一种新型仔猪先天性震颤及其病原的初步研究

为了解国内猪群是否存在新型仔猪先天性震颤及其病原,本试验对临床疑似仔猪先天性震颤病例进行剖检,观察组织脏器的病理变化;根据GenBank上登录的瘟病毒基因组序列设计2对引物,以典型震颤仔猪的病料RNA为模板,进行RT-PCR,并对阳性产物进行测序;用DNAStar和Mega 7.0软件对所测序列进行分析,绘制系统进化树。结果表明,疑似仔猪先天性震颤病猪的组织脏器病理变化与猪瘟的病理变化相似,但无明显的脾脏梗死和淋巴结周边出血;从采集的病料中均扩增到与预期大小基本一致的条带;所测序列经BLAST比对,均为仔猪先天性震颤瘟病毒（APPV）的相应基因序列片段;系统进化树结果显示,哺乳动物瘟病毒可分为两大进化分支,APPV为单独一分支,其他瘟病毒为另一分支,两分支的同源性低于70%;所测的NS2-3和NS5B基因序列与GenBank上登录的APPV相应序列同源性在76.9%~98.8%之间,表明本研究所测定的序列是APPV的基因组序列;测定的7条NS2-3基因序列之间的同源性在89.7%~94.8%之间,12条NS5B基因序列的同源性在82.2%~100.0%之间。本试验首次证实国内猪群中存在新型仔猪先天性震颤病及其病原（APPV）。     

2015—2017年我国部分地区猪非典型瘟病毒的遗传变异分析

猪非典型瘟病毒（atypical porcine pestivirus,APPV）是一种能引起仔猪先天性震颤的病原。为了解我国APPV感染状况、基因组以及遗传变异特征,采用套式RT-PCR方法,对2015—2017年我国22个省（自治区、直辖市）93个猪场的285份血清样本进行了APPV核酸检测和E2基因序列分析;并对发病猪组织样本进行了APPV全基因组扩增与序列测定和遗传变异分析。结果显示,检测样本的APPV阳性率为25.26%（72/285,95% CI=20.3%~30.7%）,且阳性率逐年升高;猪场APPV阳性率为38.71%（36/93,95% CI=59.7%~94.8%）。扩增出的35条APPV E2基因的核苷酸序列相似性为83.4%~100.0%,推导氨基酸序列相似性为90.5%~100.0%。基于E2基因的遗传变异分析显示,APPV临床毒株可被分为4个亚群,大多数国内APPV临床毒株可归入亚群1,与美国的000515株遗传关系较近;少数临床毒株与Bavaria S5/9、NL1 Farm1等欧美毒株同属于亚群2;6条测定序列被划分至亚群3;亚群4的成员均来自广东;其中亚群3与亚群4均由国内APPV临床毒株构成。全基因组序列遗传变异分析表明,全球APPV毒株可归为2大分支,本研究中测序的毒株CHheb1701与所有国外毒株属于同一分支,且与GX04/2017遗传关系最近,与美国毒株000515同聚为一簇;而第二分支中的毒株均来自我国广东省。以上研究表明,我国猪群中APPV感染已较为普遍,毒株多样且变异广泛,同时,也提示毒株可能有不同的来源,为进一步开展APPV的防控及相关研究奠定了重要基础。     

猪非典型性瘟病毒(APPV)研究进展

猪非典型性瘟病毒(APPV)是近两年来新发现的猪病毒性病原,引起新生仔猪先天性震颤,可导致仔猪站立困难、吮乳受阻甚至死亡,严重威胁着养猪业的持续健康发展.本文从APPV的发现与流行现状、病原特征、临床表现和病理变化及检测技术等方面的研究进展进行了综述,以期为APPV的防控工作提供参考.     

Distribution and persistence of atypical porcine pestivirus in experimentally inoculated pigs

Atypical porcine pestivirus (APPV) is a cause of congenital tremors (CTs) in piglets and has been found in swine populations around the globe. Although systemic distribution of the virus has been reported, there is limited information regarding viral localization at the cellular level and distribution at the tissue level. We collected multiple tissues from 2-d-old piglets (n = 36) born to sows inoculated at 45 or 62 d of gestation with APPV via 3 simultaneous routes: intravenous, intranasal, and directly in amniotic vesicles. In addition, 2 boars from APPV-inoculated sows with CT were raised and euthanized when 11 mo old. In situ hybridization performed on tissue samples from piglets demonstrated a broad and systemic distribution of viral RNA including endothelial cells, fibroblasts, and smooth muscle. Labeling in tissues was more pronounced in piglet tissues compared to boars, with the notable exception of diffuse labeling of the cerebellum in boars. Presence of APPV in boar tissues well after resolution of clinical signs suggests persistence of APPV similar to other pestiviruses.     

