不同氮利用率山羊瘤胃细菌结构与组成的差异

本试验旨在研究不同氮利用率山羊瘤胃细菌结构与组成的差异。以30只山羊作为试验动物,通过代谢试验,筛选出高氮利用率组(HNU组)和低氮利用率组(LNU组)的山羊个体。屠宰采集HNU组、LNU组每只山羊瘤胃内容物,用高通量测序技术分析比较组间瘤胃细菌结构与组成的差异性,并用实时荧光定量PCR技术对7种蛋白质分解菌进行定量分析和比较。结果表明:1)30只山羊对饲料氮利用率存在明显的个体差异,HNU组和LNU组的平均氮利用率分别为(56.68±5.54)%和(34.25±4.21)%,组间差异极显著(P<0.01)。2)HNU组和LNU组瘤胃微生物的结构在属水平上有明显差异,HNU组普雷沃氏菌属1(Prevotella 1)、解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)、p-1088-a5gutgroup的相对丰度显著低于LNU组(P<0.05),毛螺菌科XPB1014肠道群(Lachnospiraceae XPB1014group)、瘤胃球菌属1(Ruminococcus 1)、瘤胃球菌科UCG004(RuminococcaceaeUCG004)、瘤胃杆菌属(Ruminobacter)、FamilyⅩⅢUCG002、厌氧支原体属(Anaeroplasma)的相对丰度显著高于LNU组(P<0.05)。3)相关分析显示宿主氮利用率与Ruminococcus 1、Ruminobacter、Anaeroplasma的相对丰度呈显著正相关(P<0.05)。4)HNU组中溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibriofibrisolvens)、产琥珀酸丝状杆菌属(Fibrobacter succinogens)和瘤胃球菌属sp.HUN007(Ruminococcussp.HUN007)数量显著高于LNU组(P<0.05),而栖息瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、溶糊精琥珀酸弧菌(Succinivibrio dextrinisolvens)和黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)数量在2组间没有显著差异(P>0.05)。综上所述,不同氮利用率山羊瘤胃细菌的结构与组成存在显著差异。     

放牧蒙古羊瘤胃细菌随季节变化规律的研究

试验旨在研究北方典型草原放牧蒙古羊瘤胃细菌菌群结构和多样性随季节变化的规律。随机选取北方典型草原上终年放牧不补饲的6只蒙古羊,在冬季(1月)、春季(4月)、夏季(6月牧草生长期和8月牧草旺盛期)和秋季(10月中旬),通过口腔采取瘤胃液,利用MiSeq测序技术分析了不同季节、不同牧草生长时期瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,放牧蒙古羊瘤胃细菌在夏季牧草生长旺盛期操作分类单元(OTU)和多样性最高,冬季最少,瘤胃细菌夏季和冬季OTU和多样性都差异显著(P0.05)。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,56.93%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,21.52%)为蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;厚壁菌门OTU在8月达到最大值,拟杆菌门OTU在6月达到最大值,均与其他月份差异显著(P0.05)。在科水平上,瘤胃菌科(Ruminococcaceae,19.09%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,16.98%)、克里斯蒂娜科(Christensenellaceae,12.11%)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae,8.51%)和理研菌科(Rikenellaceae,8.27%)是蒙古羊瘤胃中的优势种群,分别在夏季(6月或8月)数量达到峰值。在属水平上,普雷沃氏菌属(Prevotella,4.79%)、丁酸弧菌属(Butyrivibrio,1.77%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus,1.27%)含量最高。因此,北方牧区放牧蒙古羊瘤胃细菌以厚壁菌门的瘤胃菌科数量最高,是典型的消化纤维素细菌,符合以牧草为饲的放牧羊的特征。     

