抗原表位研究方法进展

抗原表位是抗原分子中的主要功能单位,能有效刺激机体的细胞免疫和体液免疫。随着免疫学和生物信息学技术的不断发展,用于研究T细胞表位和B细胞表位的方法得到了很大的提高。论文中概述了近几年用于研究T细胞表位的预测方法和鉴定方法,以及在B细胞表位研究中所用的表位肽扫描技术、蛋白质"切割"法、噬菌体展示技术、X-衍射与核磁共振、表位预测方法等技术,并对每种研究方法进行了比较,为从事抗原表位研究的人员提供参考,从而更有利于表位肽疫苗的研制和诊断方法的建立。     

B细胞抗原表位预测方法的研究进展

抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。     

非洲猪瘟病毒p72蛋白抗原表位预测分析及多表位疫苗的构建

为了预测非洲猪瘟病毒2018/AnhuiXCGQ株p72蛋白的T、B淋巴细胞抗原表位,并完成多表位疫苗的构建。试验采用生物信息学技术ExPASy、SOMPA、PSIPRED Server、DNASTAR及Phyre对该蛋白的理化性质、二级结构、三级结构进行初步预测分析,运用ABCpred Prediction、Scratch、NetCTL及IEDB预测其T、B淋巴细胞表位,最终设计构建得到多表位疫苗。依据各生物学方法分析预测,得到B淋巴细胞优势表位:110～120、77～88、45～55、12～18、27～37位置;T淋巴细胞优势表位298～307、520～531、203～212位置,并设计得到T、B淋巴细胞表位表达盒,ExPASy预测表示该表位盒为亲水性蛋白。以此多表位表达盒为目的基因,以pET-28a构建设计多表位疫苗。表明该蛋白有多个潜在抗原表位,并可依据预测得到的蛋白二级结构、三级结构等参数信息及多个预测抗原位点构建ASFV多表位疫苗,表达纯化用于免疫试验。     

口蹄疫病毒O型泛亚株VP1蛋白的二级结构及抗原表位预测

为获得口蹄疫病毒（FMDV）O/PanAsia毒株VPl蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM Server、ProScale和SignaIP 等在线工具,分析VP1蛋白氨基酸序列,运用计算机技术和分子生物学软件,分析预测VP1蛋白的基本理化性质、结构功能以及可能的B细胞和T细胞抗原表位,筛选B细胞表位肽段并对VP1的两个主要T细胞表位CTL和Th细胞表位进行预测。结果显示：O/PanAsia毒株VP1 蛋白的等电点为9.49,相对分子质量为23 520.83;VP1蛋白的B细胞表位为8~23、135~149和193~205位氨基酸。预测该VP1有10个CTL和10个Th细胞抗原表位,表明其具有较好的免疫原性;最终筛选出VP1蛋白的5个CTL和5个Th优势表位。用生物信息学方法预测O/PanAsia毒株VPl蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位。本研究为FMDV的进一步研究和疫苗制备奠定了基础。     

T细胞抗原表位研究方法的进展

表位(epitope)又称抗原决定簇(antigenic determinant),是指存在于抗原分子表面的能够决定抗原特异性的数个氨基酸残基组成的特殊序列及其空间结构。根据与抗原受体结合不同分为B细胞(识别)表位和T细胞(识别)表位。 T细胞表位就是抗原蛋白中经抗原提呈细胞(antigenprocessing cell,APC)处理,由MHC分子提呈给T淋巴细胞受体的多肽片段。确定T细胞表位,对于研究细胞免疫的机理、过程及研制亚单位多肽疫苗和基因疫苗具有重要的意义。目     

马疱疹病毒1型gB糖蛋白线性B细胞表位的预测与鉴定

试验旨在应用生物信息学技术综合分析马疱疹病毒1型（equine herpesvirus 1,EHV-1） gB糖蛋白,预测B细胞表位,筛选出具有潜在诊断价值的线性B细胞表位。将EHV-1 gB糖蛋白的基因序列输入DNAStar软件中的Protean工作区中,经参数综合比较分析筛选潜在的B细胞表位,克隆、表达预测表位的基因片段,利用表达的融合蛋白作为抗原与马疱疹病毒阳性血清反应。经预测分析,gB糖蛋白的B细胞表位可能位于第6-10、23-32、53-65、72-98、111-120、152-166和173-180位氨基酸区域。本试验成功构建并原核表达含7个潜在B细胞表位的融合蛋白。Western blotting试验结果显示,其中5个融合蛋白能被马疱疹病毒阳性血清识别。本试验利用生物信息学技术结合分子生物学技术成功筛选到5个潜在的B细胞表位,为EHV-1表位诊断、表位疫苗抗原的设计奠定了技术基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒抗原表位研究进展