基于E^rns蛋白的猪非典型瘟病毒间接ELISA检测方法的建立

猪非典型瘟病毒(APPV)是新近发现的仔猪先天震颤的病原体,其血清学检测方法亟待建立.E^rns蛋白是APPV诱导机体产生中和抗体的重要保守性抗原,是血清学检测的特异性靶标之一.本研究制备了猪非典型瘟病毒原核表达的Erns蛋白,以其作为包被抗原,建立了间接ELISA检测方法.结果表明,最佳抗原包被浓度为8μg/mL,最佳血清稀释度为1:10,阴阳性临界值D450=0.318,灵敏度达到1:64,特异性好,与猪瘟、猪伪狂犬、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪流感及圆环病毒病的阳性血清均不发生交叉反应.该检测方法重复性好,批内变异系数最大值为7.84%,批间变异系数最大值为8.57%.利用建立的间接ELISA方法对50份猪临床血清样本进行了检测,其阳性率为10%.基于Erns蛋白间接ELISA检测方法的建立为APPV的流行病学调查和临床诊断提供了有效的工具.     

瘟病毒非结构蛋白结构与功能的研究进展

瘟病毒非结构蛋白结构和功能的研究与探寻瘟病毒病的控制方法密切相关。论文对瘟病毒非结构蛋白Npro、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B等的结构特点,以及非结构蛋白在瘟病毒基因组复制、前体蛋白质加工和病毒粒子组装以及对细胞和宿主致病性等方面的作用进行了全面综述,并进一步分析了非结构蛋白在瘟病毒感染和疾病防控中的可能作用,可为瘟病毒新型疫苗和基因治疗等方面的研究提供参考。     

B亚型禽偏肺病毒的分离鉴定及致病性研究

旨在确定我国部分养鸡场的鸡出现甩头、精神萎靡和肿头综合征是否由禽偏肺病毒（aMPV）引起,本研究从山东、福建、黑龙江等地的发病蛋鸡和肉鸡场采集鼻甲骨、气管和肺等样品,首先利用aMPV特异性的RT-PCR方法对临床样品进行初步检测,将RT-PCR检测阳性样品接种Vero细胞进行病毒分离,然后利用G/F基因序列分析及间接免疫荧光试验（IFA）等鉴定病毒的亚型,最后将分离株感染SPF鸡进行致病性分析。结果显示：在采集的220份样品中,RT-PCR检测结果显示,有3份鼻甲骨样品在228 bp左右出现特异性条带,将阳性病料接种Vero细胞盲传5代后,细胞出现变圆、聚集和融合等aMPV特征性细胞病变（CPE）,表明成功分离到3株aMPV,将其分别命名为SD2001、SD2002和HLJ2101。G和F基因同源性分析显示,来自蛋鸡的SD2001、SD2002和来自肉鸡的HLJ2101分离株的G和F基因与其他B亚型aMPV毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性均较高,核苷酸的相似性分别为93.4%～98.6%和95.6%～100.0%,氨基酸的相似性分别为88.7%～97.8%和97.6%～100.0%;而与A、C和D亚型的G和F基因同源性较低,核苷酸的相似性分别为27.1%～61.8%和66.8%～74.8%,氨基酸的相似性分别为16.1%～36.7%和72.5%～86.5%,这些结果表明,SD2001、SD2002和HLJ2101分离株属于B亚型aMPV。进一步利用B亚型aMPV特异性的阳性血清进行IFA检测,接种SD2001、SD2002和HLJ2101的Vero细胞均可以观察到特异性的绿色荧光信号,进一步证实3个分离株属于B亚型aMPV。选择SD2001感染3周龄SPF鸡进行了致病性研究,结果发现SPF鸡感染后3～6 d出现精神萎靡、甩头和流鼻涕等症状,鼻甲骨、气管和肺也出现病理性损伤,其发病率为90%（18/20）。3株B亚型aMPV的分离不仅有助于明确我国部分养鸡场出现肿头综合征的发病原因,同时也证实B亚型aMPV流行毒株对鸡有明显的致病性,这些结果为我国家禽疫病的诊断和有效防控提供了重要理论依据。     

Outbreak of foetal infection with bovine pestivirus in a central Queensland beef herd