放牧蒙古羊瘤胃细菌随季节变化规律的研究

试验旨在研究北方典型草原放牧蒙古羊瘤胃细菌菌群结构和多样性随季节变化的规律。随机选取北方典型草原上终年放牧不补饲的6只蒙古羊,在冬季（1月）、春季（4月）、夏季（6月牧草生长期和8月牧草旺盛期）和秋季（10月中旬）,通过口腔采取瘤胃液,利用MiSeq测序技术分析了不同季节、不同牧草生长时期瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,放牧蒙古羊瘤胃细菌在夏季牧草生长旺盛期操作分类单元（OTU）和多样性最高,冬季最少,瘤胃细菌夏季和冬季OTU和多样性都差异显著（P<0.05）。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes,56.93%）和拟杆菌门（Bacteroidetes,21.52%）为蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;厚壁菌门OTU在8月达到最大值,拟杆菌门OTU在6月达到最大值,均与其他月份差异显著（P<0.05）。在科水平上,瘤胃菌科（Ruminococcaceae,19.09%）、毛螺菌科（Lachnospiraceae,16.98%）、克里斯蒂娜科（Christensenellaceae,12.11%）、普雷沃氏菌科（Prevotellaceae,8.51%）和理研菌科（Rikenellaceae,8.27%）是蒙古羊瘤胃中的优势种群,分别在夏季（6月或8月）数量达到峰值。在属水平上,普雷沃氏菌属（Prevotella,4.79%）、丁酸弧菌属（Butyrivibrio,1.77%）和瘤胃球菌属（Ruminococcus,1.27%）含量最高。因此,北方牧区放牧蒙古羊瘤胃细菌以厚壁菌门的瘤胃菌科数量最高,是典型的消化纤维素细菌,符合以牧草为饲的放牧羊的特征。     

利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

补饲精料对大青山绒山羊瘤胃细菌及产甲烷菌多样性的影响

本研究利用高通量测序技术,对放牧和补饲条件下大青山绒山羊瘤胃细菌及甲烷菌多样性进行了分析。试验选用10只1岁平均体重为(38.2±1.6)kg的健康大青山绒山羊(羯羊),分成放牧组和补饲组。29 d试验结束后,从抽取的瘤胃液中提取微生物DNA,对瘤胃细菌、甲烷菌的16S rDNA序列V3至V4区进行HiSeq测序。结果表明:在门水平上,与放牧组相比,补饲显著提高了拟杆菌门和变形菌门丰度,显著降低了厚壁菌门和互养菌门的比例;在科水平上,普雷沃氏菌科(40.73%、62.77%)为主要细菌类别,补饲精料后其丰度显著提高,而显著降低了韦荣球菌科、瘤胃球菌科、理研球菌科和互养菌科。补饲显著增加了甲烷杆菌科而降低了甲烷八叠球菌科的丰度;在属水平上甲烷短杆菌属表现出绝对优势,补饲后显著升高,但甲烷微球菌属显著降低,其他甲烷菌属无显著差异。研究表明,补饲精料降低了瘤胃内与纤维分解相关细菌的丰度,产甲烷菌丰度在科、属水平上受补饲的影响也存在差异,但放牧与补饲条件下大青山绒山羊瘤胃中细菌和产甲烷菌的优势菌群并未发生变化。     

饲养方式对苏尼特羊生长性能、屠宰性能、肉品质和瘤胃菌群的影响

旨在研究不同饲养方式(放牧和舍饲)对苏尼特羊生长性能、屠宰性能、肉品质和瘤胃菌群的影响。选取健康的3月龄苏尼特羊24只，平均体重为(20.16±1.56)kg,随机分为2组，每组12只羊。对照组(舍饲组)饲喂基础饲粮，试验组(放牧组)采食天然牧草。预试期7 d,正试期90 d。结果表明：1)舍饲组苏尼特羊终末体重、平均日增重和胸围显著高于放牧组(P<0.05)。2)舍饲组苏尼特羊胴体重、净肉重、屠宰率和肉骨比显著高于放牧组(P<0.05)。3)舍饲组的背最长肌亮度(L^*)值、蒸煮损失率和剪切力值显著高于放牧组(P<0.05),背最长肌pH_{24 h}显著低于放牧组(P<0.05)。4)与放牧饲养相比，舍饲组的Shannon指数显著降低(P<0.05),门水平上，舍饲显著提高了瘤胃中拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度，显著降低了瘤胃中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度(P<0.05)。在属水平上，舍饲显著提高了瘤胃中普雷沃氏菌属＿1(Prevotel...     