根据病毒表位与受体细胞结合部位的差异可分为B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的抗原表位的研究已有大量报道,论文根据PRRSV的基因组结构蛋白和非结构蛋白基因编码区特点,对鉴定的PRRSV相关抗原表位进行简要综述,为进一步开发PRRSV快速鉴别诊断方法和多表位疫苗奠定基础。     

禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。     

CD8~+T细胞表位鉴定技术研究进展

CD8~+T细胞表位通过MHCⅠ分子呈递到细胞表面,激活CTL细胞从而介导并调节机体抗内源性抗原的免疫应答。MHC-peptide稳定性试验通过TAP缺陷的RMAS细胞转染克隆在细胞水平鉴定CD8~+T细胞表位与MHCⅠ分子的亲和力;酶联免疫斑点技术(ELISPOT)通过检测IFN-γ的分泌水平评估抗原免疫后机体的细胞免疫应答能力,具有较高的敏感性和高效性。四聚体技术通过流式细胞仪分析抗原特异性CD8~+T细胞的表型和功能特征。论文介绍了CD8~+T细胞表位的特征和上述3种表位鉴定方法的基本原理和研究进展,为CD8~+T细胞表位的鉴定和表位疫苗的研制提供参考。     

病毒多表位疫苗研究进展

病毒多表位疫苗是利用免疫学和基因工程技术筛选出病毒的抗原表位,同时结合计算机技术对表位进行优化,将同一病毒的不同细胞表位或者不同亚型病毒的细胞表位串联表达而制成的新型疫苗。由于病毒多表位疫苗在安全性、稳定性以及免疫效力等诸多方面的优势,已成为当前病毒疫苗研究的热点。本文从病毒抗原表位的确定方法、不同表位疫苗以及病毒多表位疫苗的免疫途径和安全性等几方面对病毒多表位疫苗作一综述。     

Prediction and Identification of Linear B-cell Epitopes in gB Glycoprotein of Equine Herpesvirus Type 1

The study was aimed to predict B cell epitopes in gB glycoprotein of equine herpesvirus type 1 (EHV-1) with bioinformatics, and select epitopes which had potential diagnostic value. The DNA fragments of gB glycoprotein were predicted by protean of DNAStar software. Screening potential B cell epitopes after parameter comparison, the target B cell epitopes were selected, cloned and expressed. The expressed fusion proteins serviced as an antigen were used to react with equine herpesvirus positive serum to screen and identify antigenic epitopes. The results showed that according to predictive and analysis, the areas of amino acid from 6 to 10, 23 to 32, 53 to 65, 72 to 98, 111 to 120, 152 to 166, 173 to 180 might be gB glycoprotein B cell epitopes. Seven epitopes were successfully cloned into a prokaryotic expression vector, and confirmed by DNA sequencing. After expression and purification, Western blotting was performed to detect the antigen, which could be recognized by equine herpesvirus positive sera. Bioinformatics technology and molecular biology techniques were used to successfully screen five potential B cell epitopes, which provided the foundation for the diagnosis of EHV-1 and design of the epitope vaccine.     

羊口疮病毒B2L蛋白抗原表位预测及重组蛋白设计与验证

为得到羊口疮病毒（ORFV）B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白，本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析，并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测，同时参考多模板进行三级结构预测，综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计，构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示，得到了几个可能的优质抗原表位，分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸；纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在；Western blotting结果显示，其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点，构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白，为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。     

Advance on Prediction Methods of B-cell Antigen Epitope

Antigen epitopes are the basic functional units of antigen.B-cell antigen epitope prediction is important for vaccine design, development of diagnostic reagents and preparation of high-throughput antibody.This paper summarized the recent advances on prediction methods of B-cell linear epitopes and B-cell conformational epitopes, and compared these prediction methods in order to provide theoretical references for the researches of antigen epitopes.     

