松材线虫侵染对马尾松苗不同部位内生细菌菌群结构的影响

  目的  探究松材线虫Bursaphelenchus xylophilus侵染下松干、松针与根系部位内生细菌菌群的结构变化,可充分挖掘马尾松Pinus massoniana内生细菌资源。  方法  采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)及高通量测序技术,对松材线虫侵染下3年生马尾松不同部位内生细菌的结构多样性进行分析。  结果  ①马尾松不同部位内生细菌菌群结构存在较大差异,菌群多样性从大到小依次为松干、松针、根系。②松干部位部分细菌属在侵染15 d时丰度明显增加,但苗木表面并不表现任何症状。③马尾松体内共检测到内生细菌442属,分属35门49纲110目210科。其中松干与松针部位的甲基杆菌属Methylobacterium、假平胞菌属Sphingomonas、薄层菌属Hymenobacter、泛菌属Pantoea、假单胞菌属Sphingomonas与短小杆菌属Curtobacterium在侵染过程中相对丰度变化较大。  结论  松材线虫侵染下,马尾松根部基本不受影响,但松干部位内生细菌菌群结构变化极显著,其次是松针。部分内生细菌可能对松材线虫病具有潜在生防效果,有助于后期生防菌株的挖掘。在侵染高峰期实时监测干部内生细菌菌群结构变化,有助于松材线虫病的早期诊断。图5表1参25     

不同月份沙棘根瘤细菌群落结构特征的分析对比

为深入了解沙棘（Hippophae rhamnoides）根瘤细菌的多样性及其随时间变化,采用高通量测序技术对中国沙棘（H.rhamnoides subsp. sinensis）4个不同月份根瘤细菌群落结构特征进行了分析对比。结果表明,在根瘤瘤瓣刚刚开始萌发的3月,沙棘根瘤细菌的多样性和丰富度显著高于5、7月和8月。4个采样时间所获得的根瘤细菌可归类为21门36纲75目145科234属,其中有8菌门的17菌纲在不同采样时间一直存在。从相对丰度来看,放线菌门放线菌纲（Actinobacteria）始终为优势菌纲,其相对丰度3月为65.30%,5、7月和8月均超过96.05%;同时,根瘤细菌中还存在变形菌门的α-、β-和γ-变形菌纲（Alpha-,Beta-,Gammaproteobacteria）以及拟杆菌门噬纤维菌纲（Cytophagia）和鞘脂杆菌纲（Sphingobacteriia）等多种类型的非放线菌。弗兰克氏菌目（Frankiales）细菌在整体根瘤细菌群落中的相对丰度3月为48.60%,显著低于5月的93.54%、7月的95.48%和8月的94.73%;4个采样时间共获得5科6属10条可操作分类单元（operational taxonomic units,OTUs）,其中弗兰克氏菌科（Frankiaceae）弗兰克氏菌属（Frankia）的OTU235占该目的相对丰度在不同时间均在99%。表明沙棘根瘤细菌群落在不同月份均是极其丰富和多样的,其中既有多种类型的放线菌也有多种类型的非放线菌,但均以弗兰克氏菌科弗兰克氏菌属细菌占绝对优势;同时,根瘤细菌群落结构（特别是弗兰克氏菌的相对丰度）随季节发生着显著变化。     

