绵羊痘病毒固原株L2R基因的克隆与生物信息学分析

为分析绵羊痘病毒L2R蛋白的分子特征,本试验提取了绵羊痘病毒固原株（GY）的基因组DNA,设计L2R基因引物,对L2R基因进行扩增,将扩增的基因连接到pGEM-T Easy载体后转化到大肠杆菌Trans 5α感受态细胞,筛选阳性克隆,进行序列测序。利用生物信息学软件对L2R基因序列进行预测分析。结果显示,L2R基因序列含有一个由279个核苷酸组成的开放阅读框,编码92个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量理论值为10.92 ku,理论等电点为6.56。该蛋白质二级结构组成分别是α-螺旋占69.57%,β-折叠占9.78%,无规则卷曲占8.70%,延伸链占11.96%。多序列比对分析结果显示,不同羊痘病毒分离株L2R序列高度保守。进化树分析结果显示,GY株与NK、TU及SA株在一个分支,表明它们之间亲缘关系较近。本试验结果为进一步研究L2R蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础。     

绵羊痘病毒、山羊痘病毒及羊口疮病毒多重PCR检测方法的建立和应用

为了建立鉴别绵羊痘病毒(SPPV)、山羊痘病毒(GTPV)和羊口疮病毒(ORFV)的多重PCR检测方法,针对GenBank中3种病毒的基因组序列,合成了3对引物,通过优化多重PCR反应条件,建立了鉴别检测3种病毒的多重PCR方法。特异性试验表明,应用该方法可分别扩增出3种病毒对应的目的片段,对大肠埃希菌、沙门菌、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、Vero细胞、正常羊组织的DNA和灭菌双蒸水均无扩增;敏感性试验表明,该方法最低检测量分别为30.46pg/μL的绵羊痘病毒、28.9pg/μL的山羊痘病毒和26.94pg/μL的羊口疮病毒基因组DNA;应用本方法对85份临床病料进行检测,结果与其他已建立的单项PCR检测方法结果一致,说明该方法可以用于临床上SPPV、GTPV和ORFV的鉴别诊断。     

山羊痘病毒A6L基因的克隆及序列分析

为了分析山羊痘病毒A6蛋白的分子特征,本试验提取了山羊痘病毒古浪分离株的基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,克隆A6L基因的DNA序列。将PCR产物连接到pGEM-T Easy载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对A6L基因序列进行预测分析。结果显示,A6L基因序列含有1个由1128个核苷酸组成的开放阅读框,编码375个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值为43.68 ku,理论等电点为7.50。该蛋白的二级结构中,α螺旋占53.30%,β折叠占10.24%,其余39.46%为无规则卷曲。多序列比对分析结果显示,不同羊痘病毒分离株A6L序列高度保守,同源性在97%以上。上述研究结果为进一步研究A6蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础。     

Cloning and Sequence Analysis of A6L Gene of Goatpox Virus

To explore the molecular characteristics of protein A6 from goatpox virus (GTPV), genomic DNA was extracted from goatpox virus Gulang isolate.The specific primers were designed and used to amplify the A6L gene from the genomic DNA by PCR.A PCR product was ligated into pGEM-T Easy vector.After transformation into E.coli DH5α, the positive clones were sequenced and the sequences were analyzed with the bioinformatics softwares.The result showed that A6L gene sequence contained an open reading frame (ORF) of 1128 nucleotides and deduced protein consisted of 375 amino acids with the theoretical molecular weight of 43.68 ku and isoelectric point of 7.50.Analysis of secondary structure of protein A6 revealed that α-helix, β-strand and random coil were 53.30%, 10.24% and 39.46%, respectively.Analysis of multiple sequence alignment indicated A6L gene from different capripoxvirus isolates were highly conserved with identity of more than 97%.The present results laid the foundation for further studies of biological functions of protein A6 and interaction among the early proteins of capripoxvirus.     

