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青海湖裸鲤与鲤、鲫、草鱼的随机扩增多态DNA分析 总被引:3,自引:0,他引:3
本文利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对4 种鲤科鱼类,即裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤、鲤亚科的鲤和鲫鱼、雅罗鱼亚科的草鱼基因组DN A进行了分析,目的是探讨青海湖裸鲤的系统分类位置.遗传距离指数计算结果显示,鲤亚科2个鱼种间的相似性显著高于青海湖裸鲤和草鱼间的相似性,而裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤与另两个鲤亚科三种鱼类之间的差异(0.8769、0.7145、0.6930)明显高于雅罗鱼亚科草鱼与鲤亚科鲤、鲫鱼之间的差异(0.4718、0.5218).在此基础上讨论了RAPD技术适用性的一些问题. 相似文献
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青海湖裸鲤与鲤、鲫、草鱼的随机扩增多态DNA分析 总被引:7,自引:0,他引:7
本文利用随机扩增多态DNA (RAPD)技术对 4种鲤科鱼类 ,即裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤、鲤亚科的鲤和鲫鱼、雅罗鱼亚科的草鱼基因组DNA进行了分析 ,目的是探讨青海湖裸鲤的系统分类位置。遗传距离指数计算结果显示 ,鲤亚科 2个鱼种间的相似性显著高于青海湖裸鲤和草鱼间的相似性 ,而裂腹鱼亚科的青海湖裸鲤与另两个鲤亚科三种鱼类之间的差异 (0 876 9、 0 7145、 0 6 930 )明显高于雅罗鱼亚科草鱼与鲤亚科鲤、鲫鱼之间的差异 (0 4718、 0 5 2 18)。在此基础上讨论了RAPD技术适用性的一些问题 相似文献
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用RAPD技术探讨5种鲷科鱼类的亲缘关系 总被引:10,自引:1,他引:10
用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系的研究。在事先优化的反应条件下,在使用的60个随机引物中,有29个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200~2500 bp之间。5种鲷均有其特异性扩增片段,可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示:同属鲷属的黄鳍鲷和黑
鲷的亲缘关系最近,其次是二长棘鲷和真鲷,平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近,与黄鳍鲷和黑鲷较远,黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。两种聚类的结果相一致。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中,最大值达到0.8916。多数的遗传距离指数在0.50~0.85之间。通过分析,认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。 相似文献
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用RAPD技术对5种经济海胆基因组DNA多态性的研究 总被引:10,自引:0,他引:10
利用随机扩增多态DNA技术对紫海胆(Anthocidaris crassispina)、海刺猬(Glyptocidaris crenularis)、马粪海胆(Hemicentrotus pulcherrimus)、光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)和中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)等我国最主要的5种经济类海胆基因组DNA的多态性进行初步研究一经20个随机引物扩增,共得到377条扩增片段.片段长度为200~1600bp。根据片段的共享度计算出平均遗传距离并采用CPTGMA和NJ两种聚类分析方法进行处理得到系统树。从聚类图得知长海胆科与疣海胆科有较近的亲缘关系,球海胆科的光棘球海胆与中间球海胆有较近的亲缘关系,其次是马粪海胆。本研究还讨沦了RAPD技术在海胆的遗传学研究中的广阔应用前景以及从分子生物学方法上为海胆传统分类方法提供科学依据。 相似文献
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西藏雅鲁藏布江中游裂腹鱼类优先保护等级定量评价 总被引:1,自引:0,他引:1
西藏地区雅鲁藏布江中游分布有6种特有裂腹鱼类,是地方重要的土著经济物种。近年来,受人类活动和环境变化的影响,裂腹鱼类资源已严重衰退而处于濒危,急需开展裂腹鱼类的资源现状调查及保护等级评价工作。本课题组分别于2015年和2017年的春季(4—5月),对雅鲁藏布江中游的渔业资源进行调查监测,参阅相关文献资料,采用珍稀性、物种价值和人为干扰共3个一级指标和5个二级指标建立优先保护等级的定量评价体系,对6种裂腹鱼类的资源状况及濒危状况进行评价,根据评分标准与优先保护综合评价值(R)确定裂腹鱼类的优先保护等级。研究结果表明,尖裸鲤(Oxygymnocypris stewartii)为一级优先保护鱼类,双须叶须鱼(Ptychobarbus dipogon)为二级优先保护鱼类,拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)和巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)为三级优先保护鱼类,异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)和拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi)为四级优先保护鱼类。评价分级结果与实际情况相符,真实地反映了6种裂腹鱼类优先保护顺序。本研究对雅鲁藏布江中游的鱼类保护等级提出建议,为鱼类资源的科学保护管理等提供参考和依据。 相似文献
