基于SSR标记的葡萄品种(系)遗传多样性分析与指纹图谱构建

[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱.     

果桑种质资源SRAP指纹图谱构建及遗传差异分析

为了有效区分15份果桑种质资源,利用分子标记SRAP技术进行遗传差异分析并构建DNA指纹图谱。从42对SRAP引物组合中筛选出17对引物进行PCR扩增,得到306条清晰条带,其中多态性条带253条,多态性比率为82.68%,供试材料间的遗传相似系数(GS)在0.390 9～0.811 1之间。选用2对多态性引物（Me2/Em1 和Me7/Em5）,初步构建了15份果桑种质材料的DNA指纹图谱。经过非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,以遗传相似系数0.666为阈值,将供试材料分为3组;根据条带的有无转换为二进制编码形成数字指纹图谱,简便快速区分每份种质材料。采用SRAP分子标记建立的指纹图谱适合于果桑品种的分类和鉴定。     

应用SRAP标记对茄子品种进行遗传多样性分析与指纹图谱构建

利用SRAP技术对36份茄子栽培品种进行了分子鉴定。结果表明:选用25对引物组合对其基因组DNA进行PCR扩增,共获得566条扩增带,其中多态性谱带102条,平均每个引物组合扩增出4.08条多态性条带;品种间‘望哈茄’与‘本溪早紫茄’遗传相似系数最大,为0.986,‘辐射1号’与‘沪紫长茄’间遗传相似系数为0.581。同时使用8对引物组合构建了36个品种的指纹图谱,其中引物FC8ME10可以把‘闽长茄’与其他茄子品种完全区分开。引物SA1OD3可以把‘敦和茄’和‘苏大青茄’同其他茄子品种区分开来。表明:SRAP标记技术能较好地从分子水平揭示出茄子品种的遗传多样性,并能有效应用于茄子品种指纹图谱构建。     

福建省马铃薯新品种(系)的SSR遗传分析和指纹图谱构建

为对福建省马铃薯新品种(系)鉴定提供分子水平上的依据,利用筛选出的11对多态性较好的SSR标记对9份马铃薯新品种(系)及其主要亲本进行遗传分析并构建指纹图谱。结果表明,供试材料共扩增出89个等位位点,其中84个为多态性位点,多态性比率达94.38%。不同引物扩增出等位位点数5(STM1049)-15(STI027)个,平均8.09个。利用STI027、STI052、STI033、STI047、STM3023和STM0030共6对引物构建了供试品种(系)的SSR指纹图谱。其中引物STI027可以将13份品种(系)完全区分开,引物STM0030可以将10个品种(系)区分开。聚类分析表明,在相似系数0.628处,可将13份品种(系)分为四类,聚类结果与供试品种(系)的系谱来源有较好一致性。     

应用 SRAP 分子标记构建黄麻遗传资源 DNA 指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记分析．结果表明：从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51．25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据．     

应用SRAP分子标记构建黄麻遗传资源DNA指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析.结果表明:从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51.25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据.     

21个日本牡丹品种DNA指纹图谱构建与EST-SSR标记遗传多样性分析

采用EST-SSR标记构建中国常熟尚湖牡丹园引栽的21个日本牡丹品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。以筛选出的10对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建日本牡丹21个品种DNA指纹图谱,用NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性。结果表明,10对EST-SSR引物在21份材料中共扩增出47个多态性基因型,平均每对引物扩增4.7个,变幅1~11个;10对引物的多态性频率(FP)平均值为0.522,变幅0.227~0.950;筛选出的2对核心引物可以将21个牡丹品种完全区分,以遗传相似系数0.55为阈值可将21个供试牡丹品种分成2类。由结果可知,EST-SSR标记在供试牡丹品种间多态性差异较大,适合用于牡丹的DNA指纹图谱的构建。     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

基于SSR标记的福建省若干水稻品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

以24份杂交稻品种和18份杂交稻亲本为材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。24对引物在研究材料中共检测到74个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为3.1个。基于24个SSR标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:42份材料之间的相似系数变化范围为0.60~1.00,在遗传相似系数0.68处可以将42份材料分为6个类群,较好地反映了供试材料的亲缘关系,可为水稻育种中亲本选择提供参考。同时建立了42份材料×12个SSR标记的指纹图谱,为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。     

苜蓿基因组DNA的RAPD指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和RAPD-PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定的多态性位点的RAPD引物。利用RAPD标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱。筛选的引物扩增条带清晰,具有5～10个多态性位点。利用琼脂糖凝胶电泳可以便捷地检测扩增的DNA多态性。从大量RAPD随机引物中筛选出36个RAPD引物,确定了180多个多态性位点。对几个抗寒苜蓿进行了RAPD分析,构建了55个苜蓿品种(系)的DNA指纹图谱,用于苜蓿品种鉴定。     

