樱桃荧光AFLP反应体系优化及应用

以12个甜樱桃品种和4个中国樱桃品种为试材,对荧光AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法进行了研究。结果表明:改良CTAB法提取甜樱桃嫩叶和老叶DNA效果均很好;200ng DNA双酶切反应4h,连接产物稀释10倍作为预扩增模板,预扩增产物稀释20倍作为选择性扩增的模板;筛选了64对引物,其中8对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为40.6条,建立了樱桃AFLP分子标记技术体系;该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记重要农艺性状奠定了基础。     

石榴AFLP反应体系的建立及优化

以提取的‘粉红牡丹’石榴叶片基因组DNA为材料,对影响AFLP反应体系的MseI/EcoRⅠ酶切时间、预扩增模板DNA稀释倍数及程序和选择性扩增模板DNA稀释倍数等关键因素进行优化。结果表明:在石榴AFLP反应体系为20μL双酶切反应体系中,基因组DNA为300ng的最佳酶切时间为6h;以不稀释DNA连接产物为预扩增模板,94℃为预扩增反应程序的起始解链温度;以稀释20倍预扩产物DNA为选扩模板。     

空间诱变辣椒AFLP反应体系的优化

为了建立适合空间诱变辣椒的AFLP反应体系,以3～4叶期的辣椒叶片为试材,对体系中的DNA用量、酶切与连接、预扩增及产物的稀释倍数等关键因素进行了优化,确立了适合空间诱变辣椒的AFLP反应体系.结果表明:采用该体系对空间诱变辣椒进行AFLP分析,能够得到清晰稳定的分子标记图谱.     

辣椒AFLP反应体系的优化与建立

以5个辣椒（Clapsjcum annuum L.）材料为研究对象,对AFIJP反应体系中的DNA用量、酶切连接时间、预扩增产物的稀释倍数等关键因素进行优化分析,建立了适宜辣椒作物的AFLP反应体系。研究结果：酶切连接反应中,基因组DNA适宜用量为100ng,反应时间是6h最为合适,预扩增产物适宜稀释倍数在30-50倍时较为理想。     

杏叶片DNA提取和荧光AFLP反应体系的建立

以杏嫩叶为材料,利用改进的CTAB法,提取到高质量的杏叶片总DNA,通过优化酶切、连接、预扩增、选择性扩增等试验条件,建立了高效稳定的杏荧光AFLP反应体系;筛选出多态性好的12对引物组合,均获得稳定、清晰的扩增图谱,可进行杏品种鉴定、种质资源的遗传多样性和亲缘关系分析等研究。     

荔枝AFLP分析体系的建立

以39份荔枝种质资源为试材,建立起荔枝AFLP分析体系。对AFLP分析过程中的影响因子(酶切与连接、预扩增、标记)进行了研究。双酶切必须完全彻底。选出适于荔枝AFLP分析的引物组合3对,分别为EcoRIAAC+MseICTG,EcoRIAGC+MseICAT,EcoRIACC+MseICAT。应用其中2对引物(EcoRIAAC+MseICTG,EcoRIACC+MseICAT),共在106个位点扩增出条带,多态性带92个(86.7%)。对荔枝AFLP分析的影响因子进行了分析。     

红花绿绒蒿AFLP反应体系的建立与优化

以红花绿绒蒿为试材,采用正交实验设计,研究了酶切时间、Mg~(2+)用量、dNTP_S用量、模板DNA稀释倍数等对AFLP反应体系的影响,以期建立一个适合红花绿绒蒿的AFLP反应体系,并用优化后的体系对64对AFLP引物进行筛选。结果表明:通过所建立的AFLP反应体系能够获得清晰的条带,并利用该体系筛选出8对适合于红花绿绒蒿AFLP分析的引物组合。该研究可为今后AFLP标记在绿绒蒿属植物的遗传多样性分析及种质鉴定提供参考依据。     

枇杷AFLP分析体系的建立与应用

为研究枇杷种质资源遗传多样性和亲缘关系的技术平台奠定基础,以来自5个不同国家43份枇杷种质为试材研究枇杷基因组AFLP反应体系。通过检测AFLP分析中DNA提取、酶切及连接、预扩增和选择性扩增的结果,对影响AFLP分析的主要因子进行分析,建立了AFLP分析体系。利用该体系并选用EcoRI—AGG+MseI—CAC引物组合对供试材料进行扩增,获得的条带清晰可辩,说明所建立的反应体系适合于枇杷进行AFLP分析。     

