基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5%,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1%,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1%;由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9%,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2%;由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicidaS21序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。     

基于16S rDNA序列的4株气单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株气单胞菌属(A eromonas)细菌的16 S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,通过BLAST软件在GenBank中查找同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均为99.2％,Aeromonas sp.T4与序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均为97.9％,A eromonas sp.T5与序列GQ205446.1相似度最高,均为99.4％,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1相似度最高,为99.6％;其他两种方法的结果相似度略低.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T4与序列HM778618.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T5与序列GQ232759.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1亲缘关系最近.     

蓝莓组织培养污染细菌的分离与鉴定

对污染蓝莓组培苗的细菌进行分离和鉴定,为防治蓝莓组织培养过程中细菌污染提供科学依据。采用NA培养基分离纯化细菌,通过形态特征、生理生化指标结合16S r DNA序列同源性分析,对引起蓝莓组培苗污染的细菌进行鉴定。引起蓝莓组培苗污染的细菌为菌株LM53和LM85,16S r DNA序列分析结果表明,LM53和B.amyloliquefaciens(HQ727971)、B.vallismortis(FJ386541)、B.licheniformis(EF644414)、B.subtilis(AY583216)聚在同一系统发育分支,同源性为99.9%~100%;LM85与苏云金芽孢杆菌B.thuringiensis(ACNF01000156)聚在同一系统发育分支,同源性为99.7%。生理生化指标分析表明,LM53与地衣芽孢杆菌相符;LM85与苏云金芽孢杆菌相符,因此确定引起蓝莓组培苗污染的细菌LM85为苏云金芽孢杆菌,LM53为地衣芽孢杆菌。     

一株化血胆组织培养污染内生细菌的分离鉴定及防治

采用NA培养基分离纯化细菌,通过形态特征、生理生化指标结合16S r DNA序列同源性分析,对引起化血胆组培苗污染的内生细菌进行鉴定。结果表明,引起化血胆组培苗污染的内生细菌为HXD5菌株,其形态特征及22项生理生化指标与枯草芽孢杆菌相符;16S rDNA序列分析发现,HXD5与B.amyloliquefaciens(HQ727971)、B.vallismortis(FJ386541)、B.licheniformis(EF644414)、B.subtilis(AY583216)在同一系统发育分支,同源性为99.9%~100%。因此确定引起化血胆组培苗污染的内生细菌HXD5为枯草芽孢杆菌。抑菌试验表明,氯霉素对HXD5的抑菌效果要优于链霉素。     

基于16S rDNA序列的1株灭螺微生物的分子鉴定

从湖南省汨罗市血吸虫防治基地土壤中分离得到1株灭螺活性较强的微生物菌株B59,以B59菌株的总DNA为模板,采用细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增并测其核酸序列,得到1条约1 500 bp的片段。通过Blast软件在Gen Bank中进行同源性检索,将其与同源性较高的菌株的ITS序列进行Clustal X序列差异和同源性分析,分别使用MEGA 6.0软件中的邻接法、Phylip软件中的最大简约法及最大似然法构建系统发育树。结果显示,3种方法构建的系统发育树基本一致,B59菌株与Bacillus cereus的亲缘关系最近,聚为一支,相似度达100%。     

兰花炭疽病拮抗细菌8-59菌株的分离与鉴定

从各地采集的土样中筛选对兰花炭疽病病原菌胶孢炭疽菌(Colletoichum gloeosporioides)具有拮抗活性的菌株。从土样中分离到720株菌株,初筛获得具有拮抗作用的菌株32株,经过复筛,选出1株具有较高拮抗活性的菌株8-59。对8-59菌株进行形态鉴定、生理生化特征鉴定和16S rDNA序列分析,菌株8-59与花域芽孢杆菌(Bacillus vallismortis)很相近。根据16S rDNA序列相似性分析,此菌株与花域芽孢杆菌标准菌株DSM 11031的16S rDNA序列相似度达99.49%。鉴定该菌株为花域芽孢杆菌。     

大麦赤霉病菌拮抗细菌CC41的鉴定

通过培养性状观察与分子标记试验,对一株大麦赤霉病菌拮抗细菌CC41进行了鉴定,结果表明:CC41的形态及部分生理生化特征与Bacillus subtilis极为相似; 两者的16S rDNA序列具有99.2%的同源性;在系统发育树上构成一个分支.由此确定该拮抗细菌属于枯草芽孢杆菌B.subtilis的一个菌株.     

