广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建

【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性,构建其DNA指纹图谱,为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率(PPL)、多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物,对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增,统计凝胶电泳特征性谱带;采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数,并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类;利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带,其中,多态性条带95条,多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处,可将85份春...     

基于SRAP分子标记的51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析

【目的】利用SRAP分子标记对51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析,为加速西瓜抗病毒病新品种的选育进程提供理论参考。【方法】利用筛选出的多态性引物对51份抗、感病毒病西瓜种质进行多态性扩增,利用NTsys-pc 2.1e中的非加权组平均法（UPGMA）计算获得遗传相似系数,利用PopGene Version 3.2计算不同类型西瓜的遗传多样性参数。【结果】从500对SRAP引物组合中筛选出18对扩增条带清晰稳定且多态性较高的引物,共扩增出402条清晰可辨的条带,其中多态性条带271条;平均每对引物可扩增出稳定清晰的条带22.33条,其中多态性条带15.06条,平均多态性比率达67.41%。观测等位基因数（Na）为1.6766、有效等位基因数（Ne）为1.3033、Nei’s基因多样性指数（H）为0.1878、Shannon’s信息指数（I）为0.2931,除感病毒型西瓜种质的Na高于抗病毒型西瓜种质外,感病毒型西瓜种质的其他遗传多样性指数均低于抗病毒型西瓜种质,表明抗病毒型西瓜种质的遗传多样性较感病毒型西瓜种质丰富。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的遗传一致度为0.8924,遗传距离为0.1138。供试西瓜种质的遗传相似系数为0.62~0.95。在遗传相似系数0.78处,可将51份供试西瓜种质划分为四大类群,抗病毒型西瓜种质分布在Ⅰ和Ⅱ类群中,感病型种质均集中在第Ⅲ、Ⅳ类群中,野生西瓜种质与其他西瓜种质的亲缘关系最远。遗传相似系数矩阵和UPGMA聚类矩阵之间的相关性明显（r=0.914）,可准确地体现供试西瓜种质之间的遗传关系。【结论】筛选出的SRAP引物组合具有较好的品种鉴别能力,可用于西瓜种质的遗传多样性分析。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的亲缘关系较近,遗传多样性丰富度不高,应加大发掘优良抗病种质资源力度,以拓宽西瓜的遗传基础。     

基于ISSR分子标记的红豆草资源遗传多样性分析

【目的】分析评价红豆草（Onobrychis viciaefolia）种质资源间亲缘关系的远近,为红豆草的良种选育提供了科学依据。【方法】利用ISSR分子标记技术对国内外22份红豆草种质资源进行遗传多样性分析。【结果】用13条引物扩增共获得101条谱带,其中多态性条带98条,多态性比率为97.12%,平均每条引物扩增出7.8个条带,平均多态性条带为7.5条,平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）和香农多样性指数（I）均值分别为1.97、1.49、0.30和0.46。【结论】遗传相似性系数聚类分析表明,22份红豆草种质资源在遗传系数0.69处可聚为4大类群,其中2668号和1号单独聚为一类,与其他材料遗传差异较大。     

丽穗凤梨ISSR遗传多样性分析与指纹图谱构建

【目的】探讨丽穗凤梨品种遗传多样性和亲缘关系,并建立其分子指纹图谱,为今后丽穗凤梨杂交育种和品种鉴定提供依据。【方法】利用ISSR分子标记技术研究41个丽穗凤梨品种的遗传多样性水平,并构建DNA指纹图谱。【结果】12条ISSR引物共扩增出132个清晰可辩位点,其中多态性位点125个,多态位点百分率达94.70%。41个丽穗凤梨品种平均有效等位基因数为1.5311,平均 Nei’s 基因多样性指数为0.3101,平均 Shannon信息指数为0.4668,品种间的相似系数介于0.3561～0.9394之间;基于ISSR分子标记数据建立的UPGMA亲缘关系聚类图,41个丽穗凤梨品种在相似系数0.601处被划分为两大类群;同时利用4条多态性ISSR引物构建了41个丽穗凤梨品种的分子指纹图谱。【结论】供试41个丽穗凤梨品种遗传多样性丰富,其亲缘关系与叶片横纹的有无具有一定的相关性。ISSR分子标记技术可以有效地用于丽穗凤梨品种资源评价和指纹图谱构建。     

