基于SCoT标记的独叶草天然群体遗传多样性分析

以独叶草天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究独叶草天然群体种质资源的遗传多样性,旨在为独叶草种质资源的评价和保护提供分子生物学参考依据。结果表明:从30条引物中筛选出20条重复性好、条带清晰度高、丰富性好的引物进行PCR扩增;20条引物共扩增出99条DNA谱带,其中多态性谱带为72条,多态性比率为72.73%。36份材料的观察等位基因数介于1.333 3～2.000 0,平均为1.724 5;有效等位基因数介于1.219 8～1.806 3,平均为1.533 1;Nei′s基因多样性介于0.132 5～0.439 0,平均为0.297 7;Shannon′s信息指数介于0.195 6～0.628 9,平均为0.432 4。聚类分析表明,36份独叶草种质资源的遗传相似系数在0.650 0～0.949 0,平均遗传相似性系数为0.757 7;而编号相邻或相近的独叶草种质资源均聚类在一个大类或亚类。这说明SCoT标记可适用于独叶草的遗传多样性分析。     

基于SCoT标记的山西五角枫遗传多样性分析

以同一生境的40份自然分布的五角枫为试材,采用SCoT分子标记技术,对霍山兴唐寺的五角枫群体进行遗传多样性分析,为五角枫种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:筛选的15条SCoT共扩增出113条条带,其中多态性条带41条,多态性比例为36.28%;等位基因数平均为1.362,有效等位基因数平均为1.23,Nei′s基因多样性平均为0.134 1,香农信息指数平均为0.199 4;平均相似系数为0.945。试验结果说明供试材料种群的遗传多样性不高,遗传基础较为狭窄。五角枫的遗传多样性评价应该结合形态学表型与更多的分子标记技术。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

山葡萄种内遗传多样性的SSR分析

利用26对SSR引物对124份山葡萄种质资源的遗传多样性初步分析,等位基因(Na)数平均为3.6923,有效等位基因(Ne)数平均为2.5779,Shannon多样性指数(I)平均为1.0195,基因多样度(Nei)平均为0.5762。野生种质资源的遗传多样性高于选育品种;而野生种质资源中黑龙江省的遗传多样性高,其次是吉林省野生资源,辽宁省野生资源最低。山葡萄种质的遗传相似性系数J为0.224～0.972,平均遗传相似系数为0.588。根据遗传相似性系数进行UPGMA聚类,建立树状聚类图。利用26对SSR标记能将供试的124份山葡萄种质相互区分,在遗传相似性系数0.39处将供试山葡萄种质资源分为6大类群,多数种质的聚类和山葡萄长期生长发育的地理分析研究结果一致。     

黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价

 目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值（多态性信息量）为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。     

越橘品种资源亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对38份越橘品种资源的亲缘关系进行分析。结果表明,14条ISSR引物扩增的总带数为4¹2条,平均扩增出6.36条带,平均多态性带数为3.43条,平均多态性百分比为51.6%;UPGMA聚类分析显示,在相似性系数为0.867处将38个越橘品种分为2大类;试验结果对研究越橘种质资源遗传多样性和加快越橘品种改良具有一定作用。     

广西梨种质资源遗传多样性和群体结构分析

【目的】阐明广西地方梨种质的遗传多样性、亲缘关系及群体结构,加快梨种质的鉴定、评价和保护,促进地方优质梨种质资源的合理有效利用,助推品种改良和种质创新。【方法】利用筛选获得的15个SSR分子标记对71份广西地方梨种质和48份外地梨种质进行遗传多样性和群体结构分析。【结果】共检测出190个等位基因（Na）,平均等位基因数（Na）为12.667,平均有效等位基因数（Ne）为5.454,位点多态性信息指数（PIC）平均值为0.762,较好地揭示了梨的遗传多样性;观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）平均值分别为0.682和0.788,说明梨群体内存在近缘交配;香农指数（I）平均值为1.876,反映梨群体的遗传多样性丰富。广西地方种质的平均等位基因数为11.53,平均有效等位基因数为5.606,香农指数（I）为1.894,均高于外地种质,说明广西地方种质的遗传多样性更丰富。聚类分析显示大部分广西地方种质与外地种质的亲缘关系较远,隶属两个不同类群,但二者存在少量的相互交叉,少数的广西梨和外地梨聚为一类,有较近的亲缘关系。群体遗传结构分析也表明大部分广西梨和外地梨的遗传结构差异较大,并且2个居群的...     