羊痘病毒PCR检测方法的建立和试剂盒的研制

根据GenBank上已发表的羊痘病毒(CPV)的全基因序列,设计并合成了一对能特异性扩增羊痘病毒的引物,扩增产物大小约为445bp。通过对PCR方法的优化,建立了检测羊痘病毒的PCR方法,并研制出检测试剂盒。同时对试剂盒的敏感性,特异性和稳定性进行了研究。实验结果表明,该试剂盒具有良好的敏感性和特异性,稳定性在-20℃至少可以保存一年。     

猪瘟病毒分离株E2基因的克隆与酵母表达系统转移载体的构建

用猪肾细胞 (PK- 15 )繁殖猪瘟病毒 (CSFV)分离株 HL - L Y,根据基因库已发表的 CSFV E2 基因序列 ,设计并合成一对引物 ,以 CSFV总 RNA为模板 ,通过 RT- PCR技术扩增出约 1.1kb的片段 ,即 E2 基因。将 RT- PCR产物先克隆到 p MD18- T载体上 ,构建了重组质粒 T- E2 ,再通过双酶切亚克隆到表达载体 p PIC9的多克隆位点 (MCS)上 ,经酶切、PCR鉴定和测序分析 ,表明均已成功获得了 CSFV E2 基因的重组体 p PIC9- E2 。将该测序结果与国内几个毒株 SHIMEN,C,C- V- L Z,GS- L T,GS- L X分别进行序列同源性比较 ,核苷酸同源性分别为 96 .5 1% ,95 .5 3% ,89.12 % ,78.6 6 % ,77.2 3% ;氨基酸同源性分别为 97.32 % ,95 .71% ,89.5 4 % ,83.16 % ,83.4 2 %。表明该毒株与国内标准毒株 SHIMEN株和 C株具有较高的同源性     

鹅细小病毒河北流行株HBZF07 NS1基因的克隆与序列分析

鹅细小病毒HBZF07株经13日龄鹅胚增殖后收集尿囊液,提取病毒基因组总DNA,采用PCR方法,一次性扩增出与预期大小相符的特异性条带.将扩增产物提纯回收后克隆入pMD18-T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,对阳性克隆进行了序列测定和序列分析.测序后拼接的基因长1 892 bp,包含完整的NS1开放阅读框(1 884 bp),编码623个氨基酸.与GenBank中其它毒株的NS1基因核苷酸序列相比,同源性分别为DY(EF515837)98.4%,与B(GPU25749)为99.2%,与HG5/82(AY506546)为93.9%,与YG(AF416726)为93.9%,与SHM319(GPU34761)为97.0%.     

绵羊痘病毒P32基因克隆与进化分析

利用PCR技术扩增出羊痘病毒结构蛋白P32基因,并进行同源性比对及进化分析.结果表明,该病毒与其他绵羊痘病毒与山羊痘病毒同源性分别为99％与96％.     

羊口疮病毒陕西分离株B2L基因的克隆、序列分析及原核表达

为了对羊口疮病毒(ORFV)陕西分离株B2L基因进行克隆、序列分析及原核表达,根据GenBank已登录的ORFV(JN565694.1)B2L基因序列,设计合成一对特异性引物,应用PCR技术扩增ORFV B2L基因,并将目的基因连接到原核表达载体pET-28a中,成功构建重组质粒PET28a-B2L,转化大肠埃希菌BL21感受态细胞进行诱导表达,并进行SDS-PAGE和Western blot分析。结果表明,成功克隆了ORFV陕西分离株B2L全基因序列,核苷酸序列分析表明,陕西分离株B2L基因与国内外已报道的ORFV毒株核苷酸同源性超过97.3%,氨基酸同源性超过95.0%。重组菌经IPTG诱导后成功表达分子质量约为42ku的重组蛋白,该蛋白能与羊口疮阳性血清特异性结合,具有良好的反应原性。研究结果为ORFV的分子生物学特性研究提供资料,为进一步研制ORFV单克隆抗体及抗体检测ELISA试剂盒奠定了基础。     

