广西地方鸡种鱼腥味敏感基因的检测

为了解鸡蛋鱼腥味FMO3基因T329S突变在广西地方鸡品种中的分布,以广西三黄鸡、南丹瑶鸡、霞烟鸡、龙胜凤鸡、东兰乌鸡、凌云乌鸡、广西麻鸡、灵山麻鸡、灵山香鸡、雪峰乌鸡、北京油鸡、茶花鸡等12个地方鸡品种为研究对象,来航鸡作为对照,利用基因组混合池PCR测序技术检测鱼腥味敏感基因T329S位点的平均基因频率,发现北京油鸡、龙胜凤鸡、灵山麻鸡和灵山香鸡鱼腥味敏感基因T的频率分别为7.7%、5.5%、5.8%和10.8%,其它品种检出率为0。为了进一步验证基因组混合池PCR测序技术的准确性,利用PCR直接测序技术对294只灵山香鸡鱼腥味敏感基因T329S位点进行检测,结果显示,鱼腥味敏感基因T的频率为11.56%,纯合子TT基因型频率为0.68%,杂合TA基因型频率为21.76%,这与基因组混合池测序结果基本一致。该研究结果提示,基因组混合池法可对群体基因频率进行初步评估,具有一定的准确性;开发广西地方鸡品种蛋质性状时,需利用分子辅助技术剔除龙胜凤鸡和广西麻鸡的鱼腥味敏感基因。     

我国地方鸡种TAP2基因SNP筛查及遗传结构分析

抗原处理相关转运体基因(TAP)位于主要组织相容性复合体区域,而由TAP1 和TAP2 组成的二聚体能够将抗原肽从细胞质转运入内质网腔,因此,其在免疫反应过程中发挥重要的呈递作用。[目的]检测26个鸡种TAP2基因全长的序列信息,分析TAP2基因单核苷酸多态性,并进一步研究TAP2不同SNPs位点对其蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异特点。[方法]采用目标捕获序列测序方法,检测26个鸡种的260个体的TAP2基因全长,利用DNAMAN软件对26个鸡品种的测序序列进行比对分析,筛选不同鸡种TAP2基因存在的SNP位置以及类型,并通过软件预测分析SNP对蛋白的影响,进一步构建系统进化树,探究不同鸡种同源性。[结果]TAP2基因总共有效测序长度为3 037 bp,在不同鸡种中一共发生了20个位点的突变,具有较为丰富的遗传多样性,其中9个SNP发生在外显子上,其余则存在于内含子,同时分析了对编码氨基酸产生影响的4个SNP(rs316795220、rs738706078、rs739725385、rs732937653)对蛋白结构的影响。[结论]鸡TAP2基因具有较高的多态性,这些丰富多态的基因的存在为进一步利用丰富的资源提供了原始材料。该研究为TAP2基因转运抗体功能关联研究候选SNPs的选择提供了科学依据。     

京海黄鸡Ghrelin基因的SNP研究

Ghrelin是目前为止除了生长激素释放激素(growth hormone releasing hormone,GHRH)和生长激素抑制素(somatostatin,SS)外,第3个调节GH分泌的内源性物质。根据现有的资料分析,Ghrelin除调节GH分泌外,对其他器官系统也有广泛的生物学作用,如刺激垂体生长激素的分泌,促进胃酸分泌,促进食欲,增加体重和脂肪积累,调节能量平衡。目前对Ghrelin在人、鼠、鸡等动物体内分布及作用的机制已有一些认识,但是对于鸡Ghrelin基因的研究较少。研究根据GenBank上检索的DNA序列设计引物,用PCR-SSCP验证其多态性。1材料与方法1.1材料江苏海门京海黄…     

