鹌鹑MyoD基因多态性与生长性状的相关性分析

[目的]研究MyoD基因与鹌鹑生长性状的相关性。[方法]以朝鲜鹌鹑为研究对象,应用HRM技术检测群体中MyoD基因的多态性,测定其生长性状,并进行关联分析;qPCR检测3种基因型胚胎肌肉组织中MyoD基因的表达量。[结果]MyoD基因在群体中存在AA、Aa和aa 3种基因型,AA和Aa基因型个体的胸围显著高于aa基因型(P<0.05)。胚胎发育的7～15 d均能检测到MyoD基因表达,MyoD基因的表达量从11 d开始升高,15 d达到峰值。AA和Aa基因型MyoD基因表达量提高速度高于aa基因型。[结论]MyoD基因A等位基因为朝鲜鹌鹑胚胎生长发育的优势基因,可用于生长发育快的个体基因型育种选择。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

西藏牦牛POU1F1基因的多态性及其与生长性状的相关性分析

本研究利用DNA池和测序技术,结合PCR-RFLP方法,筛查了POU1F1基因第2外显子和第5内含子的SNP位点,分析了西藏申扎(SZ)、类乌奇(LWQ)、斯布(SB)和帕里(PL)4个牦牛类群(品种)共182个个体的POU1F1基因的多态性及其与体重、体高、体长等生长性状指标之间的相关性。结果表明:①POU1F1基因第2外显子高度保守,未发现任何突变,第5内含子中发现2个突变位点,分别为T727C(BglⅡ酶切)位点和T284C(StuⅠ酶切)位点。②申扎(SZ)、类鸟奇(LWQ)、斯布(SB)和帕里(PLl)4个群体中StuⅠ位点为中度多态性,其基因T/C频率分别为:0.61/0.39、0.54/0.46、0.54/0.46和0.62/0.38,BglⅡ位点为低度多态性;Hardy-Weinberg检验表明StuⅠ位点和BglⅡ位点均处于平衡状态(P0.05)。③StuI位点在4个群体中表现CC、CT和TT 3种基因型,BglⅡ位点在4个群体中只表现CT和TT2种基因型。④帕里牦牛StuⅠ位点CC和CI基因型在生长性状上存在显著差异(P0.05),其中CC基因型的体高和体长均高于CT基因型,而其他几个牦牛类群未发现类似现象。BglⅡ位点基因型与生长指标的相关性不显著。西藏牦牛POU1F1基因内含子5内T284C基因座表现的多态性可以作为改良其生长性状的一个遗传标记。     

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析

MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质.为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性.为了将第1外显子(长630 bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5'UTR上.结果显示:MyoD1基因5'UTR的119 bp处发现G＞A的突变,第1外显子387 bp处发现C＞T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy Weinberg平衡状态.在5'UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P＜0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P＞0.05).     

牦牛DKK1基因多态性及其与生长性状的相关性

选取麦洼牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共287头个体,采用直接测序法检测牦牛DKK1基因的SNP位点,分析其与生长性状的相关性。结果表明,牦牛DKK1基因存在2个突变位点,g.983A→G位点和g.1075C→G位点;位点g.983A→G在斯布牦牛中处于Hardy-Weinberg不平衡状态,其余位点处于平衡状态。在遗传多态性研究中,2个SNP位点均为中度多态。2个位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体质量的相关分析结果显示,位点g.983A→G与体高、体斜长、胸围和体质量均具有相关性;位点g.1075C→G与生长性状不相关。     

牦牛VGLL2基因多态性与体尺性状的关联性分析

【目的】为进一步揭示VGLL2基因多态性与牦牛体尺性状的相关性,通过筛查候选基因SNP位点,为牦牛优良性状选育提供参考。【方法】选取四川麦洼牦牛,西藏类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共238头个体,运用DNA池测序法筛选VGLL2基因SNP位点,直接测序法检测牦牛VGLL2基因的SNP位点,分析其与体尺性状的关联性。【结果】牦牛VGLL2基因第二内含子存在3个SNP位点(C4868T、C4872G和G4889A),第二外显子包含1个SNP位点G5000A;4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多态性分析显示,C4868T、C4872G和G4889A属于低度多态性,G5000A为中度多态性。4个SNP位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体重等生长性状进行相关性分析结果表明,位点C4868T与体高、体斜长、胸围和体重显著相关;位点C4872G、G4889A和G5000A与体高、体斜长、胸围、管围和体重不相关。【结论】牦牛VGLL2基因的C4868T位点与体高、体斜长、胸围和体重显著相关,可将VGLL2基因作为影响牦牛生长性状的主效基因,为牦牛选育工作提供理论依据。     

