脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

栉江珧(Atrina pectinata)EST-SSR标记的开发与应用

本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2％,平均9.01 kb出现1个SSR位点.设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析.结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高.本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料.     

5个大鳞副泥鳅家系的遗传结构分析

利用20个微卫星标记对5个大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)家系的遗传结构进行分析,探究家系遗传多样性及其亲缘关系的远近,为进一步遗传选育提供技术参数。结果显示,20个微卫星标记在5个家系中共检测到等位基因数53个,平均等位基因数2.65个,各位点的等位基因数2~4个;5个家系平均观测杂合度(Ho)0.3117~0.5542,平均期望杂合度(He)0.3261~0.4371,平均多态信息含量(PIC)0.3459~0.4538,平均固定系数(Fis)-0.0472(<0),遗传分化系数(Fst)0.2703;UPGMA聚类分析显示,AB2013F-7和AB2013F-81亲缘关系最远。研究表明,5个家系间遗传分化较大,具备较大的选育空间。     

秦皇岛海域野生牙鲆群体遗传多样性分析

用18对多态性微卫星标记对采自秦皇岛海域的90尾野生牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行遗传分析。18个微卫星位点共检测出161个等位基因;各位点等位基因数为7~11个,平均为8.9;有效等位基因为3.7~8.0,平均有效等位基因为5.9;各个位点多态信息含量为0.69~0.86,平均值为0.80;Shannon多样性指数平均值为1.9;观测杂合度(Ho)值为0.33~0.87,平均值为0.64;期望杂合度为0.74~0.89,平均期望杂合度(He)为0.84。χ2检验表明,18个位点中有9个的等位基因分布偏离了哈迪温伯格平衡(P<0.05)。研究结果表明,秦皇岛海域野生牙鲆群体遗传信息含量丰富、等位基因分布均匀,遗传多样性较高,但是,存在Hardy-Weinberg不平衡现象。     

基于转录组数据的溪红点鲑微卫星标记筛选及引进群体遗传结构

为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bo...     

西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析

西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。     

棘头梅童鱼七个野生群体遗传多样性的微卫星分析

为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为3~13个,有效等位基因数为1.7510~8.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.3596~0.7854,期望杂合度(He)为0.4300~0.8780;多态信息含量(PIC)为0.3604~0.8631,其中有2个位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),7个位点表现为高度多态(PIC0.5),具有较丰富的遗传多样性水平。Hardy-Weinber平衡分析显示,7个群体的大部分位点未偏离平衡。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的7个野生群体UPGMA系统进化树结果显示,ND和WZ群体遗传关系最近,ZS和WZ群体遗传关系最远,WZ和ND聚为一支,但总体上没有显著的遗传分化。     

基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。     

卵形鲳鲹育种群体遗传多样性分析

利用11个微卫星位点,对海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)育种群体进行了遗传多样性评价和聚类分析。结果显示,海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹育种群体的平均等位基因(Na)分别为5.0和3.6,平均有效等位基因(Ne)为2.965和2.244,观测杂合度(Ho)分别为0.292~0.814和0.207~0.840,期望杂合度(He)分别为0.307~0.813和0.189~0.761,海南三亚群体中多态信息含量(PIC)为0.014~0.719,平均为0.509,而广东大亚湾群体的PIC为0.168~0.711,平均为0.436。海南三亚群体有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05),广东大亚湾群体有2个位点偏离哈温-伯格平衡;2个群体间的遗传相似系数为0.561,遗传距离为0.578,遗传分化指数(Fst)为0.152。Structure软件分析显示海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹群体各为一支,2个群体间具有较大的遗传分化,可作为2个育种群体管理,2个群体间进行杂交选育预期可获得较好的遗传进展。     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.     