红色素产生菌H1的分子生物学鉴定

从青岛近海海洋沉积物中分离得到1株红色素产生菌H1,利用PCR技术扩增该菌株的16S rDNA核苷酸序列,通过琼脂糖凝胶电泳得到1条约1 500 bp的16S rDNA片段.运用Blast程序与数据库中已存在的细菌16S rDNA核苷酸序列进行相似性比较,表明该菌株与Kocuria rosea的相似性最高,为99.54%,可以认为属于同1个种.选取10株同源性较高的典型菌株序列,进行多序列比对,构建了菌株H1的系统发育树.     

利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357.     

马铃薯疮痂病拮抗菌株B1的鉴定及防效测定

对1株马铃薯疮痂病菌拮抗菌株B1进行了鉴定和盆栽防效试验.在采用皿内抑菌试验、管碟法确定了B1菌株对马铃薯疮痂病的抑制作用后,通过表型特征观察、生理生化测定和16S rDNA序列分析,对菌株进行了鉴定.结果表明,该菌的形态和生理生化特征与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)一致,其16S rDNA序列与枯草芽孢杆菌的同源性高达99％,因此将其鉴定为枯草芽孢杆菌.菌株B1的培养液经80％硫酸铵提取后,所得物质对部分马铃薯疮痂病菌也具有一定的拮抗作用.温室盆栽试验结果表明该菌株对马铃薯疮痂病防效较好.     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

烟草赤星病拮抗生防菌BS06-1的筛选

[目的]筛选对烟草赤星病具有明显拮抗作用的细菌。[方法]应用平板对峙培养法对从烟草根际分离到的细菌进行烟草赤星病拮抗性鉴定,对其中对烟草赤星病菌拮抗性较高的一株细菌利用细菌16S rRNA通用鉴定引物进行PCR扩增、测序和田间抗病性试验。[结果]共从烟草根际分离120份细菌,有6份对烟草赤星病病原菌具有一定拮抗作用,其中1份细菌拮抗作用明显,定名为BS06-1。将该细菌的16S rRNA测序结果登录NCBI网站进行Blastn序列比对,结果表明该菌株与枯草芽孢杆菌BSD-2同源性达到96%,与枯草芽孢杆菌BCRC 14718同源性达到95%,证明该菌属于枯草芽孢杆菌。田间试验证明该菌株BS06-1对烟草赤星病具有显著的抑菌效果。[结论]BS06-1细菌对烟草赤星病具有明显拮抗作用。     

Fermentation,formulation and evaluation of PGPR Bacillus subtilis isolate as a bioagent for reducing occurrence of peanut soil-borne diseases

Four isolates of Bacillus subtilis coded, B4, B7, B8 and B10 were examined as biocontrol agents for their abilities and antagonistic effect on the in vitro growth of certain phytopathogenic fungi of peanut, Rhizoctonia solani and Sclerotium rolfsii. Bacillus subtilis isolate B4(GenBank accession no. EF150884) was the highly effective one for inhibiting the fungal mycelial growth. Batch fermentation of B. subtilis isolate B4 was carried out and the maximum biomass achieved was 4.53 g L~(-1) at 11 h. Bacillus subtilis isolate B4 was formulated and evaluated as a biofungicide to reduce peanut soil-borne diseases under greenhouse and field conditions at the side of Rizolex-T(fungicide) as standard. Treatments by formulated plant growth-promoting rhizobacteria(PGPR) B. subtilis B4 and Rizolex-T in a soil infested with R. solani, S. rolfsii and mixture of them were more effective in decreasing percentage of damping-off, root and pod rot disease incidence(%) in greenhouse and open field environment during the two seasons 2015 and 2016. Treatments by PGPR gave highly dry weight and number of healthy pods compared to control of fungi treatment which was nearby to dry weights of healthy pods achieved by treatments by Rizolex-T in a soil infested with S. rolfsii, R. solani and mixture of them. Formulated PGPR B. subtilis B4 gave higher increasing of yield percentage than treatment by Rizolex-T in the two evaluated seasons 2015 and 2016. It can conclude that the produced bioforumlated agent was more efficient as fungicide when compared with the other chemical synthesized fungicides, safe for human and the environment and economy.     

