圈养老年大熊猫肠道菌群16SrDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

鸡咽部混合菌群16S rDNA序列分析方法的建立

通过优化鸡咽拭子预处理方法、储存条件、提取咽拭子标本中的细菌总DNA条件、细菌16SrDNA保守区通用引物设计及PCR扩增条件,成功建立了鸡咽部菌群16SrDNA序列分析方法,并初步分析了健康鸡的咽部菌群种类和组成,同时发现鸡咽部菌群中未知细菌和未可培养细菌所占的比例很大,需要深入研究其对鸡呼吸道疾病的影响。     

基于16S rDNA测序分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群结构

旨在通过16S rDNA测序技术分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群的结构。本研究将20只昆明小鼠随机分为2组,分别是苦参碱组(MT组)和阴性对照组(NC组),连续腹腔给药5 d,每天给药2次,收集各组粪便和各肠段组织,进行β多样性、Lefse及Metastats分析,qPCR检测差异菌种在各肠段的mRNA表达量,通过KEGG分析肠道菌群变化导致的代谢途径差异。稀释曲线结果显示,所测样本数据足以反映样品中物种多样性;β多样性分析结果显示,苦参碱可以调节肠道菌群的结构,Lefse及Metastats分析结果均显示,苦参碱显著增加了拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌目(Bacteroidales)、Muribaculaceae、益生菌嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)的丰度,而显著减少了厚壁菌门(Firmicutes)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的丰度。与Lefse及Metastats分析结果一致,qPCR结果显示苦参碱组小鼠粪便中嗜酸乳杆菌含量增加。同时,苦参碱可以增强嗜酸乳杆菌在各肠段的定植。通过KEGG分析发现,NC与MT组之间在聚糖的生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径存在显著差异。本研究结果表明,腹腔注射苦参碱可以显著改变昆明小鼠肠道菌群的结构,增加有益菌嗜酸乳杆菌在肠道中的定植,并造成了聚糖生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径的差异,为进一步揭示苦参碱发挥药效作用的机理奠定了基础。     

基于16S rDNA测序分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群结构

旨在通过16S rDNA测序技术分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群的结构。本研究将20只昆明小鼠随机分为2组,分别是苦参碱组(MT组)和阴性对照组(NC组),连续腹腔给药5 d,每天给药2次,收集各组粪便和各肠段组织,进行β多样性、Lefse及Metastats分析,qPCR检测差异菌种在各肠段的mRNA表达量,通过KEGG分析肠道菌群变化导致的代谢途径差异。稀释曲线结果显示,所测样本数据足以反映样品中物种多样性;β多样性分析结果显示,苦参碱可以调节肠道菌群的结构,Lefse及Metastats分析结果均显示,苦参碱显著增加了拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌目(Bacteroidales)、Muribaculaceae、益生菌嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)的丰度,而显著减少了厚壁菌门(Firmicutes)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的丰度。与Lefse及Metastats分析结果一致,qPCR结果显示苦参碱组小鼠粪便中嗜酸乳杆菌含量增加。同时,苦参碱可以增强嗜酸乳杆菌在各肠段的定植。通过KEGG分析发现,NC与MT组之间在聚糖的生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径存在显著差异。本研究结果表明,腹腔注射苦参碱可以显著改变昆明小鼠肠道菌群的结构,增加有益菌嗜酸乳杆菌在肠道中的定植,并造成了聚糖生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径的差异,为进一步揭示苦参碱发挥药效作用的机理奠定了基础。     

16S rDNA序列分析法鉴定鸡源肠道乳酸菌

从北京郊区某散养鸡场健康成年鸡肠道中分离纯化得到12株未知菌,分别提取DNA,采用16S rDNA扩增通用引物,经PCR扩增后,测定其16S rDNA序列,测序结果与Gen Bank数据库中的序列作对比,根据序列相似性,利用MEGA软件,对12株未知菌序列构建进化树。经鉴定5株为乳酸杆菌、3株为唾液乳杆菌、2株为肠球菌、1株为罗伊氏乳杆菌及1株为葡萄球菌。结果表明,16S rDNA序列分析技术与传统方法相比具有简便和快速等优点,提高鉴定效率,可进行乳酸菌种级水平鉴定,适合用于实验室内对乳酸菌的鉴定。     

基于16S rDNA测序技术探究参苓白术散对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

为了探究参苓白术散(SLBZS)对葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium, DSS)诱导的溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)模型小鼠肠道菌群的影响,选用32只6周龄、体质量18～20 g SPF级雄性BALB/c小鼠,随机分为4组,每组8只。采用3.5%DSS水溶液自由饮水7 d建立UC模型,参苓白术散治疗组(SLBZS)和柳氮磺胺吡啶治疗组(SASP)灌胃治疗,通过观察各组小鼠的体质量变化、疾病活动指数评分(disease activity index, DAI)、结直肠长度、结肠黏膜损伤眼观变化及组织病理学变化评价SLBZS对小鼠UC的治疗效果,基于16S rDNA高通量测序探究SLBZS对UC小鼠肠道菌群的影响。结果显示,与对照组相比,Model组小鼠体质量明显下降,DAI评分显著升高(P<0.01),结肠长度明显缩短,结肠黏膜损伤严重,眼观评分明显降低(P<0.01),组织病理学评分差异显著(P<0.01);与Model组相比,SLBZS组小鼠体质量明显升高,DAI评分显著降低(P<0.01),结肠长度明显增...     

