鸭圆环病毒PT07基因组序列测定与分析

本研究采用PCR方法从临床健康的番鸭法氏囊组织中分段扩增获得鸭圆环病毒(DuCV)PT07全长基因组,将扩增片段分别克隆,获得重组质粒,测序结果表明,DuCV基因组全长为1988nt。经基因组结构分析发现,DuCVPT07的基因组有3个开放阅读框(ORF),其中V1/rep和C1/cap是2个主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1/rep和C1/cap的5'起始端之间存在与启动滚环复制有关的1个茎环结构和1个正向重复序列。遗传进化分析发现,DuCV可分为2个群,PT07与TC1/2002～TC4/2002和FJ0604同处一个进化分支,而与Ger、33753-52和MH25关系较远。     

鸭圆环病毒基因组序列分析及其C1截短基因的原核表达

本试验参照GenBank登录的鸭圆环病毒(DuCV)基因组序列,设计2对DuCV特异性引物,运用PCR方法从病死番鸭法氏囊中分段扩增出DuCV LJ07株基因组,将扩增片段分别克隆获得重组质粒,测序后得到全长为1 995nt的DuCV LJ07株全基因组序列,与GenBank登录的DuCV基因组序列的同源性迭83.6%～96.5%.经基因结构分析发现,DuCV LJ07株的基因组有6个开放阅读框(ORF),其中V1、C1是2个最主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1和C1的5'起始端之间有与启动滚环复制有关的一茎环结构和2个正向重复序列.本试验同时还构建了去除核定位信号的C1截短基因的原核表达载体,诱导表达后经SDS-PAGE和Western-blotting分析表明C1截短基因已成功地在大肠杆菌中表达出Cap截短蛋白,为建立DuCV抗体血清学检测方法和开展DuCV感染的血清学调查奠定了基础.     

新型鸭肝炎病毒分离株JFX08全基因组测定与分析

对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。     

新型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了解新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组变异情况,本研究将广东地区分离到的1株,山东地区分离到的2株与1型DHV(DHV-1)无抗原交叉性的新型DHV(N-DHV)全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明,N-DHV基因组全长7786nt～7788nt,仅有一个ORF,其结构具有典型的微RNA病毒科病毒基因组特征。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白,该蛋白经3Cpro切割产生3个结构蛋白(VP0、VP3、VP1)和8个非结构蛋白(2A1、2A2、2B、2C、3A、3B、3C、3D)。与其他N-DHV毒株及DHV-1的抗原性相关VP1蛋白氨基酸序列比对表明,3株病毒之间及与国内分离的N-DHVG株的同源性均在98%以上,与韩国N-DHV同源性均大于92%,与中国台湾地区N-DHV同源性为80.1%～80.9%,与DHV-1的同源性为76.9%～77.3%。3株病毒与韩国N-DHVVP1氨基酸差异位点主要集中在C-端的高变异区。依据微RNA病毒科人肠病毒属血清型分型标准,GD株、SD01株、SD02株与韩国N-DHV和G株属于同一血清型,而与DHV-1和中国台湾地区新型DHV属于不同的血清型。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒( DHV -Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究.结果表明:不含poly(A)尾的DHV -Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列...     

猪细环病毒1b型ORF3基因克隆及序列分析

为明确福建省猪细环病毒（porcine torque teno sus virus,PTTSuV）1b型（PTTSuV-1b）ORF3基因的遗传进化特征,本研究根据GenBank中登录的PTTSuV-1b基因组特征设计特异性引物,对福建省某猪场患有仔猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)的猪血清进行PTTSuV-1b分段扩增,并分别对PCR扩增产物进行胶回收后克隆测序,将测序结果经BLAST分析后进行序列拼接。试验结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的PTTSuV-1b ORF3蛋白,全长为600 bp,编码有199个氨基酸。将获得的PTTSuV-1b型福建株与GenBank中PTTSuV-1b型的ORF3基因进行比对分析,其与FJ/China/2010/TTV2/2株核苷酸同源性最高,为99.7%,与西班牙PTTSuV-1b分离株TTV2_G43核苷酸同源性为97.3%,与SC株核苷酸同源性稍低,但也达94.0%;而与猪细环病毒K2型德国家猪分离株472142株核苷酸同源性仅为60.7%,与猪细环病毒1a型西班牙分离株PTTV1_1914株核苷酸同源性仅为46.8%。从遗传进化关系上看,PTTSuV-1b ORF3基因在遗传进化上呈2个大的遗传进化分支（分支Ⅰ和分支Ⅱ）,本研究分离株处于分支Ⅰ。     

