辣椒基因组DNA不同提取方法的比较研究

为筛选一种快速、简便且可获得高质量辣椒DNA分子的提取方法,比较了用SDS法和CTAB法提取辣椒总DNA的效果.研究结果表明,SDS法提取的DNA产率高于CTAB法,而CTAB法在纯度上高于SDS法,2种方法在2个品种上的效果一致.     

茴香总DNA提取方法的比较研究

以茴香为研究材料,分别采用高盐低pH法、尿素法、CTAB法、SDS法、PVP法和CIAB-SDS结合法等6种不同方法提取总DNA,结果表明:SDS法为提取茴香总DNA的最佳途径.     

花椒DNA提取方法的研究

采用经过改良的SDS法和CTAB法对不同品种花椒进行基因组DNA提取,用核酸蛋白分析仪测量DNA浓度,将提取的基因组DNA进行ISSR分析,以期找到一种提取花椒总DNA提取的最优方法。结果表明:改良的CTAB法更适合花椒基因组DNA的提取,CTAB法比SDS法提取的DNA纯度好,所获得DNA样品的OD260/OD280比值在1.8~2.0范围内,琼脂糖凝胶电泳图谱显示条带清晰。     

一种高质量葡萄基因组DNA提取方法

针对葡萄组织中多酚、多糖类物质含量较高的特点,对比研究了利用植物总DNA提取试剂盒和改良CTAB法提取葡萄总DNA.结果表明:改良的CTAB法能够从不同葡萄品种和不同生长时期的叶片中获得高质量、完整性好的总DNA,其OD260/OD260介于1.7～1.9之间,无降解现象,RNA去除干净,完全适于进行PCR和酶切等研究.     

不同方法提取牛心朴子基因组DNA效果的比较研究

以牛心朴子的叶片、茎段、根为试材,采用改良的CTAB法Ⅰ、CTAB法Ⅱ和SDS法对其进行了基因组DNA提取效果的比较分析.结果表明.CTAB法Ⅰ从3个部位都能提出较高浓度的DNA,电泳条带完整清晰;CTAB法Ⅱ从3个部位都能提出DNA,条带明亮,但有明显拖尾现象;SDS法从叶片中能提出较高的DNA,但从茎和根中所提的DNA含量较小,电泳条带暗;3种方法所提的DNA其RAPD扩增效果以CTAB法Ⅰ最好,CTAB法Ⅱ次之,SDS法最差.叶片提取的DNA平均纯度、浓度和得率为最高,RAPD扩增效果最好,茎次之,根最低.说明CTAB法工是牛心朴子DNA的高效提取方法,不同部位以牛心朴子叶子提取的DNA得率高,扩增效果最好.     

不同方法提取青藏高原蕨麻总DNA的比较研究

以改良CTAB法、改良SDS法、试剂盒法提取青藏高原蕨麻总DNA;用紫外分光光度法测定提取的青藏高原蕨麻的总DNA浓度和质量;用琼脂糖凝胶电泳法、分光光度法测定提取的青藏高原蕨麻的总DNA质量,以期筛选出青藏高原蕨麻总DNA提取的最佳方法。结果表明:用改良SDS法提取的蛋白质含量最高,OD260/OD2801.61左右,用改良CTAB法提取的DNA的OD260/OD2801.76左右;用试剂盒法提取的DNA的OD260/OD2801.70左右;用改良CTAB法提取DNA的浓度在100μg/mL。     

菊芋基因组DNA提取方法的比较

采用改良CTAB法、改进的高盐SDS法及两种植物基因组DNA提取试剂盒法等４种方法提取菊芋基因组DNA,并进行电泳分析、质量检测及ISSR引物扩增检测。结果表明,改良CTAB法优于其他3种方法,提取的DNA质量较好、纯度较高,能够满足ISSR-PCR扩增要求。     

早食李基因组DNA提取方法的改进

以改进的CTAB法对三华李品种群中的早食李叶片基因组DNA的提取进行了试验.结果表明,改进的CTAB法适于高质量三华李品种群基因组DNA的提取,提取的早食李基因组DNA完整性较好,无降解,OD260/OD280的比值在1.9～2.0之间,多糖类杂质去除较为干净.经SRAP检验,条带清晰,多态性良好,说明改良CTAB法提取的基因组DNA质量较好,适于三华李高质量基因组DNA的提取.不同时期的不同成熟度的叶片都可以提取到基因组DNA,但以各期的嫩叶(梢)产量最高,效率最好.     

