四引物扩增受阻突变体系PCR及其在水稻遗传育种研究中的应用

介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR技术,阐述了该SNP基因分型技术的引物设计和反应体系优化方法,综述了该技术在水稻遗传育种研究中的应用,旨在推广这一简单、高效SNP基因分型技术。     

One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

巴什拜羊群体双肌基因基因型检测

[目的]通过对巴什拜羊SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础.[方法]绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30;,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名SNPCLPG)突变所产生的.为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应一单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,以巴什拜羊作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测.[结果]获得了预期的扩增片段,并检测到了基因多态性,但未检测到CLPG基因型特征的SNPCLPG突变(A→G).[结论]被检测的巴什拜羊群体中该区域没有发现A→G的单核苷酸多态性标记突变.     

濒危植物黑牡丹KASP鉴定方法的建立

为了建立濒危植物黑牡丹的KASP鉴定方法,选取6种13份岩牡丹属植物样品为材料,根据磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)基因上的单核苷酸多态性(SNP)位点,设计黑牡丹特异性KASP引物,用于PCR扩增。结果表明,通过PEPC序列的SNP位点所设计的KASP引物可以在黑牡丹与其近似种之间形成明显的基因分型,能够将其与同属近缘种及其他仙人掌科物种准确地区分开来,可用于黑牡丹的真假鉴定及进出境口岸濒危物种的查验鉴定。     

荧光定量PCR技术优化及在草莓上的应用

[目的]为优化荧光定量PCR技术体系并在草莓研究中应用.[方法]以二倍体草莓(Fragaria vesca‘Ruegen’)为试材,草莓当中两个β-肌动蛋白基因家族成员Actin1和Actin2为内参基因,对比分析10 μL和20 μL反应体系条件下荧光定量PCR扩增反应.[结果]内参基因引物组合Actin1的扩增效率等指标优于Actin2;10μL反应体系中的扩增效率等指标优于20 μL反应体系;内参基因Actin1在10 μL反应体系下是草莓最优的荧光定量PCR技术体系.[结论]优化了草莓荧光定量PCR体系并应用该技术体系检测了草莓CrRLK1Ls家族成员的时空表达情况.     

利用等位基因特异性PCR检测水稻可溶性淀粉合酶基因的单核苷酸多态性

单核苷酸多态性(SNP)广泛分布于水稻基因组中,SNP分型已成为水稻遗传作图、关联分析、资源鉴定和分子标记辅助选择等研究的重要技术.本文选择水稻可溶性淀粉合酶基因SSⅢa的12个SNP位点,研究了利用等位基因特异性PCR法检测SNP的可行性.按照等位基因特异性PCR原理设计引物3'末端碱基,并根据每个SNP位点引物3'端的错配类型,在上游引物3'末端第3位引入不同的错配碱基,结果均获得了很好的扩增特异性,PCR检测结果与测序结果吻合.表明,等位基因特异性PCR是一种简便、快捷、可靠和低成本的SNP分型方法,可有效应用于水稻可溶性淀粉合酶基因的种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种等相关研究.     

肉品中两种致病菌的双重PCR快速检测技术的研究

[目的]建立一种同步检测肉品中金黄色葡萄球菌与沙门氏菌的双重聚合酶链式反应.[方法]采用7.5;氯化钠肉汤和GN增菌剂分别对金黄色葡萄球菌、沙门氏菌进行增菌,根据金黄色葡萄球菌的femA基因与沙门氏菌的invA基因设计引物,通过PCR反应对目标基因进行扩增,并对反应体系进行优化.[结果]特异性实验显示引物特异性良好,经双重体外扩增体系优化显示条带清晰,无非特异性的扩增条带.[结论]双重PCR是一种灵敏度高的快捷检测方法,可为这两种致病菌的同时检出提供新途径.     

新疆野苹果S基因特异性PCR体系优化

[目的]构建适合新疆野苹果自交不亲和基因的PCR扩增程序的优化体系.[方法]采用单因素比较试验,对影响S-RNase基因PCR反应体系的6个主要因素进行梯度扩增.[结果]在20μL的PCR总反应体系中,Mg2+的最适浓度为2.5 mmol/L,dNTP的最适浓度为0.2 mmol/L,引物的最适浓度为0.5mmol/L,TaqDNA聚合酶的最适用量为0.75 U,模板DNA的最适用量为800 ng,最适退火温度为49℃.[结论]利用优化的扩增体系在99个新疆野苹果都获得了有效扩增,证明该体系为进行新疆野苹果S基因PCR扩增的最佳体系,具有良好的稳定性.     

基于聚丙烯酰胺凝胶电泳的棉花EcoTILLING技术体系创建

以棉花纤维发育相关基因GhSUS1为目标基因,从EcoTILLING技术中常用的关键酶CELⅠ的提取、活性检测、目标基因引物设计及酶切等方面入手,开展了棉花EcoTILLING技术体系的创建研究。结果表明:所提取的CELⅠ活性高,稳定性好。在42℃、酶切体系为8μL PCR扩增产物中加入2μL粗酶液,与缓冲液等量混合,酶切45 min,能有效地对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)所在的异源双链错配位点进行酶切。对棉花GhSUS1基因设计A和D染色体亚组特异性引物进行等位基因的多态性分析,结果表明:EcoTILLING结果与测序结果一致,说明建立的基于PAGE的Eco-TILLING技术体系稳定可靠,可用于棉花复等位基因发掘研究。