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1.
本文描述了一种简便而有效的克隆基因未知5'和3'末端序列的方法,并用此方法克隆了稻瘟病菌的3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(gpd).即通过比较12种真菌的已知gpd基因序列,寻找内部的保守区段,设计并合成一对特异性引物.引物P1为靠近基因5'端的一个特异性序列,引物P2则与3'端的一段特异性序列互补.以双链cDNA-pBluescriptⅡSK载体连接物为模板,利用基因的特异性引物P1和载体上的标准测序引物T7,PCR扩增出包含cDNA3'末端的序列;利用特异性引物P2和标准测序引物T3,扩增出包含cDNA5'末端的序列.将两片段分别克隆、测序和合并后,得到全长1011bp的稻瘟病菌3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(gpd)的编码区序列.该序列及其相应的氨基酸序列与已知真菌的gpd基因序列有着61.4%-86.6%和64.6%-86.3%的同源性.特别在酶的活性功能区不同真菌间有着近乎相同的氨基酸序列. 相似文献
2.
参考人、鸡,鼠的ESR基因序列,设计一对引物,采用PCR技术扩增出猪的ESR基因一段DNA片段,将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒载体中,重组质粒经PCR鉴定和酶切分析确定克隆成功,经测序结果分析确定该片段为猪ESR基因与其他动物第4号外显子相对应的一段DNA片段,大小为332bp。 相似文献
3.
中国家蚕抗菌肽基因的PCR扩增,克隆和序列测定 总被引:4,自引:0,他引:4
本实验采用PCR技术,扩增中国家蚕抗菌肽cecropinB基因片段,并以PUC19质粒为载体,将该基因片段转化到大肠杆菌中。从筛选得到的阳性克隆中分离出cecropinB基因,测定其序列,并由此推导出氨基酸序列。结果表明:(1)抗菌肽cecropinB基因片段长为866bp,包括73bp的ExonI,556bp的Intron,87bp的ExonⅡ和150bp的3’端非编码区。其中,非内含子部分的碱基序列与已克隆的日本家蚕的两个ceropinBcDNA序列比较,同源性分别为87.5%和95%;(2)推导出的成熟抗菌肽由37个氨基酸残基组成,其氨基酸序列与日本家蚕和天蚕的氨基酸序列相比较,同源性为91.9%和80.6%。 相似文献
4.
根据已报道的TMVU1株系(TMV-U1)的序列设计了特异性引物,利用RT-PCR技术,从烟草花叶病毒蚕豆分离物(TMV-B)上扩增移动蛋白(MP_基因及其邻近序列,将比CDNA片段克隆于pBluscriptSK质粒上,进行测序分析,结果表明MP基因由807个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与TMV-U1的MP基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性的99.01和98.89%,与TMV 相似文献
5.
鸽Ⅰ型禽副粘病毒F基因克隆及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用RT-PCR技术获得了编码鸽Ⅰ型禽副粘病毒GD-P1分离株F0裂解位点附件884bp的F基因cDNA片段,并将其克隆到pGEM-T Easy质粒中,获得了重组质粒T-pPMV-F-I,核酸序列测定和分析表明,该片段与新城疫病毒强毒株F48E9和HER/33相应区域的同源性分别为87.5%和88.19%,与新城疫病毒弱毒株LaSota和B1株的同源性分别为83.83%和84.15%。该病毒F0裂 相似文献
6.
根据已克隆的植物抗病基因的保守序列设计引物,对玉米DNA进行扩增、克隆并对部分克隆进行了测序。测序结果与Genebank进行序列同源性比较分析。其中pGEM2-23号克隆与玉米中乙醇脱氢酶基因(adh1)在15047~15272bp处具有85%同源性;pGEM2-25号克隆与水稻BAC库中10号染色体的OSJNBa0055P24克隆片段在67005-67151bp处具有82%同源性。推测pGEM2-23克隆为-与乙醇脱氢酶有类似作用的抗病相关侯选基因的片断。 相似文献
7.
