基于皮肤组织转录组数据研究水牛与黄牛温度适应性的差异

为了找到与水牛和黄牛温度适应性差异相关的信号通路,本研究对3头成年水牛和3头成年黄牛的皮肤组织进行了转录组测序和生物信息学分析。结果显示,测序后水牛和黄牛皮肤组织分别得到59 369 167和69 837 009条reads,与参考基因组的唯一比对率分别为70.76%和75.55%。水牛和黄牛皮肤组织共有1 611个差异表达基因,其中801个在水牛皮肤中上调,810个在水牛皮肤中下调。GO分析结果显示,注释到细胞组分、分子功能、生物学过程的差异表达基因分别为316、263和278个。KEGG分析结果显示,差异表达基因共富集在33条信号通路上,其中神经活性配体-受体相互作用、氧化磷酸化、胆碱能突触、5-羟色胺能神经突触、GABA能突触、钙信号通路等信号通路可能与水牛和黄牛在温度适应性上的差异相关。综上所述,突触与氧化磷酸化可能与水牛和黄牛之间的温度适应性差异有关,本研究为进一步了解水牛和黄牛对温度适应性差异的分子机制和分子育种奠定基础。     

福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析

试验旨在从分子遗传学角度探讨戴云山羊夏季维持较高繁殖力的遗传机制,从中发掘有用的遗传变异信息。利用转录组测序方法对福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,利用基因本体（gene ontology,GO）、蛋白相邻类的聚簇（cluster of orthologous groups of proteins,COG）和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）数据库对筛选的差异表基因进行功能注释,并进行差异表达基因聚类分析,通过实时荧光定量PCR验证测序结果。结果显示,福清山羊和戴云山羊发情期卵巢的DEGs共357个,其中上调基因221个,下调基因136个。357个DEGs中的287个基因能够被GO数据库注释,78个DEGs能够被COG数据库注释,219个DEGs能够被KEGG数据库注释。KEGG数据库注释结果显示,这些差异基因显著富集的信号通路为蛋白消化吸收（protein digestion and absorption）、吞噬体（phagosome）、肺结核（tuberculosis）、胞外基质受体互作（ECM-receptor interaction）、金黄色葡萄球菌感染（Staphylococcus aureus infection）、同种异体移植物排斥（allograft rejection）等通路。经实时荧光定量PCR验证,所选基因（转录本）表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。本试验利用高通量测序获得大量山羊卵巢转录组信息,有助于从分子水平对山羊卵巢进行深入研究。     

我国地方鹅种就巢性状相关转录组研究进展

随着转录组测序技术的发展,利用组学技术解析我国地方鹅就巢性的研究逐渐深入.在不同品种鹅的各个繁殖阶段,围绕下丘脑-垂体-卵巢轴的不同水平进行转录组分析,可以深入解析鹅就巢的遗传机制.文章针对转录组解析我国地方鹅繁殖性能的研究进行综述,分析不同品种鹅在各产蛋阶段的基因表达图谱,汇总与鹅繁殖性状显著相关的差异表达基因,总结...     

基于转录组测序挖掘奶牛乳脂代谢关键候选基因

旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用Illumina PE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛(高、低乳脂组各4头)的BMECs进行转录组测序,以P<0.05和|log₂FoldChange|≥1.5为阈值筛选差异表达基因,并利用KOBAS在线网址进行功能富集分析,最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析测序结果的准确性及乳脂代谢相关差异表达基因的组织表达谱。结果表明,在高、低乳脂组之间共发现578个差异表达基因,包括332个上调差异表达基因,246个下调差异表达基因。功能富集分析共确定了包含生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)的366个显著富集的GO条目(P<0.05),其中与脂代谢密切相关的GO条目有长链脂肪酸的运输、脂肪细胞分化的正向调节、乳腺肺泡发育、花生四烯酸的结合等。差异表达基因显著富集到47条KEGG通路(P<0.05),参与脂代谢的通路有15条,分别为脂肪细胞内脂解的调节、磷脂酶D信号通路、河马...     

