不同PCR程序对甜菜DAMD引物扩增效果的影响

为了开发甜菜品种高效鉴定的DAMD-PCR分子标记技术,优化相应的检测技术流程。利用6种DAMD引物,以8个不同甜菜品种的DNA为模板,分别采用常规PCR扩增程序和touchdown PCR(TD-PCR)扩增程序对模板进行扩增。扩增产物利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,经银染后观察不同PCR程序对甜菜DAMD引物扩增效果的影响。结果表明,TD-PCR扩增程序扩增效果明显好于常规PCR扩增程序,条带明亮、清晰,非特异性条带数量明显减少。推荐在甜菜DAMD引物的扩增中使用TD-PCR扩增程序。     

甜菜分子标记InDel-PCR引物的筛选

为了筛选出适合甜菜分子标记的InDel引物以及利用InDel引物构建能够扩增多重InDelPCR反应的引物,以提高甜菜InDel-PCR扩增的效率,利用8个甜菜品种的DNA对300对甜菜InDel引物进行筛选,结果筛选出多态性较好、条带清晰、易于识别的甜菜InDel引物44对,这44对引物共扩增出总条带116条,其中多态性条带109条,多态性比率为94%;其中有37对引物扩增的总条带为2或3条,可以作为将来多重InDel引物的首选;又从中筛选出7对多重InDel引物:ND228、ND31、ND267、ND229、ND66、ND231、ND22。     

利用ISSR构建甜菜品种指纹图谱

为了快速、准确鉴定甜菜品种,采用ISSR分子标记对39个甜菜品种进行扩增并构建其指纹图谱。利用8个不同的甜菜品种DNA进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出4条扩增条带清晰、多态性好的引物,对39个甜菜品种进行PCR扩增,构建甜菜品种指纹图谱。结果表明,2条ISSR引物ISSR826和ISSR827扩增条带多态性为71.4%～90.0%(平均85.2%),利用该2条构建的指纹图谱就可以完全区分39个甜菜品种的真实性和纯度。甜菜品种指纹图谱的构建为甜菜品种的鉴定、区分,为科学、快速、高效鉴定甜菜品种,保护科研工作者以及农民的利益提供理论依据。     

杂交水稻种子纯度分子鉴定技术研究

为了鉴定杂交水稻种子的纯度,用49条ISSR引物时供试的5组三系杂交水稻F1和父母本进行扩增,结果28条引物能扩增出DNA带,随机选取其中3条引物用于指纹分析,3条ISSR引物共扩增出32条DNA带,其中多态性条带为27条,并将这些多态性条带进行聚类分析。     

利用SCoT引物鉴别15个甜菜品种

为了探讨利用SCoT引物鉴别甜菜品种的可能性,利用3个多态性较好的SCoT引物对15个已经登记的甜菜品种进行扩增。结果表明3条引物SCoT2、SCoT12和SCoT21均表现出了很好的多态性,利用特征谱带法,SCoT12和SCoT21这两条引物单独使用均可鉴别全部的15个甜菜品种,而SCoT2也可以鉴别除了2号和9号以外的其它13个品种。利用SCoT分子标记技术可以实现较少引物快速鉴定甜菜品种真实性的目的,为保护甜菜育种家以及农民的利益,促进我国甜菜产业的健康发展发挥重要的作用。     

云南紫稻细胞质无花粉型三系及杂种F1的AFLP指纹图谱的构建与分析

利用AFLP分子标记对云南紫稻细胞质无花粉水稻三系及杂种F1进行了指纹图谱的构建与比较分析。从14对引物中筛选出8对具有明显多态性的引物。天香018（天香A×珞恢018)材料组（不育系、保持系、恢复系及杂种F1）共扩增出179条带,其中有52条多态性谱带,占总带数的29.05％,平均每对引物可以扩增出6.50条多态性谱带;天香806(天香A×珞恢806)材料组(不育系、保持系、恢复系及杂种F1）共扩增出177条带,其中有50条差异带,占总带数的28.25％,平均每对引物可以扩增出6.25条多态性谱带。特别明显的是在引物对E ATG/M CAC的扩增中,在AFLP指纹图谱中出现两条特征带（a带和b带）,为保持系所特有,能够明显区别于不育系、恢复系和F1。在另外一些引物对中也观察到不育系与保持系之间的差异带。     

我国甜菜多倍体品种的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对15个甜菜多倍体品种进行了遗传分析。从以前在甜菜中使用过的14个随机引物中筛选出具有非常明显多态性的引物8个,它们在多倍体品种间共扩增出47条不同位置的带,平均5.9条,特异带32条,特异带比率为68%;两个“双引物”共扩增出10条带,公共带仅1条,多态性频率高达90%。15份材料的遗传相似系数在0.75￣0.99。经聚类分析,可将这些材料分成5个组。RAPD聚类结果基本与血缘、系谱及其在生产实践中的表现相吻合,但也有例外。从分子水平上进一步证明了我国糖甜菜育种中存在的遗传材料基础狭窄的问题。     