无角牦牛Hesx1基因多态性及其与生长性状的关联分析

为了研究Hesx1(Homeobox expressed in ES cells)基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)对无角牦牛各时期生长性状的影响,采用PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)和DNA测序技术,对364头无角牦牛Hesx1基因hⅠ与hⅡ基因座的遗传多态性进行研究,并进一步分析Hesx1基因多态性对无角牦牛生长性状的遗传效应。结果表明,在hⅠ基因座(5′UTR)第-618位发生单个碱基突变(G→C),出现GG与GC共2种基因型;在hⅡ基因座(Intron1)第+226位发生单个碱基突变(T→C),出现TT与TC共2种基因型。通过与6、12、18月龄无角牦牛的生长性状(体质量、体高、体斜长、胸围)进行关联分析发现,hⅠ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体斜长影响不显著(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体斜长、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体高影响不显著(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。hⅡ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有极显著影响(P0.01),对体高、胸围均有显著影响(P0.05),对体斜长无显著影响(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。与此同时,hⅠ与hⅡ基因座的突变杂合型GC与TC是无角牦牛生长的优势基因型。卡方适合性检验表明,牦牛群体显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。综上,可初步判定hⅠ与hⅡ多态基因座可以作为牦牛辅助育种的分子标记。     

猪MyoD1基因的多态性检测及与肉质性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对通城、大白和长白3个纯种及长大通和大长通2个三元杂种共5个群体MyoD1基因第1内含子的多态性进行了研究,并对多态位点与生长、胴体和肉质性状进行了关联分析。结果发现第1内含子第257位存在1个A/C颠换,引起DdeⅠ酶切位点的改变。PCR产物经DdeⅠ酶切后,检测到2个等位基因,3种基因型,其中通城猪中C等位基因的分布占主要优势,大白、长白猪中2种等位基因的分布频率相近。关联分析结果表明,不同的基因型与肉色评分和失水率相关(P0.05或P0.01);CC基因型个体的肉色评分显著高于AA和AC基因型个体;而CC基因型个体的失水率极显著低于AA基因型个体。研究结果进一步证明MyoD1基因是一个重要的肉质性状候选基因,第1内含子第257位被DdeⅠ限制性内切酶识别的多态位点为猪肉质性状的标记辅助选择提供分子标记,CC基因型猪具有优良的肉质。     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

生长激素基因多态性与滩羊生长性状关联性研究

[目的]探讨生长激素基因多态性与滩羊生长性状关联性,以提高滩羊整体生长速度和经济效益。[方法]选取69只宁夏滩羊为研究对象,运用PCR-RFLP技术,对已证实控制绵羊生长速度的主效基因生长激素（GH）基因进行检测,统计各基因型与滩羊初生重、二毛重、3月龄及6月龄体重之间的关联性。[结果]共检测到2种GH基因型,即AB和BB型,基因型频率分别为0.3481和0.6519,A等位基因频率为0.1811,而B等位基因频率为0.8189。通过关联性统计分析,AB基因型与滩羊生长性状的关联性达到极显著水平（P〈0.01）。[结论]AB基因型是影响滩羊生长速度的优势基因型。     

牦牛PPARδ基因多态性与生长性状的相关性

【目的】揭示牦牛PPARδ基因的遗传变异特征,发现与牦牛生长性状显著相关的候选分子标记,为牦牛分子育种积累基础资料.【方法】以96头牦牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-HRM等技术检测PPARδ基因的序列变异.【结果】检测到牦牛PPARδ基因内含子中2个SNPs.遗传变异特征分析显示,SNP1(g.10045A/G)和SNP2(g.10226A/G)位点属于中度多态性.连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARδ基因2个多态位点之间为弱连锁,单倍型AA属于优势单倍型(频率为42.2%).方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联.【结论】牦牛PPARδ基因的2个SNPs与其生长性状显著相关,此结果可以应用于牦牛的分子育种实践.     