Identification of Differentially Expressed Genes and Lipid Metabolism Signaling Pathways between Muscle and Fat Tissues in Broiler Chickens

In this study, signaling pathways and key differentially expressed genes (DEGs) involved in lipid metabolism in muscle and fat tissues were investigated. Muscle and abdominal fat tissues were obtained from 35-day-old female broilers for RNA sequencing. DEGs between muscle and fat tissues were identified. Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway enrichment analyses of DEGs were performed. A total of 6130 DEGs were identified to be significantly enriched in 365 GO terms, most of which were involved in biological processes, cellular components, and molecular functions in muscle and fat tissues. Three important lipid signaling pathways (pyruvate metabolism, the insulin signaling pathway, and the adipocytokine signaling pathway) were identified among the fat and muscle tissues of broilers. The key common DEGs in these pathways included phosphoenolpyruvate carboxykinase 2 (PCK2), acetyl-CoA carboxylase 1 alpha and beta (ACACA and ACACB), and the mitogen-activated protein kinase (AMPK) gene family. Hence, our findings revealed the pathways and key genes and gene families involved in the regulation of fat deposition in the muscle and fat tissues of broilers.     

西藏牛和三江牛大脑组织中低氧适应相关circRNAs的比较分析

旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证测序数据的可靠性。结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个。其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路（P<0.05）,主要涉及MAPK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程。靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNAs。其中,miRNA靶点数最多的是novel_circ_017825和novel_circ_046762,说明这两个circRNAs可能在西藏牛脑功能调控方面发挥重要作用。circRNA-bta-miR-2284z-mRNA调控网络展示了bta-miR-2284z与circRNA、mRNA间的靶向关系,推测上述circRNAs可能通过充当bta-miR-2284z海绵的方式,间接影响西藏牛脑组织中相关靶向mRNA的表达水平。随机挑选6个circRNA进行RNaseR酶抗性试验和qRT-PCR验证,表达趋势与测序结果一致,说明所获得的circRNA为环状转录本。本研究利用高通量测序技术获得了西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA的表达谱及信号通路,并初步构建了circRNA-miRNA-mRNA网络互作模型,为后续进一步探索circRNA参与西藏牛低氧适应性的生物学过程和分子功能,研究circRNA在大型哺乳动物低氧适应性方面的调控机制提供了可靠的数据支持。     

云南独龙鸡和白来航鸡卵巢组织转录组水平的比较分析

旨在利用RNA-seq技术筛选和分析云南独龙鸡和白来航鸡卵巢组织的差异表达基因,为独龙鸡后续基因功能、品种改良和种质特性等研究奠定基础。本研究采集了3只43周龄健康状况良好的独龙鸡卵巢组织进行转录组测序,并与相似饲养条件和周龄的白来航鸡卵巢组织进行比较。结果表明,与白来航鸡相比,独龙鸡中共有1 273个差异表达基因,其中上调基因522个,下调基因751个。GO和KEGG富集分析显示,差异表达基因主要参与蛋白水解、翻译、细胞外泌体、膜组分、结合和催化等过程,在蛋白合成、ECM-受体相互作用、氧化磷酸化、粘着斑等通路中起到重要作用。对显著性通路分析发现独龙鸡在蛋品质和免疫抗性上具有一定优势,但在产蛋性能上与白来航鸡还存在一定差距。本研究筛选到的RPL22、ATP5I、COX5A、JAKMIP1、CATH2基因主要富集在抗性、产蛋性能和蛋品质相关通路中,可作为重要候选基因进一步深入研究。     