基于SSR标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术，进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明，筛选获得19对多态性较高的SSR引物，通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因，平均多态性等位基因数为6.158个，平均有效等位基因数为3.398个，香农指数平均值为1.372，观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689，多态信息指数平均值为0.643，表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析，在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群，第一类群共45份种质资源，包括引种于不同国家的不同榴莲品种；第二类群共8份种质资源，均为引种于不同国家的猫山王榴莲；第三类群共1份种质资源，是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值，第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析，明确了部分未知种质资源的品种所属，对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现，个体的变异是总变异的主要来源，亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大，不同亚群整体基因流较大，遗传分化...     

基于ISSR分子标记的贵州冬荪遗传多样性分析

以不同地区的20份冬荪种质资源为试材，利用ISSR(inter-simple sequence repeat简单重复序列间扩增)分子标记技术，从78条引物中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引物，在供试冬荪菌株中进行扩增。利用NTSYS 2.10e聚类分析软件UPGMA法进行聚类分析，同时利用PopGen 32软件对20份冬荪种质ISSR统计结果进行遗传多样性分析，以期通过分子标记技术评价冬荪种质资源遗传多样性，为冬荪遗传育种提供优质材料。结果表明：筛选出具备多态性ISSR引物24条，对供试冬荪菌株进行PCR扩增共获得谱带有788条，其中多态性谱带768条，多态位点比例达到97.5%;遗传多样性分析显示平均等位基因(Na)为1.991 3,平均有效等位基因数(Ne)为1.585 6,平均Nei′s基因多样性指数(He)为0.343 8,平均Shannon信息指数(I)为0.516 1;在遗传相似系数为0.67时，20份冬荪菌株可分为三大类群。综上，20株冬荪种质资源间具有丰富的遗传多样性，亲缘关系较复杂；不同来源的种质由于菌种流通频繁而导致亲缘关系复杂，育种亲本的选择纯化周期较长。     

基于EST-SSR标记分析猕猴桃种质遗传关系

利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。     

马尾松种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用18条RAPD引物对35份马尾松种质资源进行了DNA扩增试验,共产生153条RAPD标记条带,其中多态性带137条,多态性百分率为89.5%,平均每个引物检测到的条带数为8.5条。结合聚类分析,进行马尾松种质资源遗传多样性研究,结果表明RAPD可以准确分析研究马尾松种质资源遗传多样性。     

利用分子标记技术选择柚类核心种质资源

根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。     

基于SCoT分子标记的19份黄桃种质遗传多样性分析

【目的】分析黄桃种质的遗传多样性和亲缘关系,为选育新品种提供理论依据,有效避免骨干亲本重复利用和新品种遗传背景单一的问题。【方法】基于SCoT引物对19份黄桃材料进行遗传多样性分析,并利用软件NTSYS2.10进行聚类分析和主坐标分析。【结果】15条SCoT共扩增出283条清晰条带,多态性条带共277条,多态性比率为97.88%。19份黄桃材料遗传相似系数的变异范围为0.186～0.635,平均为0.324。聚类分析将19份桃材料分为5个群组,表明19份黄桃材料的遗传背景存在差异,遗传背景丰富。经主坐标分析,得到与聚类分析类似的结果。【结论】15条SCoT引物对19个黄桃材料进行有效区分,并将其分为5个组。19个黄桃材料的遗传背景存在显著差异。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材，利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性，分析其遗传结构特征，构建NJ聚类图，以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系，为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性，共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广，遗传信息丰富，遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析，58份核桃品种(优株)可聚成3个类群，聚类结果与表型性状、亲缘来源有关，与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中，Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