2种栽培环境对铁皮石斛内生细菌多样性的影响

  目的  揭示不同栽培环境对铁皮石斛Dendrobium catenatum内生细菌群落结构的影响,解析与石斛多糖含量存在潜在关联的功能菌种。  方法  针对温室人工基质培养和仿野生立木附生培养2种栽培体系下的铁皮石斛C9品系根、茎、叶等各部组织内生细菌,采用Illumina测序平台的Miseq进行高通量测序分析其菌落结构和多样性,同时利用逐步回归法分析内生细菌分布与组织多糖质量分数的关联性。  结果  铁皮石斛在2种栽培环境不同组织中的菌群结构差异显著（P < 0.05）,附生立木仿野生环境比温室环境下物种丰富度更高。同时,根部所含分类操作单元（OTUs）数量最多（112~630个）,叶部则最少（28~73个）。其中,厚壁菌门Firmicutes（16.7%~34.9%）、拟杆菌门Bacteroidetes（8.7%~35.6%）和变形菌门Proteobacteria（15.9%~42.0%）的OTUs占优势。从菌种生理功能上看,固氮相关的菌种如弗兰克菌科Frankiaceae在树培环境下相对丰度更高,推测可能受树培寡氮环境的影响使固氮菌富集。逐步回归分析结果显示:不动杆菌Acinetobacter在根、茎、叶不同组织中的相对丰度与多糖质量分数变化关联度最大,其次为假单胞菌Pseudomonas。  结论  铁皮石斛内生细菌资源相当丰富,而栽培方式影响菌群分布,且与石斛多糖质量分数具有关联性。     

百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌的多样性分析

为了探索百脉根根瘤内生菌多样性,揭示百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌的多样性及其互作关系并寻找能结瘤的根瘤菌,本研究采用免培养和可培养相结合的方法对百脉根根瘤内生菌的多样性进行分析,采用平板对峙法对根瘤菌与假单胞菌的互作关系进行初步研究.结果表明:免培养法从百脉根根瘤内检测到内生菌分属于17门31纲69目103科140属,...     

多花黄精根茎内生真菌的物种多样性研究

多花黄精是一种著名的中药材，其药用部位（根茎）含有多种内生真菌，是新化合物、新药源和生防制剂的潜在资源。为研究黄山市祁门县多花黄精根茎内生真菌的物种多样性，为其开发利用提供种质资源，采用组织分离法分离培养多花黄精根茎内生真菌，通过经典形态分类学并结合rDNA ITS序列比对鉴定分离得到的真菌，并进行物种多样性分析。结果表明，从多花黄精根茎中共分离出182株内生真菌，经鉴定为2门、5纲、13目、28科、33属和49种，另外有4株未确定其分类地位。其中子囊菌门(Ascomycota)为优势门，分离频率为83.52％；粪壳菌纲(Sordariomycetes)为优势纲，分离频率为59.34％；肉座菌目(Hypocreales)为优势目，分离频率为46.70％；优势科是麦角菌科(Clavicipitaceae)，分离频率为33.52％；Metapochonia是优势属，分离频率为33.52％。物种多样性研究结果表明黄山市祁门县多花黄精根茎的内生真菌物种丰富，群落结构复杂，且春季的多花黄精根茎内生真菌的Shannon-Wiener指数、Pielou均匀度指数、Simpson优势度指数和丰富度指数均高于夏季。     

覆盖对城市裸露土壤真菌多样性及群落结构的影响

  目的  本试验旨在探究不同覆盖材料对土壤真菌多样性及群落结构的影响。  方法  通过控制试验,运用Illumina MiSeq高通量测序技术对以脲醛树脂为胶黏剂制备的有机覆盖垫（NQ）、有机覆盖物（Y）、树皮（S）、木片（M）、鹅卵石（E）、陶粒（T）覆盖和无覆盖（CK）6种覆盖材料下的土壤真菌群落进行测定,并对其进行多样性和群落结构的分析。  结果  6种覆盖材料中,树皮处理下的土壤真菌群落的物种多样性和丰富度最高,以脲醛树脂为胶黏剂制备的有机覆盖垫处理下的土壤真菌多样性和丰富度最低。不同覆盖处理的土壤中,真菌物种和优势物种存在差异。在门水平上,子囊菌门为最优势菌门,相对丰度为70.84% ~ 86.86%,远远大于次优势的担子菌门（相对丰度为3.27% ~ 12.78%）。在属水平上,有机覆盖垫、鹅卵石、陶粒、树皮以及无覆盖处理中g_unclassified_o_Hypocreales为最优势属,在木片覆盖处理中,最优势属为毛壳菌属,在园林绿化废弃物覆盖处理中g_unclassified_o_Eurotiales为最优势属。相关性分析结果显示,土壤速效磷含量与土壤真菌多样性呈极显著负相关（P < 0.01）,与土壤真菌丰富度呈显著负相关（P < 0.05）;土壤有机质含量与土壤真菌多样性呈显著负相关（P < 0.05）,与土壤真菌丰富度呈极显著负相关 （P < 0.01）。毛壳菌属、g_norank_p_Mucoromycota、g_unclassified_f_Pyronemataceae、镰刀菌属受环境因子影响较大。  结论  覆盖措施能够影响土壤真菌多样性和丰富度以及群落结构,不同覆盖材料对土壤真菌群落的物种多样性和丰富度以及群落结构影响不同。土壤速效磷、有机质含量是影响土壤真菌多样性和丰富度的重要因素,不同物种对于环境因子的响应也存在差异。本研究设置的6种覆盖材料中,使用树皮作为覆盖物处理下的土壤真菌多样性和丰富度最高。      