羊传染性脓疱病毒吉林株主要囊膜蛋白B2L基因的克隆与序列分析

参照Genbank自行设计2对引物,对羊传染性脓疱病毒JS04株病毒DNA进行两次扩增,扩增产物与pMD19-T连接后,热转化至E.coli Competent Cells DH5中,涂布平板,37℃过夜培养,挑选阳性菌落殖菌,提取质粒,对质粒上产物基因测序,序列大小1137bp,并导出其相关的氨基酸序列。序列分析表明,该毒株B2L基因与ORF-NZ2、Shanhjahnpur82/04等毒株的核苷酸序列同源性为97.8%～99.5%,氨基酸序列同源性为97.6%～99.5%。B2L基因的系统发育进化树结果表明,不同地区分离毒株的B2L基因差异不大。     

Cloning,Prokaryotic Expression and Bioinformatics Analysis of LpxB Gene of Brucella melitensis

The study was aimed to clone and express LpxB gene,and perform the bioinformatics analysis of protein.The genomic DNA of Brucella melitensis M5-90 was used as template.According to the genome sequence of M5-90 on GenBank,a pair of primers was designed.LpxB gene,which was 1 188 bp,was amplified by PCR,and was ligated into pMD20-T vector.The constructed recombinant plasmid pMD20-T-LpxB was transformed into E.coli DH5α.The recombinant plasmid was confirmed by endonuclease digestion and sequencing.The coding region of LpxB from pMD20-T was digested by BamHⅠ and XhoⅠ.Then,the fragment was inserted into prokaryotic expression vector pET-28a,and the positive plasmid was named pET-28a-LpxB.The pET-28a-LpxB was transformed into E.coli BL21 (DE3).The expressed protein was identified by SDS-PAGE and Western blotting.DNAMAN and BioEdit softwares were used to analyze the sequence of amino acids encoded LpxB gene.The results showed that the CDS of LpxB was successfully cloned and expressed.The secondary structure of LpxB protein consisted structure α -helix,extended strand,β-turn and random coil which accounted for 52.41％,14.94％,8.10％ and 24.55％,respectively.     

羊种布鲁氏菌LpxB基因的克隆、原核表达及其蛋白的生物信息学分析

试验旨在克隆羊种布鲁氏菌LpxB基因并进行原核表达和蛋白的生物信息学分析。以布鲁氏菌M5-90株基因组为模板,参照GenBank中M5-90株基因组DNA序列,用DNAMAN软件设计1对引物,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增得到大小为1 188 bp的LpxB基因,将其连接入pMD20-T载体上,构建pMD20-T-LpxB重组质粒,将其转化到E.coli DH5α感受态细胞中,经BamH Ⅰ和 Xho Ⅰ双酶切鉴定正确后扩大培养。将BamH Ⅰ和 Xho Ⅰ双酶切获得的LpxB片段连接入pET-28a,构建重组质粒pET-28a-LpxB,转化到E.coli BL21（DE3）中,双酶切鉴定正确后扩大培养。经IPTG诱导其表达,用SDS-PAGE和Western blotting对蛋白进行鉴定。运用DNAMAN、BioEdit等软件对LpxB基因编码的氨基酸序列进行分析。结果表明,本研究成功克隆了LpxB基因并进行了蛋白表达,在LpxB蛋白二级结构中,α-螺旋、伸展链、β-折叠和无规卷曲分别占52.41%、14.94%、8.10%和24.55%。     