不夜城芦荟基因组DNA提取方法的比较研究

以不夜城芦荟的幼嫩叶片为试材,分别采用SDS法和CTAB法以及简化的CTAB法对基因组DNA进行提取,并利用紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳法检测其DNA的浓度、纯度及质量,以期筛选不夜城芦荟基因组DNA提取的最合适方法.结果表明:对比不夜城芦荟基因组DNA提取的3种方法,无论从提取浓度还是纯度上来看,SDS法均明显优于其它方法.     

香蕉种质资源的AFLP鉴别与分类中DNA模板的制备

在运用AFLP技术进行香蕉种质资源的鉴别与分类时,成功的关键之一是HMW基因组DNA的成功制备和避免降解,为了获得高纯度的HMW香蕉模板DNA和清晰的AFLP指纹图谱,以粉蕉为试材进行了用不同方法从不同植物体部位提取香蕉DNA的研究。结果表明,以香蕉未展开的幼叶、成熟叶、新根为材料提取的DNA量足以进行AFLP分析,但考虑到取材的方便性,最好选用未展开的幼叶或成熟叶;用改进后的SDS、CTAB法均可以获得HMW基因组DNA和AFLP指纹图谱,SDS法(用氯仿异-戊醇溶液抽提3次)提取的DNA量将近是CTAB法提取的DNA量的2倍,但SDS法提取的DNA纯度不如CTAB法提取的高。两种方法提取的DNA片段大小一致,大约在16kb左右。     

葡萄总RNA提取方法的研究

针对葡萄组织中多酚、多糖类物质含量较高的特点,比较了改进SDS/酚法、异硫氰酸胍法和市售总RNA提取试剂盒等不同的提取方法,3种改进方法均能从葡萄幼嫩叶片中提取到总RNA。其中改进的SDS/酚法能有效抑制酚类物质和多糖对总RNA提取的影响,能够从成熟的叶片和完熟果实的果皮中获得质量高、完整性好的总RNA,28SrRNA亮度约为18SrRNA的2倍,A260/A280介于1.8～2.0之间,A260/A230大于2.0,且总RNA产率高,其中幼叶总RNA产率为261.20μg/g,成熟叶产率为191.40μg/g,完熟果皮产率为31.50μg/g,完全适于进行DDRT-PCR、Northernbolt和cDNA文库构建等研究。且该方法具有快速、简单、有效的特点。     

Reproducible genomic DNA preparation from diverse crop species for molecular genetic applications

Background

Several high-throughput molecular genetic analyses rely on high-quality genomic DNA. Copurification of other molecules can negatively impact the functionality of plant DNA preparations employed in these procedures. Isolating DNA from agronomically important crops, such as sugarcane, rice, citrus, potato and tomato is a challenge due to the presence of high fiber, polysaccharides, or secondary metabolites. We present a simplified, rapid and reproducible SDS-based method that provides high-quality and -quantity of DNA from small amounts of leaf tissue, as required by the emerging biotechnology and molecular genetic applications.

Results

We developed the TENS-CO method as a simplified SDS-based isolation procedure with sequential steps of purification to remove polysaccharides and polyphenols using 2-mercaptoethanol and potassium acetate, chloroform partitioning, and sodium acetate/ethanol precipitation to yield high-quantity and -quality DNA consistently from small amounts of tissue (0.15 g) for different plant species. The method is simplified and rapid in terms of requiring minimal manipulation, smaller extraction volume, reduced homogenization time (20 s) and DNA precipitation (one precipitation for 1 h). The method has been demonstrated to accelerate screening of large amounts of plant tissues from species that are rich in polysaccharides and secondary metabolites for Southern blot analysis of reporter gene overexpressing lines, pathogen detection by quantitative PCR, and genotyping of disease-resistant plants using marker-assisted selection.

Conclusion

To facilitate molecular genetic studies in major agronomical crops, we have developed the TENS-CO method as a simple, rapid, reproducible and scalable protocol enabling efficient and robust isolation of high-quality and -quantity DNA from small amounts of tissue from sugarcane, rice, citrus, potato, and tomato, thereby reducing significantly the time and resources used for DNA isolation.