周年生长特性（大小年）下毛竹根际细菌和内生细菌群落结构及其多样性特征

【目的】研究大小年毛竹林毛竹根际细菌和内生细菌群落多样性及其结构差异。【方法】采集I度、II度和IV度的大年和小年毛竹林中毛竹的竹鞭、鞭根、根际土壤和林间土壤，提取样本基因组DNA，利用Illumina高通量测序技术分析毛竹根际细菌和内生细菌群落结构多样性。【结果】各组样本总共鉴定出31个门、49个纲、108个目、212个科、472个属细菌。从优势菌群及丰度来看，大年竹鞭和鞭根的优势菌纲为α-变形菌纲，优势菌目为根瘤菌目；小年竹鞭和鞭根的优势菌纲为γ-变形菌纲，优势菌目为芽孢杆菌目。在门水平上，大年竹鞭样本放线菌门的丰度高于小年竹鞭样本，大年毛竹鞭根酸杆菌门和变形菌门的丰度大于小年毛竹鞭根样本，厚壁菌门和拟杆菌门的丰富度小于小年毛竹鞭根样本。在纲和目水平上，大年竹鞭和鞭根样本与小年样本相比较，主要优势菌群为弗兰克氏菌目和α-变形菌纲下属的根瘤菌目。在科水平上，大年毛竹鞭根样本在黄杆菌科的丰度都大于小年样本。在属水平上，大年毛竹鞭根样本在慢生根瘤菌属的丰度大于小年毛竹鞭根样本，而大年毛竹竹鞭和鞭根样本细菌在伯克氏菌科的丰度都低于小年毛竹竹鞭和鞭根样本。从多样性来看，大小年毛竹根际土壤在各...     

戴云山南坡不同海拔森林土壤优势细菌群落特征及影响因素

  目的  探讨土壤细菌群落在戴云山保护区不同海拔梯度（900 ~ 1 500 m）分布特征,为理解海拔影响森林土壤结构和功能提供理论依据。  方法  基于高通量测序探讨不同海拔土壤细菌群落组成及多样性,并分析环境因子对土壤优势细菌群落结构的影响过程。  结果  （1）随海拔升高,土壤全磷含量总体呈逐渐递减;土壤有效磷含量整体呈单峰模式;土壤全碳和全氮含量呈双峰变化趋势。（2）不同海拔中土壤细菌优势菌门为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门（相对丰度 > 10%）。（3）不同海拔梯度土壤细菌多样性指数如物种数、Chao1指数、Shannon-Wiener多样性指数和ACE指数沿海拔梯度呈先上升后下降的趋势,均在1 100 m处达到峰值,且达到显著水平（P < 0.05）。（4）微生物共现网络分析表明戴云山不同海拔土壤优势细菌群落具有明显模块化结构,关键类群包括变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和疣微菌门的部分属,其中变形菌门的细菌关键类群最多。  结论  海拔、坡度、pH值、土壤全氮、水解氮和土壤有效磷是驱动不同海拔森林土壤优势细菌群落结构及多样性的主要因子。      