不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性研究

本试验旨在探究不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性。选取处于围产前期、泌乳前期、泌乳中期和泌乳后期的经产荷斯坦奶牛各4头,共16头,采集瘤胃液用于测定瘤胃发酵参数和提取微生物DNA,采用Illumina Miseq PE300平台测定瘤胃细菌组成。结果表明:1)围产前期奶牛瘤胃微生物蛋白、乙酸、丁酸、总挥发性脂肪酸浓度与乙酸/丙酸显著高于泌乳期(P0.05)。围产前期奶牛瘤胃丙酸浓度显著低于泌乳期(P0.05)。2)在门的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌门则为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。围产前期奶牛瘤胃内的拟杆菌门、SR1细菌、蓝菌门、柔膜菌门、TM7细菌和纤维杆菌门的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05),而泌乳期各阶段之间差异不显著(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的变形菌门的相对丰度显著低于泌乳期(P0.05)。3)在科的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌科为普雷沃氏菌科,而泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌科为琥珀酸弧菌科和普雷沃氏菌科。围产前期奶牛瘤胃内的普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、理研菌科、BS11细菌、RF16细菌、SR1细菌、Gastranaerophilales、克里斯滕森菌科、TM7细菌、RF9细菌和纤维杆菌科的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的琥珀酸弧菌科、毛螺菌科和韦荣球菌科则显著低于泌乳期(P0.05)。综上得出,奶牛从围产前期进入到泌乳期,瘤胃细菌多样性显著降低;泌乳期各阶段瘤胃细菌组成差异较小。     

芽孢杆菌制剂对苏姜猪弱仔猪生长性能及粪便菌群的影响北大核心

试验旨在研究芽孢杆菌制剂对弱仔猪的生长性能、免疫性能、粪便菌群的影响。选择遗传背景、胎次、营养相同的28日龄断奶苏姜仔猪42头(公、母各半),随机分为2组,每组7个重复,每个重复3头。对照组猪为基础日粮,芽孢杆菌制剂组在基础日粮中添加1 kg/t芽孢杆菌制剂。试验期35 d。结果显示,与对照组相比,芽孢杆菌制剂组的仔猪平均日增重极显著提高(P<0.01),平均日采食量显著提高(P<0.05),腹泻率极显著降低(P<0.01)。与对照组相比,芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群厚壁菌门的相对丰度降低,拟杆菌门和螺旋体门的相对丰度增加;芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)、未指明的拟杆菌目(Unspecified_Bacteroidales)、未指明的拟杆菌目S24-7菌属(Unspecified_S24_7)相对丰度显著增加,未指明的毛螺菌科(Unspecified_Lachnospiraceae)、链球菌属(Streptococcus)、未指明的梭菌目(Unspecified_Clostridiales)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、劳特氏菌属(Blautia)相对丰度明显减少。研究表明,日粮中添加芽孢杆菌能够改善弱仔猪的生长性能,促进肠道有益生菌群生长繁殖。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨草原红牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析草原红牛(20月龄左右,均重为577.5 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示:通过Illumina Miseq测序平台共获得35 848条优质序列,聚类分析得到387个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属15个门、20个纲、25个目、41个科及110个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为50.09%和41.11%;基于属的组成,依次为普雷沃菌属(Prevotella)15.20%、未知属f型拟杆菌目(norankfBacteroidales)BS11菌群8.66%、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)NK4A214菌群6.96%、理研菌科(Rikenellaceae)RC9菌群5.56%、未知属(Christensenellaceae)R-7菌群4.01%、瘤胃球菌属2(Ruminococcus2)3.33%等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,瘤胃内菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢,表面草原红牛体内含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了草原红牛瘤胃菌群的多样性,且预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索草原红牛瘤胃微生物的认知提供了基础,也为挖掘其他重要营养生理功能相关的瘤胃微生物功能基因提供了参考。     