IT-ISJ标记在花生上的应用研究

首次报道了IT-ISJ标记在花生的应用效果。采用7对IT-ISJ引物扩增20份花生样品,扩增产物经变性聚丙烯酰胺电泳分离,银染显色。结果表明,每对引物扩增出来的条带数为5～18条,多在10条以上;能很好地揭示野生型花生与其突变体之间的遗传差异;花生野生种多态性程度最高,参试的栽培种四大类型品种,多态性率较低;作图亲本条带的多态性率居中,说明亲本间遗传差异较大,可满足作图需要。提示IT-ISJ标记在花生品种鉴定、突变体鉴定和图谱构建上具有较大应用潜力。     

水稻相关序列扩增多态性反应体系的建立及其多态性位点在F2群体中的分离分析

建立了一套完整、稳定、高效的水稻相关序列扩增多态性(SRAP)反应体系,同时利用110对SRAP引物对水稻品种沈农606和丽江新团黑谷进行比较扩增,其中35对引物可以检测到多态性,约占所用引物的31.82%。用该35对引物进一步对上述两个品种配制的杂交后代的F2进行检测,共扩增出1683条带,平均每对引物48条带,其中多态性条带143条,平均每对引物4.09条多态性条带。有24个多态性位点在F2群体中的分离显著或极显著地偏离了理论比值而表现异常分离,比率为16.78%。这些偏分离位点中偏向沈农606基因型的有11个;偏向丽江新团黑谷基因型的有12个;仅有1个偏杂合体类型。卡方检验说明,标记位点的偏分离是配子体和合子体选择共同作用的结果。     

利用ISSR标记分析20份甜菜品种的遗传多样性

针对来源于德国的18份甜菜品种和来源于瑞士的2份甜菜品种进行遗传图谱的构建和聚类分析。以5份甜菜种质资源为材料,对引物UBC801~UBC900等100个引物进行筛选,筛选出多态性好的ISSR引物7个。利用7个ISSR引物扩增适宜新疆种植的20份甜菜种质资源,共获得39个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~8个,平均等位变异数5.6个。其中多态性条带为30条,7对ISSR引物的多态信息含量(PIC)的变化范围为0.6273~0.8360,平均为0.7650,20份参试品种遗传相似系数的变异范围为0.4615~0.9231,平均为0.6923。供试20份甜菜品种遗传多样性丰富。ISSR分子标记技术可以有效地用于甜菜品种资源评价和指纹图谱构建。     

甘蔗褐锈病菌巢式PCR分子检测方法的建立

为建立甘蔗褐锈病菌巢式PCR分子检测方法,本研究利用真菌DNA内源转录间隔区通用引物ITS1/ITS4扩增甘蔗黑顶柄锈菌DNA,并对其扩增产物进行克隆测序,获得序列于NCBI网站进行比对分析,并于该序列多态性丰富区域设计了2对引物PM2F/R、PM3F/R。通过对同寄主不同病原菌、以及不同属的锈菌DNA进行PCR检测以验证引物的特异性。结果表明,在优化的单一PCR反应体系与程序条件下,2对引物均仅能从甘蔗黑顶柄锈菌中扩增出约474 bp和363 bp的特异条带,而从其它真菌DNA中均扩增不出任何条带。进一步将引物PM2F/R作为第一轮扩增引物、PM3F/R作为第二轮扩增引物进行巢式PCR扩增后,其检测灵敏度在DNA水平上可达0.001 ng/μL,较常规PCR提高100倍。由此表明,依据本研究所设计的2对引物而建立的快速、灵敏、准确的甘蔗黑顶柄锈菌的检测技术,对病原菌的早期诊断、快速检测及病害流行学研究具有重要意义。     

汕优63杂合性的RAPD和AFLP分析

 利用57个RAPD引物和15个AFLP引物分析了明恢63与珍汕97A之间1209个位点的杂合性。结果表明,57个RAPD引物能扩增出394条带,平均每个引物扩增6.9条,多态性带129条,汕优63的杂合性为32.74%;15个AFLP引物共扩增出815个位点,平均每个引物扩增54.33条,多态性带289条,汕优63的杂合性为35.46%。1209个位点显示汕优63的杂合性为34.57%。     

基于ISSR标记的建兰种质资源遗传多样性分析

为揭示建兰种质间的亲缘关系,促进建兰种质资源的有效保护和利用。本研究利用ISSR标记分析了源于中国各地的39份建兰品种,并采用UPGMA方法进行了聚类分析。结果表明：6个ISSR引物对39份建兰品种的基因组DNA进行扩增,共扩増出64条清晰条带,其中57条为多态性条带。平均每条引物检测到的条带数为11条,多态性条带10条,多态性比率为89.88%。通过UPGMA法进行聚类分析表明供试材料的遗传相似系数在0.500~0.953之间,供试材料被分为6群集,说明ISSR标记在建兰的品种间具有丰富的多态性,能够很好地揭示建兰品种间的亲缘关系。本研究结果可为建兰种质资源品种鉴定及杂交育种等提供理论依据。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱.结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100％;采用GenAlE...     

