美丽硬仆骨舌鱼Raf激酶基因的克隆、组织表达及原核表达分析

[目的]Raf激酶是调控细胞增殖、分泌和运动的重要蛋白激酶,参与多种生命活动.研究Raf激酶基因(raf)的结构特征和表达模式,以探究其在美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)中的功能.[方法]研究通过RACE技术克隆了美丽硬仆骨舌鱼raf基因cDNA序列(GenBank登录号MW679580)并进行生物信息学分析;用荧光定量PCR检测raf在精巢等8个组织内的表达模式;通过构建原核表达载体诱导美丽硬仆骨舌鱼raf融合蛋白.[结果]美丽硬仆骨舌鱼raf序列全长3747 bp,开放阅读框(ORF)为1827 bp,编码609个氨基酸.生物信息学分析显示,Raf蛋白的分子量为68.8 ku,等电点PI为9.45,含有1个Ras结合域,1个蛋白激酶C保守区(C1)结构域,1个低合成复杂度区域和1个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化结构域,是亲水性跨膜蛋白.序列同源性分析显示,美丽硬仆骨舌鱼raf编码蛋白序列与雀鳝相似度最高,为84.28％.美丽硬仆骨舌鱼与雀鳝都是较早分化出的物种,序列同源性分析与两者进化地位相符.用荧光定量PCR检测raf在8个组织内的表达量,结果表明,raf基因在美丽硬仆骨舌鱼多种组织中均有表达,其中在精巢和肝中的表达量最高,其次是脾和头肾.精巢和肝中的表达量显著高于卵巢、鳃、心脏和脑组织(P<0.05).构建pET-B2m-raf原核表达载体,通过0.1 mmol/L IPTG诱导,成功获得融合蛋白,经SDS-PAGE检测,其分子量符合预期.[结论]raf在美丽硬仆骨舌鱼精巢和肝脏中的表达量较高,推测其可能在精巢发育和免疫机能调控中发挥作用,构建原核表达载体并成功诱导出重组蛋白,为进一步研究raf在美丽硬仆骨舌鱼体内的生物功能奠定基础.     

三种簇角飞虱属昆虫16 S rDNA序列及系统进化研究

通过PCR扩增获得了飞虱科3属5种昆虫的16 S rDNA序列,对DNA序列进行测定,分析了其序列组成及变异.采用Mega 4.0软件,利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行5种飞虱的系统发育分析,结果显示构建的MP和NJ分子系统树拓扑结构一致,3个簇角飞虱属物种中华簇角飞虱(Belocera.sinensis)、褐额簇角飞虱(B.fuscifrons)和爬竹簇角飞虱(B.ampelocalamus)单独聚为一支,与偏角飞虱属海南偏角飞虱(Neobelocera hainanensis)的亲缘关系较近,与短头飞虱属显脊短头飞虱(Epeurysa distincta)的亲缘关系较远,分子生物学分析结果与形态学研究结果一致.     

缩骨鲫Cyt b基因和控制区序列克隆及系统进化分析

研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫（Carassius auratus var. Suogu）线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序，并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析，探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明：缩骨鲫线粒体DNA中Cyt b基因和控制区全序列分别长1 141和924 bp；其中，Cyt b基因的碱基含量为29.1%(T)、27.9%(C)、28.7%(A)和14.3%(G)，控制区序列的碱基含量为32.6%(T)、20.7%(C)、32.6%(A)和14.1%(G);2种序列中G+C含量均明显低于A+T含量，且G含量偏低，显示了与其他脊椎动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征；控制区序列可以分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域，均识别到了对应的保守序列；基于邻接法（NJ）和最大简约法（MP）构建缩骨鲫与其他鲫属鱼类Cyt b基因的系统进化树表明，缩骨鲫与红鲫和淇河鲫的亲缘关系最近，而缩骨鲫与野鲫、淇河鲫和红鲫分布在同一个姐妹支系，进一步说明缩骨鲫可能起源于野鲫，是野鲫的一个地方种群。     

基于18S rDNA V4区序列的16种蚜茧蜂系统发育关系(昆虫纲,膜翅目)

利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.     

龙鱼饲养技术

龙鱼又名龙吐珠、银龙、银带,产于亚洲、亚马逊河流域、圭亚那各淡水流域.在我国和亚洲其他一些华裔较多的国家,人们有意把"龙鱼"和"龙"的概念混淆.养龙鱼作为人们祝福、避邪、镇宅乃至兴隆、发财的祈望和憧憬.可以说,龙鱼在亚洲目前是时髦、受欢迎的名贵观赏鱼种.其主要品种有银龙、黑龙、青龙(又称青金龙)、金龙(又称黄尾金龙)、红尾金龙、红龙、澳洲喷点龙(又称澳洲喷点金龙)等.现将其饲养技术简述如下.     

鮡科褶鮡属鱼类部分线粒体DNA序列分析与分子进化

采用PCR技术获得了中国鮡科褶鮡属(Pseudecheneis)5种鱼类及外群种类巨魾[Bagar-ius yarrelli(Sykes)]和红河纹胸鮡(Glyptothorax fukiensis honghensisLi)的线粒体部分基因序列.序列分析结果表明:间褶鮡(Pseudecheneis interm ediusChu)与平吻褶鮡(P.pavieiVail-lant)在Cyt b基因片段上完全无差异,形成单倍型,支持间褶鮡应为平吻褶鮡的同物异名.凭Cyt b基因片段构建了它们的NJ,MP和ML分子树,3棵分子树基本一致,均支持褶鮡属构成一单系群;怒江和伊洛瓦底江"黄斑褶鮡"不同样品分别聚在一起,但二水系的样品未能形成一单系;其他各种的不同样品均能分别聚在一起形成单系.怒江和伊洛瓦底江"黄斑褶鮡"的分类地位值得今后进一步研究.     