一株Ⅰ型鸭肝炎病毒全基因组序列分析

为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。     

鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析

为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800 bp,由5'和3'非编码区(UTR)和一个大开放阅读框(ORF)组成。其中,5'UTR和3'UTR的长度分别为652和369 bp;ORF长度为6 756 bp,编码2 251个氨基酸长的多聚蛋白,其编码产物至少有12个(VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D);在分类地位上DHAV GX株属于DHAV-3,其与DHAV-3参考株核苷酸、氨基酸同源性最高;与DHAV-3 FS株亲缘关系最近,在同一较小分支上。DHAV GX株结构蛋白VP1以第195—201、211—221位氨基酸区段为B细胞优势表位的可能性较大。提示,VP1基因可作为研制DHAV基因工程疫苗的优势候选基因。     

2020—2021年山东省部分地区鸭圆环病毒全基因组遗传进化及特征分析

为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)流行状况及基因组特征,对山东济宁、潍坊等地区的病鸭病料进行DuCV检测及鉴定,DuCV阳性样品进行全基因组扩增,并进行遗传进化和基因组特征分析。结果显示:成功获得了14株DuCV的全基因组序列,全长为1 993～1 995 bp,遗传进化显示这些毒株与德国株AY22855处同一进化分支,均属于DuCV基因Ⅰ型,但不同年份之间已形成独立小分支且彼此之间同源性不高;Cap和ORF3蛋白氨基酸序列分析发现,2020年与2021年监测毒株Cap蛋白氨基酸同源性为96.7%,提示病毒变异速度和程度较高,增加了防控的难度。研究为山东地区鸭圆环病毒病的防控提供了重要数据支撑。     

2株鸭甲肝病毒的分离及其全基因组序列分析

为深入研究鸭甲肝病(DHAV),本研究通过RT-PCR方法和血清中和法分离鉴定得到两株DHAV(命名为A株和H株).采用RT-PCR方法分段克隆这两个分离株的全基因组序列.分析结果显示,A株的基因组全长为7 647nt(不合polyA序列),5＇和3＇非编码区长度分别为583nt和314nt,单一ORF为6 759 nt,编码2 253个氨基酸;H株的基因组全长为7 648 nt(不含polyA序列),5＇和3＇非编码区长度分别为482 nt和314 nt,单一开ORF为6 852 nt,编码2 284个氨基酸.A和H分离株与DHAV-1参考株比较,其核苷酸同源性分别为93.4％～97％和92.7％～95.8％.遗传进化分析表明,DHAV-1型主要分为两个亚群,这两个病毒分离株分别属于不同的亚群.     

北京鸭与樱桃谷鸭的分子遗传关系分析

为了分析北京鸭和樱桃谷鸭的遗传关系,采集包括北京鸭、在英国培育而成的肉鸭品种樱桃谷鸭及其它5个中国地方鸭品种共248个个体,利用11个微卫星标记对这7个鸭品种进行遗传关系分析.FST分析结果表明北京鸭与樱桃谷鸭的遗传分化程度最低,只有0.0795;遗传距离(Ds)分析发现北京鸭与樱桃谷鸭的遗传距离最近,为0.1079;群体分化时间分析表明二者的分化时间为98年,北京鸭与其它地方鸭品种的分化时间在282至694年之间;聚类结果显示北京鸭、樱桃谷鸭和建昌鸭聚为一类;巢湖鸭、高邮鸭、绍兴鸭和金定鸭聚为另一类.这些结果表明了北京鸭与引进品种樱桃谷鸭有非常密切的遗传关系,为樱桃谷鸭培育自北京鸭这一说法提供了分子遗传学的证据,同时本研究还发现北京鸭与樱桃谷鸭在遗传背景上已经发生了一定程度的分化.     

