猎豹狮弓蛔虫线粒体cox1基因的序列测定及系统发育分析

以来源于湖南省长沙生态动物园猎豹体内的狮弓蛔虫为研究对象,利用保守引物,通过聚合酶链反应(PCR),扩增猎豹狮弓蛔虫线粒体细胞色素c氧化酶I亚基基因(cox1)部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建与其他相关蛔虫的进化关系。将获得的序列,用Clustal X 1.83程序进行比对,用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。结果显示:样品pcox1序列长度均为367 bp,种内相对保守(1.4%～6.8%),种间变异显著(9.7%～21.4%);种系发育关系指示,猫科动物狮弓蛔虫分离株位于同一分支,犬科动物狮弓蛔虫分离株位于另一分支。由于狮弓蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为狮弓蛔虫种间遗传变异研究的标记。     

基于12S rRNA基因序列的犬弓首蛔虫种系发育关系分析

本次研究旨在分析河南省不同地区犬弓首蛔虫分离株线粒体12S rRNA部分基因序列(plastiosome 12S rRNA,p12S rRNA)的遗传变异情况。通过PCR技术对犬弓首蛔虫p12S rRNA序列进行扩增并测序,应用Clustal X 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示,所获得的18个犬弓首蛔虫分离株p12S rRNA序列长度为497~499 bp。种系发育分析结果显示,所有的犬弓首蛔虫分离株与已知犬弓首蛔虫位于同一分支,与其他蛔虫所属分支相隔较远。犬弓首蛔虫p12S rRNA序列种内相对保守,而种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为犬弓首蛔虫的分类与流行学调查奠定了基础。     

西昌市鸡蛔虫线粒体cyt b和nad1基因的遗传变异分析

为研究西昌市鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发生关系,用线粒体细胞色素b(cyt b)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ(nad1)基因全序列分析了17个鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异,并用cyt b和nad1序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的种系发育关系。测序结果显示:17株鸡蛔虫cyt b和nad1全序列长度分别为1 104 bp和876 bp,碱基变异率分别为02.4%和02.3%;分别检测到10个和7个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.897±0.056和0.824±0.064,核苷酸多样性分别为0.004 70±0.001 61和0.004 21±0.001 65,平均遗传距离分别为0.005和0.004。构建的种系发育树均显示17个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且cyt b基因比nad1基因更适合作为研究鸡蛔虫种内遗传变异的分子标记。     

犬弓首蛔虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明我国犬弓首蛔虫(Toxocara canis)湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用其与其它弓首蛔虫的pcox1序列构建进化关系。应用PCR扩增犬弓首蛔虫虫株的pcox1,将所获得的序列应用Mafft 7.122程序进行比对,然后用Phy ML 3.1程序ML法绘制种系发育树。本实验扩增所获得的pcox1序列长度一致,均为394 bp,种内变异在0~2.5%之间,种间差异为8.2%~11.6%。种系发育分析结果表明,12个犬弓首蛔虫分离株位于同一分支。由于犬弓首蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间鉴定检测研究的遗传标记,本研究结果为犬弓首蛔虫的分类、鉴定和群体遗传结构奠定了基础。     

豆状带绦虫线粒体rrnL和nad5基因的克隆及种系发育研究

本研究旨在阐明中国豆状带绦虫囊尾蚴河南分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)部分序列(prrnL)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的遗传变异情况,并用prrnL和pnad5序列重构豆状带绦虫与其他带科绦虫的种系发育关系。采用聚合酶链式反应(PCR),扩增豆状带绦虫囊尾蚴分离株的线粒体prrnL和pnad5,将所测的序列用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树,利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析。所获得的豆状带绦虫线粒体prrnL长度约为847 bp,pnad5为602 bp。所获rrnL序列与GenBank中豆状带绦虫相应序列的相似性为99.1%~100%,nad5为99.2%~100%;河南分离株之间rrnL序列的相似性为99.65%,nad5为99.5%;与GenBank中其他带科绦虫序列的相似度rrnL低于83.4%,nad5低于85.7%。种系发育分析结果表明,所有豆状带绦虫分离株和已知豆状带绦虫位于同一分支。由于豆状带绦虫分离株的线粒体rrnL和nad5基因序列种内很保守,种间差异较大,故可作为带科绦虫种间遗传变异研究的标记。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

两种野生动物蛔虫线粒体cox1基因序列差异性研究

分离到湖南长沙生态动物园白狮和猎豹的两种野生动物蛔虫样本,对这两种蛔虫线粒体DNA(rDNA)中细胞色素I(cox1)序列进行扩增测序,并与Gen Bank中收录的猫弓首蛔虫、狸猫弓首蛔虫、犬弓首蛔虫、狮弓蛔虫和猪蛔虫cox1序列进行比较。结果显示:来自长沙生态动物园的白狮和猎豹蛔虫cox1序列长度均为415 bp;与Gen Bank收录JF780951. 1(狮弓蛔虫)序列用Blast软件比较,发现极少数的碱基置换、颠换、缺失及无差异。利用DNAStar 5. 0的MegAlign软件差异性分析显示,白狮蛔虫(WL1、WL2)基因序列和猎豹蛔虫(CH1、CH2)基因序列与JF780951. 1(狮弓蛔虫)序列的平均差异分别为4. 05%和2. 5%。而样品序列与其他序列相比差异均在10. 1%以上。因此,这2种动物4个蛔虫样品种内差异小,种间差异大,同是狮弓蛔虫。     

湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。     

羊毛尾线虫线粒体nad4基因的序列变异分析

本研究旨在阐明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体NADH脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)的遗传变异情况, 并用pnad4序列构建其与其他鞭虫的进化关系。应用PCR扩增羊鞭虫虫株的pnad4,将所获得的序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。本试验扩增所获得的pnad4序列长度一致,均为827 bp,种内变异在0~1.5%之间。种系发育分析结果表明,12个羊鞭虫分离株位于同一分支。由于羊鞭虫nad4序列种内相对保守,种间差异较大(37.8%~45.6%), 故可作为种间鉴定检测研究的遗传标记, 本研究结果为进一步研究羊鞭虫的群体遗传结构奠定了基础。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析

利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。