基于16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响

本试验旨在利用16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响。选择泌乳阶段相近、胎次相同的泌乳早期奶牛4头,随机分为2组,对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮,同时添加60 g/头甘露寡糖,通过口腔灌注添加。采用2×2交叉试验设计,每期21 d,预试期14 d,采样期7 d。结果表明:1)与对照组相比,添加甘露寡糖极显著提高了瘤胃液乙酸的浓度(P0.01),乙酸/丙酸提高了8.47%(P0.05)。2)与对照组相比,门水平上,试验组蓝藻门相对丰度极显著降低(P 0.01),装甲菌门的相对丰度极显著提高(P 0.01);属水平上,试验组厌氧螺菌属的相对丰度显著提高(P 0.05),梭菌属的相对丰度显著降低(P0.05),锥形杆菌属的相对丰度极显著降低(P0.01),瘤胃球菌属、假丁酸弧菌属以及毛螺菌属的相对丰度分别增加24.34%、12.83%、31.80%(P0.05),普雷沃氏菌属的相对丰度降低4.66%(P0.05),未注释韦荣氏菌属的相对丰度提高143.11%(P 0.05),脱硫弧菌属的相对丰度提高4.88%(P0.05)。在本试验条件下,添加甘露寡糖降低了瘤胃细菌的多样性,对纤维素降解菌群、半纤维素降解菌群影响明显,显著提高了瘤胃液乙酸浓度,提高了瘤胃液pH,但差异不显著。     

围产期奶牛瘤胃发酵参数及细菌菌群的变化研究

本实验旨在研究围产期奶牛瘤胃微生物区系的反应。选择年龄、胎次、体况和预产期相近的干奶牛30头,产前21 d设为围产前期组,产后21 d设为围产后期组。选择14头奶牛分别在产前7 d和产后14 d采集瘤胃液,测定瘤胃发酵参数和微生物细菌菌群。结果表明：1)与围产前期相比,围产后期奶牛瘤胃液的pH和乙酸/丙酸降低(P<0.01),乙酸、丙酸、丁酸及总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均提高(P<0.01);2)门水平上,围产后期奶牛瘤胃液拟杆菌门、变形菌门、蓝藻门和放线菌门相对丰度高于围产前期(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、纤维杆菌门、Kiritimatiellaeota和软壁菌门相对丰度低于围产前期(P<0.01或P<0.05);属水平上,围产后期奶牛瘤胃液普雷沃氏菌属＿7、毛螺旋菌科NK3A20群、琥珀酸弧菌科UCG-001和Shuttleworthia相对丰度高于围产前期(P<0.01),瘤胃球菌科＿NK4A214群属、克里斯滕森菌R-7群属、理研菌科RC9肠道群属、产乙酸糖发酵菌、普雷沃氏菌科UCG-003属和丁酸弧菌属＿2相对丰度均低...     

饲粮中添加酵母培养物对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮中添加酵母培养物(YC)对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响。试验选取4岁、初始体重为(180.31±29.73)kg的健康麦洼公牦牛36头,随机分为4组,每组9个重复,每个重复1头牦牛,分别饲喂YC添加水平为0(Ⅰ组)、0.5%(Ⅱ组)、1.0%(Ⅲ组)和1.5%(Ⅳ组)的全混合日粮。预试期10 d,正试期80 d。结果表明:1)随着饲粮YC添加水平的升高,瘤胃微生物蛋白(MCP)含量显著升高(P<0.05),pH有呈线性降低的趋势(P=0.058),氨态氮(NH3-N)含量有呈二次曲线变化的趋势(P=0.055),乙酸比例及乙酸/丙酸呈显著线性降低(P<0.05),丙酸和丁酸比例呈显著线性增加(P<0.05),总挥发性脂肪酸(TVFA)含量无显著变化(P>0.05)。2)舍饲牦牛瘤胃微生物多样性指数除Chao指数外,其余各指数组间无显著差异(P>0.05)。3)门水平上,4组的优势菌门均为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。随着饲粮YC添加水平的升高,疣微菌门的相对丰度呈显著线性升高(P<0.05),Saccharibacteria的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),互养菌门的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05),变形菌门和纤维杆菌门的相对丰度有呈二次曲线变化的趋势(P=0.065,P=0.064)。属水平上,普雷沃菌属、拟杆菌目BS11和理研菌科RC9为优势菌属,随着饲粮YC添加水平的升高,克里斯滕森菌科R7的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH和NH3-N含量呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),奎因氏菌属的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与TVFA含量呈显著正相关(r=0.460,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-001和瘤胃球菌科UCG-014的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-011和瘤胃球菌属2的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05)。综上所述,在舍饲牦牛饲粮中添加YC显著影响了瘤胃中微生物的丰富度,影响门和属水平微生物的组成,进而对瘤胃发酵参数产生影响。     

