鸡源鲍氏志贺菌的RAPD分析

【目的】确定鸡源鲍氏志贺菌的进化地位。【方法】选用6条随机引物(P1~P6),采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对1株鸡源鲍氏志贺菌、2株鸡白痢沙门菌、2株鸡肠致病性大肠杆菌和2株痢疾志贺菌共7株菌的基因组DNA进行分析,同时对个别特殊序列进行克隆测序,并在此基础上分析了鸡源鲍氏志贺菌与其他15个相关菌株的进化关系。【结果】6条随机引物中有4条引物(P1,P2,P4和P6)能较好地在志贺菌、鸡白痢沙门氏菌和鸡致病性大肠杆菌3种菌中检测到多态性分子标记;这4条有效引物共扩增出了64个DNA片段,其中7个菌株共有的谱带有3条,多态性片段有61条,多态率达95.3%。引物P2可根据扩增图谱将志贺菌和大肠杆菌与沙门菌鉴别出来;用引物P6对上述7株细菌进行扩增,发现同种菌株间谱带特别相似,其中鸡鲍氏志贺菌与人痢疾志贺菌扩增条带的相同率达66.7%,与鸡肠致病性大肠杆菌扩增条带的相同率达44.4%,而鸡白痢沙门菌与志贺菌的扩增谱带相差甚远,可用于3种细菌的鉴别。对扩增片段进行的测序及进化分析结果显示,鸡源鲍氏志贺菌与人源志贺菌的进化距离最近。【结论】鸡源鲍氏志贺菌可能是人源志贺菌的一个变异株或新的亚种。     

志贺氏菌RAPD鉴定方法的建立

[目的]为志贺氏菌食源性疾病的流行病学溯源和疫情控制提供理论依据。[方法]利用5个随机引物对4种不同来源的志贺氏菌进行RAPD扩增,并对得到的扩增图谱进行聚类分析。[结果]5个随机引物中,引物S3、S5表现出较好的多态性。在引物S5的扩增图谱中,志贺氏菌属中各菌均有1条600 bp左右和1条1 000 bp左右的共同谱带,而利用该引物扩增其他属细菌,扩增谱带很少或没有。这说明引物S5对志贺氏菌属细菌是特异性的。根据引物5的聚类分析结果,可将8株志贺氏菌分成4个类群。除宋内氏志贺氏菌外,其他3种6株菌间的相似系数均为1.00,与传统的血清型分型结果完全一致。[结论]采用引物S5的RAPD反应可用于志贺氏菌的快速检测。     

RAPD鉴别稻瘟病菌生理小种的研究

】采用１６种不同的引物对３株典型的稻瘟病菌（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅｇｒｉｓｅａ）菌株ＺＡ１,ＺＧ１和Ｍ１进行了ＲＡＰＤ分析。结果表明,从杂草马塘与水稻分离的菌株,基因组的差异很大,很容易通过ＲＡＰＤ鉴别这两种不同来源的稻瘟病菌菌株。自水稻分离的菌株,ＲＡＰＤ扩增产物相似性较高,但仍然能够检测出不同生理小种ＤＮＡ带型的差异,证明ＲＡＰＤ可用于稻瘟病菌生理小种的快速鉴别。     

RAPD技术在金针菇菌株鉴别的应用

用２０个随机引起物对１６个不同来源的金针菇株进行了ＲＡＰＤ分析研究，结果表明：２０个随机引物中，有６个引物的扩增产物ＤＮＡ片段表现出明显的多态性，其中每个引物对不同菌株扩增出现的ＤＮＡ片段数目，少则没有，多达１１条，平均为５条，ＤＮＡ征段从０．４ｋｂ到３．３８ｋｇ；并且不同的引物扩增出的ＤＮＡ片段带谱不同，差异较大，这６个引物对１６个金针菇菌株共扩增出８４条ＤＮＡ片段带。采用系统聚类法中的类平均法     

集约化兔场高致病性痢疾志贺菌的分离与鉴定

石河子某大型规模化养兔场陆续发生一种高发病率、高死亡率的兔病。临床表现为皮下出现大小不一的脓肿,脓汁呈干酪样,尤其在颈部、背部和四肢较多发。食欲和精神无明显变化,病初体温升高,最后脓肿破溃,肌肉萎缩,消瘦而死。经细菌培养、形态学观察、动物实验、药敏实验以及生化特性鉴定和血清学实验最终确定为痢疾志贺菌。此菌对多种常用抗生素能产生耐药性,但对红霉素及部分人医用药品较敏感。     

