玉米内州萎蔫病菌荧光重组酶介导等温扩增检测方法的建立

玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis)是进境玉米重要检疫性病原物之一。通过分析比较玉米内州萎蔫病菌的纤维素酶基因celB,筛选出独特和保守的基因序列用于设计引物和探针,利用重组酶介导等温扩增技术(recombinase-aided amplification,RAA)建立玉米内州萎蔫病菌的荧光RAA检测方法。以celB基因序列作为靶标序列设计出引物2F、6R和探针P,建立了玉米内州萎蔫病菌荧光RAA检测方法,该方法在39 ℃恒温条件下,20 min内可完成检测反应,特异性好,且灵敏度高达130 fg·μL^-1,利用该方法检测4份玉米模拟样本阳性,8份玉米真实样品阴性,检测结果与参照国家标准GB/T 36840—2018一致。结果表明,建立的荧光RAA检测方法快速、特异、灵敏,能够满足现场检测要求。     

菜豆萎蔫病菌的PCR检测技术

根据在GenBank已登录的萎蔫短小杆菌(Curtobacterium flaccumfaciens)的基因间重复序列，用DNAman5．0软件比较同源性，设计了一对引物CffF1和CffR2，并以菜豆萎蔫病菌的基因组DNA为模板进行扩增，得到了一段长280bp的PCR特异产物。参试的其他属如棒形细菌属(Clavibacter)、节杆菌属(Arthrobacter)、拉氏杆菌属(Rathayibacter)、红球菌属(Rhodococcus)细菌和萎蔫短小杆菌的其他致病变种(Cur．f.pv．oortii、Cur.f.pv．poinsettiae、Cur．f.pv．betae)，以及其他植物病原细菌的基因组DNA均无扩增产物。该检测方法特异性强、灵敏度高，在100Pg的基因组DNA浓度下仍能检测到很强的条带。     

番茄溃疡病菌LAMP快速检测方法的建立

以SYBR Green I为指示剂,建立了番茄溃疡病菌的环介导等温扩增可视化快速检测方法。根据番茄溃疡病菌特异的核糖体转录间隔区序列设计了4条引物进行LAMP扩增,通过对体系中各成分进行优化,最终确定25μL反应体系中模板200ng,MgSO4的适宜浓度为3.0mmol/L,Bst DNA聚合酶2U,dNTPs的适宜浓度为0.3mmol/L,外引物与内引物之比为1∶3时扩增效果较好,在65℃最佳反应时间为40min。在优化的体系条件下,获得的反应产物经SYBR Green I染色后,肉眼观察检测灵敏度可达到50CFU/mL,且对番茄溃疡病菌的检测具有高度的特异性。结果表明,该方法快速、准确、灵敏、特异,具有良好的实用性。     

以cytC基因为靶标的LAMP快速检测番茄溃疡病菌方法的建立

以番茄细菌性溃疡病病菌的特异性基因cytC为检测靶标,以番茄溃疡病病菌等8种病原细菌为供试菌株.根据检测靶标设计环介导等温扩增(LAMP)引物并进行特异性和灵敏度检测.结果显示,引物cytC-170能特异性检测出番茄溃疡病病菌,检测灵敏度高达5×105 copy/μL,环引物的加成将试验进程缩短为33.06 min,使...     

玉米植株不同部位青枯病菌的检测

一般认为，玉米青枯病病原主要是从根部侵染而后向地上部扩展，继而导致发病。但作者在研究中发现一些没有发病的植株茎节也可分离到病原菌。为进一步证实这一现象，作者通过对不同的发病时期和部位进行了观察。发病时期分为发病前、正发病和已发病（l周左右）3期；分离部位分为地上第一望节和节间，第二茎节和节间。试验用玉米琼脂培养基分离培养，24h后观察结果。观察发现，玉米青枯病各病原菌的分离频率随分离部位、分离时间和品种的不同而有变化。不同分离节位相比较，镰刀菌在节上的分离频率高于节间髓部，第一节高于第二节；腐霉在节…     

冻鸡肉中金黄色葡萄球菌LAMP快速检测方法的建立

[目的]建立冻鸡肉中金黄色葡萄球菌的LAMP检测方法。[方法]根据金黄色葡萄球菌特异性耐热核酸酶基因序列设计2对引物,建立LAMP检测方法,并用于检测采购自贵阳市各大超市的冻鸡肉样品。[结果]设计合成的2对引物和建立的LAMP方法检测金黄色葡萄球菌具有良好的特异性,反应体系的灵敏度为65 CFU/m L。检测采购自贵阳市各大超市和经人为污染的264份冻鸡肉样品分别用LAMP方法检测,并用国标方法检测验证,其特异性为95.2%,准确度为97.3%。[结论]该研究建立的方法为实现在冻鸡肉中金黄色葡萄球菌的快速检测奠定了良好的基础。     