     

一种适合于富含多糖和酚类物质的香蕉果实RNA提取方法

酚类化合物和多糖是影响香蕉组织RNA提取的几个主要干扰因素。研究通过在裂解液中加入聚乙烯吡咯烷酮去除多酚类化合物和利用水饱和乙醚去除多糖,改进了香蕉果实RNA的提取方法。该方法具有快速、简单等特点。     

高质量提取柑橘样品中病原总核酸方法的建立

针对柑橘老熟组织中富含多糖、多酚、色素和其它次生代谢产物的特点,以柑橘老叶老皮为试材,在传统CTAB提取法的基础上通过添加增效剂并优化配方,建立了一种快速、简便的提取植物老熟组织及其内部病原总核酸的CTAB-Triton提取法。新的提取液对细胞的裂解能力更强,且解决了传统CTAB溶液因低温析出而致DNA得率损失的弊端。比较了该法和微量葡聚糖柱纯化法制备模板时韧皮部杆菌的检出率,并用该法制备模板,分析了韧皮部杆菌在柚子叶片中的分布情况,及对其它几种柑橘病原菌进行PCR/RT-PCR检测。结果表明,CTAB-Triton方法能有效提取柑橘老熟叶片的DNA,所得DNA质量高,产量比商品化试剂盒大,提高了韧皮部杆菌的检出率,且可用于柑橘其他病原真菌、细菌,以及DNA或RNA病毒病害的PCR/RT-PCR检测,也可用于定量PCR检测和病原种群多态性分析。     

不同品种灵芝多糖得率及其体外抗氧化活性的差异研究

以12种不同品种灵芝(Ganoderma lucidum)为材料,采用超声辅助水提法提取灵芝粗多糖.结果表明,不同品种灵芝多糖得率为0.604％～2.590％,DPPH自由基的清除能力54.9％～95.0％,还原能力范围0.207～0.417.其中日本进口品种(1号)灵芝的粗多糖得率最高为2.59％(25.9 mg·g...     

蛹虫草新菌株3号多糖提取及其抗氧化作用

对蛹虫草新菌株3号多糖进行提取纯化,通过体外氧化反应体系评价蛹虫草新菌株3号粗多糖及精多糖总还原力、羟自由基清除能力及不同浓度时蛹虫草新菌株3号粗多糖羟自由基清除能力。结果表明,蛹虫草粗多糖总还原力为0.182,羟自由基清除率为84.4%,且随多糖浓度上升,羟自由基清除率增大。蛹虫草新菌株3号精多糖总还原力为0.136,羟自由基清除率为55.3%。蛹虫草新菌株3号粗多糖总还原力、羟自由基清除率均优于蛹虫草新菌株3号精多糖。由此推断蛹虫草新菌株3号中多糖种类繁杂,并非单一多糖,其中含有多种抗氧化功能的多糖,且多糖之间的抗氧化功能可能存在协同作用。     

不同方法对枣叶片总DNA提取效果的影响

以串杆枣的成熟鲜叶为试材,分别采用-20℃、-70℃和硅胶脱水干燥3种方法保存样品,采用简易CTAB法、高盐沉淀法与高盐低pH值法分别对3种方法保存的样品及对照样(鲜叶)进行了基因组DNA提取效果的比较分析。结果表明,3种方法均能有效地从枣叶片中获得质量较高的DNA,以高盐沉淀法所得的DNA纯度最高,高盐低pH值法次之。就DNA的产量而言,高盐沉淀法的DNA产量相对较低,低于其他的2种方法,但未达到显著水平。硅胶干燥法和-70℃超低温保存的样品与鲜叶相比,所提DNA的质量和产量均无明显差异,均能满足PCR扩增要求。硅胶保存法适于野外远距离采样。     

灰树花深层发酵及菌丝体成分分析研究

本文报道了灰树花菌丝体的深层发酵及有效成分提取和分析。分别从菌丝体及发酵清液中提取得到了灰树花多糖和胞外多糖 ,同时还测定了菌丝体成分 :灰树花多糖 7 82 % ,蛋白质 2 1 7% ,总糖 5 7 2 % ,灰分6 0 5 % ,其中菌丝体灰树花多糖及总糖含量明显多于子实体。