禽呼肠孤病毒分离株σ2蛋白基因克隆及序列分析

为了解禽呼肠孤病毒（ARV）广西分离株与常用疫苗株在基因水平上的差异,将从广西某鸡场分离获得的2株ARV（R1、R2）分离株的σ2蛋白基因经RT-PCR扩增后,连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α,重组质粒经PCR、双酶切鉴定及序列分析。结果表明,2株ARV分离株的σ2蛋白基因已成功克隆到质粒载体上;经序列分析发现,2株ARV分离株与ARV标准株S1133的核苷酸同源性分别高达99.2%和99.3%,其推导的氨基酸同源性分别高达98.1%和98.4%;两分离株间的核苷酸同源性为99.7%,其推导的氨基酸同源性为98.5%,具有很高的同源性。     

黄瓜白粉病生防菌H_1、H_2的种类鉴定

通过形态特征、培养条件及生理生化指标,结合16SrDNA分子序列测定,对黄瓜白粉病生防菌H1、H2进行了鉴定.结果表明:生防菌H1、H2的形态特征及22项生理生化指标与枯草芽孢杆菌相符;生防菌H1、H216SrDNA序列与Genbank数据库中枯草芽孢杆菌的相似性高于99.5%,因此,H1、H2均为枯草芽孢杆菌亚种(Bacillus subtilis subsp.ubtilis).综合上述结果,最终确定生防菌H1、H2为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

新型复合微生物制剂对垃圾填埋场的除臭效果

从2010年7月28日到8月16日,利用农业微生物学国家重点实验室保藏的沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、地衣芽孢杆菌(B.lichenformis)、短小芽孢杆菌(B.pumilus)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)等5种微生物制成菌剂,采用直接喷洒的方式,治理湖北省钟祥市沿山头垃圾填埋场垃圾恶臭问题。结果表明,治理结束后,垃圾填埋场内采样点处的NH3、H2S的浓度分别下降了65.85%、87.50%,居民区采样点处的NH3、H2S的浓度分别下降了59.38%、81.82%。利用微生物制剂消除垃圾填埋场臭气污染是可行的。     

A functional link between RuBisCO-like protein of Bacillus and photosynthetic RuBisCO

The genomes of several nonphotosynthetic bacteria, such as Bacillus subtilis, and some Archaea include genes for proteins with sequence homology to the large subunit of ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO). We found that such a RuBisCO-like protein (RLP) from B. subtilis catalyzed the 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase reaction in the methionine salvage pathway. A growth-defective mutant, in which the gene for this RLP had been disrupted, was rescued by the gene for RuBisCOfrom the photosynthetic bacterium Rhodospirillum rubrum. Thus, the photosynthetic RuBisCO from R. rubrum retains the ability to function in the methionine salvage pathway in B. subtilis.     

生防芽孢杆菌与扑海因混配对番茄早疫病菌的抑制作用

采用生长率法试验研究了对芽孢杆菌(Bacillusspp.)B1、B2、B6、B8与低毒化学农药扑海因混配后对番茄早疫病菌(Alternaria solani)的抑制作用进行了研究,结果表明:芽孢杆菌B1、B2、B6、B8与低浓度的扑海因混配对番茄早疫病菌有良好的抑制作用.当扑海因浓度为0.6μL/mL时与4种生防菌混配对番茄早疫病菌的抑制率提高了8.0%-13.89%;当浓度为0.3μL/mL时混配作用的抑制率提高了23.02%-35.7%;当浓度为0.15μL/mL时混配作用的抑制率仅为56.56%-61.03%;当浓度下降到0.08μL/mL以下时,4种生防菌分别和扑海因混配对番茄早疫病菌的抑制率与仅使用4种生防菌对番茄早疫病菌的抑制率无显著差异.表明扑海因在低浓度(0.08μL/mL)下与4种生防菌混配达不到良好的防治番茄早疫病菌的效果.扑海因浓度为0.3μL/mL时与4种生防菌混配,两者协同作用增强了抑制效果,对番茄早疫病菌有很好的抑制作用,为适宜混配浓度.