OBJECTIVE: To describe a significant outbreak of foetal infection and subsequent losses due to bovine pestivirus on a 5200 ha beef breeding and fattening property in central Queensland. DESCRIPTION OF THE HERD: The affected herd consisted of 656 cows, including 269 recently purchased cows, and 221 heifers that were joined in December/January 1995/96. There were approximately 2500 cattle on the property. INVESTIGATION: Following the purchase of 269 cows in October 1995, which were mingled with the existing cow herd, losses were experienced due to foetal infection with bovine pestivirus. These losses were recorded between 1996 and 1999 as: reduced pregnancy rates, losses between pregnancy testing (midpregnancy) and branding (calves averaged 3 months-of-age), losses due to pneumonia and ill-thrift between branding and approximately 12 months-of-age, and losses due to ill-thrift and the chronic wasting form of mucosal disease thereafter. All surviving calves were tested for bovine pestivirus in 1997 at an average of 10 months. Fifty-three calves were identified as persistently infected with bovine pestivirus. A further 110 calf losses could reasonably be attributed to bovine pestivirus infection. Persistently infected cattle were always unthrifty compared to their virus negative counterparts. Only one persistently infected calf was identified, on the basis of severe ill thrift, in the 1997 birth cohort and none in 1998. CONCLUSIONS: This outbreak of foetal infection with bovine pestivirus resulted in significant production losses. These losses were recorded over the three years subsequent to the outbreak. Significant numbers of persistently infected calves were not evident among calves born in the two years after this outbreak.     

2017年上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒全基因进化分析

为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考.     

2013年-2014年江西地区PRRSV分离株NSP2及ORF5基因的遗传变异分析

为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。     

2株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒分子特征分析

为进一步掌握黔西南州猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）流行变异趋势,对2株高致病性PRRSV（HR-PRRSV）贵州分离株GZLPS、GZSB进行Nsp2与GP5基因克隆和测序,并分析毒株分子变异特征。结果显示,2株分离株Nsp2基因有90个核苷酸不连续缺失,不同位置的36个核苷酸发生突变;GP5基因存在不同位点置换。同源性比对与系统进化树分析显示,2株分离株Nsp2与GP5基因与HP-PRRSV JXA1株及贵州省2011年以前流行毒株的核苷酸同源性在96%以上,氨基酸同源性在95%以上,但在分子变异上存在差异。结果表明黔西南州PRRSV变异方式已呈多样性。     

2010-2011年中国部分地区禽坦布苏病毒感染调查及分子变异分析

为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010-2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集的187份家禽病料中检测出42份阳性样品,阳性率为21．6％,而2011年采集的252份样品中检测出37份阳性样品,阳性率为13．9％。对部分毒株的NS5基因测序表明,本研究分离的禽坦布苏病毒与已发布的同时期分离的禽坦布苏病毒NS5基因同源性在98％以上,与2010年前分离的鸡源及蚊媒坦布苏病毒的同源性介于83．8％-85．8％之间;所有2010年后分离的禽坦布苏病毒毒株在系统进化上共同构成了一个进化分支。结果表明,2011年禽坦布苏病毒仍在中国沿海及周边的9个省的家禽中流行,病毒NS5基因的测序分析表明,到目前为止在家禽中流行的禽坦布苏病毒未出现明显的分子变异。     

2010～2011年中国部分地区禽坦布苏病毒感染调查及分子变异分析

为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010～2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集的187份家禽病料中检测出42份阳性样品,阳性率为21.6%,而2011年采集的252份样品中检测出37份阳性样品,阳性率为13.9%。对部分毒株的NS5基因测序表明,本研究分离的禽坦布苏病毒与已发布的同时期分离的禽坦布苏病毒NS5基因同源性在98%以上,与2010年前分离的鸡源及蚊媒坦布苏病毒的同源性介于83.8%～85.8%之间;所有2010年后分离的禽坦布苏病毒毒株在系统进化上共同构成了一个进化分支。结果表明,2011年禽坦布苏病毒仍在中国沿海及周边的9个省的家禽中流行,病毒NS5基因的测序分析表明,到目前为止在家禽中流行的禽坦布苏病毒未出现明显的分子变异。     

Genetic analysis of the matrix and non-structural genes of equine influenza virus (H3N8) from epizootic of 2008-2009 in India

India faced an epizootic of equine influenza in 2008-2009. The isolated viruses were typed as H3N8 and grouped with the clade 2 viruses of Florida sublineage on the basis of haemagglutinin (HA) gene sequence analysis. This report describes the genetic analysis and selection pressure of matrix (M) and non-structural 1 (NS1) genes of the Indian isolates. All isolates shared 98.41% and 99.54% homology with other clade 2 viruses of Asian origin for M1 and M2 amino acid (aa) sequences, respectively. There were 3 and 4 unique aa residue changes respectively in M1 and M2 proteins in all Asian isolates. Phylogenetic analysis revealed clustering of Indian and Chinese isolates in a separate group designated here as Asian clade for M gene. Indian and Chinese isolates shared homology ranging from 98.17% to 99.08% at aa level. The M and NS1 genes were under negative selection pressure with estimated magnitude of pressure (ω) 0.054, 0.581 and 0.30 for M1, M2 and NS1, respectively.     

