新城疫病毒F48E9株NP基因的克隆与序列分析

根据NDV NP蛋白已知基因序列设计合成了一对引物，利用RT-PCR扩增出了F48E9株NP基因1598bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T Vector上，并对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，结果证明我们得到了这个基因片段的阳性重组子。为了更充分证实所得阳性质粒的可靠性，采用Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定，获得了F48E9株NP基因片段的基因序列，利用DNASIS分析软件，将F48E9株与La Sota株的相应序列进行比较，其核苷酸序列同源性为88.2%。至此，我们获得了F48E9株NP基因的全长克隆。     

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。     

一株野鸭源新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的F基因序列设计了1对特异性引物,成功地对其中一株野鸭源NDV的F基因进行了克隆、测序,并推导其氨基酸序列,选择F基因部分片段绘制了遗传进化树。F基因全长1 662 bp,单一的阅读框架编码553个氨基酸,构成的F蛋白上有13个Cys残基位点和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-116R-117F。遗传进化分析表明,该NDV分离株为基因Ⅶ型NDV,与近年来我国家禽中所报道的NDV的基因型相一致。     

新城疫病毒Lasota株F基因的克隆和序列分析

本试验采用RT-PCR方法对NDV Lasota株的全长F基因进行了扩增与克隆，并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp，单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽，序列中有6个糖基化位点，13个半胱氨酸残基，包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gin-Gly-Arg-Leu，与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg／Lys-Gin-Gly／Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明，Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比，核苷酸序列同源性在88％-99％之间，推导的氨基酸序列同源性在90％～99％之间。     

一株基因Ⅸ型鸭源新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

从广东地区疑似患有新城疫的病死雏番鸭群中分离到1株新城疫病毒,命名为GD1002株。毒力测定结果表明,致死鸡胚平均死亡时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)、6周龄鸡静脉接种致病指数(IVPI)分别为56.0 h、1.64、2.29,符合强毒株的毒力判断标准。利用RT-PCR扩增了该分离株F基因的主要功能区片段,并进行了克隆与序列分析。该分离株F蛋白裂解位点的组成为¹¹²R-R-Q-R-R-F¹¹⁷,具有典型新城疫强毒株的分子特征。F基因第47-420 nt片段基因分型分析表明,该流行株属于基因Ⅸ型。相似性及遗传进化分析结果表明,该分离株与基因Ⅸ型毒株F₄₈E₉、JS/1/97/Ch和FJ/1/85/Ch株有较高同源性和较近的亲缘关系。     

新城疫病毒Sddy-02株F基因的克隆及序列分析

将山东省东营地区分离的新城疫病毒(Sddy-02)，用RT-PCR扩增裂解位点前后的F基因363bp片段，同时进行克隆和序列测定分析。参考国内外已发表新城疫各代表株，以363bp绘制了NDV系统发育进化树，并分析其遗传关系。结果表明：Sddy-02株与已发表的NDV各代表株的核苷酸序列同源性为84％～98％；氨基酸序列分析表明该株为强毒株；进化地位为基因Ⅶ型。本研究初步揭示了新城疫的流行规律，为制定控制新城疫方法提供了有益参考和依据。     

新城疫病毒(长春株)F蛋白基因的克隆和序列分析

新城疫病毒（ＮＤＶ）长春株在鸡胚增殖后纯化,提取ＲＮＡ,然后利用特异性引物,经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ长春株的全长Ｆ基因。将该Ｆ基因插入ｐＫＳ（－）后,进行了序列测定。序列分析表明,该Ｆ基因核苷酸长度为１７５８ｂｐ,编码５５３个氨基酸,序列中有６个糖基化位点,１３个半胱氨酸残基,裂解位点区（１１２～１１７）氨基酸序列为Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ,与所有弱毒株在这一区域的序列（Ｇｌｙ－Ａｒｇ／Ｌｙｓ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ／Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ）相符,证明长春株为弱毒株。同源性分析表明,长春株Ｆ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＦ基因相比,核苷酸序列同源性在８８％～９９％之间,推导的氨基酸序列同源性在９０％～９８％之间     