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采集了我国近海分布的 、细鳞 、尖吻 、叉牙 、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651 bp及RAG2基因序列729 bp,两基因片段均不存在插入与缺失.利用M ega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树.结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛 、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系. 相似文献
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裂腹鱼属(Schizothorax)是塔里木河流域分布的裂腹鱼亚科(Schizothoracids)鱼类中数量和种类最多的鱼类, 具有重要的生态学研究价值。本研究对采自塔里木河和伊犁河流域的 6 种裂腹鱼属鱼类的 COI 基因序列进行了分析。结果显示, 在 419 尾个体中共发现 25 个单倍型; 塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)塔里木河主要支流群体、 宽口裂腹鱼(S. eurystomus)、重唇裂腹鱼(S. barbatus)和厚唇裂腹鱼(S. irregularis)之间的遗传距离小于 0.005, 未形成明显的“条形码间隙”。而塔里木裂腹鱼车尔臣河群体与其他物种间的遗传距离符合 2%阈值或 10 倍原则; ABGD 和 TaxonDNA 分析结果相同, 把新疆裂腹鱼属鱼类划分为 4 个组别, 塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼分为一组, 伊犁裂腹鱼(S. pseudaksaiensis)、银色裂腹鱼(S. argentatus)、塔里木裂腹鱼车尔臣河群体分别划分为另外 3 个组别中; 贝叶斯法(BI)系统发育树中塔里木裂腹鱼车尔臣河群体形成了独立的分支, 节点支持率为 100%, 而塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼未能形成独立的分支。BI 树拓扑结构与 ABGD 和 TaxonDNA 分组结果一致。塔里木裂腹鱼塔里木河主要支流群体、宽口裂腹鱼、重唇裂腹鱼和厚唇裂腹鱼可能存在种间杂交或尚未达到物种分化程度, 而塔里木裂腹鱼车尔臣河群体可能已分化成独立的物种。 相似文献
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为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o#x02BC;connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。 相似文献
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为探究克孜勒河 5 种土著鱼食物组成及其营养级, 本研究选取采自于克孜勒河的塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)、宽口裂腹鱼(Schizothorax eurystomus)、厚唇裂腹鱼(Schizothorax irregularis)、叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)和长身高原鳅(Triplophysa tenuis) 5 种鱼样品共 46 尾作为研究对象, 运用传统形态学方法, 对样品 5 个摄食器官形态性状进行分析, 通过高通量测序技术分析其肠道食物组成, 并测定了碳、氮稳定同位素以分析其营养级。研究结果显示, 3 种裂腹鱼属鱼类摄食器官形态较为相近, 2 种高原鳅摄食器官形态基本一致; 厚唇裂腹鱼肠长比约为 2.95, 主要食物来源于初级生产者, 包括刚毛柽柳(Tamarix hispida)、野大豆(Glycine soja)和白刺(Nitraria tangutorum)等; 宽口裂腹鱼肠长比较短, 约为 2.56, 食物以初级生产者为主, 如二穗短柄草(Brachypodium distachyon), 也会捕食一些小型鱼类; 塔里木裂腹鱼肠长比较短, 约为 2.38, 食物以裂腹鱼属鱼类为主, 其次为白柠檬(Citrus latifolia); 叶尔羌高原鳅与长身高原鳅比肠长均小于 1, 肠道中裂腹鱼属鱼类丰度达到 95%以上; 塔里木裂腹鱼、宽口裂腹鱼和厚唇裂腹鱼营养级分别为 3.19、2.78 和 2.52, 叶尔羌高原鳅与长身高原鳅营养级为 3.44 和 3.55; 综合判断厚唇裂腹鱼属植食性鱼类, 宽口裂腹鱼为杂食性偏植食性鱼类, 塔里木裂腹鱼为杂食性偏肉食性鱼类, 叶尔羌高原鳅和长身高原鳅为肉食性鱼类。本研究拓展了对克孜勒河食物网的认识, 探明克孜勒河鱼类食物关系和营养级, 为克孜勒河鱼类资源保护及合理利用提供基础数据。 相似文献
