2株猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及ORF3基因的克隆与序列分析

为研究、防控广东地区猪流行性腹泻,首先通过RT-PCR法确定某猪场粪便样品中存在猪流行性腹泻病毒,随后利用Vero细胞进行盲传,最后经核酸类型鉴定、RT-PCR、病毒TCID50的测定、目的基因测序和序列分析等方法,确认分离到2株猪流行性腹泻病毒毒株,命名为PEDV GDKP-2013和PEDV GDKP2-2013,通过ORF3全基因核苷酸序列分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株与经典参考毒株的氨基酸序列一致性为 JX261936-CHGD-01,98.2%,98%;JQ039903-CH-GD-2011,98.6%,98.4%;AF353511-CV777,95.4%,95.1%;KC344845-STPED0810,95.1%,94.8%;EU054929-DR13,95.5%,95.2%;KF272920-USA-Colorado-2013,95.1%,94.8%,表明此2毒株与国内分离株的氨基酸同源性高,与韩国、泰国和美国分离株的氨基酸同源性要低一些,同时,与疫苗参考株的氨基酸同源性也相对较低;基因系统进化分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株主要处在Ⅰa分支,均与弱毒疫苗株（Ⅰb分支）相互之间遗传进化关系较远。     

贵州省猪流行性腹泻病毒ORF3、M基因克隆及序列分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月－2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株.     

Cloning and Sequence Analysis of ORF3 and M Gene of Porcine Epidemic Diarrhea Virus in Guizhou Province

To study the genetic variations of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) ORF3 and M gene in Guizhou province,we used RT-PCR method to detect PEDV in the dung what collected from diarheal porket in five regions of Guizhou province between April 2014 to March 2015,then selected eight positive samples,cloned and sequenced their ORF3 and M gene.The results showed that 75 samples were positive for PEDV,and the positive rate was 71.43%.The result of sequencing showed that ORF3 and M gene were intact;ORF3 gene shared from 95.1% to 100.0% nucleotide identity and 95.1% to 99.6% amino acid identity,and M gene shared from 98.4% to 100.0% nucleotide identity and 98.7% to 100.0% amino acid identity with eight PEDV Guizhou strains.Phylogenetic analysis revealed that Guizhou strains seem to be closely related to Chinese strains,Korean strains and Thai strains,and there were genetically different from the vaccine strains attenuated DR13 and CV777.The results suggested that in rencent years the mainly etiology of orket diarrhea was velogenic PEDV.     

猪流行性腹泻病毒TaqMan检测方法的建立及基于S基因的遗传变异分析

旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒（PEDV）的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示：该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型（PCV2）、猪瘟病毒（CSFV）及传染型胃肠炎病毒（TGEV）等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×10¹拷贝·μL^-1,比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%～99.1%;氨基酸的相似性为94.6%～98.7%。结果表明：本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。     

腹泻仔猪肠道病毒组学分析

为了解上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组学特征,特别是冠状病毒流行情况,采用病毒宏基因组学方法对6个猪场的90份疑似病毒感染导致腹泻粪样进行检测,并通过Geneious和MEGA7.0等生物信息学软件对获得的完整的α冠状病毒属中的PEDV ORF3基因序列进行遗传进化分析。数据显示,腹泻仔猪肠道病毒群落组成主要由小RNA病毒科(Picornaviridae)(63.67%)、星状病毒科(Astroviridae)(12.68%)、杯状病毒科(Caliciviridae)(4.07%)、细小病毒科(Parvoviridae)(2.51%)等组成。在唯一一个检测出PEDV阳性的猪场中,腹泻仔猪PEDV阳性率高达43.33%(13/30)。基因序列遗传进化分析显示,在本研究获得的3个PEDV ORF3基因序列中,有1个属于G2基因型,与其他参考PEDV病毒株相似性较高(96.44%～99.70%);另外2个ORF3基因序列属于G1基因型,相似性相对较低(95.11%～99.41%)。与PEDV传统株CV777蛋白序列比较分析发现,除piglet91株产生F2S突变以外,三株PEDV存在一致性突变,分别如下:V21A、I70M、V79I、F80V、L85I、L92F,这一特性,有可能是PEDV传统株与流行株基因型的鉴别依据。上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组成丰富,在不同猪群中,不同病原感染的情况有所差异,除了PEDV外,星状病毒和杯状病毒也是仔猪腹泻的主要病原。PEDV的ORF3基因与传统分离株相比具有独特的分子特征,新检测到的毒株突变位点与病毒毒力的关系有待于进一步研究。研究结果有助于了解腹泻仔猪肠道的病毒谱,并为仔猪病毒病防控提供一定的基础数据。     