金黄色葡萄球菌在生物被膜态与浮游态的转录组差异表达分析

金黄色葡萄球菌是引起奶牛细菌性乳腺炎的主要原因,生物被膜的形成是金黄色葡萄球菌在不利环境条件下持久性存在的关键因素。探索同一株菌在生物被膜态与浮游态生长状态下的耐药性与其生长状态的相关性,可为进一步探究金黄色葡萄球菌的耐药性机制奠定基础。本研究培养了金黄色葡萄球菌的生物被膜,使用光学显微镜和扫描电镜观察其形成过程。测定并比较了9种抗菌药物对32株金黄色葡萄球菌在生物被膜态和浮游态的最小抑菌浓度,并对两种状态下的金黄色葡萄球菌进行转录组学测序,筛选出具有显著性差异的细胞信号通路和表达基因,同时对主要差异表达的基因进行RT-qPCR验证。结果发现,在生物被膜形成前期,随着培养时间的延长,显微镜下观察到的生物被膜态菌聚集面积越来越大,结构也越来越紧密,培养至72 h后,生物被膜逐渐开始分散。MIC测定结果显示浮游态菌的抑菌浓度低于生物被膜态菌。转录组结果显示两种状态菌的差异表达基因共1 512个,其中,生物被膜态菌中上调基因760个,下调752个。GO与KEGG富集分析显示,相比于浮游态菌,生物被膜态菌中与代谢相关的通路显著富集,其次为氨基酸的生物合成和ABC转运蛋白通路。与生物被膜形成相关的基因,如编码ABC转运蛋白的基因表达上调,而与代谢途径相关的基因下调。RT-qPCR验证了10个主要差异基因,其表达差异趋势与转录组测序结果一致。这些差异可能对金黄色葡萄球菌生物被膜态的高耐药性和细菌毒力的研究有所帮助。     

The Correlation Analysis Between the SNPs of MC4R Gene and Meat Quality Traits in Yanbian Yellow Cattle

In order to explore the effects of the key gene of regulating cattle fat deposition on meat quality traits, screening candidate gene which affect beef fattening traits. This study employed 157 cattles (24 months old) with similar weight as research object, analyzed the correlation between SNPs of MC4R gene and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle by PCR direct sequencing method. The results indicated that the mutation site of C→G had been found in MC4R gene 1 069 bp, which resulted in L (leucine) translated into V (valine). Protein secondary structure lost α-spiral and β-fold at the 166, 243 and 280 amino acid position, which resulted in the changes of spatial position of β-turns in tertiary structure. This site showed different degrees correlation with backfat thickness, lrightness, yellowness of Yanbian Yellow cattle. The backfat thickness and yellowness (3 d) of GG genotype were significantly higher than CC and CG genotypes (P <0.05). The lrightness of CC and CG genotypes were significantly higher than CC genotype (P <0.05). These results declared that the site had remarkably correlatived with Yanbian Yellow cattle relevant economic traits, and the mutation site could be used as a potential molecular marker.     

延边黄牛黑皮质素受体-4基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

试验旨在探索调控肉牛脂肪沉积的关键基因对肉质性状的影响,筛选影响肉牛育肥性状的候选基因。本研究以157头24月龄、体重相近的延边黄牛为研究对象,利用PCR扩增直接测序的方法,分析了延边黄牛黑皮质素受体-4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因的SNPs及其与肉质性状的相关性。结果发现,延边黄牛MC4R基因在1 069 bp处存在C→G突变,导致L （亮氨酸）转变为V （缬氨酸）,引起蛋白质二级结构在166、243、280位氨基酸处出现α螺旋、β折叠丢失,导致三级结构中β转角的空间位置改变。经关联分析表明,该位点与延边黄牛背膘厚、亮度、黄度都存在不同程度的相关,其中GG基因型背膘厚与屠宰后黄度（3 d）显著高于CC和CG基因型（P＜0.05）;GG、CG基因型屠宰后亮度显著高于CC基因型（P＜0.05）。说明该位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

Some Comparative Aspects of the Pharmacokinetics of Tylosin in Buffaloes and Cattle

The pharmacokinetics of tylosin were compared in cattle (Bos taurus) and buffaloes (Bubalus bubalis). Six animals received each a single dose of 10 mg/kg of tylosin tartrate by the intramuscular route. The serum concentration (C _max) and the volume of distribution (V _d) presented significant differences between the two species. C _max was 0.40 ± 0.046 µg/ml for buffaloes and 0.64 ± 0.068 µg/ml for cattle. V _d was 1.91 ± 0.12 L/kg and 1.33 ± 0.09 L/kg for buffaloes and cattle, respectively. However, as the present study did not show considerable differences in the pharmacokinetics of tylosin in buffaloes and cattle, similar dosage regimes of this drug can be recommended for both species.     

