牛HSFl和HSBPl基因多态性分析

利用DNA测序技术对牛HSFl和HSBPl进行SNPs位点扫描,共发现4个新SNPs,包括HSFl 1451(G/T)位点、HSBP1第二内含子324(G/C)、589(C/T)和651(C/G)位点.利用CRS-PCR和PCR-RFLP技术对867头荷斯坦牛、85头鲁西黄牛和28头渤海黑牛进行基因多态性分析.X2检验表明,HSFl 1 451(G/T)位点和HSBPl 589(C/T)位点在荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而HSBPl 324(G/C)和651(C/G)位点的突变在荷斯坦牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05).HSFl 1 451位点(G/T)AA基因型频率最高,优势等位基因为A,而HSBPl 3个SNPs频率最高的基因型分别为AB、AA和BB,589(C/T)位点的优势等位基因为A,而324(G/C)和651(C/G)位点均为B.HSBP1 651(C/G)位点不同基因型的分布在三个牛品种中存在差异,在荷斯坦牛中AA型频率最低,而在鲁西黄牛和渤海黑牛中AA型频率最高,推测该基因型与耐热性有关.该结果将为奶牛耐热分子育种提供理论参考.     

牛HSF1和HSBP1基因多态性分析

利用DNA测序技术对牛HSF1和HSBP1进行SNPs位点扫描,共发现4个新SNPs,包括HSF1 1451(G/T)位点、HSBP1第二内含子324(G/C)、589(C/T)和651(C/G) 位点。利用CRS-PCR和PCR-RFLP技术对867头荷斯坦牛、85头鲁西黄牛和28头渤海黑牛进行基因多态性分析。χ2检验表明,HSF1 1451(G/T)位点和HSBP1 589(C/T)位点在荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而HSBP1 324(G/C)和651(C/G)位点的突变在荷斯坦牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05)。HSF1 1451位点(G/T)AA基因型频率最高,优势等位基因为A,而HSBP1 3个SNPs频率最高的基因型分别为AB、AA和BB, 589(C/T)位点的优势等位基因为A,而324(G/C)和651(C/G)位点均为B。HSBP1 651(C/G)位点不同基因型的分布在三个牛品种中存在差异,在荷斯坦牛中AA型频率最低,而在鲁西黄牛和渤海黑牛中AA型频率最高,推测该基因型与耐热性有关。该结果将为奶牛耐热分子育种提供理论参考。     

荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因PCR-RFLP多态性分析

分别采用HaeⅢ和BstYI内切酶,以PCR-RFLP方法检测了新疆地区引进的澳大利亚荷斯坦奶牛BoLA-DRB3基因的多态性。结果显示:在HaeⅢ酶切分析中检测到6种基因型,3个等位基因,其中基因型AB频率最高,等位基因A为优势基因;在BstYI酶切分析中共检测到3种基因型,2个等位基因,其中基因型AA频率最高,等位基因A为优势基因。经χ2适合性检验,BoLA-DRB3基因的HaeⅢ酶切位点的碱基突变偏离Hardy-Weinberg(P<0.01)平衡状态,而BstYI酶切位点碱基突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

利用PCR-RFLP方法检测中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20多态性

以浙江省金华市伊康乳业奶牛场核心群357头中国荷斯坦牛为试验材料,旨在建立一种中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20的单核苷酸多态性的简便检测方法。首先采用PCR-SSCP检测,结合DNA测序方法对STAT4基因内含子20的遗传多态性进行分析,并根据突变形式将PCR-SSCP检测方法转化为PCR-RFLP检测方法。结果发现STAT4基因内含子20内存在由g.95879 G>A和g.96013 G>C组成的完全连锁的单倍型模块。根据96013 G→C的突变可形成一个SduⅠ酶切多态位点的特性,建立了该单倍型的SduⅠ酶切检测体系。利用该体系检测到中国荷斯坦牛群体STAT4内含子20内存在GGGG,GAGC和AACC 3种不同的基因型,基因型频率分别为0.0784,0.4538和0.4678,而GG和AC基因频率分别为0.3053和0.6947。     