麦洼牦牛SMPX基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的]本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据.[方法]以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行...     

牦牛MSTN基因内含子2多态性及与生长性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型.在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡...     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。     

关岭黄牛POMC基因多态性及其与生长性状的关联性分析

为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡中的作用,采用DNA测序技术,对关岭黄牛92头个体的POMC基因的多态性进行研究,并分析多态位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明:在扩增片段为870 bp的产物中,发现位点138,430,644,668 C→T突变,位点693 A→G突变。多态性结果显示,除430 C→T突变位点处于哈代-温伯格不平衡状态(HWE)(P0.05),其余突变位点均处于HWE平衡状态(P0.05),5个突变位点的多肽信息含量(PIC)均为中度多态。相关性分析结果表明,644 C→T和668 C→T突变位点的不同基因型与关岭黄牛体斜长表现出差异性显著。     

麦洼牦牛H-FABP、HSL基因多态性及与生长性状的相关分析

【目的】探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）、激素敏感脂肪酶（hormone-sensitive lipase,HSL）基因在牦牛中的遗传多态性,进一步揭示牦牛各品系间的遗传分化以及候选基因与牦牛生长性状间的关联性,同时为2个候选基因在牦牛中的表达调控等研究提供理论依据,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对共100头麦洼牦牛个体的H-FABP、HSL基因的外显子部分进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围、管围等生长性状的关联性。【结果】①麦洼牦牛H-FABP、HSL基因外显子部分均存在多态性,多态性检验均存在3种基因型;②适合性检验表明仅HSL基因外显子8上多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余多态位点均偏离;③测序分析表明,H-FABP基因外显子4第7 339位（与原序列相比）发生单碱基突变（T→C）,该突变属同义突变;HSL基因外显子7第6 883位发生G→C转换,以及第6816处发生碱基A→G突变,并导致编码氨基酸由天冬氨酸（D）转变为甘氨酸（G）;外显子8第10 183 bp处发生A→G碱基突变,编码氨基酸由半胱氨酸（C）变为甘氨酸（G）;④对各标记基因型生长发育指标（体高、体斜长、胸围、管围、体重）进行差异显著性检验,仅HSL基因外显子7上A6816G基因座差异极显著（P﹤0.01）。【结论】麦洼牦牛H-FABP、HSL基因存在遗传多态性,且HSL基因外显子7上A6816G基因座表现的多态有可能作为一种遗传标记。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。     

北极狐GH基因的单核苷酸多态性及其与生长性状的关联性分析

以北极狐的生长激素基因(GH)作为候选基因,以大兴安岭图强林业局狐场提供的北极狐为试验群体,采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了GH基因单核苷酸多态性(SNPs),针对该群体的特点建立合适的统计分析模型,并进行了GH基因多态性与生长性状的相关分析。结果表明,在北极狐GH基因的外显子2、内含子2和外显子3上发现4个多态位点,分别为外显子2上的G81A突变、内含子2上的C186T和T239C突变,以及外显子3上的C583A突变;GH基因C583A多态性与公狐的体长性状显著相关(P0.05)。利用以上点突变对北极狐的体重及皮张长度性状进行标记辅助选择研究,可达到快速选育出优质北极狐的目的。     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

绵羊ACAA1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

为研究绵羊乙酰辅酶A酰基转移酶1(Acetyl-Coenzyme AAcyltransferase 1,ACAA1)基因多态性对绵羊肉质性状的影响。以68只杜泊羊×小尾寒羊杂交后代为研究对象,采用PCR扩增和Sanger测序技术检测绵羊ACAA1基因单核苷酸多态性（SNP）位点。结果显示,绵羊ACAA1基因存在2个SNPs位点：3′非翻译区（UTR）A/G突变,存在3种基因型AA、AG和GG,2个等位基因A和G,其中AG为优势等位基因型,G为优势等位基因;内含子14处C/T突变,存在3种基因型CC、CT和TT,2个等位基因C和T,其中CT为优势等位基因型,C型为优势等位基因;A/G和C/T 2个SNPs位点均处Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;上述2个SNPs位点在该群体内变异较小且均处于中度多态（0.250.05）。ACAA1基因多态性对绵羊肉质性状有一定影响,为后续...