奶山羊GHRHR基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

利用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术检测668只关中和萨能奶山羊GHRHR基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析,结果表明GHRHR基因存在4个SNP多态.关联分析表明:P3位点的基因型与2个奶山羊品种的部分生长性状(体高、体长、胸围)存在显著差异(P<0.05).     

奶山羊AGPAT6基因多态性与生长性状的关联分析

利用PCR-RFLP技术对549只西农萨能和关中奶山羊群的AGPAT6基因遗传多态性与生长性状(体高、体长和胸围)的相关性进行了研究。结果表明AGPAT6基因存在4个SNPs多态:P1、P2、P4与P10位点分别位于5'UTR(g.152G>C)、内含子2(g.8124G>A)、外显子4(g.9263C>G)和3'UTR(g.16436G>A)。经关联分析,P2、P4和P10三位点在西农萨能奶山羊和关中奶山羊品种中都属于中度多态,4个SNPs的不同基因型对两个奶山羊品种的生长性状影响均不显著(P>0.05)。     

关中奶山羊CSN1S1基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析

【目的】通过分析关中奶山羊αs1-酪蛋白(alpha-s1 casein, CSN1S1)基因组织表达谱及其生物信息学功能,初步探究CSN1S1基因在奶山羊乳成分合成中发挥的作用。【方法】以关中奶山羊为研究对象,利用PCR扩增并克隆CSNIS1-1和CSN1S1-2 2个突变形态,并利用ProtParam、NetPhos、SingalP 4.1 Server、NPS和Phyre2等多种生物信息软件和在线工具对CSN1S1基因及其突变形态的蛋白质结构、理化性质、磷酸化位点等进行分析,通过实时荧光定量PCR检测CSNIS1-1和CSN1S1-2在关中奶山羊肝脏、脾脏、乳腺、肾脏、子宫、输卵管6个组织中的相对表达量。【结果】关中奶山羊乳腺上皮细胞中存在CSN1S1-1和CSN1S1-2 2种突变形态。对测序结果比对显示,CSN1S1-1存在3个碱基的突变,CSN1S1-2不仅存在3个碱基的突变,还存在6个碱基的缺失。CSN1S1-1与CSN1S1蛋白相似性为99.07%,CSN1S1-2与CSN1S1蛋白相似性为97.20%。蛋白理化性质分析显示,CSN1S1-1中碱基的突变导致第31位亮氨...     

奶山羊AGPAT6基因多态性与生长性状的关联分析

利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术对549只西农萨能和关中奶山羊群的AGPAT6基因遗传多态性与生长性状(体高、体长和胸围)的相关性进行研究.结果表明AGPAT6基因存在4个单核苷酸多态性:P1、P2、P4与P10位点分别位于5′UTR (g.152G＞C)、内含子2(g.8124G＞A)、外显子4(g.9263C＞G)和3′UTR(g.16436G＞A).经关联分析,P2、P4和P10三位点在西农萨能奶山羊和关中奶山羊品种中都属于中度多态,4个SNPs的不同基因型对两个奶山羊品种的生长性状影响均不显著(P＞0.05).     

奶山羊weaver基因遗传变异及其与泌乳性状的关联分析

以PCR-RFLP和DNA测序技术研究了708只中国奶山羊的weaver基因多态性.结果显示:外显子4位点和3-UTR存在4处多态性,即G5896A、T6256A、C99045T和C99116T,分别由Mlu Ⅰ,AsuⅡ、Taq Ⅰ和Hha ⅠPCR-RFLP检测.与泌乳性状关联分析表明:西农萨能奶山羊的Mlu Ⅰ、AsuⅡ和Hha Ⅰ位点的3种基因型对乳脂、乳蛋白质、乳搪、非脂乳固体和总乳固体影响均不显著(P＞0.05),其中在第2胎,Asu Ⅱ位点AA基因型的泌乳量显著高于AT和TT基因的(P＜0.05).西农萨能奶山羊的Taq Ⅰ位点的TT型个体的乳蛋白质和非脂乳固体显著高于CC和TT型个体的(P＜0.05),其中在第1胎,TT和CT基因型奶山羊的泌乳量显著高于CC基因的(P＜0.05).     

延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1（stearoy-CoA desaturase 1,SCD1）基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD1基因序列（登录号：AC_000181.1）,利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD1基因846 bp处存在A→G突变（g846 A→G）、1 022 bp处存在C→T突变（g1022 C→T）,其中g1022 C→T突变导致丙氨酸（A）突变为缬氨酸（V）,但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关（P<0.05）;g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关（P<0.05）,说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

SCD基因在两个奶山羊品种中的酶切多态性分析

硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)是酯酰去饱和酶超家族的成员,是控制脂肪组织和乳腺中的饱和脂肪酸向不饱和脂肪酸转化的舍铁关键酶.然而,目前少见关于山羊SCD基因遗传变异方面的研究.在对两个奶山羊品种(西农萨能和关中奶山羊)的708个个体的研究中发现了SCD基因的3个碱基突变,其中一个为错义突变,并且由此构建了单倍型A、B和C,共发现了6种基因型.通过关联分析表明:CC基因型个体的体高和体长明显大于BC基因型个体(P＜0.05).     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤澳麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因r结合蛋白1(insulin-Like growth factor-binding protein-1,IGFIIP 1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应.结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C,5692AAT插入).对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型.最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P<0.05).     