猪细小病毒LAMP检测方法的建立

 【目的】建立一种快速、敏感、特异的检测猪细小病毒(PPV)环介导等温扩增(LAMP)方法,为诊断猪细小病毒提供准确可靠工具。【方法】根据GenBank公布的PPV序列,在其保守序列区域设计了多套LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪监测反应进程并筛选最佳引物、反应条件,建立了对PPV病毒DNA进行特异扩增的 LAMP检测方法,并可通过加入SYBR Green I肉眼判断结果。【结果】该方法在63℃恒温下作用45 min,PPV病毒DNA获得了高效率的特异性扩增;其检出限量为0.23 TCID50,敏感性高;在反应结束后加入SYBR Green I肉眼判断结果,与Real Time Turbidimeter LA-320仪监测结果一致。通过对20份临床样品的LAMP检测与免疫荧光鉴定、PCR方法比对,符合率均为20/20。【结论】本研究建立的PPV LAMP检测方法具有快速、特异、灵敏,操作简单、设备要求低的特点,适合用于临床PPV快速检测。     

苜蓿根腐病菌(Fusarium solani)的LAMP快速检测方法

通过比较茄镰刀菌(Fusarium solani)与其近缘种之间的TEF-1α(translation elongation factor-1 alpha)基因序列差异,设计并筛选出一套对茄镰刀菌具有种特异性的LAMP引物,建立了检测苜蓿根腐病菌的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)技术体系,并进行了特异性和灵敏度验证。该方法在64℃等温条件下进行核酸扩增反应60 min,即可肉眼根据反应液颜色变化判定扩增产物。在特异性实验中,仅茄镰刀菌的DNA在检测后呈绿色的阳性反应,而其它供试菌株的DNA均呈橙色的阴性反应。该方法对目标病菌DNA的最低检测限为10 fg/μL,同时还可检测出苜蓿发病组织中的目标菌,因此,该方法具有快速、准确和灵敏的优点。     

苜蓿根腐病菌(Fusarium solani)的LAMP快速检测方法

通过比较茄镰刀菌(Fusarium solani)与其近缘种之间的TEF-1α(translation elongation factor-1 alpha)基因序列差异,设计并筛选出一套对茄镰刀菌具有种特异性的LAMP引物,建立了检测苜蓿根腐病菌的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)技术体系,并进行了特异性和灵敏度验证。该方法在64℃等温条件下进行核酸扩增反应60 min,即可肉眼根据反应液颜色变化判定扩增产物。在特异性实验中,仅茄镰刀菌的DNA在检测后呈绿色的阳性反应,而其它供试菌株的DNA均呈橙色的阴性反应。该方法对目标病菌DNA的最低检测限为10 fg/μL,同时还可检测出苜蓿发病组织中的目标菌,因此,该方法具有快速、准确和灵敏的优点。     

LAMP检测沙门氏菌方法的建立

环介导等温扩增(LAMP)是利用设计的4条特殊引物和具有链置换活性的DNA聚合酶,在恒温条件下特异、高效、快速地扩增DNA的新技术。研究选取沙门氏菌编码DNA解旋酶B亚单位的gyrB基因设计了1套引物,总反应体系25μL,63℃恒温1 h,用LAMP对9株沙门氏菌属扩增的结果均为阳性,而大肠杆菌O216等7株致病菌株扩增的结果均为阴性;LAMP的灵敏度为6.8×101cfu/mL。LAMP检测方法更快速、灵敏,有着较为广泛的发展前景。     

番茄溃疡病一步法快速检测技术研究

对番茄细菌性溃疡病菌进行种子带菌的模拟检测试验.对用菌液处理过的种子进行简单抽提和纯化,不经过DNA提取而以抽提和纯化的病原菌为模板直接进行一步法PCR检测,对纯菌液Direct-PCR 最低检出限为2 600个细菌/ml,而Nested-PCR最低检出限可达到13个细菌/ml;对种子提取液,Direct-PCR不能检出,而Nested-PCR最低检出限可达到3×105个细菌/ml.一步法Nested-PCR可在12 h内对番茄种子携带的番茄溃疡病菌进行准确的定性鉴定.并且方法方便快速,成本低,灵敏度高,适用于种子携带番茄溃疡病菌的快速鉴定.     

番茄溃疡病菌实时荧光PCR快速检测方法研究

根据番茄溃疡病菌ITS(16S~23SrDNA间隔区)基因序列,设计并合成了荧光PCR检测引物(Fan1和Fan2)及特异性检测探针(Fanprobe),对番茄溃疡病菌和非番茄溃疡病菌的标准菌株实时荧光PCR反应。结果表明,番茄溃疡病菌PCR产物出现强烈的特异杂交信号,而非番茄溃疡病菌均未出现特异荧光信号,证明这对引物及探针具有番茄溃疡病菌鉴定特异性。将番茄溃疡病菌DNA做梯度稀释,测定该检测体系的敏感度,结果表明,此体系可检出52.3 fg/μL的模板。     

应用分子生物学方法快速检测番茄溃疡病菌的研究

根据番茄溃疡病菌的tomA基因序列,设计并合成了特异性PCR检测引物,对番茄溃疡病菌和非番茄溃疡病菌的标准菌株进行了PCR扩增反应。结果,番茄溃疡病菌的PCR产物出现301bp的特异性扩增条带,而非番茄溃疡病菌均未出现扩增条带,证明这对引物具有番茄溃疡病菌鉴定特异性。将分离的番茄溃疡病菌做梯度稀释,测定该检测体系的敏感度。结果表明,此体系可检出106CFU/mL番茄溃疡病菌菌液提取的模板。     

