非洲猪瘟病毒VP73蛋白的B细胞表位预测

非洲猪瘟（African Swine Fever,ASF）是由ASF病毒（AS-FV）引起的猪急性、烈性传染病。ASFV可以编码34种以上的结构蛋白。VP73蛋白作为ASFV主要的抗原性结构蛋白,能够诱导机体产生中和抗体,而且抗原性极为稳定,可作为ASFV的主要诊断试剂。笔者利用生物信息学方法,分析了来自Spain 70株的ASFV VP73蛋白的二级结构,并对该蛋白的B细胞表位进行预测,     

尼罗罗非鱼DMRT蛋白B细胞表位的预测

[目的]预测尼罗罗非鱼DMRT蛋白B细胞表位。[方法]以尼罗罗非鱼Dmrt基因序列为基础,按Garnier-Robson法,Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其编码蛋白的二级结构;用Kyte-Doolittle法,Emini法及Jameso-Wolf法分别预测B细胞表位。[结果]Garnier-Robson法和Chou-Fasman法的预测结果均表明,在尼罗罗非鱼DMRT蛋白分子N端第31~56、68~75、110~116、209~211区段和第239~243区段可能是α螺旋中心;蛋白N端第95~99、177~183、225~234区段和第251~254区段可能是β折叠中心;按Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对DMRT蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测DMRT蛋白的B细胞表位,DMRT蛋白N端第13~16、35~38、47~54,84~93、101~109、127~156、166~177区段和第198~201区段附近很可能为B细胞表位优势区域。[结论]该研究结果为DMRT蛋白克隆抗体的制备及探索尼罗罗非鱼性别调控机理提供了参考资料。     

非洲猪瘟病毒VP73蛋白的B细胞表位预测

[目的]预测非洲猪瘟病毒VP73蛋白的B细胞表位。[方法]综合分析二级结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数,预测非洲猪瘟病毒VP73蛋白的抗原表位。[结果]推测B细胞表位位于非洲猪瘟病毒VP73蛋白N端的11~18、26~48、73~82、136~150、159~174、181~1891、91~2102、47~276、279~295、313~323和382~392区段内或上述区段附近。[结论]应用多参数预测非洲猪瘟病毒VP73蛋白的B细胞表位,为今后进一步研究非洲猪瘟病毒VP73蛋白的特征以及表位疫苗的研制奠定了基础。     

中华鲟GH蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

笔者采用RT—PCR技术从中华鲟脑垂体中克隆出了生长激素（GH）基因,该文根据已获得的GH氨基酸序列一级结构,运用计算机技术和分子生物学软件对中华鲟GH蛋白二级结构和B细胞表位进行分析和预测,为中华鲟GH蛋白单克隆抗体的制备提供依据,为探讨中华鲟分子调控机理提供参考。     

猪伪狂犬病毒gB和gC蛋白B细胞表位编码序列的融合表达及活性测定

依据猪伪狂犬病毒g B和g C蛋白的B细胞表位编码序列,分别设计g B和g C蛋白B细胞表位编码序列的融合扩增引物,利用融合PCR技术,将g B和g C蛋白B细胞表位编码序列有机地融合为g B-C表位编码序列。将融合基因片段插入到原核表达载体p ET28a,并转化大肠杆菌BL21(DE3),1.0 mmol/L异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组蛋白。SDS-PAGE结果显示,融合蛋白g B-C能够高效表达,重组蛋白的分子质量约为38 ku;经Western blot鉴定分析,小鼠抗His标签单克隆抗体和PRV阳性血清均能识别表达的重组蛋白。表明成功表达了融合蛋白g B-C,且表达的重组蛋白具有较好的免疫学活性。     

DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测

为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位,以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明,DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段,且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位,其中第10—15和182—186区段及其附近可能是DEV-NP蛋白的B细胞表位优势区。     

PEDV N蛋白的原核表达纯化及B细胞抗原表位预测分析

本研究旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)N基因进行克隆构建、表达与其B细胞抗原表位性质的预测。将PEDV的N基因进行PCR扩增,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,经酶切验证获得阳性克隆,将阳性克隆在表达菌E. coli BL21(DE3)中表达。通过对表达条件及纯化条件的优化,获得高纯度表达蛋白。利用生物信息同源模型化软件Swiss-Pdb Viewer建立PEDV-N蛋白的3D结构,并根据生物信息学软件DNA-Star预测PEDV-N蛋白的二级结构、抗原性、亲水性和表面可及性分析,综合分析预测其B细胞抗原表位。经预测PEDV-N蛋白氨基酸序列中存在13个B细胞优势抗原表位区域。研究结果将进一步为PEDV-N蛋白体外表达产物的应用及研制基因工程疫苗提供理论基础。     

中华鲟GH蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

[目的]对中华鲟GH蛋白的二级结构及B细胞表位进行分析和预测。[方法]以中华鲟GH蛋白的氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测中华鲟GH蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法预测中华鲟GH蛋白的细胞表位。[结果]GH蛋白N端第37～51、88～92、97～104、133～148和187～193区段可能为α螺旋中心,在GH蛋白N端第6～17、24～35、56～57、105～107、109～110、117～119、124～126和204～208区段可能为β折叠中心,在GH蛋白分子N端第18～23、55～56、67～73、83～86、112～114、151～157和209～211区段具有较柔软的结构,这些区段有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。GH蛋白N端第19～23、51～71、84～95、128～139、164～176、189～196区段可能是B细胞的表位,在GH蛋白分子的这些区域内或附近都有柔性区域。因此这几个区段内或附近很可能是B细胞表位的优势区域。[结论]该研究结果对中华鲟GH蛋白单克隆抗体的制备,以及中华鲟分子调控机理的探讨具有一定的参考意义。     

北京鸭呼肠孤病毒σA、σB蛋白的二级结构及B细胞抗原表位的预测

应用SOPMA方法和DNAStar Protean软件综合分析了北京鸭呼肠孤病毒分离株DRV-GZ株的σA、σB蛋白的二级结构、亲水性、表面特性、柔韧性和抗原指数,并对各个蛋白的B细胞抗原表位进行了预测.结果表明,σA蛋白的32～37,56～61,82～85,107-116,128-141,202～207,239～246,256～260,274～280,312～317,381～391和σB蛋白的62～86,117～123,141～163,179～186,270～275,287～289,343～345区域内或附近最有可能是B细胞抗原表位的优势区域.     

猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV（猪传染性胃肠炎病毒）基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-Wolf方法和Emini方法预测了其抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位。结果显示,α螺旋数量少且分散,β折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22～30、45～76、100～172、239～301、348～419、451～519、541～633、645～720、746～796、822～887、921～986、1052～1201、1239～1384、1434～1445区段。S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20～32、44～54、69～78、97～106、635～655、781～803、949～994、1307～1328、1346～1362、1432～1448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位。     

CD158受体表位封闭对急性髓系白血病患者NK细胞杀伤活性的影响

目的 研究急性髓系白血病患者NK细胞CD158受体表位封闭对自身白血病细胞杀伤活性的影响.方法 分离急性髓系白血病患者及健康志愿者外周血NK细胞,以自身白血病细胞及K562细胞为靶细胞,用CCK-8试剂盒检测CD158a、CD158b单克隆抗体封闭前后NK细胞在1：1、5：1、10：1效靶比下对靶细胞的杀伤活性.结果 患者与正常人NK细胞对K562细胞均有高度杀伤活性,且随效靶比增大而增高（P＜0.01）.效靶比为1：1、5：1、10：1时,患者NK胞在封闭前对白血病细胞杀伤活性分别为（1.5±0.3）%、（5.6±0.8）％、（11.8±0.6）%,封闭后分别为（21.8±0.7）％、（38.6±0.9）％、（53.9±1.4）％,各效靶比组封闭前后差异有统计学意义（P＜0.01）.结论 急性髓系白血病患者NK细胞CD158受体表位封闭可提高NK细胞对自身白血病细胞的体外杀伤能力.     

猪细小病毒自然弱毒N株VP1蛋白二级结构及B细胞抗原表位预测

以PPV—N株的VP1蛋白基因序列为材料,采用Chou—Fasman、Garnier—Robson和Karplus—Schultz预测VP1蛋白的二级结构,用Kyte—Doolittle法预测VP1蛋白的亲水性,用Emini法预测VP1蛋白的表面可能性,用Jameson—Wolf法预测VP1蛋白的抗原指数,然后综合分析VP1蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,PPV—N株VP1蛋白的二级结构以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20～56、61～80、86～130、136～188区域最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。本研究为PPV—N株的自然弱毒分子机理以及反向疫苗学研究提供了一定的理论依据。     

bcr-abl融合基因片段和mIL-7基因双表达载体的构建与表达

利用重组DNA技术构建bcr-ab l融合基因片段和m IL-7基因双表达载体pV bcr-ab l/m IL 7,转染CHO细胞,通过IFA检测bcr-ab l融合基因片段和RT-PCR检测m IL-7基因,以探讨基因的双表达情况。结果表明:成功构建了双表达载体pV bcr-ab l/m IL 7,并检测到bcr-ab l和m IL-7在真核细胞的暂态表达,这为慢性粒细胞白血病bcr-ab l融合基因疫苗的研究提供了新的工具。     

非洲猪瘟病毒VP73蛋白的B细胞表位预测（英文）

[Objective] The B cell epitopes for VP73 protein of African swine fever virus was predicted.[Method]Based on the analysis of the amino acid sequence and the flexible regions of VP73 protein,the B cell epitopes for VP73 protein of African swine fever virus were predicted by method of Kyte-Doolittle,Emini and Jameson-Wolf.[Result]The B cell epitopes were located at or adjacent to the N-terminal No.11-18,26-48,73-82,136-150,159-174,181-189,191-210,247-276,279-295,313-323 and 382-392.[Conclusion]The multi-parameters analytic method was adopted to predict the B cell epitopes for VP73 protein of African swine fever virus,which laid solid foundation for further characterizing the protein of VP73 and researching epitope vaccine.     

尼罗罗非鱼DMRT蛋白B细胞表位的预测(英文)

[Objective] The research aimed to predict the B cell epitope of DMRT protein in Oreochromis niloticus. [Method] The secondary structure of amino acid sequence of DMRT protein was revealed by Garnier-Robson, Chou-Fasman and Karplus-Schulz methods. The hydrophilicity plot, surface probability and antigenic index were obtained by Kyte-Doolittle, Emini and Jameson-Wolf methods, respectively. Based on the above results, the B cell epitopes for DMRT were predicted. [Result] Both the prediction results from Garnier-Robson, Chou-Fasman methods indicated that the α-helix centers of DMRT protein in O. niloticus were in the N terminal No. 31-56, 68-75, 110-116, 209-211 and 239-243; the β-sheet centers of DMRT protein in O. niloticus were in the N terminal No. 95-99, 177-183, 225-234 and 251-254. With the assistant of Kyte-Doolittle, Emini and Jameson-Wolf methods, the B cell epitopes for DMRT were located in or nearby the N terminal No. 13-16, 35-38, 47-54,84-93, 101-109, 127-156, 166-177 and 198-201. [Conclusion] These results are helpful for preparing the antibody of DMRT protein and revealing the sex determination mechanism of O. niloticus.     

鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测

为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。