鸭病毒性肝炎研究：强毒在雏鸭和成年鸭体内的分布和排泄

１日龄雏鸭肌肉接种强毒株鸭肝炎病毒（ＤＨＶ）后，经Ｄｏｔ－ＥＬＩＳＡ检测，在显现临床症状和死亡鸭的肝脏及直肠粪便中可测到ＤＨＶ，无症状或未死雏鸭体内测到ＤＨＶ的顺序为：心→肾→肺→胸肌→脑；ＤＨＶ强毒进入成年鸭体内后４４ｈ可在直肠粪便中测到ＤＨＶ，其体内测到ＤＨＶ的顺序为：心→肾→肺→肝→肠，而胸肌和脑均未测到ＤＨＶ；同居感染成年鸭体内测到ＤＨＶ的顺序是：肺→脾→肝→心→肾→肠。此外，还讨论了鸭病毒性肝炎（ＤＶＨ）的发病机理。     

缙云麻鸭笼养行为观察

缙云麻鸭为典型的蛋用型鸭种，具有体型小、胆子小、神经敏感等特点。为更好地发挥笼养蛋鸭的生产潜力、制定科学的笼养蛋鸭饲养管理措施，在笼养蛋鸭试验期间，特对笼养蛋鸭的行为进行了观察。     

缙云麻鸭与绍兴鸭各品系的遗传距离分析

采用20对微卫星标记对缙云麻鸭与绍兴鸭3个品系的遗传结构进行了分析.结果表明缙云麻鸭与绍兴鸭群体的平均杂合度为0.5946～0.6918,试验共检测到178个等位基因.在DA基础上的UPGMA法聚类图将4个品系聚类为2个类群,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有着一定的关系.研究结果为缙云麻鸭种质特性研究提供了基...     

川麻杂交鸭与樱桃谷鸭、天府肉鸭屠宰性能和肌肉品质的比较

四川麻鸭由于体形较小、皮下脂肪较薄、肌肉水分含量低、肌纤维细小、肌间脂肪分布均匀、鸭味浓郁、风味佳、产品安全无污染而独具特色,深受市场欢迎.但四川麻鸭的生长速度较慢,出栏时间较长,影响养殖的利润.     

种鸭场鸭瘟的PCR快速诊断

鸭瘟是由疱疹病毒属的鸭瘟病毒引起的鸭、鹅等水禽的一种急性、接触传染性疾病.其特征是侵害血管,组织出血,消化道粘膜糜烂,淋巴器官出现病变,实质器官有退行性的病变.1923年Baudet首次报道荷兰的家鸭暴发鸭瘟,现在各养鸭国家和地区均有发生和流行,是危害养鸭业的最为严重的传染病之一.鸭瘟主要引起鸭的死亡、淘汰和产蛋下降,给养鸭业造成了较大经济损失.     

鸭肝炎病毒在鸭胚成纤维细胞上的适应性研究

将鸭肝炎病毒(DHV)E53鸡胚致弱株适应鸭胚成纤维细胞(DEF),连续传代至第16代时出现细胞病变(CPE),第21代时CPE呈现规律性,接毒后72 h CPE达80％,其病变特征是细胞间隙增宽、细胞崩解死亡、脱落.经病毒细胞培养物滴度测定、RT-PCR检测和间接免疫荧光法鉴定,证明DHVE53株能够在DEF上增殖.     

北京鸭／番鸭杂交体系肝脏组织基因表达差异的研究

以番鸭、北京鸭及其杂交后代半番鸭为研究对象,利用mRNA差异显示技术得到肝脏组织基因表达差异图谱.mRNA差异显示表明,肝脏组织的基因表达在纯种群和杂种群之间存在着显著的质和量的差异;5对引物组合显示出41条差异带;分属于7类10种基因表达模式,其中量的差异有3类4种,质的差异有4类6种.这些基因差异表达模式说明了杂种的基因表达调控方式发生了变化,可能是mRNA水平上杂种优势形成的分子遗传基础.     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。