番茄溃疡病菌分子检测技术

对中国三类检疫性有害生物番茄溃疡病菌(Clavibactermichiganensissubsp.michiganensis)进行PCR检测方法的研究。利用1对特异性引物ClaF1ClaR2,对5个番茄溃疡病菌进行特异性扩增,得到了一段长250bp的PCR产物,参试的其他棒形细菌以及其他属的植物病原细菌均无扩增产物。该检测方法特异性强、灵敏度高,在50pg的模板DNA浓度下还能检测到很强的条带。利用此引物可以检测到1×105个菌体。     

番茄溃疡病菌检测技术研究进展

概述了几种常见的番茄溃疡病菌检测技术,包括血清学检测技术、PCR技术、实时荧光PER技术、Rep—PCR技术、核酸分子杂交检测技术,并对番茄溃疡病检测技术进行了展望。     

基于锁式探针的番茄溃疡病菌实时荧光PCR快速检测

【目的】从口岸进境番茄种子中检测番茄溃疡病菌（Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis,CMM）,一直以来都受检测周期的限制,快速、特异地从种子中检测该病原细菌需要新的方法。研究在锁式探针扩增方式上,选择连接酶依赖的PCR扩增方式,并结合实时荧光PCR技术,旨在建立番茄溃疡病菌基于锁式探针技术的实时荧光PCR快速检测方法,为口岸番茄种子快速检疫提供技术支持。【方法】根据番茄溃疡病菌的一段特异基因Pat-1序列,设计锁式探针的T1和T2臂,使之与CMM的特异性片段碱基序列互补,再按照锁式探针的设计原则设计锁式探针和扩增引物以及荧光探针。试验时,先将锁式探针与CMM以及参照菌株的DNA模板在DNA连接酶作用下分别进行环化连接,再用核酸外切酶Ⅰ和核酸外切酶Ⅲ消化未环化的线性锁式探针,最后以环化的锁式探针为模板,在扩增引物的作用下进行实时荧光PCR试验。建立CMM基于锁式探针技术的实时荧光PCR检测方法,分别比较该方法的特异性和灵敏度与常规PCR方法的差异,并用该方法对收集的来自日本、韩国和中国台湾的番茄种子以及国内采集的共45份样品进行检测。【结果】基于锁式探针技术的实时荧光PCR检测方法能够从供试的菌株中特异性地检出CMM,在供试的10种菌株中,只有靶标细菌能被特异性地检测到阳性,空白对照和其他参试菌株均没有荧光信号的增加,检测为阴性。比较该检测方法与常规PCR方法,其特异性和常规PCR方法一致。该检测方法检测灵敏度高,DNA最低浓度检测为50 fg•μL-1,而常规PCR方法检测DNA最低浓度为5 pg•μL-1,灵敏度高于常规PCR两个数量级。对收集的样品进行检测,结果显示,45份样品中共有5份样品CMM检测结果为阳性,分别是日本的番茄种子样品2份（编号Jap1214、Jap1102）,永泰采集的样品2份（编号为Yongt1001、Yongt1002）和闽清采集的样品1份（编号为Minq1001）。【结论】建立的基于锁式探针技术的荧光PCR方法具有高度的特异性和灵敏度,应用该检测方法对收集的进境番茄种子进行检测,可以直接从番茄种子中检测到CMM,该方法适合口岸番茄种子CMM的快速检测,有较好的口岸检疫实际应用价值。     

玉米细菌性枯萎病和玉米内州萎焉病的酶联免疫—实时荧光PCR检测

针对玉米细菌性枯萎病和玉米内州萎焉病这两种检疫性病菌进行酶联免疫—实时荧光PCR检测研究,对该方法进行了特异性、灵敏度以及实际样品模拟试验。结果表明,该方法具有较好的特异性,检测低限在100~200 cfu·mL-1,同时可用于实际样品的检测鉴定。     

番茄细菌性溃疡病研究进展

 根据国内外近年来番茄溃疡病的研究概况,对番茄溃疡病的历史、主要症状、病原菌的分类地位及生物学特性、病原菌的分离、检测和鉴定技术、病害的田间发生、流行条件及防治方法进行了综述,分析了我国加入世界贸易组织后实施《卫生与植物卫生措施协定》以及农产品安全条例等,认为做好番茄溃疡病风险性分析、监测国际种子贸易传入该病害的可能性非常重要,同时提出了今后加强番茄溃疡病研究的主要方向。     

云南省马铃薯环腐细菌鉴定

 报道对云南省陆良县引起马铃薯植株萎蔫和块茎维管束环状腐烂的病原菌从致病性、形态学、培养形状、运动性、生理生化测定等方面进行的鉴定,确定该菌为马铃薯环腐菌（Clavibacter michiganensis subsp.sepedonicus）。