巴西固氮螺菌Yu62 glnB基因和glnZ基因的克隆和序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
glnB基因编码的PⅠⅠ蛋白在巴西固氮螺菌的固氮过程中起着非常重要的调控作用,而glnZ是与glnB高度同源的基因,其产物PZ可能也在固氮调控中起作用。本研究用PCR法克隆了巴西固氮螺菌Yu62 glnB基因和glnZ基因。DNA序列分析表明glnB和glnZ这2个基因的编码区的长度都为336bp,编码112个氨基酸。将巴西固氮螺菌Yu62菌株与标准菌株Sp7的glnB基因和glnZ基因分别进行比 相似文献
8.
从人胎肝中提取得总mRNA,然后通过RTase反转录得到cDNA,利用PCR技术克隆EPO基因(全长为527bp),经过计算机分析已知EPO基因保守区段的限制性内切酶位点,选择BglI和HincⅡ进行酶解,确认所获得DNA片段为EPO基因。 相似文献
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10.
巢式RT-PCR检测昆明小鼠早期胚胎中G6PD基因表达 总被引:2,自引:0,他引:2
根据小鼠肌肉的6-磷酸葡萄糖脱氢酶(G6PD)的cDNA序列设计并合成内外2对引物,以巢式RT-PCR方法检测昆明小鼠1-,2-,4-,8-细胞期早期胚盈是否转录出G6PD的mRNA,结果发现1 ̄8-细胞期早期胚胎的mRNA均能以外引物扩增产物为模板通过内引物扩增出一条378bp特异性条带。表明昆明小鼠1 ̄8-细胞期早期胚胎的G6PD基因已表达,磷酸戊糖途径已是其代谢葡萄糖的主要方式之一。 相似文献
11.
A pair of degenerate primers was designed, based on the comparison of five insects‘ GOBP2 gene sequences reported previously. A specific band (about 400bp in length) was amplified from cDNA of Spodoptera exigua antenna and another specific band (about 2kb in length) was amplified from genomic DNA.The two segments were cloned into T-easy vector, respectively. Results of sequencing and structural analysis showed that the full-length of GOBP2Sexi ORF is 426bp, 141 amino acid residues were encoded. The predicted MW and pI are 16.07ku and 5.09, respectively. There are six conservative Cys locus in the sequence, which is the typical characteristic of OBPs. GOBP2Sexi gene was inserted by two introns between amino acid residue 22 and 23 and between 82 and 83. The length of two introns is 160bp and 1403bp. Results of Northern blot showed that GOBP2 gene expressed specifically in the antenna of Spodoptera exigua, and the expression level is nearly equal in the antenna of male and female moths. The sequence was deposited in GenBank/EMBL and the accession number is AJ294809. 相似文献
12.
烟青虫气味结合蛋白基因的克隆与序列分析 总被引:5,自引:0,他引:5
根据已经报道的棉铃虫普通气味结合蛋白I(GOBP1)和性信息素结合蛋白(PBP)基因的cDNA序列,设计了2对引物,以烟青虫Helicoverpa assulta触角cDNA为模板,分别进行PCR扩增,获得2条特异性条带,约400 bp。将以上两条片段分别连接到T-easy载体上,获得重组子T-GOBP1-Hass和T-PBP-Hass。序列测定和结构分析表明,Hass-GOBP1开放阅读框全长441bp,编码147个氨基酸残基,预测分子量和等电点分别为17.2 kD和4.71。Hass-PBP开放阅读框全长405 bp,编码135个氨基酸残基,预测分子量和等电点分别为15.1 kD和5.2。Hass-GOBP1和Hass-PBP具有昆虫气味结合蛋白的典型特征,即氨基酸序列中具有6个保守的半胱氨酸残基,呈酸性。这2个基因已在GenBank中登记,序列号分别是AY864774和AY864775。 相似文献
13.