中国荷斯坦牛POU1F1基因第6外显子多态性与产奶性能相关研究

牛POU1F1蛋白对牛乳腺发育有重要作用。哺乳动物上已有很多关于POU1F1基因的研究,但未见该基因对中国荷斯坦牛产奶性能影响的相关报道。作者采用PCR-RFLP技术对182头中国荷斯坦牛POU1F1基因第6外显子的A/G变异进行分析,得到AA、AG和GG基因型频率分别为0.434、0.451和0.115。2χ检验后显示,样本群体符合哈迪-温伯格平衡状态。利用POPgene32软件进行分析表明,该位点多态信息含量属于中度多态。应用SAS 8.1软件的GLM程序进行POU1F1多态性与产奶性状(包括90 d和305 d产奶量、乳脂率、乳蛋白率)关联分析,结果显示GG基因型牛与AA和AG型牛相比,有更高的乳蛋白率(P<0.05);而该位点对乳脂率和产奶量影响不显著(P>0.05)。因此,POU1F1基因的SNP初步可以作为影响中国荷斯坦牛乳蛋白率的实践依据。     

荷斯坦牛leptin基因exon 2突变与泌乳性能的关联分析

leptin蛋白是leptin基因在脂肪组织表达的一种蛋白质,经证实,其基因单核苷酸多态性与奶牛的繁殖力、能量平衡及乳蛋白含量相关。本研究运用PCR-RFLP方法,对荷斯坦牛leptin基因外显子2序列E2JW和E2FB位点进行了突变检测,并分离了基因型,然后应用SAS 8.2软件分析了两个位点突变对泌乳性能的影响。结果发现,E2JW SNP不同基因型对乳脂率(P=0.02)、305d产奶量(P=0.03)的影响显著;E2FB SNP不同基因型对乳蛋白率的影响显著(P=0.04);在分析E2JW SNP和E2FB SNP联合基因型对305 d产奶量的影响中,AB/CC基因型与AA/CC、AA/CD、AA/DD、AB/CD、AB/DD之间存在显著性差异,在对乳脂率的影响中,AA/CD基因型与AB/CD基因型之间存在显著性差异;因此,荷斯坦牛leptin基因E2JW和E2FB位点可以作为影响泌乳性能的两个标记。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区的遗传多态性

【目的】研究中国荷斯坦牛趋化因子受体1基因(Chemokine(C-X-C motif)receptor1,CXCR1)编码区的遗传多态性。【方法】采用巢式PCR、DNA测序和创造酶切位点法,对中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区下游区域的单核苷酸多态位点(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)进行筛查,并对筛查到的SNPs进行群体遗传多态性分析。【结果】发现了819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个SNPs,其中995(A/G)和1008(C/T)为首次报道的多态位点,995(A/G)位点导致第332位的Arg突变为His。CXCR1基因819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个位点在中国荷斯坦牛群体的优势等位基因分别为G、G和C,其等位基因频率分别为0.634 0,0.733 0和0.706 4。经χ2适合性检验,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个位点均表现为中度多态。【结论】中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区的遗传多态性比较丰富。     

中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析

以273头中国荷斯坦牛为研究对象,利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测糖基化依赖细胞粘附分子1（GlyCAM1）基因外显子3、内含子3的遗传多态性。结果表明：GlyCAM1基因分别在外显子3和内含子3的第2081（A/C）、2417（C/T）位存在突变,两位点在牛群中的等位基因频率A/B分别为0.752 5/0.2475,0.904 6/0.095 4;经χ^2适合性检验,
中国荷斯坦牛群2417位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,但2081位点的突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。采用最小二乘法拟合线性模型将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析,结果表明：胎次效应（P〈0.01）、场效应（P〈0.01）和泌乳月（P〈0.05）对乳房炎的影响较大。2081位基因型效应对SCCS的影响达到了显著水平（P〈0.05）,且AA基因型个体的SCS显著低于AB和BB基因型个体（P〈0.05）。     