黑龙港苜蓿根际土壤真菌群落结构及多样性分析

为明确黑龙港地区苜蓿土壤微生物多样性,利用高通量基因测序技术对多年生苜蓿土壤及对照土壤微生物真菌ITS区进行测定,并分析了不同处理间土壤微生物群落特点.结果表明,对照处理获得真菌OTUs 523个,四年生苜蓿处理OTUs 742个.物种分类显示对照处理隶属12门22纲56目107科146属,四年生苜蓿处理隶属10门28纲60目126科186属.各处理水平下均以子囊菌门(Ascomycota)为优势真菌种群,其相对丰度分别为54.69％和61.81％.苜蓿多年建植后可以增加土壤中腐生菌类数量,加快腐殖化进程,有利于提高土壤肥力及有机质含量,同时也可以降低担子菌门等致病菌的相对丰度,对减少植物土传病害起到积极作用.     

白芨内生真菌的多样性

为研究白芨内生菌的多样性,从新鲜白芨根中提取内生真菌的DNA,构建ITS r DNA文库,进行高通量测序和多项信息分析。结果显示,白芨内生真菌主要属于担子菌门(83.4%)和子囊菌门(14.3%),另外2.3%无法鉴定;担子菌门、子囊菌门、接合菌门的菌根优势度指数分别为0.834 1、0.142 6、0.000 3,无法鉴定的真菌菌根优势度指数为0.022 9。纲、目的分类水平上,伞菌纲蜡壳菌目占83.4%,盘菌纲盘菌目占11.4%,锤舌菌纲柔膜菌目占2.1%,无法鉴定的占2.3%。科分类水平上,内生真菌主要属于Serendipitacea(83.4%)和盘菌科(11.4%)。属的分类水平上,梨形孢属(Piriformospora)占83.4%。Shannon index、Chao1、Observed species和Simpson 4种曲线分析结果显示,白芨菌根内生真菌的多样性呈均匀分布。     

健康与患根腐病草莓根际、非根际与根内真菌群落多样性

利用Illumina MiSeq测序技术,对健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内真菌ITS区的rRNA进行扩增和高通量测序,分析不同部位样品真菌群落结构与多样性。结果表明,健康组共鉴定出14个门、40个纲、99个目、211个科、377个属、561个种;患根腐病组共鉴定出14个门、39个纲、98个目、238个科、385个属、570个种。患根腐病草莓根际土壤真菌群落丰富度、多样性和均匀度高于健康草莓,非根际土壤及根内真菌群落丰富度、多样性和均匀度均低于健康草莓。健康与患根腐病草莓根际与非根际土壤样品的优势菌门均为子囊菌门（Ascomycota）、被孢霉门（Mortierellomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,根内样品的优势菌门均为子囊菌门和担子菌门;患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内样品的子囊菌门和担子菌门相对丰度均高于健康草莓,被孢霉菌门相对丰度均低于健康草莓。患根腐病草莓根际和非根际土壤的优势属均为帽状菌属（Pilidium）和被孢霉属（Mortierella）,健康草莓根际和非根际土壤的优势属均为玛利亚霉菌属（Mariannaea）和被孢霉属。患根腐病草莓根际土壤被孢霉属相对丰度比健康草莓增加2.26%,而非根际土壤被孢霉属比健康草莓减少1.63%。健康和患根腐病草莓根内样品优势属均为帽状菌属和玛利亚霉菌属,患根腐病草莓根内玛利亚霉菌属比健株减少7.53%。健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内真菌群落组成差异明显,说明草莓根腐病的发生与田间土壤及根内真菌群落结构改变密切相关。     

巨桉人工林外生菌根真菌群落组成及多样性

研究巨桉人工林外生菌根（ECM）真菌群落组成及多样性，为菌类资源的开发利用和人工林的可持续经营提供参考依据。以赣南地区6个不同林龄的巨桉人工林为研究对象，采用高通量测序方法，鉴定分析巨桉根系ECM真菌群落组成及多样性。本研究共得到1 929个OTU，隶属于2门2纲10目22科30属。革菌属（Thelephora）、硬皮马勃属（Scleroderma）、棉革菌属（Tomentella）为研究区内优势菌属，总相对丰度超过80%。三大优势菌属在不同林龄林分中分布情况明显不同，相似性分析和非度量多维尺度分析结果也显示，不同林龄林分ECM真菌群落结构存在显著差异。其中2 a和7 a林分ECM真菌群落结构相似性最高，表现为物种丰富度、均匀度较高；3 a和6 a林分ECM真菌物种数量差异大，3 a和9 a林分ECM真菌种类差异大。表明巨桉人工林ECM真菌群落主要由3种丰度较高的优势菌属与多种低丰度菌属共同组成，林龄是影响巨桉人工林ECM真菌群落结构的重要因素。     