复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

本试验旨在研究复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数以及菌群结构的影响。选择14月龄左右、体重[(390.47±50.14) kg]相近的健康安格斯牛20头,随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。稻草组(RS组)饲喂稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,发酵稻草组(FRS组)饲喂发酵稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,2组全混合日粮营养水平基本一致。预试期7 d,正试期93 d。结果表明:1)复合菌发酵稻草表面出现空鼓和开裂,纤维结构发生改变。相比稻草和发酵对照,复合菌发酵稻草的中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、玉米赤酶烯酮含量和霉菌总数下降,粗蛋白质(CP)含量和细菌总数提高,未检出黄曲霉毒素B1和呕吐霉素。2)与RS组相比,FRS组的平均日增重和平均日采食量显著提高(P0.05),料重比显著降低(P0.05)。3)与RS组相比,FRS组的瘤胃微生物蛋白含量极显著提高(P0.01),瘤胃pH和氨态氮、总挥发性脂肪酸、丁酸含量及乙酸/丙酸差异不显著(P0.05)。4)与RS组相比,FRS组的Sobs指数显著提高(P 0.05),Ace指数和Chao指数极显著提高(P 0.01),Shannon指数有升高趋势(P=0.093),Simpson指数差异不显著(P0.05)。5)门水平上,2组的优势菌门主要为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。FRS组的拟杆菌门相对丰度显著高于RS组(P0.05),厚壁菌门相对丰度显著低于RS组(P0.05)。属水平上,2组优势菌属均为瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2),RS组其余相对丰度高于5%的菌属依次为毛螺菌科_NK3A20群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)、瘤胃球菌科_NK4A214群(Ruminococcaceae_NK4A214_group)、理研菌科_RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)以及普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1);FRS组依次为普雷沃氏菌属_1、理研菌科_RC9肠道群和毛螺菌科_NK3A20群等。其中,RS组毛螺菌科_NK3A20群相对丰度极显著高于FRS组(P0.01)。由此可见,复合菌发酵能改变稻草纤维结构,提高营养价值,减缓霉变。饲喂复合菌发酵稻草能提高安格斯牛生长性能、改善瘤胃发酵环境以及增加微生物菌群多样性和丰富度,同时影响门和属水平的菌群结构。     

放牧条件下补充酵母硒对绵羊胃肠道微生物区系的影响

【目的】探讨放牧条件下补充酵母硒对绵羊胃肠道微生物区系的影响。【方法】选择体重相近、健康的7～8月龄杜泊寒羊14只,采用单因素完全随机试验设计分成两组,每组7只。一组为对照组,不添加硒,另一组为硒添加组,硒(酵母硒)添加水平为0.2 mg/d。在自然放牧条件下进行为期30 d的饲养试验,分别于试验第15和30天采集瘤胃液和粪样,采用16S rRNA测序方法分析绵羊瘤胃以及后肠道微生物区系的变化。【结果】主坐标分析结果表明,补硒第30天后两组绵羊瘤胃及后肠道微生物在OTU和属水平上具有显著的组间差异(P<0.05)。物种差异判别分析结果表明,饲养第15天时在门和属水平有8种瘤胃微生物具有显著的组间差异(P<0.05),但这些物种的丰度均低于1%;饲养第30天时在门和属水平上有17种瘤胃微生物具有显著的组间差异(P<0.05),其中相对丰度大于1%的有厚壁菌门、拟杆菌门、普雷沃氏菌属1、瘤胃球菌科NK4A214、拟杆菌目BS11;与对照组相比,硒添加组瘤胃中厚壁菌门、瘤胃球菌科NK4A214、拟杆菌目BS11的相对丰度显著提高(P<0.05),拟杆菌门、普雷沃氏菌属...     