基于RNA-Seq数据分析环格列酮和胰岛素诱导延边黄牛前脂肪细胞分化的差异表达基因

试验旨在探讨过氧化物酶体增殖物激活受体γ（peroxisome proliferators-activated receptors,PPARγ）激动因子（环格列酮）和胰岛素对延边黄牛前脂肪细胞脂质代谢的影响及可能的调控机制。试验分为对照组（CON,5% FBS）、胰岛素处理组（I组,5% FBS+10 mg/L胰岛素）、环格列酮处理组（C组,5% FBS+10 mg/L环格列酮）、胰岛素+环格列酮处理组（IC组,5% FBS+10 mg/L胰岛素+10 mg/L环格列酮）。各组处理144 h,通过RNA-Seq技术对其进行转录本测序,差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。差异表达基因分析结果显示,与对照组相比,IC组差异表达基因数量为1 764个,比I和C组分别多276和569个,3个试验组间共有371个差异基因;IC组上调基因数量为974个,分别比I和C组多140和249个,IC组下调基因为790个,I和C组下调基因分别为654和470个。差异基因的GO分析表明,各处理组的差异基因参与了细胞过程、代谢过程以及生物过程的调节;在分子功能上,主要是分子功能调节剂、转运活性、转录调节活性等;在细胞成分上,大多数差异基因被富集到细胞器、细胞膜及胞外区等。KEGG通路分析发现,差异表达基因主要富集在FoxO、PPAR、TGF-β、p53等信号通路。综上所述,胰岛素和环格列酮单独处理与二者共同处理对延边黄牛前脂肪细胞分化的调控机制有所差别,其中二者共同处理对分化的促进作用更加明显。本研究结果为研究环格列酮与胰岛素在调节脂肪生成中的功能和分子机制提供了依据。     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

延边黄牛DGATs基因克隆、生物信息学及组织表达分析

试验旨在克隆延边黄牛二酯酰甘油酰基转移酶（diacylglycerol acyltransferase,DGATs）两种亚型（DGAT1和DGAT2）的CDS区核苷酸序列,并根据生物信息学对两种亚型的氨基酸序列进行分析,以及探讨其在延边黄牛各组织中的表达规律。采用RT-PCR和实时荧光定量PCR技术分别进行DGATs基因CDS区的扩增、克隆以及其在延边黄牛8个组织中mRNA表达量的检测,利用NCBI中BLAST将其与其他物种进行相似性分析,并构建系统进化树;通过在线工具对其编码蛋白的理化性质、一级结构及高级结构进行预测。结果显示,DGAT1和DGAT2基因CDS区序列长度分别为1 470和1 086 bp,分别编码489和361个氨基酸;二者均为稳定的疏水性蛋白。DGAT1存在25个潜在的磷酸化位点、1个N-糖基化位点和8个跨膜结构域;DGAT2存在28个潜在的磷酸化位点、2个N-糖基化位点和1个跨膜结构域。二者均不存在信号肽,即不属于分泌蛋白。DGAT1主要是通过α-螺旋和无规则卷曲连接,而DGAT2以α-螺旋、无规则卷曲和延伸链连接为主。延边黄牛DGAT1和DGAT2基因分别在延边黄牛小肠和脂肪组织中表达量最高,且显著高于其他组织（P<0.05）。本试验结果对进一步研究延边黄牛DGATs基因以及探究其在脂肪沉积过程中的作用机制具有重要意义。     