中国刺瘤型黄瓜种质遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP(Amplified fragment length polymorphisms)分子标记技术对99份来源不同的中国刺瘤型黄瓜(Cucumis sativus L.)种质的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,以确定中国黄瓜的遗传基础,指导育种实践.从77对引物组合中选出7对多态性较高的组合进行扩增,共扩增出382条条带,多态性带179条,多态性带比率为46%,总体平均期望杂合度为0.314.聚类分析显示,可将99份黄瓜种质资源划分为短瓜类群和长瓜类群,长瓜类群又可以分为3个亚群,3个亚群的黄瓜具有各自类群的表型特点.中国刺瘤型黄瓜种质资源表现出丰富的遗传多样性,是黄瓜育种优良的基因源.     

用基于反转录转座子的分子标记IRAP分析茄子品种的遗传多样性

IRAP（Inter Retrotransposon Amplified Polymorphism）是一种基于反转录转座子的分子标记技术。本文应用几种Copia类型的反转录转座子进行引物设计,封35份茄子栽培品种进行了基于IRAP的遗传多样性分析。根据Tnt1,Tto1,Tnd-1和Bare-1设计的6个引物共扩增出195条带,多态性带179条,多态性比率平均为91．8％,每个引物检测到多态性带25．33条,平均为29.8条。Nei’s遗传相似系数在0．3540-0．7752之间,平均相似系数为0．5901。多维尺度分析从分子水平将供试品种分为4个类群。     

与茄子果皮颜色相关联的AFLP及SCAR标记

 【目的】寻找与茄子皮色或果皮花青素合成相关基因连锁的分子标记,检验混合品系法（bulked lines analysis）在筛选分子标记中的应用。【方法】采用AFLP技术,以具有不同果皮颜色的茄子及近缘种为材料,采用单株检测和混合品系法分别筛选与茄子果皮颜色相关基因连锁的分子标记。【结果】对58份高代自交系材料进行单株检测（亲缘关系分析）,筛选到了1个与茄子紫红、紫黑果色相关的共显性标记。测序结果表明,片段长度分别为107和108 bp,为发生插入/缺失突变的同源序列;将其转化为SCAR标记,对136份茄子材料进行验证,在其中111份紫红、紫黑皮色材料中,相关符合率为90%,在白色及绿色材料中表现为不规律分布。最后以混合品系法,在两池内进一步筛选到了6个多态性标记,对6个标记进行单株验证,确定了它们与紫红、紫黑果色相关。【结论】本试验所获得的SCAR标记、AFLP标记可以用于茄子果色分子标记辅助育种。     

“福星01”人参与黄果人参及人参农家类型的ISSR、RAMP分析

利用RAMP和ISSR2种标记分别对人参品种及农家类型间的遗传差异进行检测和分析。结果表明:2种标记均能揭示各材料间的遗传多样性,其中RAMP标记的多态性高于ISSR标记。在ISSR标记中,每个引物可扩增出1～7条DNA片段,24个引物扩增出97条带,平均为4.04条。其中45条带具有多态性,多态性比率为46.4%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.7526～0.9691,平均值为0.8304。在RAMP分析中,每条引物可扩增出1～8条DNA片段,23对引物共扩增出112条带,平均为4.87条。其中75条带具有多态性,多态性比率66.9%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.5625～0.9286,平均值为0.7114。聚类分析结果表明,2种标记均能将供试材料完全分开,分类具有一定的相似性,即聚类与地域性有一定关系。     

SRAP marker reveals genetic diversity in tartary buckwheat in China

Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) marker was employed to analyze genetic diversity of 10 accessions of tartary buckwheat selected from a wide geographical area in China. Of the total 30 primer combinations investigated, 26 could amplify clearly and consistently. They produced a total of 285 fragments, of which 235 (82.5%) were polymorphic bands. Among the 26 primer combinations, five could discriminate all the genotypes used in this study. Based on the molecular data, the genetic similarity coefficients varied from 0.61 to 0.78 and calculated using the NTSYSpc published by Nei and Li (1979). The cluster analysis revealed that the 10 accessions were better to be grouped into two major clusters at a similarity level of 0.69. Moreover, the accessions collected from the same province turned out to be grouped in the same cluster, which indicated some geographical relationships. It also proved that the SRAP marker system was useful in identification and genetic diversity analysis of tartary buckwheat.     