3个地方鸡种线粒体DNA COⅠ基因条形码遗传多样性研究

以大骨鸡、安义瓦灰鸡和金湖乌凤鸡3个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ COⅠ)基因序列,以揭示3个地方鸡种COⅠ基因的遗传多样性。结果表明,选择的这段COⅠ基因序列在3个地方鸡种中有3个突变位点,为4个单倍型。大骨鸡、瓦灰鸡和金湖乌凤鸡品种内平均多态性分别为0.15%,0.3072%,0.3073%。3个地方品种单倍型多样度范围为0.2222-0.5030,平均为0.3954。瓦灰鸡遗传多样性相对较丰富,大骨鸡相对较贫乏。3个鸡种群体间的Kimura双参数遗传距离范围为0.060~0.077;瓦灰鸡群体内的遗传距离最大,为0.089。3个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题。     

3个地方鸡种线粒体DNA COⅠ基因条形码遗传多样性研究

以大骨鸡、安义瓦灰鸡和金湖乌凤鸡3个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidaseⅠCOⅠ）基因序列,以揭示3个地方鸡种COⅠ基因的遗传多样性。结果表明,选择的这段COⅠ基因序列在3个地方鸡种中有3个突变位点,为4个单倍型。大骨鸡、瓦灰鸡和金湖鸟凤鸡品种内平均多态性分别为0．15％,0．3072％,0．3073％。3个地方品种单倍型多样度范围为0．2222—0．5030,平均为0．3954。瓦灰鸡遗传多样性相对较丰富,大骨鸡相对较贫乏。3个鸡种群体间的Kimura双参数遗传距离范围为0．060～0．077;瓦灰鸡群体内的遗传距离最大,为0．089。3个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题。     

3个地方鸡种线粒体D A COⅠ基因条形码遗传多样性研究

以大骨鸡、安义瓦灰鸡和金湖鸟凤鸡3个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytoclarome c oxidase Ⅰ C0 Ⅰ)基因序列,以揭示3个地方鸡种CO Ⅰ基因的遗传多样性.结果表明,选择的这段CO Ⅰ基因序列在3个地方鸡种中有3个突变位点,为4个单倍型.大骨鸡、瓦灰鸡和金湖鸟凤鸡品种内平均多态性分别为0.15%,0.3072%,0.3073%.3个地方品种单倍型多样度范围为0.2222-0.5030,平均为0.3954.瓦灰鸡遗传多样性相对较丰富,大骨鸡相对较贫乏.3个鸡种群体间的Kimura双参数遗传距离范围为0.060～0.077;瓦灰鸡群体内的遗传距离最大,为0.089.3个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题.     

广西地方鸡种繁育、改良研究简报

以广西主要地方鸡种为基础素材,采取育种与营养、饲养、疫病防治相结合的技术措施,在保持原有肉质风味的同时,进一步提高了产蛋量和产苗数、群体整齐度和成活率。     

三个地方猪种线粒体COXⅠ基因SNPs筛选及序列分析

本研究对西北地区三个地方猪种471个样本(藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)mt DNA COXⅠ基因构建混合池,利用直接测序技术获得3个猪种COXI基因的序列,进行SNPs筛选及序列分析,并采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,3个猪种mt DNA COXI基因序列仅存在5个突变位点,且无相同突变位点,多态性较贫乏。系统进化树和遗传距离分析显示,八眉猪、藏猪、黑猪及野猪聚为一支,再与杜洛克、欧洲伯克希尔猪及大白猪聚为一支,而后与同属为偶蹄目的牛、绵羊聚为一支。西北猪种应有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏,外来猪种引入我国后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献。本研究在一定程度上为我国地方猪品种的有效保护和合理利用提供理论依据。     

鸡MAOA基因外显子6的SNP分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了吐鲁番斗鸡和新罗曼鸡单胺氧化酶A基因外显子6部分序列的多态性。结果表明：吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6存在1个单核苷酸多态性（SNP）位点T-102C,产生AA、AB两种基因型;新罗曼鸡未检测到多态,只表现AA一种基因型。χ^2适合性检验结果表明：2个鸡种均处于Hardy—weinberg平衡状态（P〉0．05）,说明吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6位点基因型频率的分布与新罗曼鸡差异极显著（P〈0．01）。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。     

