两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异.结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92％、T33.41％、G 1...     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.     

贵州地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT l基因在贵州地方鸡品种中作用,分析ONECUT l基因在5个贵州地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明,4个多态位点均位于内含子上,分别是16369位（C→A）,16517位（C→T）,16587位（C→G）和16639位（C→T）。16517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16587位置和16639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

从线粒体DNA控制区基因比较石鸡和大石鸡的遗传变异

采用聚合链式反应和直接测序方法测定石鸡和大石鸡线粒体DNA(m tDNA)控制区全序列,分析m tDNA 3个区的序列变异,比较两种石鸡的遗传变异。石鸡m tDNA控制区全序列长1 154 bp,大石鸡是1 157 bp。与大石鸡相比,石鸡m tDNA控制区在第187位,第1 060位和第1 110位缺失。两种石鸡之间,m tDNA控制区I区、II区和III区的序列变异率分别为5.70%,0.64%和3.22%,I区的变异速率最快。石鸡m tDNA控制区的碱基含量是:T32.13%,C27.17%,A26.43%和G14.23%,大石鸡的分别是T32.30%,C26.79%,A26.10%和G14.81%。t-检验分析显示,石鸡和大石鸡m tDNA控制区的4种碱基含量差异都极显著。两种石鸡间的遗传距离是0.038 4。根据分子钟计算,它们的分歧时间大约在190万年前。它们的物种形成主要受青藏高原的隆升和更新世第2次寒冷期的影响。     

地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT1基因在贵州地方鸡品种中的作用,分析ONECUTl基因在5个地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明:4个多态位点均位于内含子上,分别是16 369位(C→A),16 517位(C→T),16 587位(C→G)和16 639位(C→T)。16 517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16 587位置和16 639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

山东省地方绵羊品种的mtDNA D-loop序列多态性及系统进化研究

为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。     

普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

【目的】探究钢鹅的遗传多样性和系统进化的关系。【方法】参照NCBI上近缘物种线粒体基因组序列设计18对引物,运用DNA克隆和测序技术获得钢鹅mtDNA基因组序列,对其进行生物信息学分析。【结果】钢鹅mtDNA基因组序列总长16 739bp,其中含有22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区域(D-loop区),基因组成及排列顺序与其他鸟类类似,A、T、C和G碱基含量分别为30.18%,22.54%,32.18%和15.10%。tRNAScan-SE Search Server在线软件分析表明,tRNA均是4个恒定臂的三叶草二级结构。对钢鹅mtDNA D-loop区序列的分析发现,其中含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、CSB1-box及CSB-like保守框。用MEGA 6.0采用最大似然法基于D-loop区和线粒体全序列构建进化树,遗传进化分析表明,钢鹅与鸿雁、灰雁的亲缘关系最近。【结论】获得了钢鹅mtDNA全序列,进一步明确了其生物学信息。     

姜曲海猪mtDNA D-loop序列遗传多样性研究

为研究姜曲海猪保种群线粒体DNA遗传多样性及种质特性,选取姜曲海猪保种群中58个体进行mtDNA D-loop高变区序列扩增测序,获得的长度为427 bp有效序列基因片段,然后对有效序列遗传多样性进行了分析.结果表明:(1)姜曲海猪的mtDNA D-loop高变区扩增测序的有效序列基因片段中,碱基A+T含量为63.2％...     

大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

通过PCR扩增技术对46头大别山母牛mtDNA D-loop区进行测序并得到其全序列,再从GenBank上下载中外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,运用生物学软件对大别山牛的遗传进化进行分析。结果发现,46头大别山牛mtDNA D-loop序列长度在955～1 101 bp之间,有176个变异位点,约占核苷酸总数的16.18%,其中单一信息位点120个,简约信息位点56个。共有25种单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.877,核苷酸多样性（Pi）为0.023 96,平均核苷酸差异数（k）为21.544,A、T、C和G 4种碱基含量所占比例分别为32.72%、28.46%、25.19%和13.63%,表明大别山牛有较为丰富的遗传多样性。遗传距离分析结果表明,大别山牛与吉安牛、雷州牛、鲁西牛、闽南牛、皖南牛和湘西牛的遗传距离最小,与欧洲野牛亲缘关系最远,由系统发育树可推测大别山牛属南方牛种,属普通牛和瘤牛的混合母系起源。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

百宜黑羽鸡外貌特征及生长发育研究

从选育中的1,2世代百宜黑羽鸡的外貌特征、生长性能两个方面对百宜黑羽鸡的部分特征特性进行了研究,结果表明:百宜黑羽鸡具有全黑羽带墨绿色(脚、胫、喙、耳毛为黑色),体形中等,肤白色。2周龄时公母均出现日增重率先升后降,分别由0.048%和0.48%上升到41.72%和37.79%,接着又下降到5.69%和5.06%。百宜母鸡的生长曲线从10周龄开始与公鸡的生长曲线分离,17周龄后母鸡的生长速度明显慢于公鸡。     

百宜黑鸡蛋壳质量性状分析

试验对4世代纯繁的百宜黑鸡2 d内生产的101枚蛋进行蛋的钝端、中间和锐端蛋壳厚度,蛋壳占蛋重的比率,蛋壳颜色等5项指标进行了测定.结果表明:大多数百宜黑鸡蛋锐端蛋壳厚度比钝端和中间厚;平均蛋壳厚度0.324 mm,蛋壳重占总蛋重的比例平均为11.44%;浅褐色蛋壳颜色占78.22%.     

