鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因适用性进化分析

采用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）方法,以肝脏总RNA为模板,对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因（ADSL）编码区序列进行克隆和测序;并结合Gen—Bank中已提交的家鸡、鱼类、哺乳动物和人类等ADSL基因序列,采用基于最大似然法的密码子置换模型分析ADSL基因编码区序列在进化过程中承受的选择压力。结果RT—PCR方法准确获得了泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡ADSL基因编码区序列,全长为1380bp。“分支特异模型”检验结果表明,ADSL基因在不同物种进化过程中较为保守,未受到正选择作用。鸡ADSL基因序列的“位点特异模型”检验未发现正选择位点。研究结果有助于了解鸡ADSL基因的结构及进化历程。     

鸡Cacnals基因部分序列的克隆及分析

利用PCR方法首次克隆了鸡Cacnals基因5'一部分调控区和exon1共1 863bp的序列,该序列已提交GenBank,登录号为GQ184725.同源性比对发现,鸡Cacnals基因exon1与哺乳动物同源性较高,其核苷酸相似性在72.4%～77.0%,氨基酸相似性在66.0%～2.0%.鸡Cacnals基因exon1较哺乳动物插入了9个碱基,分别编码1个高疏水性的缬氨酸和2个高亲水性的天冬氨酸和赖氨酸.Cacnals基因部分序列的克隆,可为下一步在鸡上开展此基因与肉质和屠体性状的关联性研究奠定基础.     

5个鸡种腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子9 SNP及其与鸡肉肌苷酸含量的相关分析

根据腺苷琥珀酸裂解酶（Adenylosuccinate lyase，ADSL）基因外显子9的序列设计引物，用PCR—SSCP的方法对隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡进行了单核苷酸多态性分析，并检测到了多态性，表现为3种基因型，对两种纯合子进行直接测序，结果发现9839位碱基发生了突变，由C突变为A，将核苷酸序列翻译成氨基酸序列后，发现突变后引起ADSL基因第273位氨基酸由Pro突变为Thr，为错义突变。经独立性检验，发现基因型频率和基因频率分布与品种有关，但进一步方差分析并没有显示出该位点的多态性与胸肌的IMP含量之间存在关联。     

鸡组织细胞端粒相关序列的克隆及序列分析

根据真核细胞端粒DNA序列的共同特点，设计了一条引物（TELO02）（24nt)。按照TaKala克隆试剂盒的介绍方法，染色体基因组DNA经HaeⅢ和HinfⅠ两种限制性内切酶酶切后，先进行初级PCR（C1和TELO02）扩增，得到的产物为模板再经过次级PCR（C2和TELO2）扩增，得到的产物用试剂盒回收，并连接到PMD-18-T载体上，转化到JM109受体菌中，从阳性克隆中提取质粒DNA进行PCR和酶切鉴定，确认后进行序列测定，获得了一段243sbp的鸡端粒相关序列。此序列与人第7条染色体基因组末端序列的同源性为63.5%；与鼠端粒旁序列同源性为63.2%；而与MDV基因组序列的BamHⅠ酶切片段76.6%的同源。     

文昌鸡肉质相关基因多态性分析

为了探究与肉质风味相关基因A -FA BP和ADSL基因在文昌鸡群体中的遗传变异情况,本研究运用连接酶检测反应的方法(PCR-LDR)对文昌鸡A-FA BP基因C51T变异位点和ADSL基因C3484T变异位点进行基因分型,并分析了这两个位点在文昌鸡群体中的基因型、基因频率和哈-温平衡情况.结果显示,A -FABP基因C51T和ADSL基因C3484T位点均检测到CC、TT和CT 3种基因型,A-FABP基因C51T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.11、0.37、0.52和0.37、0.63;ADSL基因C3484T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.40、0.45、0.15和0.63、0.37;文昌鸡在这两个变异位点均处于哈-温平衡状态(P＞0.05).     

鸡IL—2基因的克隆及序列测定

根据已发表的鸡白细胞介素－２（ＩＬ－２）基因序列设计引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法从新翅疫病毒感染的雏鸡脾淋巴细胞培养物中扩增出鸡的ＩＬ－２基因ｃＤＮＡ,并进行序列测定,为进一步表达鸡ＩＬ－２并深入研究其功能奠定了基础。     