利用SRAP分析东北地区甜菜品系遗传多样性

采用SRAP分子标记方法对东北地区的100份甜菜材料进行了遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的88对引物组合进行扩增,筛选出有效引物组合33对。SRAP的33对引物组合共产生694条扩增带,其中有424条多态性条带,多态性条带的比率平均为61.0%。按照UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.20处,将参试材料分为四大类群,分别为高产低糖低抗型、中产高糖高抗型、高产高糖高抗型、高产低糖抗丛根病型。聚类结果与生物学和经济学性状分类基本吻合,较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性和遗传基础的差异性。遗传相似系数平均值大小为国外引进品种0.8642单胚品系0.7910多胚四倍体品系0.7497多胚二倍体品系0.7101。从聚类图来看,只有个别材料和外国品种聚类到一起,可能是由外国品种杂交改良而成,遗传基础相近。从SRAP扩增条带来看,外国材料只有8～12条,东北材料有16～28条之多,中外材料之间确实存在较大差异,东北材料中缺少丰产基因型,可能是基因组成比较复杂所致。     

玉米分子遗传图谱的构建

以R15(抗)和Ye478(感)为亲本配制F2分离群体并以该群体为作图群体。利用778对SSR引物对亲本R15、Ye478之间的多态性进行了检测,筛选出159对多态性SSR引物用于F2群体分析。利用这159对(20.4%)多态性标记构建玉米的遗传连锁图谱,其中有9个SSR标记没连锁上。其余150个标记分布于玉米的10条染色体上,覆盖玉米基因组1775.7cM,标记间平均距离为11.8cM。     

利用ISSR标记技术鉴定甜玉米种子纯度的研究

利用ISSR技术对3个甜玉米组合及其父、母本自交系共9个材料进行鉴定,从30条引物中筛选出4条扩增条带清晰、多态性较高的引物,共扩增出31条DNA带,其中24条DNA带具有多态性,多态性比率为77.4%。对9个玉米材料的亲缘关系进行聚类分析,9个甜玉米材料分为两个类群。     

花生序列相关扩增多态性(SRAP)标记的研究

研究了分属3个市场型的10个中国花生栽培种的序列相关扩增多态性（SRAP）。结果表明，SARP技术可以揭示花生栽培种的遗传差异。在所试验的51对SRAP引物中，2对只获得了单态性条带，其余49对总共产生了1087条带，其中503条（46．27％）为多态性带，每对引物组合平均获得22．18条总带、10．26条多态性带。在这49对引物组合中，总带数和多态性条带的数目分别为7～63和2～32条。 10个花生栽培种间的简单匹配相似系数为0．7712～0．9250不等，根据SRAP指纹图谱进行聚类分析可将这10个品种分为4类。另外一项采用作图亲本24-3和B4的研究中，40对SRAP引物共计获得了160条多态性带。本研究为花生品种鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段。     

红麻SRAP-PCR反应体系优化及多态性引物的筛选

采用正交试验L16(43)设计,以dNTP、引物和Taq DNA聚合酶3种因素4个水平,并设置了8个模板DNA浓度梯度。扩增效果表明,红麻的SRAP-PCR最佳反应体系为2μL10×Taq Reaction Buffer、20ng模板DNA、dNTP 220μmol/L、引物0.35μmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U,总体积为20μL。同时对256对SRAP引物进行扩增,筛选出条带清晰、多态性较好的引物100对。该反应体系及100对多态性引物组合应用于今后红麻的遗传多样性、品种鉴定、亲缘关系、遗传图谱构建、QTL定位等研究。     

SRAP对东北区骨干甜菜单胚品系的遗传多样性分析

为了探明东北区甜菜单胚不育系的遗传基础和类群划分,使用SRAP分子标记技术对48份东北区甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性进行分析。筛选出21对多态性较高的引物组合对供试材料进行PCR扩增,共扩增出366条带,其中196条是多态性带,平均多态性条带比率是53.6%。平均遗传距离是0.3945,平均遗传相似系数是0.6740。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,供试材料被分为5个类群。结果表明,东北区48份甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性较为丰富,利用各类不育系做亲本,将可获得杂交优势好的杂交组合。