一株新城疫病毒的分离鉴定及其F基因的克隆与序列分析

本试验对山东某鸡场发生疑似新城疫感染的肉鸡分离得到的一株病毒,经鸡红细胞血凝、血抑试验和动物回归试验,结果表明,该分离株为新城疫病毒。对其毒力学指标进行测定,结果MDT为55.6h,ICPI为1.95,IVPI为2.85,表明该毒株为新城疫强毒株。PCR特异性扩增NDV-SD-02的F基因,大小为1662bp,编码553个氨基酸,F基因裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列的特点,与生物学特性测定的结果完全相符。对分离株F基因的序列分析表明,与近年来国内外分离得到的Ⅶ型NDV同源性较高,为84.7%~98.9%,该毒株属基因Ⅶ型。     

新城疫病毒F48E9株F基因主要功能区的核苷酸序列分析

本试验首先以ＮＤＶＦ４８Ｅ９株的基因组ＲＮＡ为模板,逆转录合成Ｆ基因ｃＤＮＡ第一链,再通过ＰＣＲ技术扩增Ｆ基因的ｃＤＮＡ,然后将其克隆到质粒ｐＵＣ１９中,经分子量比较、酶切分析、ＰＣＲ等方法证明,我们已经获得了ＮＤＶＦ４８Ｅ９株Ｆ基因的阳性克隆。经初步序列分析,ＦＡ段核苷酸序列与参考株（Ｄ２６／７６）序列同源性为８９％,ＦＢ段同源性为９１％。二者的氨基酸序列表明,Ｆ４８Ｅ９株Ｆ蛋白裂解位点与其它强毒株裂解位点氨基酸组成相同,即１１２ＲＲＱＲＲ１１６Ｆ１１７。这两段序列中包含的三个Ｃｙｓ残基和三个潜在的糖基化位点都相当保守。     

新城疫病毒V4株F基因的克隆与核苷酸序列分析

本试验采用RT_PCR方法对NDVV4 克隆株V4(Hr)的F基因进行了扩增与克隆,并以Sanger’s 双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列,推导出氨基酸序列。F基因全长为1662bp,单一的开放阅读框编码553 个氨基酸的长肽。F蛋白的疏水构型有3 个强疏水区;F蛋白上共有12 个Cys 残基位点和5 个潜在糖基化位点。同其亲本毒株Queensland 相比,核苷酸同源率为99.3% ,氨基酸同源率98.7% 。上述主要功能区的序列完全一致,但其中7 个氨基酸的不同,的确导致了二级结构的变化(主要表现为α_螺旋、β_折叠、β_转角和β_卷曲的数量和位置的不同),而且单一的氨基酸差异足以导致二级结构的变化,如:214位的P对L的替换,就导致212 ～215 位连续的β_折叠变为一个α_螺旋和一个β_转角     

云南省新城疫病毒分离株F基因和HN基因克隆与序列分析

为了确定云南NDV毒株F基因和HN基因的结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,应用RT-PCR技术对云南省部分地州养殖场采集的鸡或鸭喉气管组织样品4 700份进行新城疫病毒(NDV)检测,共检出阳性样品25份。对其中8份阳性样品进行NDV F基因与HN基因扩增后,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前流行疫苗毒株进行比对及系统发育分析。结果表明,云南省NDV毒株F基因与国内代表性毒株核苷酸序列同源性介于93.0%～99.2%之间,氨基酸同源性介于90.7%～99.1%之间;与疫苗毒株的核苷酸同源性在83.3%～86.9%之间,氨基酸同源性在86.0%～88.7%之间。HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性介于96.4%～99.1%之间,氨基酸同源性介于95.6%～99.3%之间;而与当前疫苗毒株相比,同源性较低,核苷酸同源性介于81.3%～82.0%之间,氨基酸同源性介于87.6%～88.8%之间。系统进化分析表明,云南NDV F基因有2株属于基因Ⅱ型,其余6株均属于基因Ⅶe型。云南NDV HN基因则均属于基因Ⅶ型。     