水牛甲状旁腺素1受体基因CDS区克隆与生物信息学分析

试验旨在对水牛甲状旁腺素1受体（parathyroid hormone 1 receptor,PTH1R）基因CDS区进行克隆,并对所获序列进行生物信息学分析,以期丰富水牛PTH1R基因研究的基础数据。提取水牛基因组DNA,以牛PTH1R基因为参考序列（GenBank登录号：NM_001075332.1）,应用Primer Premier 5.0软件设计引物序列,运用PCR扩增及测序获得水牛完整CDS区序列,使用DNAMAN、ProtParam、SOPMA、PSORT Ⅱ Prediction等在线分析软件分析PTH1R的一级结构、二级结构、三级结构与理化性质,并进行同源性分析及构建系统进化树。结果显示,试验成功克隆了水牛PTH1R基因完整编码序列,该序列长为2 283 bp,CDS区长1 770 bp,序列已提交GenBank,登录号：MF380401,可编码589个氨基酸。PTH1R基因CDS区核苷酸序列与黄牛、猪、马、山羊、绵羊和骆驼同源性比对结果显示,其同源性分别为99.4%、93.2%、93.5%、95.3%、98.1%和93.9%,物种之间同源性较高,进化树分析结果与其亲缘关系远近一致,表明水牛PTH1R基因编码区在进化过程中比较保守。蛋白理化性质分析显示,水牛PTH1R蛋白分子式为C₂₉₉₆H₄₆₁₆N₇₉₂O₈₂₃S₃₀,分子质量为65 860.22 u,半衰期为30 h,理论等电点（pI）为8.37,水溶液在280 nm处的消光系数为117 770,肽链N端为M（Met）,不稳定系数为43.36,属于碱性不稳定蛋白。脂肪系数为88.61,总平均亲水性为0.007,该蛋白属于不可溶性蛋白。二级结构分析显示,水牛PTH1R基因蛋白中包含有218个α-螺旋、114个延伸链、44个β-转角、213个无规则卷曲,与三级结构预测结果相一致。综上所述,PTH1R基因编码区在长期生物进化过程中具有较强的保守性,PTH1R基因的成功克隆及分析为进一步揭示其遗传特性提供了理论依据。     

Phylogenetic correlation of Greek and Italian orf virus isolates based on VIR gene

Thirteen orf virus isolates obtained during the time period between 1995 and 2004 from crusted scab lesions of nine sheep and four goats from different geographical areas of Greece and Italy with suspected contagious ecthyma infection were analyzed. DNA of all isolates was successfully amplified by PCR with the primers 045F-045R and identified them as parapox virus. Partial DNA sequence of orf virus interferon resistant (VIR) gene, phylogenetic analysis of the available isolates and amino acid comparison of the interferon resistance protein encoded by this genomic region was carried out. According to the results of the present report a precise characterisation of the genomic region studied might provide evidence for the genetic variation and movement of the circulating orf virus strains.     

一株肠炎沙门氏菌鞭毛基因FliC的克隆及生物信息学分析

本研究旨在对肠炎沙门氏菌（Salmonella Enteritidis）鞭毛蛋白FliC基因进行克隆，并对所获序列进行生物信息学分析。提取该菌基因组DNA作为模板，参考GenBank中肠炎沙门氏菌FliC基因序列设计1对引物，利用PCR克隆获得FliC基因，将其插入到克隆载体中进行测序，应用生物信息学软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列，利用BLAST进行同源性比对，并构建系统进化树，同时对该基因编码蛋白的理化性质、亲水性、信号肽、跨膜结构域、糖基化位点和B细胞抗原表位、二级结构、三级结构等进行分析。结果显示，试验成功克隆了1 518 bp的目的基因，编码505个氨基酸。同源性比对发现，FliC基因相对保守，与大肠杆菌属有较高的同源性。该蛋白的化学分子式为C₂₂₅₄H₃₇₀₁N₆₅₇O₈₀₃S₄，理论分子质量为52.981 ku，理论等电点为4.91；不稳定指数为16.86，是稳定存在的亲水蛋白质。结构分析结果显示，该蛋白没有信号肽或跨膜结构域，但具有8个N-糖基化位点、13个O-糖基化位点和60个磷酸化位点，同时还含有26个B细胞线性结合位点和5个T细胞结合位点。二级结构分析显示，α-螺旋、β-转角、延伸链和无规卷曲分别占43.76%、3.76%、20.99%和31.49%。本试验成功克隆了肠炎沙门氏菌鞭毛基因FliC，并对其序列结构进行了分析，为进一步研究鞭毛在肠炎沙门致病过程中的作用及基因工程疫苗的研制提供理论依据。     