鸡传染性喉气管炎病毒王岗株gC和gD基因的克隆及序列分析

根据已发表的传染性喉气管炎病毒（ＩＬＴＶ）ＳＡ－２株的核酸序列,设计了１对引物,以ＩＬＴＶ－中国王岗株ＤＮＡ为模板,ＰＣＲ法扩增出１条１．３９ｋｂ的基因片段,将扩增产物插入到真核表达质粒ｐＣＲ＾ＴＭ３－Ｕｎｉ,得到重组质粒ｐＴＡ－ｇＤ,另将克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ质料中的ｇＣ基因酶毁后,插入到ｐＣＲ＾ＴＭ３－Ｕｎｉ载体,得到重组质粒ｐＴＡ－ｇＣ,经电泳分析、酶分、ＰＣＲ鉴定后,进行序列测     

鸡大肠杆菌ESBLs基因的克隆及序列分析

分离纯化来自河南不同地区的鸡大肠杆菌菌株,按照NCCLS标准和双纸片协同试验法进行ESBLs基因表型鉴定。然后根据GenBank已发表的序列设计两对引物,选择阳性表型菌株并提取总DNA,进行PCR、克隆、阳性质粒测序,将测定的序列拼接后和参考菌株ESBLs基因序列比较分析。结果显示,15株大肠杆菌菌株有3株菌株含有β-内酰胺酶,为阳性菌株,这3株与2个参考株核苷酸序列同源性为98.9%~99.7%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.2%。3株大肠杆菌阳性菌株序列ESBLs基因型均为TEM型,核苷酸有15个位点发生突变,其中6个位点突变引起氨基酸变异。     

来航鸡FOXL2基因的克隆与序列分析

为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45～49位(SQKPP)、147～152位(RPPPTH)和169～173位(SPPKY)。     

四川草科IL-15 cDNA的克隆与序列分析

根据GenBank上登录的鸡白介素15（IL-15）基因序列,设计合成一对特异性引物,以ConA诱导的鸡脾淋巴细胞提取的总RNA为模板进行RT—PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体测序。测序结果表明,四川草科鸡IL-15开放阅读框（ORF）由564个核苷酸组成,编码187个氨基酸,与GenBank中公布的鸡白介素15基因进行比较,核苷酸和氨基酸同源性为98．6％-99．5％。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,共有3个潜在的N-糖基化位点,可能存在3个蛋白激酶C磷酸化位点,存在2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。     

鸡贫血病病毒长春株VP3基因的克隆及序列分析

采用PCR扩增方法成功克隆了鸡贫血病病毒（CAV）长春分离株的VP3基因，并进行了核苷酸序列测定，通过与TK5803、SJ1株进行序列比较，发现长春分离株VP3基因与TK5803仅有1个碱基差异，而氨基酸序列完全相同，与山东SJ1株有3个碱基差异和3个氨基酸差异。     

雪山草鸡血管紧张素转换酶2(ACE2)基因克隆、结构特性分析及其表达特征研究

旨在克隆血管紧张素转换酶2（angiotensin converting enzyme 2,ACE2）基因,分析其结构特性和表达特征。本试验以45和90日龄的健康雪山草鸡为研究对象,利用PCR技术扩增ACE2基因的编码区序列;运用生物信息学方法对其结构特征进行分析;通过TA克隆构建黄羽肉鸡ACE2编码区序列质粒标准品,使用绝对定量方法测定ACE2基因在45和90日龄雪山草鸡公母鸡各组织中的表达特性。结果,克隆得到2 427 bp的编码区序列,共编码808个氨基酸,与白羽肉鸡一致,但是在黄羽肉鸡序列中存在大量突变位点造成编码氨基酸发生变化。同源性比较发现,其与红色原鸡的同源性为99%,其次为绿头鸭88%,与其它动物的同源性为73%~76%。生物信息学分析发现,ACE2属于I型跨膜蛋白,即分泌型蛋白,信号肽位于1~17 aa,含有46个蛋白质磷酸化位点。定量结果发现,小肠中ACE2表达量显著高于其它组织。法氏囊、气管、胆囊和脾中ACE2表达量较低,脾中表达量最低。母鸡空肠、盲肠、脾和肺中ACE2基因表达量显著高于公鸡。公鸡肾和心中ACE2基因表达量显著高于母鸡。90日龄雪山草鸡的十二指肠、空肠、肺、脾和回肠组织ACE2基因表达量均显著低于45日龄雪山草鸡,在法氏囊和肾组织中结果呈相反趋势。通过克隆获得了雪山草鸡ACE2基因编码区序列,生物信息学分析发现,雪山草鸡ACE2基因在家禽中较为保守;ACE2基因表达规律呈现出在雪山草鸡肠道组织中高于其他组织,母鸡中高于公鸡,随着时间表达水平呈下降趋势。研究结果为开展ACE2基因在黄羽肉鸡肠道中的功能研究奠定了理论基础。     