从流行毒株的系统发生看中国目前狂犬病流行的主要特征

以2006～2012年本实验室狂犬病病毒分离株核蛋白基因完整核苷酸序列和GenBank收录的主要数据为基础,通过构建系统发生树和比对病毒分离株相互间的同源性,对中国狂犬病流行特征进行分析.结果显示,目前涉及中国17个狂犬病主要流行省区的62个狂犬病病毒代表流行株,均为基因Ⅰ型,但在系统发生树上可分为i、ii、iii、iv、v共5个基因群,群内同源性91.4％～99.9％,群间同源性84.5％～90.1％.其中,i、ii群占国内新分离株的绝大多数,为2个主要流行基因群.i群遍布各主要流行省区,主要为来源于犬的分离株.ii群主要分布于南方省区,迄今分离到的多个鼬獾狂犬病病毒株在系统发生上也属于ii群.iii群仅见于广西壮族自治区、云南省两地,与东南亚国家狂犬病分离株同源性高达97.7％.iv群的地区分布不规律,在中国东北、中原、东南和西部地区均有零星报道,分离株较少.v群近年来仅偶见于内蒙东北部及黑龙江省与俄接壤地区,与俄罗斯远东及韩国流行株同源性高达98.5％.综上,中国狂犬病流行以犬间传播为主,野生动物狂犬病的流行日益严重,东北和西南地区存在境外狂犬病传入.犬等动物种群免疫覆盖率低应是狂犬病持续传播的主因.     

11株新城疫病毒广西分离株NP基因的克隆和序列分析

根据基因库中新城疫病毒(NDV)的NP基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000～2003年暴发新城疫的鸡群中分离的11株NDV毒株NP基因进行RT-PCR扩增和序列测定,拼接出11个NDV广西分离株的NP基因的全序列,10个NDV广西分离株的NP基因阅读框的核苷酸序列全长均为1470 bp,编码489个氨基酸,它们的NP基因核苷酸全序列及推导的氨基酸全序列与10个已发表的NDV参考株的NP基因全序列比较分析结果表明:核苷酸序列同源性为84.8%～98.2%,氨基酸同源性为89.8%～99.4%.     

2012年河南省猪流行性腹泻病毒分离株S1基因遗传变异分析

We designed and synthesized two pairs of specific primers amplified S1 gene by RT-PCR method to investigate the variation in S1 genes of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) in 2012 in Henan.S1 genes of 5 PEDV strains were cloned and sequenced, and their phylogenetic trees were analyzed from different swine breeding farms. Sequences analysis showed that S1 genes shared 98.3% to 99.5% nucleotide identities and 97.1% to 98.9% amino acids homologies among five PEDV isolates. Compared with domestic landing PEDV from 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 98.0% and amino acid homologies were 85.3% to 98.7%. Compared with CV777, the nucleotide homologies were 88.7% to 89.1% and amino acid homologies were 87.3% to 88.4%. Homology analysis showed that S1 genes of 5 isolates shared the same genetic mutation, there were the same insertions and deletions. Compared with domestic mutant strains landed from 2011, there was no tendency. However, compared with CV777, there were three nucleotide insertions from 163 to 166 bp, nine nucleotide insertions from 173 to 174 bp, three nucleotide insertions from 405 to 406 bp and three nucleotide deletions from 463 to 464 bp. These insertions and deletions of nucleotides led to its corresponding changes in encoding amino acids. Phylogenetic analysis showed that S1 genes of 5 PEDV strains belonged to the third group. However compared with part of PEDV first group domestic mutant strains landed in 2011, the nucleotide homologies were 88.6% to 89.3% and amino acid homologies were 85.3% to 86.9%. CV777 was the second group. The results showed that S1 genes of PEDV prevalent strain exist in first and third groups, but mainly prevailing third group strains, the pathogenic and antigenic differences of these strains should be further studied.     

PRRSV分离株Nsp2基因和ORF5基因的遗传变异分析

为了解山东省PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2007~2009年分离到的14株山东省内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和ORF5基因序列的测定和分析。结果显示,与参考毒株JXA1相比,14株PRRSV Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到96.1%~99.8%和98.0%~99.8%,氨基酸序列同源性分别达到92.9%~100%和97.5%~99.5%。序列分析结果表明,14株毒株在Nsp2蛋白内部均存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失;ORF5基因编码的GP5蛋白不存在缺失,但存在点突变。遗传进化分析表明,07年分离毒株JQ与参考毒株JXA1亲缘关系很近;09年分离的12株PRRSV,2株仍与国内2006~2007年间的分离株在同一分支,9株已经处在不同分支,1株单独处在一个分支。2007~2009年山东地区流行的PRRSV分离株具有年度特征,无明显的地域特征。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。