猪圆环病毒2型GD株ORF2基因重组腺病毒的构建及其表达

根据PCV2ORF2基因的序列设计两条引物从PCV2的PK15细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,经酶切、测序鉴定筛选出重组质粒pMD-ORF2.将PCV2 ORF2基因克隆入pAdeasy腺病毒载体系统的穿梭质粒pAdTrack-CMV中,获得重组穿梭质粒pAdTrack-CMV-ORF2,将重组质粒与腺病毒骨架载体共转化大肠杆菌BJ5183,通过细菌内同源重组获得重组腺病毒质粒pAdCMV-ORF2,然后用PacⅠ线性化后转染293细胞,在293细胞内包装出重组腺病毒.通过荧光显微镜观察、PCR检测和Western blot检测证明PCV2 ORF2基因在293细胞内获得表达,ORF2多肽具有良好的免疫原性.     

黑熊苦味受体Tas2R2基因的分子克隆与序列分析

实验采用PCR和克隆测序方法首次从黑熊基因组中获得一全长为1019 bp的苦味受体Tas2R2基因DNA序列（GenBank登录号：JQ239035）.该序列含有完整的1个外显子（无内含子）,大小为915 bp,编码304个氨基酸残基.其蛋白质等电点为9.49,分子量为34.80 kDa.拓扑结构预测显示黑熊Tas2R2蛋白上含有3个N糖基化位点、4个丝氨酸磷酸化位点、3个色氨酸磷酸化位点和1个酪氨酸磷酸化位点.整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区,细胞外区和内区均为4个.亲水性/疏水性分析表明,黑熊Tas2 R2蛋白质为疏水性蛋白,其亲水性区段所占比例较小.种间同源性比较显示,黑熊Tas2R2基因与大熊猫、猫、犬、马和小鼠的cDNA序列同源性分别为98.3％、91.5％、62.9％、58.7％、52.6％;氨基酸序列同源性分别为96.7％、85.5％、49.3％、44.7％、36.1％.黑熊、大熊猫、犬、猫、马和小鼠的Tas2R2基因外显子核苷酸序列构建的基因树与其物种树的拓扑结构是相一致的,表明Tas2R2基因适合于构建不同物种间的系统进化树.     

羊痘病毒实时荧光定量TaqManPCR检测方法的建立

参照羊痘病毒（CaPV）P32的基因序列，设计合成了2套引物和1条探针，建立了实时荧光定量PCR技术，对细胞培养物、皮肤丘疹、痂皮等组织病料中的GPV进行了特异性检测和敏感性试验。结果显示，用300nmol／L引物浓度和200nmol／L探针浓度，获得的CT值较小，而△Rn最大；可检测到相当于0．1TCID50的病毒DNA；制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系且线性范围宽，相关系数为0．9995以上；组内和组间试验重复性的变异系数分别为2．3％和3．4％；与常规的PCR相比较，该方法具有快速、特异、敏感、可定量，可同时检测大量样品等优点。表明，荧光TaqMan PCR是一种检测CaPV的良好方法，可对组织病料中低含量的CaPV或持续带毒宿主进行准确检测。     

伪狂犬病病毒闽A株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据已经发表的伪狂犬病病毒（PRV）Rice株的gE基因序列,设计并合成了1对引物,通过PCR方法扩增到了PRV闽A株糖蛋白gE基因除信号肽以外的全部编码区段,并克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌XL1-blue菌株,重组质粒pMD18-T-FL经酶切和PCR鉴定证实后,进行了序列测定。结果表明,重组质粒pMD18-T-FL含有PRV闽A株糖蛋白gE基因除信号除信号肽以外的全部编码区段,长1674bp。序列比较分析表明,此区段与PRV Rice株相应区段的核苷酸序列同源性为97．5％,氨基酸序列同源性为94．8％。     

羊口疮病毒疫苗株与野毒株VIL-10基因的比较分析

试验旨在比较分析羊口疮病毒（orf virus,ORFV）VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征。参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构。结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4%,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132~134 bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5%,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域。系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远。研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关。