鸡催乳素受体基因多态性与就巢及产蛋性状的关联分析

【目的】揭示与繁殖性状关系密切的催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因与中国地方鸡种的就巢性及产蛋性能的关系。【方法】本试验采用PCR-SSCP方法,以576只宁都黄鸡为材料,检测PRLR基因的多态性,并进行多态性与就巢和产蛋性状间的关联分析。【结果】证实了前人研究过的SNP1（T10862C,外显子3）和SNP2（T25670C,外显子6）均与就巢性状无显著关联（P＞0.05）;SNP2对300 d产蛋量影响显著（P＜0.05）;新发现的SNP3（G30716A,内含子8）显著影响开产日龄（P＜0.05）;新发现的SNP4（A31900G,外显子10）极显著地影响就巢率（P＜0.01）,显著影响就巢天数和300 d产蛋量（P＜0.05）。由4个SNPs构建的不同单倍型在开产日龄上的差异达到极显著水平（P＜0.01）,在其它性状上的差异不显著（P＞0.05）。【结论】PRLR基因的多态性与就巢和产蛋性状相关,SNP4的效应更为突出。     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

参与式技术开发在地方鸡品种资源保护中的应用

运用参与式方法对百宜地方鸡品种资源与利用进行了评价,并作了饲养试验.结果表明:该方法在试验中的应用,让村民参加试验方案的设计及监测评估方案的制定,较大限度地调动了村民参与百宜地方鸡品种资源保护的积极性,取得了较好的效果.初生重相近的不同羽色百宜地方鸡,在使用相同的饲料、自由采食和饮水、饲养管理基本相同的务件下,生长速度有所不同.     

鸡mir-1658前体基因多态性分析

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（GenBank登录号：NR_035151.1）设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5％位点有g.28 C＞G、g.31 C＞T、g.70 G＞A和 g.71 G＞–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G＞A 位点表现为低度多态（PIC＜0.25）,其余3个位点均表现为中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 C＞T、g.71 G＞–位点、太行鸡的g.71 G＞–位点以及北京油鸡的g.70 G＞A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol^-1）,H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol^-1）;群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol^-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环核苷酸组成与变异分析

对兰州、上海、北京和武汉4个封闭群共98只金黄地鼠线粒体DNA(mtDNA)D-环进行分析.结果表明:实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环序列中,T、C、A、G碱基含量分别为30.9%2、5.2%、29.5%、14.4%,其中A+T为60.4%、G+C为39.6%,G+C含量明显低于A+T;发现的167个多态位点中,113个转换、52个颠换、2个位点既有转换也有颠换,分别占多态位点数的67.7%、31.1%1、.2%,没有插入/缺失同时出现的位点,表明我国实验用封闭群金黄地鼠个体间多态性丰富,群体间无明显变异.     

河南某鸡场地方品种鸡禽白血病病毒感染状态检测

为了解河南某鸡场地方品种鸡禽白血病病毒(Avian Leukosis Virus,ALV)感染状态,采集该鸡场绿壳蛋鸡、青脚麻鸡和固始鸡的泄殖腔棉拭子、蛋清和血清,利用ELISA方法检测泄殖腔棉拭子、蛋清和血清样品中的ALV-p27抗原及血清样品中ALV-A/B和ALV-J抗体的水平,同时采集其血液接种DF-1细胞进行外源性ALV的分离鉴定。结果表明,绿壳蛋鸡泄殖腔棉拭子、蛋清和血清中的ALV-p27抗原阳性率分别为23.55%、11.96%和26.63%,血清中ALV-A/B和ALV-J抗体的阳性率分别为30.43%和16.85%,外源性ALV的分离阳性率为13.04%;青脚麻鸡泄殖腔棉拭子、蛋清和血清中抗原阳性率分别为10.99%、5.43%和22.83%,血清中ALV-A/B和ALV-J抗体的阳性率分别为18.48%和6.52%,外源性ALV的分离阳性率为8.00%;固始鸡泄殖腔棉拭子、蛋清和血清中抗原阳性率分别为21.07%、12.32%和25.00%,血清中ALVA/B和ALV-J抗体的阳性率分别为28.26%和17.39%,外源性ALV的分离阳性率为12.50%。表明3个地方品种鸡都不同程度地感染外源性ALV,且可能存在ALV-A/B和ALV-J 2种或3种亚群同时感染。