外排泵基因在志贺菌分子分类中的应用

志贺菌属(Shigellae)是感染性腹泻的重要病原菌之一,志贺菌H24是临床多耐药株.在H24的分类过程中,发现血清分型和16S rRNA分类都有一定的局限性,16S rRNA不能直接把H24鉴定至种,通过分析H24外排泵基因emrE、cmr、ydhE、acrB基因序列信息,尝试利用外排泵的基因序列信息对志贺菌进行鉴定分类.结果表明,H24外排泵基因emrE、cmr、acrB和ydhE具有很强的进化保守性,未发现染色体上的外排泵基因在不同种属之间有明显的水平转移痕迹,对志贺菌仅用16S rRNA基因序列信息连属的分类都不能做到,但结合emrE和cmr的基因序列信息可直接将志贺菌鉴定到种,首次提出以外排泵基因为分子靶标对志贺菌和大肠杆菌进行快速分类的方法.     

基因本体论在福氏志贺菌转录组研究中的应用

利用RNA-seq技术进行环丙沙星敏感和耐药的福氏志贺菌2457T株的序列测定与组装,对其碱基序列借助基因本体(Gene Ontology,GO)在生物进程、细胞组分、分子功能三方面进行注释和生物学分析。研究经过耐药诱导的转录组差异表达情况,并探讨差异表达基因在耐药性产生过程中的作用及相互关系。结果表明,通过耐药诱导有3 641个基因差异表达,其中961个GO条目注释到39个功能类别。同时发现硫酸盐、硝酸盐氧化还原相关酶系,电子/H+传导基因,膜转运蛋白,ABC外排泵家族4类耐药相关的功能基因组分。     

志贺菌ipaH基因PCR检测方法的建立及应用

为了掌握青海省4种食源性动物体内志贺菌的分布情况,针对志贺菌属侵袭性质粒抗原H基因(invasive plasmid,ipaH)设计1对特异性引物,建立志贺菌的PCR检测方法,优化反应体系,检测该方法的敏感性和特异性,并将该方法应用于临床样本检测。结果表明,建立的PCR方法能特异性扩增志贺菌ipaH基因,而沙门氏菌、大肠杆菌、葡萄球菌、枯草杆菌、变形杆菌等均未扩增出条带;最低检测限值为1.8 pg/μL。在临床样本检测中,100株疑似菌株的阳性率为62.00%,其中牦牛源75.00%(3/4),鸡源35.29%(12/34),羊源44.44%(8/18),猪源88.64%(39/44);新鲜鸡粪和羊粪的阳性率分别为91.67%(11/12)和90.91%(10/11)。这说明试验所建立的PCR方法具有良好的敏感性和特异性,可应用于志贺菌的实验室诊断;4种动物体内均不同程度带菌,在临床诊断和治疗时不可忽视该菌的致病作用。     

1株鹌鹑源鸡白痢沙门菌的分离鉴定及致病性初探

为查明某养殖场鹌鹑大量死亡的原因,采集病死鹌鹑的脏器进行病原的分离鉴定,测定疑似细菌的耐药情况,并进行动物回归试验.结果表明:病死鹌鹑剖检病变主要表现为肝脏肿大呈土黄色,肾脏肿大;分离菌株在麦康凯培养基上呈无色、半透明菌落;能发酵赖氨酸和β-半乳糖苷;采用选择性培养基培养和多重PCR(mPCR)试验确定其为鸡白痢沙门菌;该菌对苯唑西林等6种抗菌药耐药,呈现多重耐药性;气囊接种鹌鹑的半数致死量(LD50)为9.5×105 cfu.这一研究说明鹌鹑的死亡是由鸡白痢沙门菌引起的,为鹌鹑的种群防控净化提供了理论依据.     

江苏某种鸡场鸡白痢沙门菌药物敏感性及其与耐药基因相关性分析

为了解江苏某种鸡场鸡白痢沙门菌分离株的药敏性及其与耐药基因的相关性,采用K-B法测定96株鸡白痢沙门菌分离株对9类21种抗菌药物的敏感性,通过PCR方法检测分离株的6类药物的10种耐药基因,并对分离株的药敏性与耐药基因的相关性进行分析.结果 表明:所有鸡白痢沙门菌分离株均有不同程度的耐药现象,其中对萘啶酸(95.83％...     