云南圈养亚洲象肠道菌群特征初探

为揭示云南亚洲象的肠道微生物组成以及两地不同圈养方式对其肠道微生物的影响,于2022年9—11月采集昆明市圆通山动物园（采用圈舍、纯人工饲养模式,n=2）和西双版纳勐海县勐阿镇管护站（采用自然地圈养模式,偶有人工投喂,n=3）的5头亚洲象粪便,提取DNA后,利用16S rDNA V3—V4区扩增子进行测序和分析。结果表明,从亚洲象粪便样本中共获得611 857条有效序列,聚类产生2 485个操作分类单元（OTU）,分属20个门和173个属,厚壁菌门和拟杆菌门是所有亚洲象粪便样本中的优势菌门,毛螺菌科、瘤胃球菌科、F082、Rikenellaceae为优势菌科。Ace指数（t=4.831,P=0.021）和Chao1指数（t=3.96,P=0.32）分析结果表明,勐海亚洲象粪便的菌群丰度显著高于圆通山组（P <0.05）;不同地区生活的亚洲象的粪便菌群结构和功能有所不同。综上,两地亚洲象的肠道菌群有一定的共性,同时也存在明显的差异。说明不同生活环境会导致亚洲象肠道的微生物菌群差异,野生模式的圈养方式会使亚洲象肠道微生物群落更加丰富。     

腹泻对圈养林麝肠道菌群的影响

为了研究腹泻对圈养林麝肠道微生物多样性的影响,笔者采用Illumina Nova高通量测序技术对18只腹泻林麝与54只健康林麝肠道微生物16S r RNA进行测序,结果获得操作分类单元(OTUs)2940个。腹泻组与正常组微生物群落结构以及多样性指数均差异极显著(P0.01)。其中属水平上腹泻组金黄杆菌属、德沃斯氏菌属、根瘤菌科未确定属和甲烷短杆菌极显著增加(P0.01);弯曲杆菌、螺旋体科未确定属、Candidatus_Soleaferrea、Tyzzerella、副拟杆菌、罗斯氏菌属、拟杆菌属、库特氏菌属、颤杆菌克菌属、螺杆菌、多尔氏菌属、梭菌科未确定属和不动杆菌属极显著降低(P0.01)。以上结果表明,腹泻时圈养林麝肠道微生物多样性发生剧烈变化,有害菌大量增殖、有益菌大量缩减。     

野生和圈养梅花鹿肠道菌群的分析

为了给野生梅花鹿保护、健康评估、疾病治疗提供数据支持,试验采用16S rRNA高通量测序的方法来鉴定野生和健康的圈养梅花鹿肠道内的健康核心微生物群落,并通过比较饮食的差异来研究饮食因素对肠道微生物群落的影响。结果表明:在梅花鹿体内存在一个共有的核心肠道菌群,该菌群主要由厚壁菌门和拟杆菌门组成,并且菌群的丰富度和多样性没有显著差异。说明饮食因素的差异并没有影响野生和圈养梅花鹿的肠道核心菌群,梅花鹿同体内肠道核心菌群存在很强的协同进化能力。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便,基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明,不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长,厚壁菌门的相对丰度逐渐增加,变形菌门的相对丰度逐渐降低;共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势,在18～22岁达最高;Beta多样性结果表明,组间差异大于组内差异,不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌,34...     

野外放归大熊猫肠道菌群变化的研究

对四川卧龙中国保护大熊猫研究中心的一只野外放归亚成体大熊猫肠道菌群的组成和季节变化规律进行了研究,同时与其圈养双胞胎兄弟的肠道菌群进行了比较。从放归大熊猫粪便中分离出17种肠道菌,优势菌群为肠杆菌、肠球菌和乳杆菌。与圈养大熊猫相比,放归大熊猫肠道菌群中优势菌群的种类未发生改变,但是肠球菌数量增加,肠杆菌和乳杆菌的数量减少。研究发现放归大熊猫肠道菌群中的肠杆菌和肠球菌的数量随季节变化有较大波动,乳杆菌的数量随季节变化波动不大;而圈养大熊猫三种优势菌的数量随季节变化波动都不大。     