浙江省长兴县湿地维管植物多样性及区系

  目的  湿地是珍贵的自然资源,也是重要的生态系统,具有不可替代的综合功能。长兴县湿地在浙江省具有重要地位,开展全域湿地维管植物多样性调查,为长兴县湿地生态系统的恢复和保护提供科学依据。  方法  通过线路调查法和样方调查法,对长兴县湿地维管植物多样性进行研究,并对植物区系进行了分析。  结果  ①长兴县共有野生湿地维管植物95科277属464种,其中:蕨类植物7科7属7种、裸子植物2科3属4种、被子植物86科267属453种;被子植物中包含双子叶植物68科222属393种和单子叶植物18 科45 属60种。②植物科组成以分布2~9种的科和仅分布1种的科占优势,两者共占88.42%;属组成以分布2~5种的属和仅分布1种的属占绝对优势,两者共占97.11%。③湿生植物占湿地植物总种数的82.54%;草本植物占湿地植物总种数的85.56%。④科的分布区类型包括11个,除世界广布科外,以泛热带分布型科和北温带分布型科为主;属的分布区类型包括12个,以北温带分布型属为主,热带性质属与温带性质属的数量比为0.77。  结论  长兴湿地维管植物资源丰富,植物区系具有典型的温带性质并有一定的过渡性。表7参25     

湖北省远安县野生楠木群落特征

  目的  探索湖省北远安县野生楠木群落的物种组成、结构和特征，完善宜昌地区野生楠木资源分布记录。  方法  采用样方法对湖北省远安县的鸣凤镇、花林寺镇、嫘祖镇的野生楠木群落进行实地考察，记录野生楠木的种类分布和生境条件，并运用群落生态学的方法进行统计分析。  结果  ①调查区内野生楠木类植物有5种，包括楠属Phoebe植物2种，分别为白楠 Ph. neurantha和竹叶楠 Ph. faberi；润楠属Machilus 植物3种，分别是宜昌润楠 M. ichangensis、刨花润楠 M. pauhoi和多脉润楠 M. multinervia，其中多脉润楠和刨花润楠被初步确定为远安县新分布记录种。②调查区楠木类植物群落的维管束植物共有73种，隶属于35科61属，其中21科为单属单种。群落中的高位芽植物分布最多，地下芽和地面芽植物较少；物种胸径级主要为Ⅲ级(5.0 cm ≤ D_BH＜7.5 cm)或Ⅳ级(7.5 cm ≤ D_BH＜22.5 cm)，有少量Ⅴ级（D_BH≥22.5 cm)树种。Shannon-Wiener指数(H′)、Simpson优势度指数(D_s)和均匀度指数(J_sw)在3个乡镇之间均无显著性差异(P＞0.05)，只有Margalef丰富度指数(R)存在显著差异(P＜0.05)。  结论  湖北省远安县野生楠木资源丰富，物种多样性指数高，群落结构合理，区域内野生楠木资源现状较好，但应进一步加强保护。图3表3参28     

华北地区冬季景观树种选择研究

[目的]建立树种冬季景观质量评价模型,筛选以提升冬季景观质量为主的优良绿化树种,为华北地区冬季景观树种选择提供科学依据.[方法]依据树木观赏器官(姿态、茎杆、果、叶、芽)的生物学特性,以《华北树木志》为主,结合《园林树木1600种》及相关文献,初选华北地区312种乔木、455种灌木树种,并进行分类整理;收集影响树种冬季...