云南芋种质资源遗传多样性的AFLP分析

 采用荧光标记引物的AFLP分子标记技术, 用筛选出的“3 + 2”引物组合, 对48份云南芋种进行遗传多样性分析, 3对引物共扩增出184个DNA位点, 平均每对引物可检测出56.3个多态性位点,多态性位点高达91.8% , 云南芋种质资源在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。聚类分析表明: 野生种质和栽培种质的亲缘关系较远, 栽培种质基于AFLP标记的分类结果与形态性状基本一致, 少数材料差异较大。     

橄榄基因组AFLP扩增体系的优化

为建立适于橄榄研究用的AFLP技术体系,以10个橄榄品种为材料,对其基因组DNA从酶切、连接、预扩增和选择性扩增等方面进行条件优化。研究结果表明,DNA模板用量为500 ng,酶切体系中限制性内切酶EcoRⅠ和MseⅠ各加入3 U,37℃水浴4 h;连接体系中T4DNA连接酶加入1.5 U,16℃连接6 h;并利用优化后的预扩增体系和选择性扩增体系筛选出6对适合于橄榄AFLP分析的引物组合:E/AAC-M/CAT、E/AAC-M/CTT、E/ACA-M/CAA、E/AGG-M/CAA、E/ACC-M/CAA、E/ACT-M/CAT。采用该体系得到的电泳条带清晰可靠、多态性好,可用于对橄榄遗传多样性的研究。     

番石榴最适ISSR-PCR反应体系的建立与验证

为更好地将ISSR标记应用于番石榴种质研究,以"维邦2号"番石榴DNA为筛选体系试验材料,采用单因子试验对ISSR-PCR反应中Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度、DNA浓度进行了优化;选用引物UBC810对9份番石榴种质进行PCR反应,选取"南宁本地番石榴实生2号"DNA作为模板对8条ISSR引物进行PCR反应,对优化扩增体系进行验证。结果表明,番石榴20μL最适ISSR-PCR反应体系为1.0mmol/L Mg~(2+),0.25mmol/L dNTPs,0.8μmol/L引物,0.2U Taq酶,10ng的DNA(2.0μL 10×Buffer,加入适量ddH2O至20μL)。验证试验得到的扩增产物条带多态性丰富,且特异性强、重复性好。试验确立的最适ISSR-PCR反应体系适用于番石榴的ISSR分子标记。     

木瓜属植物AFLP分析体系的建立与应用

以29个木瓜属品种为试材,研究该属植物基因组AFLP反应体系的建立。通过检测AFLP分析中的DNA提取、酶切及连接、预扩增和选择性扩增的结果,对影响AFLP分析的主要因子进行探讨,建立了木瓜属植物的AFLP分析体系,并利用该体系筛选出E-AAG+M-CAA、E-ACA+M-CAA、E-AAG+M-CAC、E-AAG+M-CAG、E-AAG+M-CAT、E-AAG+M-CTG、E-ACA+M-CTT和E-ACG+M-CTT共8对引物组合,对供试品种进行扩增,获得的条带清晰可辩,说明所建立的反应体系适合于该属植物进行AFLP分析。     

广东果梅种质资源遗传多样性的AFLP分析

为了从DNA分子水平上探讨广东境内果梅种质资源遗传多样性状况,利用荧光标记AFLP技术,对采自广东境内的57份果梅种质进行研究,筛选出适于果梅AFLP分析的8对Mse Ⅰ和EcoR Ⅰ引物组合,这些引物可以将供试材料完全分开.利用8对引物组合对57份果梅种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测,得到了清晰的多态性指纹图...     

南瓜MSAP 体系的优化及引物筛选

以南瓜自交系北观（Cucurbita maxima）为材料，利用正交设计L₁₆（4⁵）优化南瓜MSAP 预扩增和选择性扩增体系的主要因素。结果表明，第一步最佳酶切时间2 h，Hap Ⅱ（HpaⅡ，MspⅠ）用量0.5 μL；第二步酶切时间6 h，EcoR Ⅰ用量0.4 μL；连接体系包括酶切产物21 μL，EcoR Ⅰ接头（5 μmol · L^-1）、Hap Ⅱ接头（5 μmol · L^-1）各1.0 μL，连接时间12 h，T4 DNA Ligase 用量为0.5 μL；最佳预扩增反应体系（25 μL）包含2.0 μL 连接产物，1.5 μL 10 × PCR Buffer（Mg²⁺ plus），2.0 μL dNTP（2.5 mmol · L^-1），0.6 μL Taq 酶（5 U · μL^-1），0.4 μL 上下游引物（10 μmol · L^-1）；最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释120 倍的模板4.0 μL，其他同预扩增体系。最后，利用建立好的MSAP 体系进行6% 聚丙烯酰胺凝胶电泳验证并筛选出适于南瓜MSAP 分析的36 对引物，表明优化后的MSAP 体系多态性好，体系稳定，可重复，为后续进行南瓜MSAP 分析奠定了基础。     