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新疆开都河鱼类区系组成与分布 总被引:1,自引:0,他引:1
2004~2013年间对新疆开都河鱼类的种类和分布进行了10次野外调查,根据不同的海拔和生境,设置鱼类采集点22个,共采集鱼类标本1 990号,分属3目7科19种。其中土著鱼类3种,由裂腹鱼类和高原鳅类构成;外来鱼类16种,隶属2目5科16属,鲤科鱼类占绝对优势。与历史资料相比,土著鱼类中扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)、塔里木裂腹鱼(Schiorhorax biddulphi)、扁嘴裂腹鱼(Schiorhorax esocinu)和高原裸裂尻鱼(Schiorhorax stoliczkae Steindachner)未见,而外来鱼类则增加了12种,形成了土著鱼类与外来鱼类共存的生态格局;开都河鱼类区系及分布有较明显的多样性和地域性,受人为干扰、水温及大坝阻隔的影响,出山口后河段以外来鱼类占主导,而出山口以上河段则仍以土著鱼类为主,二者在空间分布上有较明显的界限。开都河鱼类区系的演变过程可分为两个阶段:稳定和发展阶段;人工引种后剧烈变化阶段。土著鱼类的保护管理应由政府牵头,进行保护、监测、科研等规划的顶层设计,突出栖息地生境的保护。 相似文献
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《水产科学》2017,(5)
采集了我国近海分布的、细鳞、尖吻、叉牙、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651bp及RAG2基因序列729bp,两基因片段均不存在插入与缺失。利用Mega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树。结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系。 相似文献
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关于裂腹鱼类(Schizothoracids)的分类系统一直存在学术争议。本研究利用最大似然法和贝叶斯分析法, 对 GenBank 数据库中的 64 种裂腹鱼类的线粒体基因组数据进行分析。建立了 13 个蛋白质编码基因(PCGs)和 13 个蛋白质编码基因加 2 个 rRNA 基因(13 PCGs & 2 rDNAs)两个联合基因数据集, 分别采用基于核苷酸替代模型的数据多分区和单分区分析策略重建系统发育关系。结果显示, 裂腹鱼类“原始”、“特化”和“高度特化”3 个等级各自的聚类明确; “原始”等级的裂腹鱼和鲃亚科(Barbinae)鲈鲤属(Percocypris)形成一个单系群, “特化”与“高度特化”等级的裂腹鱼类群形成另一演化支, “高度特化”类群与部分“特化”类群具有最近共同祖先。研究结果不支持裂腹鱼类为一独立亚科, 笔者支持将“特化”和“高度特化”类群合并为 Schizopygopsini 族, 将“原始”等级的裂腹鱼和鲈鲤属鱼归为 Schizothoracini 族。分析中, 采用不同的数据集和不同的数据分区分析策略对解决裂腹鱼类的系统发育关系没有显著影响。以地质学证据和线粒体基因演化速率为先验, 利用 13 PCGs 联合基因数据集, 采用基于核苷酸替代模型的数据单分区分析策略和贝叶斯方法估算主要类群的最近共祖时间(tMRCA), 结果显示裂腹鱼类与鲈鲤属的 tMRCA 在中新世中期大约 13.16 Ma 前, 现生的“原始”等级裂腹鱼的 tMRCA 在上新世距今约 4.94 Ma, “特化”和“高度特化”等级裂腹鱼的最近共同祖先则是在 9.64 Ma 前开始分化, “高度特化”等级裂腹鱼起源于约 5.40 Ma。由分布区的地理历史推断, 裂腹鱼类的起源可能与印度与欧亚板块后碰撞期晚期有关, 其各个等级的分化和成种事件与青藏高原的阶段式演化和气候波动密不可分。 相似文献
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采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对雅鲁藏布江中游6种裂腹鱼(尖裸鲤Oxygymnocypris stewartii、拉萨裸裂尻鱼Schizopygopsis younghusbandi、巨须裂腹鱼Schizothorax macropogon、拉萨裂腹鱼S.waltoni、双须叶须鱼Ptychobarbus dipogon和异齿裂腹鱼S.o'connori)的心肌、肌肉、肝脏、肾脏和晶状体5种组织的LDH(乳酸脱氢酶)同工酶进行比较分析。结果表明LDH同工酶的表达具有明显的组织和种间差异性。尖裸鲤、拉萨裸裂尻鱼和双须叶须鱼由LDH-A、LDH-B和LDH-B1基因编码,5种组织中分别检测到16、13和9条酶带;拉萨裂腹鱼和巨须裂腹鱼由LDH-A、LDH-B和LDH-C基因编码,5种组织中分别检测到9和6条酶带;异齿裂腹鱼由LDH-A和LDH-B基因编码,5种组织中检测到6条酶带。根据酶谱特征对其生物演化进行了探讨,发现尖裸鲤和拉萨裸裂尻鱼特化程度最高,其次是双须叶须鱼,巨须裂腹鱼、拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼特化程度最低,与形态学特征所划分的三个类群吻合。 相似文献
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塔里木盆地鱼类生物地理学初步解析 总被引:2,自引:0,他引:2