鸡Smad4基因克隆、生物信息学及组织表达分析

试验旨在克隆鸡Smad4基因,并对其进行生物信息学和组织表达分析。以苏禽3号优质黄羽肉鸡为试验对象,使用RACE技术扩增并克隆了鸡Smad4基因全长序列,对其进行生物信息学分析,构建系统进化树,并利用实时荧光定量PCR检测了Smad4基因在鸡各组织中的表达情况。结果显示,鸡Smad4基因全长序列包含17 bp的5'UTR、1 842 bp的开放阅读框和466 bp的3'UTR,有11个外显子和10个内含子,mRNA序列全长2 325 bp,可编码613个氨基酸。系统进化树显示,鸡Smad4与其他鸟类聚为一类。生物信息学分析显示,Smad4蛋白分子质量为65.43 ku,理论等电点为10.04,为亲水蛋白;含有2个保守结构域：MH1和MH2;二级结构由α-螺旋（18.11%）、延伸链（17.29%）和无规则卷曲（64.60%）组成。组织表达分析表明,Smad4基因在鸡的心脏、肝脏、空肠、卵巢中均有较高表达,而在胸肌中不表达。本试验成功获得了鸡Smad4基因全长序列,并初步研究了其组织表达规律,为进一步研究Smad4基因在鸡繁殖活动中的分子机制提供了理论依据。     

杜大长猪IGF-I基因的克隆及其序列分析

采用ＴＲＩzol法从杜大长杂交猪的肝脏中提出总ＲＮＡ,将其纯化后作为ＰＣＲ扩增模板 ,以设计的Ｐ１（５′－ＣＴＡＣＡＴＴＣＴＧＴＡＧＴＴＣＴＴＧＴＴＴＣＣ－３′）为引物合成ＩＧＦ－Ｉ基因cＤＮＡ的第１链,再以Ｐ１和Ｐ２（５′－ＡＴＧＧＣＣＣＴＧＴＧＣＴＴＧＣＴＣＴＣＣＴＴ－３′）为引物扩增到大小约为３６０bp的产和,并将其达隆至pＧＥＭ－Ｔ载体上。经筛选、酶切、我分析,表明该片段为ＩＧＦ－Ｉ基因的cＤＮＡ     

鸡源类人乙肝病毒与人乙肝病毒S基因序列分析

为揭示动物乙肝病毒与人乙肝病毒之间的相关性研究打下基础,以人乙肝病毒Ｓ基因两侧的保守区域作为模板,采用套式ＰＣＲ方法,成功地扩增出鸡源类人乙肝病毒部分基因（１．２ｋｂ）。序列分析结果表明,鸡源类人乙肝病毒与人乙肝病毒Ｓ基因似有一定的同源性,但在保守区域（Ｓ区）内存在较大的核苷酸序列差异。     

山羊KIFI基因分子克隆及序列分析

利用Primer 3.0设计出1对特异性引物F和R,以成年山羊基因组DNA为模板,扩增山羊的KIFI基因,将其克隆至pGEM-T载体,转化后挑取阳性菌落进行酶切及测序鉴定。结果表明,克隆所得的472 bp序列(GenBank登录号:GQ988385),包括山羊KIFI基因的Exon 1全长、部分5′UTR和部分Intron 1序列。山羊KIFI基因的Exon 1序列编码116个氨基酸,与绵羊、牛、马、人和家鼠的同源性分别为98%、90%、90%、88%和84%。KIFI基因部分序列的克隆,为进一步研究KIFI基因多态性与绵、山羊绒用性能间的相关性奠定基础。     

芦花鸡IFITM3基因克隆及生物信息学分析

本研究旨在对芦花鸡的干扰素诱导的跨膜蛋白-3（interferon-induced transmembrane protein 3,IFITM3）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）设计特异性引物,利用RT-PCR技术对芦花鸡IFITM3基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明,芦花鸡IFITM3基因片段大小为414 bp,与GenBank中发表的鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）同源性为99.9%;编码137个氨基酸。IFITM3基因理论分子质量为14.95 ku,理论等电点（pI）为6.89,不稳定系数为33.98,脂肪系数为103.14,平均疏水指数为0.300,存在3个明显的疏水区,无信号肽,存在2个跨膜区,分别位于第46-68、101-123位氨基酸处;二级结构预测显示,IFITN3蛋白主要以无规则卷曲为主,存在多个α-螺旋和β-折叠区域。本研究成功克隆了芦花鸡IFITM3基因,为进一步研究IFITM3蛋白功能及阐明其抗病毒分子机制奠定了理论基础。