应用SRAP分子标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】以来源于不同国家和地区的127份红麻栽培种、野生种和近缘种为材料,利用SRAP标记构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用SRAP标记对127份红麻种质进行遗传分析,计算其遗传相似系数。利用UPGMA法作聚类图,构建分子身份证。【结果】40对引物组合在127份红麻种质材料中共扩增出383条DNA片段,其中,375条为多态性片段,总的多态性条带比率（PPB）为97.9%。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.70时,127份红麻种质资源被划分为4个类群。用SRAP特征谱带和多种引物组合2种方法可有效区分所有材料,并构建出127份红麻种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。【结论】基于15对SRAP核心引物组合的36条谱带构建了一套127份红麻种质资源唯一性的分子身份证。     

ISSR标记对34份樱桃种质资源的遗传分析

利用ISSR标记对34份樱桃种质资源进行遗传多样性检测。结果发现,ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。每个引物可获得6～12条DNA片段,平均为8.76条;17个ISSR引物共扩增出149条DNA片段,其中143条具有多态性,多态性比率（PPB）为95.97%;平均多态信息量（PIC）为0.90;每个位点有效等位基因数（Ne）为1.914;材料间遗传相似系数GS变幅为0.44～0.91,平均达0.73。通过聚类,从分子水平对樱桃种质资源的遗传关系进行分析,并对34份资源进行分类,ISSR标记能将34份樱桃种质完全区分开,为樱桃种质资源的研究利用提供参考。     

黄淮麦区部分小麦品种(系)遗传多样性的SRAP分析

为明确黄淮麦区小麦品种(系)的遗传基础,采用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism,相关序列多态性扩增)分子标记检测70份黄淮麦区小麦品种(系)的遗传多样性。结果表明,SRAP引物可产生清晰条带,47对引物组合检测出1 144个等位变异,其中具有多态性314个,多态性条带比列为27.5%,每对引物平均检测出6.68个多态性等位变异。SRAP引物的多态信息含量(PIC)为0.144 5~0.686 3,平均值为0.471 7。黄淮麦区中,河南省小麦品种(系)的多样性指数最高(0.584),与其他各省遗传距离最近(0.145),基因交流最多。江苏省小麦品种(系)多样性指数最低(0.366),与其他各省遗传距离最远(0.250),基因交流最少。聚类分析表明,遗传相似系数为0.334~0.801,平均值为0.596。供试材料可分为3大类5个亚类,群体遗传结构分析与聚类结果基本一致,SRAP分子标记可用于小麦遗传多样性检测和群体结构的判断和划分,可高效揭示种质资源的遗传背景和亲缘关系。     

菜心种质材料的分子身份证构建研究

建立菜心种质材料的分子身份证有利于菜心种质材料的收集、保存、管理和利用.利用荧光MFLP标记技术分析供试的36份菜心种质材料,从200对选择性扩增引物组合中筛选出扩增产物清晰稳定的18对引物组合.这些引物组合在36份菜心种质材料中有3～31等位变异,多态性信息量(PIC)和标记指数值(MI)分别在0.26～0.98和0.8～30.4之间.主坐标分析表明,18对引物组合可以区分各供试材料,并按遗传相似性将供试材料归为3个类群.考虑到使用最少引物组合区分不同种质材料,筛选和确定出PIC和MI值最高的3个MFLP选择性扩增引物组合(tfCCTA(CA)7/mAAG、tfGGTC(ATT)5/mCAA和tfCCTA(CA)7/mCTC)作为核心引物组合,建立3个引物组合检测到每份种质材料等位变异有(1)无(0)的二进制数据,并将其转换成简捷直观的16进制数据,从而构建了供试菜心种质材料的分子身份证.     

利用SSR和SRAP技术分析广西柑橘种质遗传多样性

利用SSR和SRAP 2种分子标记技术对11份广西野生柑橘种质、13份广西地方品种和10份对照品种,共计34份柑橘类材料进行遗传多样性分析,结果表明:选用22对SSR和11对SRAP引物组合进行PCR扩增,依次获得221和215条多态性条带,平均每对引物获得10.1和19.5条多态性条带;SSR聚类图显示34份柑橘种质两两之间的遗传相似系数为0.78~0.96,SRAP聚类显示遗传相似系数为0.60~0.92;2种分子标记基本上能有效地区分宽皮柑橘类、枸橼类、柚类、大翼橙类、宜昌橙类和马蜂柑;同时,广西地区宽皮柑橘类与道县野橘、皱皮柑类与元橘、印度野橘与枸橼类的尤力克柠檬、大种橙与大翼橙类和阳朔金柑、柚类与大翼橙类亲缘关系紧密。