基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响

本研究旨在通过网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响。利用传统中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选丹参有效成分及靶点基因。使用基因数据库（Genecards）获得E.coli靶点基因。两者靶点基因取交集,通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,并运用Cytoscape 3.8.2软件构建“丹参活性成分-潜在作用靶点”网络。利用DAVID在线工具进行基因本体论（GO）功能富集分析,Metascape数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。试验选用110只雄性昆明小鼠,随机分为对照组、大肠杆菌组和低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组,每组22只。连续灌胃丹参液28 d后,用E.coli O₁₀₁进行腹腔注射,对照组注射无菌生理盐水,观察24 h后,收集各组粪便。应用16S rDNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析。结果显示：1）网络药理学丹参有效成分36个,作用靶点669个,Genecards数据库搜索E.coli靶点8 902个,对两者取交集去除孤立点获得丹参治疗E.coli潜在靶点51个;GO、KEGG分析,获得关键靶点18个、关键通路47条,其中生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞成分（CC）各为174、76、45条;2）通过Illumina Miseq测序共获得950 855条有效序列,2 537个操作分类单元（OTUs）;3） Alpha多样性分析结果表明,不同剂量丹参组肠道菌群多样性与对照组具有显著差异,大肠杆菌组肠道菌群多样性显著低于对照组（P<0.05）;4）相比于大肠杆菌感染组,在门水平上,低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组Bacteroidetes （拟杆菌门）丰度极显著增高（P<0.01）,Firmicutes （厚壁菌门）丰度显著增高（P<0.05）,Proteobacteria （变形菌门）极显著降低（P<0.01）,在属水平上Bacteroides（拟杆菌属）丰度极显著增高（P<0.01）;5）基于LEfSe分析,对照组、大肠杆菌感染组、丹参高剂量大肠杆菌感染组共发现14种显著差异菌群;6） PICRUSt功能预测分析发现,丹参对大肠杆菌感染小鼠肠道菌群调节功能主要富集的途径是氨基酸、碳水化合物运输与代谢,翻译、核糖体结构和生物转化,细胞壁/膜/生物合成等方面。综上,基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术全面揭示了丹参多成分、多靶点、多途径调节相关菌群生物丰富度,对大肠杆菌感染小鼠的肠道菌群紊乱有缓解作用,为临床应用丹参治疗大肠杆菌感染提供理论依据。     

副鸡嗜血杆菌16 S rDNA PCR检测方法的建立

根据副鸡嗜血杆菌的16 S rDNA基因序列设计一对特异性引物XZIC1和XZIC2,对6株副鸡嗜血杆菌进行PCR扩增。结果显示,该对引物对6株副鸡嗜血杆菌均扩增出与预期大小相一致的282bp片段,而对鸡毒支原体、禽巴氏杆菌、鸡传染性支气管炎病毒、鸡新城疫病毒、大肠埃希菌、鸡白痢沙门菌、禽流感病毒(H9)、鸡喉气管炎病毒及葡萄球菌等9种病原体的扩增结果均为阴性。该PCR敏感性结果表明,本方法可以检测到10pg的副鸡嗜血杆菌DNA模板。采用引物XZIC1和XZIC2,对分别用副鸡嗜血杆菌ctcc253、ctcc255、ctcc257、ctcc269株感染SPF鸡的临床病料DNA进行PCR扩增,均可扩增出单一的282bp的片段。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)(J_1(亚成年大熊猫个体)、J_2(成年大熊猫个体)、J_3(老年大熊猫个体))的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析(redundant analysis,RDA)分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明:在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J_2肠道最高,淀粉酶活力在J_3肠道最低,纤维素酶活力在J_1肠道最低,蛋白酶活力在J_1肠道最高,在J_3肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）（J₁（亚成年大熊猫个体）、J₂（成年大熊猫个体）、J₃（老年大熊猫个体））的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析（redundant analysis,RDA）分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明：在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J₂肠道最高,淀粉酶活力在J₃肠道最低,纤维素酶活力在J₁肠道最低,蛋白酶活力在J₁肠道最高,在J₃肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

圈养大熊猫的行为训练

大熊猫行为训练是针对圈养大熊猫医学检查和繁殖需要进行的,有利于饲养管理和减少应激反应。本文详细记录了大熊猫行为训练的方法、过程及训练目标,把医学检查和繁殖需要分解到具体的目标动作,并规范动作要求（站,坐,趴,躺）,从食物和训练技术上严格把关,分析解决训练过程中存在的问题,建立安全有效的训练方法,形成科学规范的大熊猫行为训练程序,为提高繁殖力和医疗检查提供方便条件,达到提高圈养大熊猫生存福利的目的。     

亚成体大熊猫肠道正常菌群变化的初步研究

对三只处于食性转换期前后的亚成体大熊猫肠道内好氧及兼性厌氧细菌的数量、种类进行了初步研究。研究发现在亚成体大熊猫处于食性转换期前后,肠道内的细菌种类和数量变化比较大。在以高蛋白为主食的食性转换前期,亚成体大熊猫肠道内的细菌含量在１０６～１０７ｃｆｕ／ｇ之间,其中优势菌群为肠杆菌（４２５％）和乳杆菌（３５６％）;而以纤维性食物为主食的食性转换后期,亚成体大熊猫肠道内的细菌含量在１０４～１０５ｃｆｕ／ｇ,其中肠球菌居多,占３８７％。