广西玉林地方鸡种适宜能量和蛋白质需要的研究

玉林三黄鸡属广西地方优质鸡种之一 ,本试验旨在研究其母鸡全期日粮适宜能量 (ME)和粗蛋白质 (CP)的需要水平。试验设 4 (ME)× 4(CP)共 1 6个处理 ,每个处理 4 0～ 6 0只母鸡。结果表明 :以增重和经济效益为综合衡量指标 ,0～5周龄适宜ME和CP分别为 1 2 1 3兆焦 (MJ) /千克和 2 1 % ,6～ 8周龄分别为 1 2 1 3兆焦 (MJ) /千克和 1 8% ,9～ 1 1周龄分别为 1 2 1 3兆焦(MJ) /千克和 1 5%～ 1 6 % ,1 2周龄至出栏分别为1 3 39兆焦 (MJ) /千克和 1 5%。     

云南地方猪种线粒体DNA多态性研究

本文用ＡｐａⅠ、ＡｖａⅠ,ＢａｍＨⅠ,ＢｅｌⅠ,ＢｃｌⅠ,ＣｌａⅠ,ＤｒａⅠ,ＥⅠ,ＥｃｏＲⅤ,ＫｐｎⅠ,ＰｓｔⅠ,ＰｕｖⅡ,ＳａｌⅠ,ＳｍａⅠ,ＳｔｕⅠ,ＸｈｏⅠ等１８种限制性内切酶分析云南猪种的ｍｔＤＮＡ多态性。在全部１８头个体中只检出一种限制性类型,结果表明,云南猪种的ｍｔＤＮＡ变异度很低,遗传多样性贫乏,提示云南猪种起源于一个共同的祖先,在品种形成的早期可能受到创立者效应的制约。     

矮小型基因对地方鸡种肉用性能影响

对来源于遗传基础相同且含地方鸡种血缘的矮小型（ｄｗ）叫和正常型（ＤＷ）后代的早期生长、饲料报酬、体尺和屠宰性状进行比较。结果显示：１４周龄时ｄｗ后代母鸡的体重为ＤＷ后代鸡的９６％～１００％,公鸡为９５％～９６％;ｄｗ后代鸡的存活率高２％～３％;ｄｗ基因对后代肉鸡的饲料报酬、主要体尺和屠宰性状无显著影响。     

猪TLR4基因SNP位点筛选及生物信息学分析

通过构建基因组DNA混合池对猪TLR4基因进行扩增和测序,并对其编码区的SNP位点进行筛选,运用生物信息学分析软件对猪TLR4基因的理化特性和编码蛋白质的二、三级结构进行预测。结果发现,在扩增的TLR4基因上没有发现SNP位点,猪TLR4基因片段一共编码118个氨基酸,其中缬氨酸(Val)最多,甲硫氨酸(Met)最少,编码产物不稳定指数大于40,说明编码产物具有不稳定性。编码蛋白质片段的亲水性平均值为0.385,说明该基因编码的蛋白质呈现疏水性,猪TLR4基因编码的蛋白质是一种不溶性蛋白质。研究结果为猪TLR4基因深入研究提供理论基础。     

基于重测序技术筛选工作犬OR基因SNP位点

正鉴于犬的嗅觉能力突出,各国警方广泛应用训练有素的工作犬搜查爆炸物、毒品等违禁品打击和预防犯罪。工作犬的嗅探能力从根本上讲是受犬嗅觉受体(Olfactory receptor,OR)基因调控的,因此如果能够运用分子生物学技术开展工作犬嗅探能力与OR基因之间的关联性研究工作,发现主要的分子标记来挑选     