采用同源克隆的方法从荔枝果皮中克隆得到一个二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)基因,该基因开放阅读框全长1062bp,编码353个氨基酸.基因组扩增得到长度为2321 bp的片段,分析发现:该基因含有5个内含子,分别在119-255、426-1158、1353-1470、1632-1819、2013-2095bp之间.通过系统发育分析发现,该基因编码的蛋白与山葡萄、海棠和山竹子等果树具有较近的亲缘关系. 相似文献
14.
运用简并PCR和基因组步行技术克隆常见食用菌草菇的乳清酸核苷-5’-单磷酸脱羧酶编码基因(vv-pyrG基因),并运用生物信息学和系统发育学的方法对所获得的基因进行了序列分析。结果显示:vv-pyrG基因的编码区长度为920bp,含有2个长度分别为65bp和54bp的内含子,可以编码1个含有266个氨基酸残基的蛋白质序列。该氨基酸序列经比对分析,显示与裂褶菌(Schizophyllum commune)和灰盖鬼伞(Coprinus cinereus)的OMPDC序列的相同性分别为58%和64%,相似性分别为74%和78%。对24种真菌的OMPDC氨基酸序列进行系统发育分析表明,系统进化树中草菇与灰盖鬼伞、裂褶菌、双色蜡蘑(Laccaria bicolor)和白腐菌(Phanerochaete sordida)聚在一起,在节点上的支持率是97%。 相似文献
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2个甜菜夜蛾信息素结合蛋白cDNA片段的克隆和序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
通过比较几种已发表夜蛾科昆虫的信息素结合蛋白(PBP)氨基酸序列,设计合成一对简并性引物, 利用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)技术从甜菜夜蛾(Spodoptera exigua Hübner)雄虫触角扩增得到2个分别为275 bp和281 bp的cDNA片段SexigPBP1和SexigPBP2,其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成。通过在GenBank中进行序列的同源性比较,表明这2个序列与已知几种昆虫的PBP氨基酸序列具较高同源性。 相似文献
16.
【目的】从甜菜夜蛾(Spodoptera exigua)成虫触角中克隆气味受体基因,研究受体基因在虫体不同组织和触角不同感受器中的表达分布,从而探讨受体基因的功能。【方法】通过PCR结合RACE技术克隆气味受体基因的全长序列,利用实时定量PCR检测其在不同组织中的表达,采用原位杂交确定其在触角不同感受器中的分布。【结果】通过同源克隆的方法从甜菜夜蛾触角中获得1条740 bp的基因片段,通过RACE技术获得全长序列并命名为SexiOR18(GenBank登录号JN873314)。SexiOR18 cDNA全长1 618 bp,开放阅读框长度为1 194 bp,编码398个氨基酸。序列比对和进化树分析结果显示SexiOR18与其它鳞翅目昆虫尤其是夜蛾科昆虫的OR18具有很高的相似性。实时定量PCR检测结果显示,SexiOR18主要在成虫触角中表达,且在雌虫中的表达量显著高于雄虫,SexiOR18在成虫其它组织和幼虫触角中无明显表达。原位杂交结果显示,SexiOR18主要在毛形感器和锥形感器下表达,而在腔锥形感器和刺形感器下没有表达。【结论】SexiOR18在感受性信息素和普通气味的毛型感器和锥形感器中都有分布,推测其可能参与了性信息素和普通气味分子的识别。 相似文献
17.
根据已报道的谷类作物硬度基因grain softness protein-1(Gsp-1)保守DNA序列设计一对特异性引物,以优质小麦品种(系)中国春、SZ-56及M9876基因组DNA为模板进行基因扩增、克隆和序列测定,获得636 bp的Gsp-1全长特异性片段。序列分析显示其含有495 bp完整的开放阅读框,编码全长为164 aa的蛋白,该蛋白含有Gsp-1典型的19 aa信号肽,10个保守的半胱氨酸以及2个保守的色氨酸。序列比对表明,Gsp-1基因不仅含有Gsp-1 a、Gsp-1 b和Gsp-1 c这3种类型,还含有一种新的类型,将其命名Gsp-1 d。进一步对其结构预测分析发现,Gsp-1蛋白可形成5个链间二硫键,含有4~5个α-螺旋。进化树分析显示Gsp-1基因与硬度主效基因Pina和Pinb有着紧密关系。 相似文献
18.