新疆杏品种（系）遗传多样性分析及DNA指纹图谱库构建

【目的】从ISSR分子标记水平分析新疆主栽杏品种（系）的遗传多样性和亲缘关系,构建新疆杏品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为杂交育种、品种鉴定和品种分类提供理论依据。【方法】从供试样品中选取表型差异较大的6份材料对100个ISSR引物进行筛选,最终筛选出条带清晰、主带明显、多态性丰富、能够稳定重复且对品种具有较高鉴别力的ISSR特征引物,对48个新疆杏品种（系）进行扩增,采用POPGENE version 1.32软件计算多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）,及各材料间的Nei’s遗传相似系数（GS）和遗传距离（GD）,并利用NTSYS pc version 2.10e 软件根据Nei’s遗传相似系数采用UPGMA方法进行聚类,以此分析遗传多样性和亲缘关系;利用4个引物特异位点的不同组合及Gel2.0指纹图谱自动识别系统鉴别48个新疆主栽杏品种（系）,并利用Gel2.0构建主栽杏品种（系）的DNA指纹图谱库。【结果】从100个ISSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的4个引物作为特征引物,分别为UBC809、UBC836、UBC844和UBC850,共扩增出78个位点,其中73个为多态性位点,平均多态性位点百分率为93.13%,其中引物UBC844多态性位点百分率最高,为100.00%;48个新疆主栽杏品种（系）的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数的平均值分别为1.9313、1.4368、0.2622和0.4028,说明各品种（系）的遗传多样性相对较丰富。‘黄肉油杏’和‘大五月杏’的遗传相似系数为0.8846,遗传距离为0.1226;‘库曼提’和‘索格佳娜丽’的遗传相似系数为0.5641,遗传距离为0.5725。将4个引物两两组合起来,可快速、准确地鉴别46个杏品种（系）,只有‘辣椒杏’和‘伊犁阿克玉吕克’需要3个引物组合才能鉴别出来,利用这4个ISSR特征引物通过Gel2.0指纹图谱自动识别系统构建了48个杏品种（系）的DNA标准指纹图谱数据库。【结论】新疆主栽杏品种（系）的遗传多样性较丰富,亲缘关系相对较近,‘黄肉油杏’和‘大五月杏’的亲缘关系最近,‘库曼提’和‘索格佳娜丽’的亲缘关系最远;且ISSR标记适于新疆主栽杏品种的遗传多样性、亲缘关系分析及构建DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为杏品种（系）的鉴定及品种真实性和纯度奠定了基础,为新品种登记、注册和品种知识产权保护等提供科学依据。     

金花茶组植物种质资源遗传多样性的iPBS分析

【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性。【结果】从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543～0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组。【结论】iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用。     

狼尾草属优质牧草SRAP 遗传多样性分析与指纹图谱构建

为探讨狼尾草属优质牧草的遗传多样性,利用SRAP分子标记方法,对13份狼尾草属优质牧草种质进行遗传多样性分析,并构建了DNA指纹图谱,结果表明:(1)从72对SRAP引物中筛选出16对引物进行PCR扩增,共扩增出278条带,其中有218条具有多态性,平均多态率为78.42%。(2)Shannon信息指数(I)和Nei's基因多样性指数(H)平均值分别为0.5017、0.3306,说明13份供试品种(系)具有较为丰富的遗传多样性。(3)利用UPGMA构建13份狼尾草种质资源的聚类图,在遗传相似系数为0.86处可将13份狼尾草品种(系)分为5类。(4)13个狼尾草品种(系)间存在较大的遗传差异,遗传距离在0.0206～0.9740之间。(5)利用1对引物扩增的17个多态性位点构建了狼尾草13个品种(系)的DNA指纹图谱,能有效区分13个品种(系)。     