山羊瘤胃与粪便微生物多样性

本试验旨在应用高通量测序技术比较山羊瘤胃和粪便微生物的结构与组成。选取6只10月龄波尔山羊,饲喂精粗比为3∶7的饲粮14 d后采集瘤胃液(R组)和粪便样品(F组)(每组6个重复,每个样品为1个重复)。提取总DNA后用古菌/细菌16S rRNA通用引物扩增V4~V5区,并用Illumina Mi Seq平台测序。结果表明:1)共获得有效序列227 729条,聚类后得13 601个运算分类单位(OTU)。2)所得OTU经物种注释99.337%被归类为细菌界,F组相对丰度最高优势菌门为厚壁菌门(65.400%),R组相对丰度最高优势菌门为拟杆菌门(60.188%)。3)从所有样品中共检测到129个科,F组中相对丰度最高为瘤胃球菌科(37.705%),极显著高于R组(P0.01),而R组中,相对丰度最高的为普雷沃氏菌科(29.959%),极显著高于F组(P0.01)。4)在粪便样品和瘤胃液样品种共检测到258个属,F组相对丰度最高的属为瘤胃球菌科未分类的属(26.914%),R组相对丰度最高为普雷沃菌属(28.621%)。5)所有12个样品间共发现了14个共享属,其中相对丰度最高的为厚壁菌门下的梭菌属4(Clostridium_Ⅳ,1.748%)。本试验结果表明瘤胃和粪便中微生物组成存在着较大差异,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的微生物,需要进一步研究。     

冬季不同饲养模式下哈萨克马肠道菌群多样性研究

不同饲养模式对哈萨克马肠道菌群有何影响鲜有报道,本文通过对比自由放牧和圈养状态下哈萨克马粪便菌群组成和标志物种,揭示哈萨克马肠道菌群在不同饲养模式下的波动性变化。采集自由放牧和圈养条件下各5匹哈萨克马的新鲜粪便,利用高通量测序技术分析哈萨克马肠道菌群组成、功能途径等。结果显示,放牧组肠道菌群多样性显著高于圈养组（Shannon指数,P<0.05;Simpson指数,P<0.01）;放牧组标志物种显著多于圈养组。在门水平上,放牧组和圈养组的厚壁菌门（76.10%;78.08%）和拟杆菌门（17.16%;15.72%）丰度较高,均占总菌群的93%以上。在科水平上,放牧组以分解/发酵纤维素的菌群（瘤胃球菌科,30.44%;毛螺菌科,21.96%;艰难杆菌科,4.86%）为主;圈养组中分解/发酵纤维素的瘤胃球菌科（28.73%）和毛螺菌科（14.51%）以及消化淀粉类碳水化合物的链球菌科（15.08%）为优势菌科,且链球菌科的丰度显著高于放牧组（P<0.05）。对功能基因序列进行功能注释时,77.44%的序列被注释为“代谢”。结果表明,由不同饲养模式介导的两组中,自由放牧组菌群多样性高于圈养组,且菌群消化类型更为统一,两组肠道菌群组成存在整体性差异,这些为进一步研究哈萨克马肠道菌群奠定了理论基础。     

基于16S rRNA测序分析奶牛体外发酵中瘤胃细菌多样性的变化

本试验旨在通过16S rRNA测序技术,分析奶牛体外发酵瘤胃微生物区系随时间推移的变化规律,为探究瘤胃微生物繁殖规律及完善体外发酵分析方法提供支持。试验使用体外产气法进行发酵。采集3头健康奶牛的新鲜瘤胃液,与人工唾液混合后,注入盛有发酵底物的发酵瓶,39℃水浴振荡培养,分别于0、6、12、24、48 h采集发酵液,用16S rRNA测序技术分析瘤胃细菌变化规律。结果表明:1)所有的序列被鉴定为14个门和59个属。随着时间的变化,在门水平上,纤维杆菌门(Fibrobacteres)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和黏胶球形菌门(Lentisphaerae)的相对丰度减少,纤维杆菌门、拟杆菌门在48 h时显著低于其他时间点(P0.05),黏胶球形菌门在24 h时显著低于其他时间点(P0.05)。而螺旋体门(Spirochaetae)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加,螺旋体门在48 h时显著高于其他时间点(P 0.05),变形菌门在12、24、48 h时显著高于其他时间点(P0.05);随着时间的变化,在属水平上,丁酸弧菌属(Butyrivibrio)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)的相对丰度增加,均在48 h时显著高于其他时间点(P0.05);而解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度则减少,解琥珀酸菌属在24、48 h显著低于其他时间点(P0.05),普雷沃氏菌属在48 h时显著低于其他时间点(P0.05)。2)试验获得15 792个操作分类单位(OTU)并进行多样性分析,稀释曲线达到平台期;Simpson指数和Shannon指数均表明菌群丰度具有先降低后升高的趋势。综上所述,奶牛瘤胃体外发酵过程中,瘤胃细菌主要的门以及属的相对丰度以及多样性均随时间推移发生改变,且因瘤胃细菌功能差异在发酵过程的变化更为显著。因此,在使用体外发酵法进行研究时,应充分考虑瘤胃细菌的功能差异与底物以及人工唾液的营养物质减少引起的发酵环境变化的关系。     