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记,对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因,其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等,平均等位基因4.666 7,平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9,平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9,平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态,遗传多样性较低,且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异,但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大,遗传距离最小;黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8）,遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小;珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0）,遗传距离最大（平均0.185 2）,其遗传分化差异较大,结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

塔里木河流域5个地理种群的叶尔羌高原鳅遗传多样性分析

为研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)群体的遗传多样性,基于高通量测序平台,对叶尔羌高原鳅基因组进行测序,并筛选出符合条件的微卫星位点,设计100对用于PCR扩增的引物,最终筛选出39对具有多态性的引物,挑选多态性较高的15对在5个河段叶尔羌高原鳅种群中进行扩增,分析不同种群的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,5个叶尔羌高原鳅群体的平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为48.467和15.181,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.578和0.929,多态性信息含量(PIC)为0.893,种群间遗传分化系数(Fst)为0.102。其中,车尔臣河群体等位基因数最多(18.143),阿克苏河群体等位基因数最少(10.429);阿克苏河群体的观测杂合度最高(0.706),台特玛湖群体的观测杂合度最低(0.517);阿尔干群体的多态信息含量最高(0.877),阿克苏河群体的多态信息含量最低(0.760);阿克苏河与台南河群体的遗传距离最小(0.606),阿尔干与台南河群体遗传距离最大(1.901);阿尔干群体与台南河群体遗传相似度最低(0.149),阿克苏河与台南河群体的遗传相似度最高(0.545)。群体遗传结构显示,车尔臣河与台特玛湖、阿克苏河与台南河、阿尔干群体分别聚为独立分支。研究表明,塔里木河各个河段叶尔羌高原鳅之间虽然有一定的差异,但仍然有基因交流现象。     

长江宜宾江段圆口铜鱼遗传多样性的微卫星分析

选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。     

基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选

采用Illumina高通量测序技术,对兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis)垂体和性腺等组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示:共获得13 652个微卫星标记,对所得位点进行分类,单核苷酸重复类型占47.86%,二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43%、16.32%、1.25%、0.12%以及0.02%。随机选取30个SSR位点进行PCR验证,有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2~4,平均等位基因数为3.111 1±0.993 8,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)以及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.597 2±0.233 2、0.539 7±0.178 0和0.467 2±0.172 1。9个微卫星位点中,有4个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P0.05)。Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法,所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。     

牙鲆回交、全同胞近交及其亲本家系的微卫星研究

应用10对微卫星引物对2007年建立的抗病家系之一(将其定义为亲本家系)及其回交家系和全同胞近交家系进行分析,结果发现10个位点的等位基因数为1.7～3.0,平均等位基因数为2.3,有效等位基因数为1.553 2～2.887 8,平均有效等位基因数为2.054 1,杂合度观测值为0.307 0～0.664 8,平均杂合度观测值为0.487 0,无偏期望杂合度值为0.200 0～0.606 8,平均无偏期望杂合度值为0.606 8,多态信息含量为0.233 4～0.579 4,平均多态信息含量为0.399 5,3个家系均为中度多态,多态信息含量从大到小依次为:亲本家系、回交家系、全同胞近交家系,其中Poli194TUF位点在全同胞近交家系中发生纯合.家系间的遗传分化系数为0.067 1,表明遗传变异有6.71%来自于家系间,家系间分化较低.根据家系间的遗传距离,利用UPGMA法进行聚类,亲本家系和全同胞近交家系聚为一类.全同胞近交家系纯化基因速率较快,适合牙鲆品系的快速建立.     

三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析

采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。     

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

南方拟微卫星标记筛选及遗传多样性分析

南方拟■是一种分布于长江以南各水系的小型经济鱼类,目前仅有野生资源。为查明珠江流域其群体遗传结构现状,试验采用RAD-Seq技术筛选出36个多态性微卫星标记,其中29个为高度多态性(多态信息含量>0.50)位点,6个为中度多态性(0.25<多态信息含量<0.50)位点和1个为低度多态性(多态信息含量<0.25)位点。选取6个高度多态性位点研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8个江段南方拟■群体的遗传多样性和种群分化情况,结果显示,共检测到98.17个等位基因,平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农指数和多态信息含量值分别12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方拟■的遗传多样性丰富。6个微卫星位点在8个群体中检测结果显示,平均群体间分化系数为0.1028,表明10.28%的遗传变异来自于群体间,89.72%的遗传变异来自于群体内,属于中等分化水平;平均群体内近交系数为0.2987,表明群体内杂合子缺失严重;基因流为1.0075~4.7308,说明群体间的基因流足以抵制遗传漂变。本研究的结果可为南方拟■种质资源保护和开发利用提供科学依据。