应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。     

一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法

分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR—DGGE（denaturing gradient gel electrophotesis，变性梯度凝胶电泳）指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测。共收集了6个生产批次的18个酸奶样品，通过建立16S rDNA V3区PCR—DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法．结合常规分离培养方法．对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示。所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带．显示。其微生物组成比较稳定．割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致．分别为Lactobacillus delbrueckii subsp．balgaricus（保加利亚乳杆菌）和Streptococcus thermophilus（嗜热链球菌）。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级．二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价，建立了DGGE评价方法，结果表明。该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。     

PCR指纹图谱技术在酸奶质量监测中的应用

用PCR指纹图谱技术对市售某品牌酸奶进行了短期动态监测,对于收集的3个生产批次的9个酸奶样品,用ERIC（Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,肠杆菌基因间保守重复序列）-PCR和PCR-DGGE（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,变性梯度凝胶电泳）指纹图谱技术对其菌种组成及其稳定性进行评价.ER-IC-PCR指纹图谱聚类分析结果显示,同一生产批次内3个不同包装的样品ERIC-PCR指纹图谱相似性为90%左右,而不同生产批次样品之间ERIC-PCR指纹图谱相似性有所下降,为82%.该结果进一步用DGGE指纹图谱进行证实.DGGE分析结果表明,G2样品明显缺少一条主带,经割胶回收测序发现,这条主带代表的微生物是Lacto-bacillus delbrueckii subsp.Bulgaricus,说明该产品不同生产批次间的稳定性不是很好.DGGE图谱和测序结果还显示,除G2样品外,该酸奶样品的菌种组成与产品标签说明是一致的.     

荣昌、长白、杜洛克猪肠道微生物ERIC-PCR-DGGE指纹图谱比较分析

为了解荣昌猪与外种猪肠道微生物间的差异,通过提取荣昌、长白、杜洛克猪不同生长阶段粪样总DNA,进行ERIC-PCR扩增及其DGGE指纹图谱的比较分析.结果表明:ERIC-PCR-DGGE技术是一种有效的分子微生态分析技术,它能较好地反映猪肠道微生物群落构成.在哺乳、断奶和经产三个阶段的指纹图谱中,不同品种猪粪样微生物种...     

猞猁肠道紊乱及其病因探讨

为了研究猞猁肠道菌群结构,筛选出致病菌,南京市红山森林动物园采集了4只猞猁的粪便样本(2只正常,2只生病),事先对粪便进行预处理,用酚-氯仿法提取基因组DNA,以此作为PCR反应模板,扩增16S rRNA基因V3区,并将扩增产物进行DGGE电泳,以筛选粪便样本的差异菌群。通过Quantity one软件对DGGE图谱进行相似度分析,发现非疾病样本之间的相似度为0.92,疾病样本之间的相似度为0.96,非疾病和疾病样本之间的相似度为0.65~0.67。由此可以看出两种猞猁粪便样本的微生物群落之间存在明显的差异。     

采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性

利用基于16S rDNA的PCRDGGE（变性梯度凝胶电泳）图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单（2周）到复杂（4周）,再回复简单（6周）到复杂（8周）的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌（Lactobacillus suntoryeus）、索氏梭菌（Clostridium sordellii）和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌（Megamonas hypermegale）和梭菌属细菌（Clostridium spp）。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。     

不同碳水化合物对断奶仔公猪肠道微生物的影响

本试验旨在筛选廉价的碳水化合物原料用于配制断奶仔猪日粮。选用60头体重为(8.0±0.1)kg的三元杂交断奶仔公猪,随机分为5个处理,每处理3个重复,每个重复4头猪。试验以玉米-豆粕型基础日粮作为对照组;4个试验组分别用6%的葡萄糖、蔗糖、乳糖和玉米淀粉取代基础日粮中的等量玉米。试验期28 d。试验结束时,采集试猪肠道内容物,通过平板计数法和PCR/DGGE技术,观察不同碳水化合物对断奶仔公猪肠道微生物的影响。结果表明,回肠和结肠乳酸菌数量乳糖组显著高于其他各组(P<0.05),盲肠乳酸菌数量也有高于其他各组的趋势(P>0.05);回肠和盲肠肠杆菌数量依次为玉米淀粉组>对照组>蔗糖组>葡萄糖组>乳糖组(P>0.05),结肠肠杆菌数量依次为蔗糖组>玉米淀粉组>对照组>乳糖组>葡萄糖组(P>0.05)。在DGGE图谱上,仔猪回肠和盲肠内容物微生物种类较少,而结肠内容物微生物数量较多;各处理组间及不同肠段间DGGE图谱相似性在50%~75%之间,表明日粮不同碳水化合物来源对DGGE图谱的影响不太明显。综合以上结果,断奶仔猪日粮中添加6%的乳糖能改善断奶肠道微生物区系,玉米淀粉对断奶仔猪的肠道微生物的作用较差,不宜单独添加于断奶仔猪日粮中。     

DGGE技术及其在瘤胃微生物多样性研究中的应用

基于可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术已经成为微生物群落多样性和动态分析的强有力工具。本文在阐述PCR—DGGE原理及流程的的基础上,对DGGE技术在瘤胃微生物多样性研究中的具体应用及其局限性与改进方法进行了全面阐述。     

定向调控肠道微生物维护家禽肠道健康

定量PCR、基于PCR的DNA图谱技术、荧光原位杂交法、流式细胞术、新一代DNA测序和生物信息学分析等新技术被用于全面分析肠道微生物及其功能,而通过针对特定细菌调控肠道菌群是维持肠道健康进而提高家禽生产性能的有效策略。基于此,通过定向调控肠道微生物中的产气荚膜梭菌,研制出对家禽肠炎控制效果与抗生素接近的包被精油。     

PCR-DGGE分子技术及其在畜牧业中的应用

传统的以微生物培养为手段的研究方法极大地限制了对微生物的研究。作者综述了以16S rRNA 为主要研究对象的DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术的原理及优缺点,以DGGE为主要手段结合PCR 扩增分析对微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。