小肽与酵母培养物对舍饲牦牛瘤胃微生物多样性和发酵参数的影响

为研究添加小肽与酵母培养物对舍饲育肥牦牛瘤胃微生物多样性和发酵参数的影响,试验选取36头年龄为4周岁左右、体重水平相当、健康状况良好的麦洼牦牛,随机分为4个处理组,对照组饲喂全混合日粮(TMR),试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组在TMR基础上分别添加1%酵母培养物、0.75%小肽、1%酵母培养物+0.75%小肽。试验结果表明:(1)四个处理组的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、互养菌门(Synergistests)和变形菌门(Proteobacteria)。小肽和酵母培养物的添加显著降低了变形菌门的相对丰度(P<0.05),提高了拟杆菌门和互养菌门的相对丰度,但差异不显著(P>0.05)。从属水平分析,拟杆菌科的BS11菌属(Bacteroidetes BS11 gut group)、理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae RC9 gut group)、普雷沃氏菌属(Prevotella 1)、克里斯滕森菌科的R7菌属(Christensenellaceae R 7 group)为四个处理组共有优势菌属。添加小肽和酵母培养物,显著提高了理研菌科RC9菌属、普雷沃氏菌属、疣微菌科UCG-010菌属(Ruminococcaceae_UCG-010)、帕匹杆菌属(Papillibacter)、柔膜菌纲RF9菌属(Mollicutes_RF9)的相对丰度(P<0.05)。(2)小肽与酵母培养物单独添加或同时添加对瘤胃中pH和氨态氮(NH3-N)浓度无显著影响(P>0.05);降低了瘤胃中乙酸浓度,但差异不显著(P>0.05);1%酵母培养物组和1%酵母培养物+0.75%小肽组显著提高了瘤胃中丙酸浓度(P<0.05),0.75%小肽组虽提高了瘤胃中丙酸浓度,但差异不显著(P>0.05);小肽与酵母培养物单独添加或同时添加都显著降低了乙/丙(P<0.05),表明瘤胃发酵从乙酸型向丙酸型转变,有利于能量利用效率的提高。综上所述,小肽与酵母培养物单独或同时添加都促进了瘤胃有益菌群生长,使瘤胃发酵从乙酸型向丙酸型转变,提高了能量利用效率,小肽与酵母培养物合用具有叠加效应。     

不同饲养方式对牦牛瘤胃发酵参数及微生物菌群的影响

本研究旨在比较不同饲养方式对牦牛瘤胃发酵参数及微生物菌群的影响。试验选取3周岁、体重[（176.3±14.7） kg]相近、体况良好的公牦牛20头,随机分为舍饲组（全混合日粮）和放牧组（放牧）,每组10头牛。预试期10 d,正试期90 d。结果表明：1）舍饲组瘤胃总挥发性脂肪酸（TVFA）、乙酸、丙酸、丁酸浓度显著高于放牧组（P<0.05）,而瘤胃pH显著低于放牧组（P<0.05）。2）舍饲组瘤胃微生物菌群Chao1指数显著高于放牧组（P<0.05）。3）在门水平上,舍饲组瘤胃Saccharibacteria、迷踪菌门（Elusimicrobia）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋体门（Spirochaetae）、软壁菌门（Tenericutes）相对丰度显著高于放牧组（P<0.05）,而放牧组瘤胃浮霉菌门（Planctomycetes）、互养菌门（Synergistetes）和厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度显著高于舍饲组（P<0.05）。在属水平,舍饲组瘤胃Candidatus＿Saccharimonas、醋酸杆菌属（Acetoba...