有重要意义。     

新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析

[目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。     

棉花DNA提取方法综述

棉花是我国重要的经济作物之一,富含棉酚、多糖、单宁等其他干扰物质,因此其DNA的提取和纯化较其他作物更为困难。文中对棉花DNA提取方法进行了讨论,其中SDS法和CTAB法是常用的2种提取方法,而CTAB法及其改良法提取的效果最好。     

刺山柑(Capparis spinosa L.)基因组 DNA提取方法的比较

[目的]为获得野生刺山柑DNA 提取的最佳方法.[方法]以野生刺山柑叶片为材料, 采用 CTAB 法、SDS-CTAB 法、SDS法和尿素法提取了3个不同地方采集的野生刺山柑DNA.[结果]通过A260/A280、琼脂糖电泳法对所提取的DNA质量进行检验,将其纯度、完整性、得率及耗时等方面进行比较.[结论]4种方法提取DNA结果比较显示,CTAB 法是野生刺山柑 DNA 提取的最佳方法.     

几种提取植物DNA方法的比较

以玉米和草的叶片为材料,分别用CTAB,SDS和尿素法提取基因组DNA,通过紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳、蒽酮比色法对所提DNA的产量、质量和糖含量进行了检测比较,并对鲜样采取了不同的干燥处理。试验结果表明,鲜样和硅胶干燥的叶片提取的DNA无降解或降解很少,45℃烘干样也能提取到大量的高分子DNA,自然干燥样的提取效果因植物材料而异。     

鸡血藤DNA提取方法的研究

[目的]筛选一种适合鸡血藤DNA的提取方法。[方法]以鸡血藤嫩叶为材料,分别采用液氮-CTAB法、石英砂-CTAB法以及石英砂-SDS法提取基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测提取的DNA样品,对提取方法进行比较筛选。[结果]电泳检测中,石英砂-CTAB法所提DNA条带亮度最高,质量较好。紫外检测中,石英砂-CTAB法提取的DNA A260/A280值大于1.8,比其他两种方法提取的DNA蛋白质污染小,其提取的DNA纯度和得率均最高,液氮-CTAB法提取DNA得率居中,石英砂-SDS法提取DNA得率较低。[结论]该研究结果表明石英砂比液氮更能简便快速地将叶片研碎,CTAB提取缓冲液比SDS提取缓冲液可更有效地去除杂质,使细胞裂解、DNA析出。因此,石英砂-CTAB法更适合鸡血藤DNA的提取。     

扁豆DNA提取方法的研究

以白花扁豆、眉豆和紫边扁豆3个品种为试材,对影响扁豆DNA提取质量的主要因子进行研究,以期建立适宜扁豆DNA提取的优化反应体系。结果表明,扁豆不同品种DNA提取中,紫边扁豆DNA质量较好;不同CTAB浓度的对比中,2%CTAB提取缓冲液提取DNA的效果较好;叶片和果实DNA提取中,扁豆叶片提取的DNA质量优于扁豆果实;CTAB和SDS两种提取方法对比,CTAB法提取出的DNA较纯,污染少。DNA提取优化后的结果为2%CTAB法提取的紫边扁豆叶片的DNA质量好,纯度高。     

不同方法提取葡萄基因组DNA的比较

本试验采用三种不同的方法提取葡萄幼叶基因组DNA,即:改良的CTAB法、高盐法和SDS法。并通过紫外/可见分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳检测、RAPD-PCR扩增对三种方法提取的DNA进行定量、定性分析和综合比较。结果表明,三种不同的方法提取葡萄幼叶DNA均能满足RAPD扩增要求,扩增效果为:CTAB高盐法SDS法。因此,改良的CTAB法是一种适合新疆葡萄基因组DNA提取的最佳方法。     

猪毛干部位基因组DNA的三种提取方法比较

通过比较三种猪毛干基因组DNA提取方法,改进了提取猪毛干基因组DNA的技术方法。将DNA提取物进行琼脂糖凝胶电泳、紫外可见分光光度计及PCR扩增分析,结果表明,在毛干中能成功提取到基因组DNA,其浓度和纯度足以满足分子生物学技术试验的要求,该技术还可以减少对动物的伤害,在样品不易获得的濒危动物研究中尤为适用。