河南省部分地区猪流行性腹泻病毒ORF3和N基因的克隆及其遗传进化分析

为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。     

2012年河南省猪流行性腹泻病毒分离株S1基因遗传变异分析

We designed and synthesized two pairs of specific primers amplified S1 gene by RT-PCR method to investigate the variation in S1 genes of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) in 2012 in Henan.S1 genes of 5 PEDV strains were cloned and sequenced, and their phylogenetic trees were analyzed from different swine breeding farms. Sequences analysis showed that S1 genes shared 98.3% to 99.5% nucleotide identities and 97.1% to 98.9% amino acids homologies among five PEDV isolates. Compared with domestic landing PEDV from 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 98.0% and amino acid homologies were 85.3% to 98.7%. Compared with CV777, the nucleotide homologies were 88.7% to 89.1% and amino acid homologies were 87.3% to 88.4%. Homology analysis showed that S1 genes of 5 isolates shared the same genetic mutation, there were the same insertions and deletions. Compared with domestic mutant strains landed from 2011, there was no tendency. However, compared with CV777, there were three nucleotide insertions from 163 to 166 bp, nine nucleotide insertions from 173 to 174 bp, three nucleotide insertions from 405 to 406 bp and three nucleotide deletions from 463 to 464 bp. These insertions and deletions of nucleotides led to its corresponding changes in encoding amino acids. Phylogenetic analysis showed that S1 genes of 5 PEDV strains belonged to the third group. However compared with part of PEDV first group domestic mutant strains landed in 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 89.3% and amino acid homologies were 85.3% to 86.9%. CV777 was the second group. The results showed that S1 genes of PEDV prevalent strain exist in first and third groups, but mainly prevailing third group strains, the pathogenic and antigenic differences of these strains should be further studied.     

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。     

Cloning and Molecular Characterization Analysis of M Gene of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

In order to study the porcine epidemic diarrhea (PED) epidemic situation recently,small intestine tissue from piglets suspected porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) were collected in this study. The PEDV M gene was amplified using RT-PCR method and the molecular characterization were analysed. The results showed that the ORF of M gene was 681 bp which encoded 226 amino acids. The percent identity of M gene amino acid between PEDV in this study and reference strains in GenBank were higher than 96.0%,and that with CH/SD-M/2012 strain was highest (96.9%).The phylogenetic tree based on the Neighbor-Joining (NJ) and Minimum-Evolution (ME) showed that the PEDV in this study was closely related to CH/SD-M/2012 strain which were belonged to the same evolutionary branch. The phylogenetic tree analysis illustrated that M gene of PEDV was relatively conservative. The results of homology modeling analysis found that crystal model of M protein was similar to coronavirus nsp14-nsp10 complex 5c8s.1 and NAD kinase Ⅰ 2i1w.1.B which shared 27.69% and 15.07% sequence similarity,respectively. The protein structure prediction analysis found seven α-helix structures located in 110 to 113,118 to 125,132 to 136,140 to 145,147 to 152,154 to 157 and 160 to 173 amino acid regions,and five ligand structures of zinc finger located in 98 to 100,102 to 107,135 to 137, 139 to 145 and 149 to 154, amino acid regions. The protein structure prediction analysis indicated that the M protein might be a polyprotein of viral genome replication enzyme.     

猪流行性腹泻病毒M基因克隆与分子特征分析

为更好地了解近年来中国暴发的猪流行性腹泻（porcine epidemic diarrhea,PED）疫情,本研究采集荣昌及其周边地区疑似患有PED的猪小肠上皮组织进行RNA的提取,扩增猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）M基因序列,进行序列分析及M蛋白分子特性研究。结果显示,M基因开放阅读框（ORF）长为681 bp,编码226个氨基酸。通过DNAMAN软件及系统进化树分析发现,本试验中PEDV与GenBank中参考毒株的M基因氨基酸同源性在96.0%以上,其中与广东毒株CH/SD-M/2012株亲缘关系最为相近,同源性高达96.9%,表明M基因相对比较保守。通过M蛋白同源建模及功能预测发现,M蛋白晶体模型同SARS冠状病毒nsp14-nsp10复合体5c8s.1.A及NAD激酶Ⅰ2i1w.1.B模型序列相似性为27.69%、15.07%;其高级结构中在第110-113、118-125、132-136、140-145、147-152、154-157、160-173位氨基酸处存在7个α螺旋,在第98-100、102-107、135-137、139-145、149-154氨基酸存在5个锌指结构配体,M蛋白为PEDV病毒基因组复制酶的多聚蛋白。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株S基因遗传变异分析