中国荷斯坦牛LF基因多态性与泌乳性状及乳腺炎的关联分析

乳铁蛋白（Lactoferrin,LF）是保护乳腺组织的防御因子之一,在机体抵抗乳腺炎方面起着重要作用。本研究采用PCR SSCP技术和测序的方法对宁夏农垦303头中国荷斯坦牛的LF基因进行了遗传多态性分析,利用一般线性模型分析LF基因g.4388G>C位点突变对日产奶量、测定日乳脂率、测定日乳蛋白率及体细胞评分4个泌乳性状的影响。结果显示,LF基因g.4388G>C突变位点与日产奶量、乳脂率和体细胞评分值存在显著关联（P<0.05）。多重比较结果表明,GC基因型个体的体细胞评分（SCS）值极显著低于GG和CC基因型个体（P<0.01）,因此,可尝试将GC基因型作为乳腺炎抗性的优良基因型应用于奶牛育种中。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析（摘要）（英文）

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440 bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型：AA型（1条带：440 bp）、AB型（3条带：440、282、158 bp）、BB型（2条带：282、158 bp）;基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B 2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。     

秦川牛及其杂种牛POU1F1基因多态与生长性能相关性

 本研究首次利用PCR-RFLP技术研究相同季节4月（±10 d）龄纯种秦川牛（QQ）及杂种牛秦安（AQ）、秦德（DQ）、秦利(LQ) 4个群体164个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明， QQ及AQ、DQ、LQ群体POU1F1-HinfI基因座的451 bp 的PCR产物被限制性酶HinfI消化后表现多态性，它们的等位基因A/B频率分别为：0.232/0.768、0.333/0.667、0.178/0.822和0.181/0.819，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时，4个群体POU1F1基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明，4个群体内AB、BB基因型个体在胸围、十字部高指标上显著高于群体AA型个体（P＜0.05），即BB、AB＞AA（P＜0.05），可作为秦川牛体尺指标(胸围、十字部高)候选基因之一。但在体长指标上均无显著差异（P＞0.05），所以不宜作为体长指标候选基因。初步认为BB基因型为优势基因型，相应地B为优势等位基因，对选择有正向效应。     

中国荷斯坦牛HSF1基因microRNA SNPs 与耐热性能的相关性研究

 【目的】分析638头中国荷斯坦牛HSF1基因多态性与耐热性的关系,以期为中国耐热奶牛分子育种提供参考依据。【方法】设计引物扩增HSF1基因,通过DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术筛查SNPs并分型,利用miRBASE数据库定位microRNA SNPs,利用SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型构建,利用SAS软件对不同基因型和单倍型组合个体耐热指标包括红细胞钾浓度、产奶量下降率、直肠温度和耐热系数进行相关分析。应用荧光定量RT-PCR技术研究热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平。【结果】发现2个microRNA种子序列新 SNPs,T909C和G4693T。其中909位碱基距离microRNA种子序列5'端3 bp,4 693位突变直接使microRNA种子序列破坏。909位点CC、CT基因型奶牛耐热性能显著高于TT基因型（P＜0.05）;4693位点TT基因型奶牛耐热性能显著高于GG基因型（P＜0.05）。共构建出4种单倍型、发现10种单倍型组合。其中H2H4单倍型组合红细胞钾浓度和直肠温度显著低于H1H3单倍型组合（P＜0.05）,耐热系数显著高于H1H3组合（P＜0.05）,H2H4组合个体产奶量下降率显著低于H1H1组合个体（P＜0.05）,H2H4为耐热单倍型组合。热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平在不同组织中存在差异,在心脏中最高,是肌肉中的11.24倍（P＜0.05）。【结论】HSF1基因microRNA SNPs可作为奶牛抗热应激的候选分子标记应用于育种实践。     