基于SRAP和SCoT标记的猕猴桃种质遗传多样性分析及变异材料鉴定

[目的]探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料('H-16')的亲缘关系.[方法]利用SRAP及SCoT两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定.[结果]筛选出的12对SRAP引物和16条SCoT引物在59份材料中分别扩增出多态性条带125条和143条,平均多态性比率为99.07％和100％,平均遗传相似系数为0.668和0.640,其中'H-16'与红阳的遗传相似系数最高,分别为0.952和0.930,表明两者遗传背景高度一致.SRAP及SCoT两种分子标记分别将59份猕猴桃材料分为4组和8组,部分中华猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚为一类,显示中华猕猴桃与美味猕猴桃种间关系较近,存在频繁的基因交流现象.筛选出的3对SRAP引物和2条SCoT引物,在'H-16'和红阳中扩增出差异条带,表明'H-16'为红阳的变异材料,且12对SRAP引物将全部中华系红肉猕猴桃聚为一类,可作为筛选控制红色性状位点的候选SRAP引物.[结论]SRAP和SCoT分子标记有效地将59份猕猴桃划分成4组和8组,表明其遗传背景存在差异,且遗传多样性较为丰富,两种标记都可用,SCoT更高效.两种标记都可用于猕猴桃变异材料的早期鉴定,且成功鉴定'H-16'为红阳的色泽变异品种(系),为后期开展种质资源评价和新种质选育提供技术参考和理论依据.     

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的SSR标记分析

对49份寒地苹果资源采用荧光SSR分子标记技术，并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析，利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析，利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明：20对SSR引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因，平均多态性等位基因数为13.850，平均有效等位基因数为6.649，香农多样性指数为2.065，观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799，具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小，为0.261，楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大，为0.411，属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析，在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群，第Ⅰ类包括18份资源，全部是中国苹果群体；第Ⅱ类包括31份资源，其中楸子群体10份，中国苹果群体16份，西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处，第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类，分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果，发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关，各群体间存在基因渗透。     

广西西北部高原地区柿种质资源调查及遗传多样性分析

 调查和研究了广西西北部云贵高原地区柿种质资源状况,并对收集到的柿种质进行表型系统聚类和SCoT遗传多样性分析。结果表明,广西西北部云贵高原地区柿种质资源较丰富,至少拥有柿、油柿和野柿3个种31个不同品种和类型,部分地方仍保存有原始的野生种。不同柿种质在形态和DNA水平上都表现出很大的变异,具有丰富的多样性。35个相对独立的表型性状被用于柿种质的Q型系统聚类分析,在欧氏距离D = 9.8处,31份种质被分为5组,与果形及种质类型在一定程度上相吻合。13条SCoT多态性引物可从31份柿种质中扩增出161个DNA位点,多态性带比例为95.65%;UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将31份柿种质完全区分开,在相似系数0.686的水平将其分为5大类,与表型分析结果基本一致。     

寒地李和杏遗传多样性SSR分析

以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。     

利用ISSR分子标记构建南疆杏种质资源核心种质

【目的】探讨分子水平构建南疆杏核心种质的方法,建立最适核心种质。【方法】以138份南疆杏种质资源为材料,根据SM、Jaccard和NeiLi遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照,利用位点优先取样策略研究核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及遗传多样性各指标进行t检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种质和保留种质进行t检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略优于随机取样策略;通过Jaccard遗传距离构建的核心种质要优于SM和NeiLi遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离构建的核心种质能够较全面的代表原种质的遗传多样性;31份核心种质资源,保留了原种质22.46%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的保留率分别达到92.37%、97.62%、98.82%、102.52%、107.17%和106.36%。【结论】采用位点优先取样策略和Jaccard遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建南疆杏种质资源核心种质的方法,构建的31份核心种质能全面代表原种质的遗传多样性。