贵州地方鸡种的遗传变异研究

为了研究贵州地方鸡种的遗传多样性与系统进化,试验通过PCR直接测序的方法,测定了6个贵州地方鸡种的90个个体线粒体DNA控制区部分序列,并进行了序列分析。结果表明,DNA控制区序列长度为780 bp,A、G、C、T 4种核苷酸的平均比例分别为26.14%、13.38%、25.98%、34.50%;共发现40个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的5.13%;共确定30个单倍型,6个群体内单倍型变异度总体为0.914,变化范围为0.506～0.976。6个群体间表现出显著的遗传分化和较高水平的群体遗传多态性。     

基于SNP芯片的浦东鸡保种分析

为了解上海市优质地方品种浦东鸡的保种效果,采用"京芯一号"SNP芯片对现有60个家系的浦东鸡群体进行了群体结构分析。结果显示:浦东鸡群体的基因型检出率平均为0.9914,说明该SNP芯片适用于浦东鸡遗传多样性的评价与分析;浦东鸡群体期望杂合度为0.3786、观察杂合度为0.3805,说明该群体的遗传多样性较低,选育程度较高;G矩阵基因组亲缘关系表明,该群体存在近交趋势;ROH分析结果显示,群体中含有23～28个ROH的个体数最多,个体ROH总长度在70～80 Mb内的个体数最多,该群体平均近交系数为0.089;根据聚类分析,将120只公鸡划分为38个家系,并将180个母鸡划分入不同家系,其中F52_3号母鸡与所有公鸡亲缘系数均小于0.1,将其归入"其他"分类中。综上,建议在今后的浦东鸡配种选留工作中:①同一家系的公母鸡避免配种;②F52_3号母鸡可与任一只公鸡配种;③注意3、11、26、27、38家系的选留,避免造成优良家系丢失。     

禽白血病受体基因Tva在四个地方鸡种分布研究

为研究抗A/K亚群禽白血病病毒受体基因Tva易感基因与抗性等位基因在四个地方鸡种中的分布,研究采集斗鸡、仙居鸡、鹿苑鸡、藏鸡血样各25份进行Tva基因扩增后测序,并对测序结果进行基因分型统计.结果 显示,所测鸡群体中全部存在抗性等位基因Tvar,且抗性等位基因在四个品种鸡群中呈现出不同程度的差异.等位基因TvaTTva...     

FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究

为系统筛查贵州地方鸡FABP4基因多态性。该试验以3个贵州地方鸡种（高脚鸡、百宜黑鸡和乌蒙凤鸡）为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增FABP4基因所有外显子及部分内显子区域,采用直接测序结合生物信息技术检测FABP4基因多态性。结果显示,在3个贵州地方鸡资源群体中共发现C51T和T1751C 2个SNPs位点,其中C51T位于第一外显子区,属于同义突变位点;等位基因频率估算发现,C51T位点在3个地方鸡种中多态丰度较高,T1751C位点在群体中多态丰度低;生物信息学得出,C51T位点突变后,鸡FABP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能提升,稳定性降低。该试验成功挖掘出贵州地方鸡FABP4基因外显子及部分内含子区域变异位点,以期为贵州地方鸡分子标记开发利用提供参考。     

广西鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增了广西1985～2008年的24株传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的核(N)蛋白基因,并对此24株IBV的N蛋白基因进行了克隆、序列测定及分析.结果发现24株IBV分离株N蛋白均舍有一个长1 230 bp的开放阅读框,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的缺失和插入,但存在较多点突变现象.与疫苗株H120核蛋白的3个保守碱性氨基酸区序列进行比较分析发现,大多数毒株在183～232位存在较多的氨基酸替代现象,部分毒株在334～363位也存在较多的氨基酸替代现象.与GenBank中的13个IBV参考毒株N蛋白基因序列进行比较分析,发现2004～2008年的21个分离株中有19个分布于第Ⅰ群中;1985～1988年的3个分离株之间N蛋白核苷酸及其推导氨基酸的同源性均达99%以上,均属于第Ⅲ群中,可见广西不同时期的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群.同时研究还发现GX-NN5分离株可能为基因重组病毒.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象.