16S rRNA和COI基因条形码在12种观赏鱼种类鉴定中的应用

应用通用引物测定观赏鱼市场上价值较高的红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼、神仙鱼、非洲珠宝鱼、接吻鱼、珍珠毛足鲈、蓝钻石孔雀、孔雀鱼、锦鲤等12种观赏鱼的16SrRNA基因和COI基因部分序列。应用DNA序列分析软件,对这些基因进行同源性比较和系统发育分析。通过GenBank中的核酸BLAST和BOLD SYSTEMS数据库对这些基因序列进行比对,结果表明16SrRNA基因和COI基因可以在物种水平作为基因条码对亚洲龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼和神仙鱼等观赏鱼进行准确的鉴别,而且应用COI基因构建的系统发育树比16SrRNA基因更加接近现有的鱼类分类体系。但对形态十分相似的慈鲷等观赏鱼,以及红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼等同一个物种不同品系的观赏鱼依靠16SrRNA基因或COI基因都无法准确鉴定,需要研究进化速度更快的DNA基因条码。     

河川沙塘鳢线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odontobutis、Perccottus glehni 2个属构成1支;Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara 4个属构成1支;Ptereleotris heteroptera单独构成1支。该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

长江下游4属6种鳞科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析

采用PCR扩增获得了长江下游鲿科(Bagridae)4个属6个种类的线粒体16S rDNA序列片段。序列长度介于920 bp与933 bp之间,A+T含量明显高于C+G含量。共有939个比对位点,其中190个为变异位点;52个为简约信息位点。以大鳞脂鲤(Chalceus macrolepidotus)为外群,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)分析鲿科4属6种鱼类的系统发生关系。结果表明,16S rDNA序列可以作为鲿科属间系统发育分析的有效分子标记。聚类结果显示,鲿科鱼类构成一个单系类群,其中鳠属(Mystus)较特化,黄颡鱼属(Pelteobagrus)次之,而拟鲿属(Pseud-obagrus)与鮠属(Leiocassis)的亲缘关系最近。     

中国近海13种对虾分子系统演化和近似种问题的研究

对中国沿海13种对虾科动物的16SrRNA基因（约371bp）和细胞色素氧化基因I（COI）部分序列（约385bp）进行了分析,并采用“最大简约法”、“最小进化法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明：在COI基因序列中,有113个位点存在变异（约为总位点数的31．8％）,高于16SrRNA基因序列的44个变异位点（约为总位点数的11．9％）;构建的分子系统树显示,所构建的NJ、ME和MP树的拓朴结构较为相似,但斑节对虾、日本对虾和缘沟对虾在3个树中相聚位置不同。中国沿海对虾科6属13种,形成3个明显的分支,这3支分别隶属新对虾属、仿对虾属和原对虾属。对虾属、新对虾属、仿对虾属的种间关系与分子系统发育分析结果与传统分类学相一致。16SrRNA序列可能更适用于对虾属以上阶元的遗传多样性分析;COI序列更适合对虾科种间和群体遗传多样性的研究。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离（0.042~0.072）小于鲱科内属间遗传距离（0.065~0.106）。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

蚁科5个属蚂蚁的分子系统学研究(英文)

[Objective] The aim of this study was to explore the taxonomic status and genetic relationship of ants at molecular level.[Method]Applying cyt b gene as a molecular marker,molecular phylogenetic analysis of 14 ant species of 5 genera(Camponotus,Formica,Polyrhachis,Pheidole and Crematogaster)in Formicidae was conducted.Partial sequences of cyt b gene in 14 ant species were analyzed with software MEGA,Clustal X and PAUP,and phylogenetic trees were constructed by Neighbor-Joining method(NJ)and Maximum-Parsimony method(MP).[Result]NJ tree and MP tree showed that the 14 ant species could be clustered into 5 branches.[Conclusion]The results of molecular phylogenetic analysis coincided with the views of traditional morphological taxonomy.     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。     

红斑大壁虎与黑斑大壁虎细胞色素b基因序列差异与分化

[目的]探讨黑斑大壁虎和红斑大壁虎（Gekko gecko）之间的分化程度。[方法]对黑斑大壁虎和红斑大壁Cty b基因的序列进行测定,获得Cyt b基因全序列1 147 bp。以白脊壁虎（G.vittatus）和沙虎（T.keyserlingii）为外群,用邻接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了2种大壁虎的系统发育关系。[结果]黑斑大壁虎与红斑大壁虎Cyt b基因的差异程度达到9.18%,NJ和MP分子系统树显示黑斑大壁虎与红斑大壁虎明显分为二支。[结论]两者达到了亚种分化的差异。     

鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cyt b片段序列,并运用MEGA 3.1软件进行了序列分析,通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果表明:鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支,但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异;三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析

[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2 好的序列为ND5和ND4 ND4L、ND3和ATP8差 包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等 在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2 好的序列为ND2和cox1 ND6、ND3和ATP8差 包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说，对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序，利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列，初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明，鳜类为单系类群，但未与绪科聚合成单系群体，与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群，系统演化上较晚发生，因而，支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。