为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。     

Genetic Variation Analysis of S Gene of Porcine Epidemic Diarrhea Virus Isolated in Shanxi Provine

In order to investigate the variation in S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), the 4 strains of PEDV S gene nucleotide sequences were obtained, through RT-PCR amplification of tissue samples from Shanxi province. The obtained sequences and the deduced amino acid were analyzed and compared with the other published PEDV strains. Sequence analysis showed that compared with CV777 vaccine, there were 12 nucleotides insertions between 170 to 171 bp, 3 nucleotides insertions between 401 to 402 and 454 to 455 bp, 6 nucleotides deletion between 461 to 468 bp. The nucleotide and amino acid homologies were 99.2% to 99.8% and 98.6% to 99.7% respectively among 4 strains of PEDV S gene; Comparing with the strains isolated from China in 2011 to 2015, CV777 vaccine, attenuated DR13 and CV777, the nucleotide homologies were 95.0% to 98.5%,93.2% to 93.6%,92.1% to 92.9%,93.7% to 94.4%,respectively.The amino acid homology were 96.2% to 98.9%,91.9% to 92.9%,91.9% to 92.6%,92.9% to 94.0%, respectively. Phylogenetic analysis revealed that 4 strains of PEDV S gene belonged to the first group and had high correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated after 2010 in China, and had far correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated before 2010 in China, 2 strains of Japanese, 7 strains of South Korea, 2 vaccine strains. The results suggested that the prevalence of PEDV in Shanxi province had a more obvious variation. Therefore, it was necessary to develop a new vaccine to control the outbreak of PEDV.     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测与ORF3基因分子流行病学调查

为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析.结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到55.32％,病料阳性率达到57.52％.ORF3基因测序分析显示:11个流行病毒株ORF3全基因序列大小均为675bp,编码224个氨基酸.11个流行株ORF3基因同源性为95.9％～99.9％,编码氨基酸同源性为96.4％～100％.与欧洲代表性强毒株CV777基因同源性为96.3％～97.0％,编码氨基酸同源性为95.1％～96.4％,与CV777弱毒疫苗株基因同源性为96.8％～97.6％,编码氨基酸同源性为92.3 ％～93.4％,并且无疫苗病毒株ORF3基因的49个碱基缺失.与韩国病毒株比较,其基因同源性为95.0 ％～98.5％,编码氨基酸同源性为95.5％～99.6％.基因遗传进化树分析表明,国内外PEDV株可分为4群.我国主要流行病毒株属于第1群,与韩国病毒袜亲缘关系较近,而与我国疫苗病毒株存在较大差异.该研究表明,PEDV可能是目前我国仔猪腹泻的主要病原之一,我国PEDV流行病毒株存在明显基因变异.     

2017年江西部分地区PEDV分子流行病学调查

为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%～100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%～100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%～100.0%和91.5%～100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。     

幼龄仔猪PEDV感染肠道损伤模型的建立

试验旨在建立猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染幼龄仔猪肠道损伤模型。试验选用16头7日龄健康幼龄仔猪（杜×长×大）,随机分为两个处理组：对照组和PEDV组,每个处理8个重复,每个重复1头猪。试验期为10 d,试验期间两个处理组饲喂相同的基础日粮。于试验第7天晚上对PEDV组仔猪口腔灌服PEDV病毒（剂量为10^4.5 TCID₅₀）,对照组灌服等量的生理盐水。于试验第10天早上空腹灌服D-木糖（0.1 g/kg体重）,1 h后前腔静脉采血,屠宰取样,取十二指肠、空肠、回肠等组织样品,测定平均日增重（ADG）、腹泻率（DR）、肠道形态结构、肠道黏膜损伤相关基因mRNA水平。试验结果表明：①PEDV感染显著降低了仔猪ADG（P<0.05）,极显著提高了仔猪腹泻率（P<0.01）;②PEDV感染极显著降低了血浆D-木糖含量、空肠和回肠绒毛高度、十二指肠、空肠和回肠绒毛高度与隐窝深度的比值（P<0.01）,显著提高了十二指肠和空肠隐窝深度（P<0.05）;③PEDV感染极显著提高了仔猪空肠黏膜PEDV M基因的相对表达量（P<0.01）,极显著降低了肠绒毛蛋白（villin）和肠型脂肪酸结合蛋白（i-FABP）基因的相对表达量（P<0.01）。以上结果表明,口腔灌服PEDV可以成功诱导建立幼龄仔猪肠道损伤模型。     