樱属(Cerasus)REMAP标记的建立及贵州种质的亲缘关系分析

为丰富樱属Cerasus种质的分子标记,利用樱桃LTR引物和ISSR引物,筛选REMAP引物组合,建立了适合樱桃的REMAP标记的技术体系,并利用该标记对来源地基本上为贵州省内的40个樱桃种质的亲缘关系进行分析。结果显示,适宜樱桃的REMAP-PCR反应体系为总体系25μL,MgCl2 2.0 mmol/L、Taq酶0.75 U、引物0.4 mmol/L、模板DNA 10 ng、dNPT 0.4 mmol/L;8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对PCR扩增产物检测效果最好。利用上述体系筛选出10对REMAP引物组合,扩增出234个位点,平均多态性比率是92.29%。聚类分析显示,以相似性系数0.69为阈值,可以将供试材料分为3类,即33种贵州地方栽培品种聚为一类,玛瑙红樱桃与4种野樱桃聚在一类,"红皮"樱桃与"青皮"樱桃聚在一类。     

杧果主要品种遗传多态性的AFLP标记研究

 采用扩增片段长度多态性AFLP标记对国内外31个杧果主要品种进行分类与亲缘关系研究。结果表明: 筛选出的14对引物组合在31份杧果种质中共扩增出了1 761条带, 其中多态性带的比例为97%。平均每对引物产生125.8条带和121.6条多态性带, 总的多态性带率为97%; 基于AFLP标记, 以0.48的相似系数为阈值, 所有供试　果材料被分为7大组群, 第一组群内以0.52为阈值, 又可分为6组。与形态标记相比, 基于AFLP标记的杧果分类体系更能反映杧果品种间的亲缘关系。     

中国石斛属植物遗传资源的AFLP分析

中国是世界石斛属（Dendrobium）植物分布中心,其主要分布在云贵川等地区。采用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记方法,研究了石斛属92个种质的遗传多样性和亲缘关系。从24对引物组合中筛选出10对引物组合进行扩增,共扩增出2 329个位点,其中多态位点2 307个,占总扩增位点的99.04%。聚类分析将92个石斛种质,分为4个类群,种间遗传分化显著。AFLP分子标记将菱唇石斛和西畴石斛划为石斛组、金耳石斛划为寡花组,且研究结果表明,茎的形态和质地为石斛分类的重要性状,花的唇瓣和茎节的膨大非石斛分类的主要因素。     

萱草部分野生种和栽培品种亲缘关系的AFLP分析

 借助AFLP标记对35份萱草野生种和栽培品种进行亲缘关系研究, 结果表明, 7对引物组合对萱草共扩增出条带380条, 其中多态性条带357条, 平均多态性达到93.39% , 单对引物扩增条带19～85条, 平均每对引物组合扩增多态性条带51条。7对引物扩增出的多态性条带均超过90.0%。种质资源相似系数为0.3822～0.9656, 平均相似系数为0.7039。UPGMA聚类结果将供试材料分为3类, 即早花、中花和晚花类, 同一产地的品种基本能聚在一起。AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示萱草种质资源的亲缘关系。     

牡丹AFLP荧光反应体系的建立和优化

以牡丹的叶片为材料,通过对扩增长度多态性(AFLP)反应体系中几个关键参数进行优化,建立了牡丹的AFLP荧光反应体系,首次在牡丹DNA提取、酶切连接、预扩增、选择性扩增等试验过程取的成功,得到了清晰的部分牡丹品种的指纹图谱.为牡丹品种指纹图谱的绘制、亲缘关系的研究等奠定基础.     

SSR与AFLP标记在甜瓜连锁图谱上的分布

利用3-2-2×TopMark杂交组合,得到152株重组自交系群体,构建甜瓜分子遗传图谱。该图谱包括71个SSR标记和94个AFLP标记,由17个连锁群构成,覆盖基因组总长度1 222.9 cM,标记之间平均距离为7.41 cM。筛选了428对SSR分子标记（其中360对为EST-SSR引物,68对为g-SSR引物）,得到94对具有多态性的SSR标记,其片段大小在150～300 bp之间,多态性比例占21.29 %;筛选了256对EcorI/MseI AFLP引物组合,得到22对AFLP多态性引物,共含有146个AFLP多态性位点,其片段大小在100～600 bp之间。SSR标记较平均的分布在染色体上,AFLP标记在LG1、LG12及LG14上出现聚集现象。