基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种  （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。     

28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。     

木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1....     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

基于EST-SSR标记的贵州野生刺梨居群遗传多样性分析

【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon信息指数(I)为0.62—0.88,基因多样性指数(Nei’s)为0.40—0.52,且除福泉(FQ)和晴隆(QL)居群外,其余10个居群的多态位点百分率均为100%。此外,卡方检验显示12个居群在大多数位点上等位基因显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),且居群内近交系数(F_(it))、总近交系数(F_(is))均为负值,居群间分化系数F_(st)平均值0.0403,居群间基因流N_(em)平均值为5.9484、遗传一致度GI为0.9068—0.9926、最大Nei’s遗传距离为0.0978。各自然居群间Nei’s遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.2498,P=0.9512)。【结论】10对EST-SSR引物具有高度的多态性,可作为有效的遗传标记用于刺梨居群遗传多样性和遗传结构评价。贵州省野生刺梨自然居群内的遗传多样性较高,存在杂合度过剩的现象,且绝大多数的遗传变异发生在居群内;居群间具有基因交流频繁、遗传一致度高、Nei’s遗传距离小等特点。     

部分耐冬山茶栽培品种的AFLP分析

 【目的】从分子水平分析耐冬山茶品种间的遗传关系,探讨其品种分类问题。【方法】利用荧光AFLP技术,采用8对EcoRⅠ/Mse 1引物对耐冬山茶16个品种及2个变异类型、5个山茶南方品种、2个云南山茶品种进行AFLP分析,得到清晰的相关AFLP谱带。【结果】在所测试的30个样品基因组中,8对AFLP引物共获得1 062条清晰的谱带,记录了987条多态性带,多态性带占总带数的92.9%,按照非加权算术平均数聚类法(UPGMA)构建树状分支图。【结论】耐冬山茶与南方山茶的亲缘关系较近;可将耐冬山茶品种分成6个亲缘关系不同的组,表明耐冬山茶有丰富的遗传变异。     

海岛棉部分引进和自选品种遗传多样性的SRAP分析

[目的]探讨海岛棉种质遗传多样性,为海岛棉种质资源的利用和优良品种的选育提供参考.[方法]利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术对168份海岛棉材料进行遗传多态性分析,从224对引物组合中筛选出16对扩增条带清晰、多态性高的组合分析供试材料.[结果]共检测到129个多态性位点,每个引物组合扩增的位点数为3~12个,平均扩增位点806个.聚类分析结果表明,不同材料间的相似系数为0.27~0.89;在相似系数049水平上可将供试海岛棉材料分为4种类型,第1大类大部分是早期引进的国外品种,包括了埃及和中亚品种;第2大类包含了大部分新库系列和部分中亚品种,美国比马棉也聚在此类;第3大类主要包含了新海系列和部分中亚、苏联品种;第4大类仅有49(吉扎85)一个材料.[结论]海岛棉的相似系数变化幅度较大,材料差异较大,遗传多样性比较丰富.     

野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性

【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。     

部分牡丹品种遗传多样性的AFLP分析

【目的】研究牡丹遗传多样性为合理利用牡丹种质资源、培育观赏价值高的牡丹新品种提供依据。【方法】利用荧光标记AFLP技术，采用8对M+3和P+3引物组合对30份牡丹栽培品种进行了总基因组DNA水平上的多态性检测。【结果】检测结果共获得1 123条可统计的条带，其中965条呈多态性，多态性带百分率达86%。揭示了牡丹栽培种质丰富的遗传多样性。8组引物在30个品种中检测到数目不等的品种特异带型，这些品种的特异带型对供试牡丹品种具有一定的鉴别价值。【结论】8对引物能将30个牡丹品种完全区分开。聚类分析结果表明多数来源地相同的牡丹种质表现出较为密切的亲缘关系。