ADCY2基因表达对延边黄牛脂肪前体细胞成脂分化的影响

本试验旨在研究环腺苷酸（3',5'-cyclic adenosine monophosphote,cAMP）环化酶合成酶2（adenylyl cyclase 2,ADCY2）基因对延边黄牛脂肪前体细胞成脂分化的影响。选取3日龄的延边黄牛腹股沟皮下脂肪组织进行脂肪前体细胞的分离、培养和诱导分化;设计ADCY2基因的干扰片段（siADCY2-1、2、3）,构建pEX4过表达载体;分别收集正常诱导（对照组）、干扰和过表达0、5和10 d的脂肪细胞。用实时荧光定量PCR检测过氧化物酶体增殖激活物受体（PPARγ）、CCAAT/增强子结合蛋白（C/EBPα）和ADCY2在细胞分化过程中mRNA的转录水平,并用Western blotting法检测其蛋白的表达;用油红O染色检测脂滴含量的变化;用甘油三酯试剂盒检测甘油三酯含量。试验结果表明,在成脂分化过程中,与未分化相比,ADCY2基因在分化的第5和10天表达量均极显著上升（P<0.01）,而分化第10天与第5天相比水平极显著下降（P<0.01）;siADCY2-1干扰效率最高,过表达ADCY2基因使其mRNA水平升高;与对照组相比,过表达组细胞内ADCY2基因mRNA水平提高了约4 000 000倍,脂肪细胞内脂滴含量和甘油三酯的含量极显著提高（P<0.01）,成脂关键基因C/EBPα和PPARγ表达极显著上调（P<0.01）,而RNA干扰组细胞内ADCY2基因mRNA水平极显著降低（P<0.01）,脂肪细胞内脂滴含量和甘油三酯的含量极显著下降,成脂关键基因C/EBPα和PPARγ表达极显著下调（P<0.01）。因此,ADCY2基因过表达能显著增加成熟脂肪细胞的脂滴含量及甘油三酯含量,促进成脂关键基因C/EBPα和PPARγ的表达,说明ADCY2基因对脂肪细胞分化具有正向调控作用。     

陕西甘泉县黄牛毛色遗传分析

随机抽取陕西甘泉县１４８头黄牛进行毛色分析，结果表明：其毛色遗传受９个位点的等位基因支配，基本毛色以黄色为主，红色和草白色次之，黑色、沙毛、黑背线及眼圈浅色在群体中以极低的频率出现。确认该地域黄牛在毛色上具有蒙古牛和秦川牛的一些共同特征。     

安徽省蒙城县黄牛发展现状与建议

本文对蒙城县黄牛发展现状,肉牛产业化过程中存在的问题进行了分析,就加快肉牛产业发展提出了对策和建议.     

基于转录组测序挖掘广西麻鸡生长发育相关基因

【目的】通过对1和60日龄广西麻鸡腿肌进行转录组测序(RNA-Seq),筛选出广西麻鸡生长发育关键基因。【方法】选择1和60日龄健康母鸡各3只,分别采集腿肌组织,利用Illumina Novaseq^TM 6000平台进行mRNA转录组测序,利用DESeq2软件进行差异表达基因的分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出生长发育相关基因,并用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】转录组测序结果显示,6个样本分别获得34 296 198～41 647 642条clean reads。与1日龄腿肌相比,60日龄腿肌共获得2 304个差异表达基因,其中998个基因上调,1 306个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目572条,其中生物过程381条,细胞组分70条,分子功能121条。KEGG通路富集分析发现,共获得34个显著富集的信号通路,其中心肌收缩、MAPK信号通路、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等与生长发育相关。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得5个生长发育相关基因,分别为肌球蛋白重...     

蒙古斑点马黑、白毛色区域皮肤中相关基因的表达研究

本试验以蒙古斑点马为研究对象,分别对蒙古斑点马体躯白色区域和黑色区域皮肤的表型和差异表达基因进行分析并验证,试图解析蒙古斑点马毛色形成的分子机制,为今后保护和开发利用蒙古斑点马奠定基础.选择蒙古斑点马体躯白色和黑色区域皮肤制作组织切片,HE染色后在显微镜下观察其表型差异;对白色和黑色区域皮肤组织进行转录组测序,比较差异...