新城疫病毒F基因的克隆表达及重组蛋白的反应原性分析

为分析新城疫病毒(NDV)融合蛋白(F)及其突变体(Fm)基因的反应原性,以携带有NDV-F和NDV-Fm基因的质粒为模板设计引物,PCR扩增产物经双酶切后分别连入原核表达载体pET-SUMO、pET-28a,构建重组质粒pET-SUMO-F、pET-28a-Fm,将重组质粒转化入宿主菌Rosetta 2感受态细胞,在IPTG诱导下表达。SDS-PAGE和Western blotting结果显示,NDV-F和NDV-Fm在原核系统中表达后分别获得了相对分子量为64.7 kD和48.7 kD的重组蛋白;重组蛋白能被抗NDV鸡阳性血清识别。试验表明,NDV-F和NDV-Fm可以在原核系统中表达,且具有良好的反应原性。     

新城疫病毒鹌鹑分离株融合蛋白基因的克隆与序列分析

本研究以一株从自然发生新城疫病死的鹌鹑中所分离到的新城疫病毒（QNDV／89）为研究对象,用反转录一聚合酶链式反应（RT-PCR）对QNDV／89株的F全基因进行分段扩增、定向克隆到pUC119载体后,采用Sanger’s双脱氧末端终止法测定其核苷酸序列,并推导出相应氨基酸序列。QNDV／89株F基因全长1662bp,单一的开放阅读框编码553个氨基酸的多肽,其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-R-R-F117,是NDV强毒株所特有的序列结构,这与其生物学特性及致病性实验结果是相一致的。序列分析结果表明,QNDV／89株与F48E9株的核苷酸同源率高达99.22％,氨基酸的同源率为98.37％;而与弱毒株LaSota的核苷酸同源率为88.93％,氨基酸的同源率为90.42％。本研究首次报道了流行于我国鹌鹑中的新城疫强毒融合蛋白基因序列,并与其它新城疫病毒进行了同源性比较,证明QNDV／89株核苷酸的变异引起了其蛋白质二级结构的部分改变。     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。     

新城疫病毒贵州不同鸡源分离株F基因的克隆与序列分析

应用PCR技术扩增NDV贵州不同鸡源分离株,包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株和越南斗鸡源DQ株的F蛋白基因,将该基因片段分别进行克隆和测序,并与国内外NDV参考株的对应序列进行比较分析。结果表明:6株NDV贵州不同鸡源分离株的F基因长度均为1 662 bp,编码553个氨基酸;分离株间核苷酸同源性为86.9%~99.7%,氨基酸同源性为91.0%~99.3%;与国内外NDV代表株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW 2000株)的核苷酸同源性为84.0%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VIId型,而BY株和FW株为基因IX型。这些结果提示贵州省不同鸡群间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同年份间NDV毒株发生基因型改变,而近年来贵州省流行的ND疫情主要是由NDV基因VII型引起。     

一株新疆野鸟源新城疫病毒的分离鉴定、F基因克隆及遗传进化分析

为了解新疆野鸟新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）感染情况,分析其分子特征和基因变异特点,防止新城疫的暴发和蔓延,本试验用9日龄SPF鸡胚进行病毒的分离传代,HA、HI试验和RT-PCR方法对位于"东非-西亚迁徙线"福海县的野鸟进行了NDV检测,分离到1株野鸟源NDV,并命名为NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016。结果表明,该NDV分离株F基因ORF长1 662 bp,编码553个氨基酸,F基因碱性裂解位点序列为¹¹²G-R-Q-G-R-L¹¹⁷,符合弱毒株特征;遗传进化分析显示,NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016与乌克兰鸽源分离株Doneck/3/968、比利时鸭源分离株Simeonovgrad核苷酸同源性均为99.7%,属于NDV ClassⅡ基因Ⅱ型。而上述3株病毒均与疫苗毒La Sota具有较高同源性（99.5%~99.8%）。本研究结果为家禽NDV外流进入自然环境提供了论据。