猪圆环病毒2型衣壳蛋白优势B细胞表位重组蛋白免疫原性研究

猪圆环病毒2型(PCV-2)衣壳蛋白(Cap)是研制基因工程疫苗和血清抗体检测方法的主要候选抗原。为筛选免疫原性强的Cap抗原表位,将定位在Cap上的6个B细胞线性表位的编码基因序列重新组合,命名为R1234、R1235、R1236、R2345、R2346和R3456,然后克隆至pET32a原核表达载体,转化到大肠埃希菌中进行诱导表达。通过对表达和纯化条件的优化,最终获得6个多抗原表位串联体的重组蛋白。Western blot和间接ELISA结果显示,6组重组表位蛋白均能被PCV-2阳性血清特异性识别,具有良好的反应原性。将其与完整Cap分别免疫Balb/c小鼠,检测免疫后血清中特异性抗体和细胞因子水平以及脾脏淋巴细胞中CD4^+和CD8^+T淋巴细胞的比例。结果表明,R2346组合刺激机体产生的特异性抗体和细胞因子IFN-γ、IL-4的水平明显高于其他组,脾脏淋巴细胞中CD4^+和CD8^+T淋巴细胞含量与对照组相比显著增加(P<0.05),说明该重组蛋白能够刺激体液免疫和细胞免疫反应。因此,筛选获得的R2346重组表位蛋白可以作为研制PCV-2多表位基因工程疫苗和血清抗体诊断方法的候选抗原,用于PCV-2的预防和控制工作中。     

基于免疫信息学方法设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒S、M及E蛋白的多表位疫苗

【目的】设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus, SADS-CoV) S、M及E蛋白的多表位疫苗。【方法】本研究选用IEDB预测SADS-CoV S、M及E蛋白T淋巴细胞主要组织相容性复合体Ⅰ(MHCⅠ)类分子结合表位;用NetMHCIIpan 4.0 Serve预测T淋巴细胞MHCⅡ类分子结合表位;用Immunomedicine Group、IEDB预测B淋巴细胞表位。将各个服务器预测结果筛选出重叠表位区域作为优势表位,运用IEDB、AllerTOP v 2.0 Servers筛选出高保守性、非致敏性的优势表位区域,通过柔性linker串联成多表位疫苗。对构建的多表位疫苗进行抗原性、理化性质、N-糖基化位点、二级结构和三级结构预测。使用分子对接评估多表位疫苗与免疫受体的结合能力,最后进行基因克隆。【结果】经筛选后的高保守性、非致敏性优势表位构建的多表位疫苗相对分子质量为35.30 ku,为稳定亲水蛋白,具有良好的抗原性,存在1个N-糖基化位点,在二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和β-转角分别占22....     

猪链球菌2型溶血素B细胞表位预测

目的预测猪链球菌2型(SS2)溶血素(SLY)B细胞表位。方法以DNAstar分析为主,综合分析二级结构、亲水性、表面可及性及抗原性指数,辅以吴玉章氨基酸抗原指数计算方法进行SS2溶血素B细胞表位预测。结果推测最有可能的B细胞表位位于溶血素N端第74～85、231～244区域位。结论应用多参数预测SS2溶血素的特征,为表位疫苗的研制奠定了基础。     

融合表达淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒和卵清白蛋白CD8+T细胞表位的减毒鼠伤寒沙门氏菌的构建与鉴定

依据淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)主要保护性抗原CD8 T细胞表位VRRPQASGVYMGNLTAQ和卵清白蛋白(OVA)CD8 T细胞表位SIINFEKL,设计、合成两条编码LCMV和OVA CD8 T细胞表位的寡核苷酸片段,经退火后,克隆入绿色荧光蛋白表达质粒pYAGFP,经PCR扩增和序列测定分析,证实成功构建T细胞表位与绿色荧光蛋白融合表达的重组质粒pYAGFPL-O,将此重组质粒pYAGFPL-O转化减毒鼠伤寒沙门氏菌X4550,获得重组沙门氏菌X4550(pYAGFPL-O).用SDS-PAGE电泳测得重组菌表达的融合蛋白约为30kD.同时,荧光显微镜下观察到X4550(pYAGFPL-O)发出黄绿色荧光.这些结果表明LCMV和OVA T细胞表位已成功表达.重组菌X4550(pYAGFPL-O)的获得为研究沙门氏菌载体携带外源抗原的T细胞应答规律及调控机理打下了重要基础.