利用长片段PCR、基因组步移法及T-A克隆技术,成功克隆出河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)GH基因全长序列,提交至GenBank获得登录号MH717101。河川沙塘鳢GH基因全序列长5 120 bp,5'端和3'端侧翼序列长度分别为920、682 bp,经预测,上游区域含有MF3、GAGA factor、HNF-3alpha、C/EBP、R2、GATA-1等多种转录调控元件;转录单元长3 518 bp,包含4个内含子和5个外显子,4个内含子大小分别为75、333、2 070和121 bp,5个外显子长度分别为150、131、117、138和373 bp,第3内含子长达2 070 bp,其长度是翘嘴鲌(Culter alburnus)第3内含子的4倍以上;开放阅读框区(open reading frame,ORF)为594 bp,编码由197个氨基酸残基组成的蛋白质多肽。河川沙塘鳢与鲈形目、鲉形目、鲤形目、鲇形目等13种鱼类的氨基酸序列同源性比较表明,其与彼氏冰鰕虎鱼(Leucopsarion petersii)同源性最高,为83.8%,与草鱼(Ctenopharyngodon idella)同源性最低,为49.1%,在180~197氨基酸序列处,河川沙塘鳢表现出高度不保守性,与所列鱼类氨基酸排列均完全不一致。该研究结果为进一步研究河川沙塘鳢GH基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。 相似文献
19.
共生受体类蛋白激酶(symbiosis receptor-like protein kinase, SYMRK)是控制植物与微生物共生的关键调控基因,利用基因组步移技术,克隆得到花生symrk的全长基因及其560 bp的ATG上游序列。采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的常规理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位和高级结构等进行了预测和分析,结果表明Ah-symrk由15个外显子和14个内含子组成,cDNA全长3 042 bp,包含2 781 bp的ORF,编码926个氨基酸,为疏水性酸性蛋白质,定位于细胞膜;ATG上游序列包含3个与根特异表达有关的顺式作用元件root motif tapox1;RT-PCR验证,该基因在花生根中特异性表达。 相似文献
20.
《(《农业科学与技术》)编辑部》2016,(4)
Ghrelin is an important signaling molecule linking reproductive and energy metabolism. In this study, ghrelin gene of Monopterus albus was cloned. Its structure and function were analysized preliminarily. By Rapid Amplification of cDNA Ends(RACE) technique, full-length cDNA and DNA sequences of ghrelin gene were obtained. The full-length ghrelin cDNA(GenBank accession no. JX122807) was 552 bp long, containing a 115 bp 5'-untranslated region, a 324 bp open reading frame and a 113 bp 3'-untranslated region. The full-length ghrelin DNA was 1 323 bp, consisting of three introns and four exons. The exon/intron junction sequences conformed to the GT/AG rule. Three introns were 594, 84 and 93 bp in length, respectively; four exons were229, 78, 112 and 133 bp in length, respectively. The results of amino acid sequence analysis showed that the deduced propreghrelin sequence of M. albus contained a signal peptide(SP) consisting of 22 amino acid residues, a mature peptide(MP)consisting of 19 amino acid residues and a C-terminal amino acid residue. Among them, the third amino acid of MP was serine(Ser~3) as the site for N-acylation and N-deacetylation reactions; the C-terminal amino acid residue sequence might contain a peptide hormone obestatin, which is a physiological antagonist of mature Ghrelin peptide. The homology and phylogenic relationships analyses of amino acid sequences suggested that propreghrelin of M. albus had high similarity to those of several Perciformes fishes; the propreghrelins of M. albus, Perciformes and Heterosomata fishes were clustered into a subgroup. The high conservatism of the gene structure and the amino acid sequences indicated that Ghrelin exerts important physiological functions and plays similar physiological mechanisms in vertebrates. 相似文献