藏猪生长激素基因(pGH)多态性研究

猪生长激素基因(pGH)是猪生长发育性状重要的候选基因之一。采用PCR-RFLP技术检测藏猪pGH基因+159~+734 bp片段的DraI、ApaI和MspI酶切多态性。结果显示,藏猪群体中DraI酶切全部切开,无多态;ApaI酶切具有4个等位基因,出现5种基因型,其中CC基因型(299A/432C)频率最高,为0.7857;藏猪群体MspI酶切出现3种基因型,杂合性CT基因型频率最高,为0.5089,等位基因C和T频率分别为0.5580和0.4420。经比较,藏猪pGH基因DraI酶切位点与其他猪种一样无多态性,而ApaI酶切出现了特异的432突变位点,MspI酶切等位基因分布相对均衡,表现出与其他猪种的差异。     

荷斯坦母牛TLR1基因多态性及其与体细胞评分关系

 【目的】阐明Toll-like receptor 1（TLR1）基因多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系,为奶牛乳房炎抗性的标记辅助选择提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和PCR-RFLP检测208头荷斯坦母牛TLR1基因多态性,用最小二乘法分析基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分（somatic cell score,SCS）的关系。【结果】TLR1基因mRNA序列中存在G1409A、A1475C、G1550A和G1596A 突变位点,其中G1596A突变使异亮氨酸变为缬氨酸;G1409A突变位点经BsiYⅠ酶切产生2种基因型AA和AB,频率分别为0.375和0.625,χ2检验表明荷斯坦母牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;AA和AB基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;A1475C突变位点经BstXⅠ酶切产生2种基因型CC和CD,频率分别为0.178和0.822,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;G1550A突变位点经BsiYⅠ酶切产生3种基因型EE、EF和FF,频率分别为0.236、0.370和0.394,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE、EF和FF基因型SCS最小二乘均值差异均不显著（P＞0.05）;G1596A突变位点经BclⅠ酶切产生3种基因型GG、GH和HH,频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;HH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GH基因型所对应的值（P＜0.01）,极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.0001）;GH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.01）。【结论】对奶牛乳房炎抗性,HH是最有利基因型,GG是最不利基因型,初步证明TLR1基因G1596A多态位点的H等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记。     

中国荷斯坦牛IRAK2基因遗传多样性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】研究中国荷斯坦牛白细胞介素1受体相关激酶2(IRAK2)基因上5个SNP位点的多态性与奶牛体细胞评分（SCS）的相关性,为奶牛抗乳腺炎育种提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP技术、CRS-PCR技术和DNA测序,对1 292头中国荷斯坦牛、129头鲁西黄牛、32头渤海黑牛IRAK2基因g.28879、g.28916、g.29212、g.40035和g.40120共5个SNP位点进行研究,通过SAS软件进行相关性分析并采用SHEsis软件进行单倍型分析。【结果】共构建出30种单倍型,发现71种单倍型组合;对个体数量大于8头的单倍型组合与SCS进行关联分析表明,H21H23(TTAGGCTCCC)单倍型组合SCS最低。各个位点基因型与SCS关联分析表明,28 879突变位点的CC基因型个体SCS显著低于CT基因型个体(P＜0.05),28 916突变位点的GG基因型个体SCS显著低于AG基因型个体(P＜0.05),而其它3个位点不同基因型之间与SCS没有显著差异(P＞0.05)。【结论】H21H23单倍型组合在SCS方面为有利单倍型组合,可作为选择抗乳腺炎奶牛个体的分子遗传标记。     

6个猪群Lpinl基因多态性分析

试验采用PCR-RFLP方法检测了猪Lpinl基因第2外显子C93T突变在6个猪群中的多态性分布.结果表明,经TapⅠ酶切后发现了CC、TC和TT 3种基因型.在6个猪群中C均为优势等位基因,CC为优势基因型.x2检验发现,基因型分布在莱芜猪、沂蒙猪、杜洛克、大约克和长白猪群均达到了哈代-温伯格平衡(P＞0.05),里岔猪未达到哈代-温伯格平衡(P＜0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P＜0.01).群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在1.000～1.4808;多态信息含量里岔猪为0.2720,属于中度多态,其余猪群均低于0.25,为低度多态.