猪PGC1基因多态性与胴体性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经AulⅠ酶切后存在AA、AT和TT3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0．7,而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与胴体性状相关性发现,AA基因型猪的左胴重、右胴重和脂肪重均高于TT基因型猪,差异达到显著水平（P〈0．05）。倒数第三、四腰椎间背膘厚AA基因型显著高于TT基因型猪,差异达到极显著水平（P〈0．01）,AT基因型与TT基因型差异达到显著水平（P〈0．05）。     

四川牦牛UCP1基因遗传多态性及其与肉品质性状的关联分析

四川牦牛(Bos grunniens,yak)主要分布于我国海拔3 000～5 000 m的高原地区,以肉质细嫩、味美可口、低脂肪、高蛋白而受到国内外消费者的欢迎。牦牛全身都是宝,藏族人民的衣食住行都离不开它。解偶联蛋白1(uncoupling protein 1,UCP1)是棕色和米色脂肪细胞特异性表达的一种产热线粒体蛋白,通过线粒体中的电子传递链参与底物氧化和ATP分解进程,从而产生热量并为机体供能。本课题组前期通过组学分析发现：UCP1基因可能对脂质代谢具有重要调控作用。因此,本试验拟以四川牦牛为研究对象,探讨UCP1基因在四川牦牛群体中的遗传多态性,分析四川牦牛肉品质性状相关的潜在遗传标记位点。结果显示,UCP1基因的内含子4和外显子5中共发现4个SNPs位点,其中I4-769 G>A位点的AA型的背最长肌红度显著高于GG型;在I4-836 C>T位点中CC型的背最长肌红度和黄度显著高于CT型;E5-26 C>G位点的CC型的背最长肌亮度显著低于CG型,而CC型背最长肌红度和黄度显著高于CG型;E5-59 A>G位点的GA型的背最长肌24 h时的pH值显...     

大白猪FUT1和PRLR基因多态性与产仔性状的关联分析

为探讨FUT1和PRLR基因多态性与母猪繁殖性状的相关性,该试验采取PCR-RFLP和PCR检测方法对909头大白猪群体进行FUT1和PRLR基因的多态性检测,并对不同基因型的总产仔数、产活仔数、健仔数、窝重等与繁殖相关的性状进行了关联性分析。分析结果显示,在该试验群体中B基因是FUT1的优势等位基因,A基因是PRLR的优势等位基因。对于FUT1基因,AA型个体死胎比BB型少0.31头/胎(P 0.05),AA型个体总活仔数比AB型个体高1.30头/胎(P 0.05),其他繁殖性状上各基因型间均无显著差异。对于PRLR基因,AA型个体窝重比BB型个体显著高出0.84头/胎(P 0.05),各基因型间其他繁殖性状上均无显著差异。合并基因型分析发现:在大白猪中PRLR-FUT1最优分子标记组合为BBAA,其次是ABAA型组合较佳。     

猪PGC1基因多态性与胴体性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经Aul I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7, 而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势.分析PGC1基因型与胴体性状相关性发现,AA基因型猪的左胴重、右胴重和脂肪重均高于TT基因型猪,差异达到显著水平(P＜0.05).倒数第三、四腰椎间背膘厚AA基因型显著高于TT基因型猪,差异达到极显著水平(P＜0.01),AT基因型与TT基因型差异达到显著水平(P＜0.05).     

家兔IGF1基因多态性与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨胰岛素样生长因子1（insulin-like growth factor 1,IGF1）基因SNP与家兔生长性状的关联性。采用DNA池、PCR-SSCP方法对家兔IGF1基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在家兔IGF1基因的外显子3中检测到1个SNP位点T365C,表现为3种基因型：TT、TC和CC。IGF1基因不同基因型与家兔生长性状的关联分析结果发现,新西兰兔TT基因型个体的初生重、28日龄体重均显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）;比利时兔TT基因型个体的初生重、90日龄体重和初生至90日龄的平均日增重均显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）;其余品种的各生长性状指标在该位点均没有达到显著水平（P>0.05）。结果提示,IGF1基因可能是影响家兔生长性状的主效基因或与主效基因连锁,T365C位点有望作为提高家兔个体生长性状的分子遗传标记。     

两个奶山羊品种MFG-E8基因多态性及其与奶成分的关联分析

以PCR-RFLP和DNA测序技术研究了668只中国奶山羊的MFG-E8基因多态性,两个位点的基因型显著性分析结果显示,EcoRV位点与乳脂率(P=0.033)和总固形物(P=0.015)相关.     

奶山羊产奶性状候选基因的研究进展

本文介绍了影响奶山羊产奶性状的几个主要候选基因,如酪蛋白基因、乳清蛋白基因、硬脂酰辅酶A去饱和酶基因、生长激素基因、甘油二酯酰基转移酶基因等在奶山羊上的研究进展。     

鸡CAPN1基因3'-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3'-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性.结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体.经x2检验,群体处于Hardy-weinberg非平衡状态(P＜0.05).CAPN1基因3'-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P＜0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P＞0.05).     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C、5692AAT插入)。对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型。最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P＜0.05)。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊CSN3基因遗传多态性的比较分析

试验以辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊为实验动物,采用PCR-RFLP技术对κ-酪蛋白基因(CSN3)的TaqⅠ酶切多态性进行分析,结果表明:辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊2个山羊群体中均存在CSN3基因TaqⅠ酶切位点的多态性,且均有A和B 2个等位基因。辽宁绒山羊群体等位基因A和B的基因频率分别为0.46和0.54;内蒙古绒山羊群体中等位基因A和B的基因频率分别为0.31和0.69。CSN3基因TaqⅠ酶切位点的基因型分布在辽宁绒山羊群体中极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡定理,在内蒙古绒山羊群体中符合Hardy-Weinberg平衡定理(P>0.05),但在辽宁绒山羊与内蒙古绒山羊2个群体间存在极显著(P<0.01)差异。