四川彭州猪流行性腹泻流行株全基因序列测定及其遗传变异分析

为了对四川省彭州某免疫过猪流行性腹泻病毒（PEDV）疫苗猪场猪感染的PEDV毒株基因组特征和遗传变异规律进行研究,本试验采用RT-PCR法筛选PEDV阳性样本,命名为SCXM株,对全基因组序列克隆测序获取全基因组序列,并对主要结构基因进行遗传变异分析和系统进化分析。结果显示,SCXM株的遗传变异主要集中在S基因,与71个毒株相比同源性为90.4%~99.2%,与猪场免疫疫苗株CV777相比同源性仅为93.8%。与国内常用疫苗毒株相比,在5个线性抗原表位（P1、S1P2、S1P3、SS5和SS6）和1个中和抗原表位（SID）均存在氨基酸位点突变。遗传进化分析表明,SCXM株属于G2b亚型PEDV,与湖北HBXY3株和越南毒株同在一个分支,表明这些地区流行毒株的演化过程存在相关性。另外对ORF3、M和N基因分析结果显示,SCXM与疫苗株相比均存在一定数量的氨基酸突变,但变异程度相对较小,且未引起抗原性预测值的变化。结果表明,PEDV SCXM株属新型变异毒株,其S基因发生较大程度的变异,S基因多个氨基酸突变和抗原性的变化可能是导致猪场疫苗免疫失败的原因之一。本研究丰富了PEDV基因学研究资料,探讨了SCXM株PEDV遗传变异和演化特征,为PEDV的分子演化研究奠定了基础。     

4株猪流行性腹泻病毒S1基因生物信息学分析

为分析猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的遗传变异情况,本研究设计合成1对引物,应用RT-PCR方法扩增S1基因的主要中和表位区序列,并对4株PEDV分离株S1基因中和表位区进行遗传进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4株分离株位于同一进化分支G2上,其中湖南株和河南株与JXGZ2013、GDZQ2012、GDZQ2014株亲缘关系最近,同源性高达98.3%~98.7%;上海株与BJ-2011株、LZW分离株核苷酸同源性高达98.7%左右;福建株与2013年美国株、日本株及中国台湾变异株亲缘关系较近,核苷酸同源性高达99.0%~99.5%;B细胞线性抗原分析显示,与疫苗株相比,4株流行株在265－278位氨基酸处抗原表位明显增强。提示近年来PEDV呈现快速变异和进化趋势,抗原表位的变化可能是影响PEDV流行株感染性的主要原因。     

Bioinformatics Analysis on S1 Gene of Four Porcine Epidemic Diarrhea Virus Strains

To analyse the genetic variation of porcine epidemic diarrhea virus（PEDV),one pair of primers was designed and RT-PCR was used to amplify the S1 gene epitope sequences of 4 PEDV field strains.Phylogenetic analysis showed that 4 strains were closely related to each other and belonged to the second group,and the Hunan and Henan isolates had a close relationship with JXGZ2013,GDZQ2012,GDZQ2014 strains,with the nucleotide homologies at 98.3% to 98.7%;Shanghai strain had a closed relationship with BJ-2011 strain and LZW isolates,with the higher homology at about 98.7%;Fujian isolates had a close relationship with strain of American in 2013,Japanese and Taiwan variation of China with the nucleotide homology at 99.0% to 99.5%;These results showed that a rapid variation and evolution of PEDV strains occurred in recent years,and linear B-cell epitope analysis showed that the threshold values at site 265 to 278 amino acid of 4 filed strains were higher than that of vaccine strains.The epitope differences indicated a possible of infectious that cause of patterns of epidemiology of PEDV.     

2018-2020年中国部分省市猪流行性腹泻病毒S1基因的监测及遗传变异分析

【目的】 调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】 利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2 391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】 2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%, 氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】 本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。     

中国西南部分地区2020－2021年猪流行性腹泻病毒遗传变异分析

【目的】 了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒（PEDV）基因型及遗传变异规律。【方法】 对2020－2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用MegAlign软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析。【结果】 在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50%（31/200）,群体阳性率为100%（8/8）。检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5%~99.4%和92.9%~100%。对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中。其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征。与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守。部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59－62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78－82位氨基酸处和84－88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失。部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中。此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2%（P<0.01）。【结论】 本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据。