塔里木盆地与青藏高原地理位置邻近,但地形地貌、气候水文差别显著,而两地的鱼类区系组成却均以裂腹鱼和高原鳅为主。本文依据现代生物地理学研究方法,以裂腹鱼和高原鳅的起源与演化为线索,结合塔里木盆地的地质、气候变迁,探究塔里木盆地鱼类空间分布格局形成原因及过程,研究塔里木盆地与青藏高原两地间鱼类的关系。结果显示:中新世晚期至上新世末塔里木盆地出现的从外围山地向沙漠腹地流向的水文网雏形,使不同进化水平的裂腹鱼和高原鳅在以后不同的地质时期陆续随地表径流从青藏高原(昆仑山)、天山等塔里木盆地周边山地进入该盆地成为可能。扁吻鱼Aspiorhynchus laticeps(Day)、塔里木裂腹鱼Schizothorax(Racoma)biddulphi Günrher、叶尔羌高原鳅Triplophysa(Hedinichthys)yarkandensis yarkandensis(Day)、隆额高原鳅T.(T.)bombifrons(Herzenstein)和长身高原鳅T(Triplophysa)tenuis(Day)5种鱼类可能是裂腹鱼类和高原鳅类某些较为原始的类群在晚中新世-早更新世进入塔里木盆地,在地理隔离下,趋异进化适应辐射形成的物种。宽口裂腹鱼S.(Schizothorax)eurystomus(Kessler)、扁嘴裂腹鱼S.(R.)esocinus Heckel、厚唇裂腹鱼S.(R.)irregularis Day、重唇裂腹鱼S.(R.)barbatus Mcclelland、斑重唇鱼Diptychus maculatus steindachner、新疆裸重唇鱼Gymnodiptychus dybowskii(Kessler)、斯氏高原鳅T.(T.)stoliczkae(Steindachuner)7种鱼类可能发生在塔里木盆地周边的山地及青藏高原,第四纪陆续进入塔里木盆地。进入塔里木盆地的鱼类在环境的选择压力下、种间和种内的竞争中,受多重因子的共同作用,逐步形成近现代的区系及空间分布格局。塔里木盆地和青藏高原两地主要的鱼类起源的种类和时间基本一致,演化发生的地区地形、气候显著不同,形成了区系结构相似、种类组成各具地域性的特点。近50年来,受灌溉引水、筑坝发电等人为影响,塔里木盆地鱼类资源量迅速衰减,分布范围大幅缩小。 相似文献
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基于鱼类营养级统计软件TrophLab,对分布于雅鲁藏布江中游的6种高原土著鱼类异齿裂腹鱼(Schizathorax oconnori)、拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)、双须叶须鱼(Ptychobarbus dipogon)、拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi)、尖裸鲤(Oxygymnocypris stewartii)和黑斑原鮡(Glyptosternum maculatum)进行了营养级估算。结果显示:6种研究对象的营养级范围为2.28~4.30,其中尖裸鲤营养级水平最高,异齿裂腹鱼营养级水平最低。 相似文献
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裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局, 在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆。线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 I(CO I)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码, 分析 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 作为分子标记的有效性, 可以加深理解和认识前人用这些数据所做的研究工作, 也为今后更合理地使用这些数据提供参考依据。本研究对 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因的分子标记有效性进行分析评估, 通过同源性比对、参考序列间遗传分歧的估算和系统发育关系重建等方法, 判断 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因序列的同源性、序列所属鱼种鉴定的准确性, 以及序列信息对系统发育关系的解析力。通过对下载的 1431 条序列进行多重比对发现, 有 3 条序列与其他序列存在显著差异, 同源性存疑, 数据信息经 BLAST 相似性搜索和核查确认为, 以 CO I 基因的互补链形式提交的序列, 比对前应先进行互补链转换。全部序列的比对结果显示, GenBank 数据库中裂腹鱼类的 CO I 基因片段序列均为该基因近 5?端至中部的序列。权衡序列的数量和长度后, 舍弃较短的 35 条序列, 保留长度为 527 bp 的 1396 条序列进行分析, 结果共定义了 228 个单倍型, 在有多条序列的鱼种中, 普遍存在种内共享单倍型, 还有 41 个单倍型为种间共享。裂腹鱼类 CO I 单倍型的平均 p-距离为 9.5%, 与鱼类的属级水平相当, 原始、 特化和高度特化类群各自的平均 p-距离值更低, 体现近期辐射演化的特征, 可能与它们随着青藏高原演化成种的历史较短有关。GenBank 中一些裂腹鱼类 CO I 基因序列的鱼种鉴定存在错误, 在使用时应先与参考序列对比, 或从系统发育分析的角度做出判断。总体来看, CO I 基因序列能够有力解析裂腹鱼类各演化等级裂腹鱼类之间的亲缘关系, 可用于分类和演化的初步分析。结合形态学、生态学、线粒体和核基因的多样性及系统发育关系等进行综合分析, 将有助于更准确地界定裂腹鱼种类, 同时也为深入探讨杂交和成种过程等问题奠定基础。 相似文献