利用RAPD技术检测杂交稻种子纯度(Ⅰ)──汕优63与其三系DNA扩增产物的区别

本文应用30个引物对我省主栽水稻组合汕优63其及相应的不育系、恢复系、保持系的基因组进行了随机扩增多态性分析。从中筛选出6个引物能够在杂种和双亲之一中形成明显的多态性差异。     

利用RAPD技术检测杂交稻种子纯度（Ⅱ）——协优63与其三系DNA扩增产物的区别

应用２０个随机引物对我省水稻主栽杂交组合协优６３及其相应的三系基因组进行ＲＡＰＤ分析，选出５个引物能够在杂种和其双亲之一中形成多态性差异     

藏獒随机扩增多态DNA分析

采用随机扩增多态DNA技术,对不同品种的20只藏獒个体之间的亲缘关系进行了分析。从80条随机引物中筛选出了27条引物,共扩增出369条条带,其中339条表现出多态性,多态性位点百分率为91.87%。根据20只藏獒个体之间的遗传距离,用UPGMA法构建了聚类分析图。结果表明,河曲藏獒和青海藏獒同类群个体之间亲缘关系较近,在聚类图上形成了河曲藏獒类群和青海藏獒类群各自独立的分支,这一结果有力地支持了按地域对藏獒进行类群划分的说法。     

应用RAPD技术对鸡柔嫩艾美耳球虫不同地理株的多态性研究

利用RAPD技术对鸡柔嫩艾美耳球虫(E．tenella)GZ株、HB株、JL株及HB株与JL株杂交虫株FZ1进行了研究。结果表明：E．tenella不同地理株间及同一地理株亲代与子代间均存在DNA多态性。其中不同地理株间种内变异程度较大(SI=O．6225--O.6977)。而同一地理株子代与亲代间也发生遗传变异，但变异程度不大(SI=O.9813--0．991O)。同时对本室培育的HB株与儿株的杂交虫株FZl的基因组DNA进行RAPD分析。发现该杂交株与其亲本HB株、JL株的相似值为O.8215，O.7916，大于HB株与JL株间相似值(O．6977)。小于传代虫株间的相似值(O.9813--O.991O)，且其扩增务带显示出与亲本株间的相似，且又有不同，表明试杂交虫株是1株既具有两亲本株的遗传性状，又发生了变异的虫株。     

Study on Phylogenetic Relationships of Five Breeds of Pigs by Random Amplified Polymorphic DNA（RAPD）

RAPD was used to study the genetic divergency and phylogenetic relationships of five breeds of domestic pigs,including Min pig,Duroc,Yorkshired,Landrace and Junmu I pig. We selected fourteen primers from eighty random primers,caculated genetic distance index matrix and constructed phylogenetic tree with UPGMA methods. Genetic distance index matrix indicated that the genetic relationship between Junmu I pig and Landrace was the closest and the farthest between Duroc and min pig.     

Analysis on Genotypic Differentiation of Phytophthora infestans by Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

A total of 104 isolates including two Korean isolates and three Japanese isolates of Phytophthora infestans collected from Heilongjiang and Jilin Provinces from 2006 to 2008 were used to determine their mating types,metalaxyl resistance,and RAPD genotypes.All the isolates of P.infestans collected from Heilongjiang and Jilin Provinces belonged to A 1 mating type,and no A 2 mating type was detected.Frequencies of metalaxyl resistant isolates were 94.4%,47.8% and 75.0% in 2006,2007 and 2008,respectively.Accord...     

葡萄属植物种质资源遗传多样性的RAPD分析

以起源于中国的野葡萄12个种23个株系、欧美杂种6个品种、河岸葡萄3份、15个欧洲葡萄品种共47份材料为试材,采用RAPD技术对葡萄属植物种质资源遗传多样性进行研究。从520个随机引物中获得16个多态性好的引物用于RAPD分析,共获得DNA条带258个,其中多态性条带186个,DNA条带大小介于100~3 500 bp之间。应用STATISTICA获得了47份葡萄材料树谱图,供试材料可分为6类。欧洲葡萄、欧美葡萄杂种、河岸葡萄与中国野葡萄亲缘关系较远。在中国野葡萄中,山葡萄与其他种亲缘关系较远,刺葡萄次之。     

RAPD技术在茄子种子鉴定中的应用研究

以龙杂茄2号、佳杂茄1号2个茄子杂种及其父母本为材料,使用MJ/PTC-200型PCR仪并对电泳图谱分析, 建立了适合茄子随机扩增多态性DNA分析的PCR扩增反应的体系,从40个随机引物中找到了2个可用于鉴定龙杂茄2号、3个可用于鉴定佳杂茄1号杂种纯度的引物.     

南北五味子随机扩增DNA多态性（RAPD）指纹图谱研究

目的建立南北五味子随机扩增DNA多态性标记（（random amplified polymorphic DNA,RAPD）指纹图谱,为南北五味子的鉴别提供可靠依据．方法采用CTAB法从不同产地的南北五味子样品中提取基因组DNA并纯化,将南北五味子基因组DNA进行随机DNA多态性扩增．结果北五味子和南五味子基因组DNA随机引物PCR扩增产物的差异以不同条带数目和条带亮度得已验证;同时体现出北五味子种内变异较小,南五味子种内变异较大．结论RAPD技术为南、北五味子的鉴别提供一种简单、有效、可信度高的方法．