34份玉米种质材料的亲缘关系分析

使用56K的基因芯片对34份玉米种质资源进行基因组水平上的分子鉴定。34份玉米种质材料在遗传结构上可以分为籽粒玉米种质和青贮玉米种质两种类型,大部分未知种质的遗传结构中青贮种质的遗传比例相对较大。通过亲缘关系分析发现种质材料亲缘关系较远的前5个种质材料分别为27(-5.000 64)2(-3.300 79)25(-1.475 92)18(-1.352 37)15(-1.217 94)。有20对种质材料间存在较大的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.2以上,25对种质材料间存在一定的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.1~0.2。大部分未知青贮种质在遗传结构上具有较大的青贮种质遗传比例,是潜在的青贮玉米种质创新材料;种质材料27、2、25、18、15的亲缘关系较远。     

34份玉米种质材料的亲缘关系分析CSCD

使用56K的基因芯片对34份玉米种质资源进行基因组水平上的分子鉴定。34份玉米种质材料在遗传结构上可以分为籽粒玉米种质和青贮玉米种质两种类型,大部分未知种质的遗传结构中青贮种质的遗传比例相对较大。通过亲缘关系分析发现种质材料亲缘关系较远的前5个种质材料分别为27(-5.000 64)>2(-3.300 79)>25(-1.475 92)>18(-1.352 37)>15(-1.217 94)。有20对种质材料间存在较大的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.2以上,25对种质材料间存在一定的亲缘关系,其亲缘关系系数在0.1~0.2。大部分未知青贮种质在遗传结构上具有较大的青贮种质遗传比例,是潜在的青贮玉米种质创新材料;种质材料27、2、25、18、15的亲缘关系较远。     

SSR荧光标记秋子梨种质分子身份证构建及亲缘关系分析

以“国家果树种质兴城梨、苹果圃”保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨种质分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。17对SSR引物在53份秋子梨材料中共检测到268个等位基因,平均每对引物检测到15.7个;NAUpy45b检测到的等位基因数最多为23个,NAUpy54b检测到的等位基因数最少为10个;所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy54b的香农信息指数最低,为1.672。聚类分析53份秋子梨可以划分成2个组,与地理相关;长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。热梨和白八里香为同物异名品种。SSR标记可以区分梨的芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。     

49份白三叶种质资源遗传多样性的SSR分析

本研究旨在了解白三叶( Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组 (RNA-seq) 测序,并根据转录组测序结果中的 SSR 位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。tttt

     

42份紫花苜蓿种质资源遗传多样性的SSR分析

为了补充现有苜蓿(Medicago sativa)种质资源的遗传多样性信息,采用SSR分子标记技术对1份野生紫花苜蓿种质和41份栽培紫花苜蓿品种的遗传多样性进行了研究。15对引物在供试苜蓿材料中共获得231条扩增带,其中163条具有多态性。引物的多态位点百分率、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值分别为71.55%、0.210 0和0.326 3。供试材料间的相似系数介于0.641~0.913,平均为0.791,栽培品种间的平均相似系数相对较大,野生种质资源与栽培品种间的平均相似系数相对较小。聚类分析表明,供试材料在相似系数0.778处可聚为五大类,单独聚为类的陇东野生紫花苜蓿、CW 200和CW 787都表现出了与其他材料间较远的亲缘关系。基于主成分分析图,可把供试材料分为四大类,其中第Ⅰ、Ⅱ类与第Ⅲ、Ⅳ类材料间的亲缘关系较远。综上,供试苜蓿种质资源具有较丰富的遗传多样性,部分种质资源表现出了相对独立的遗传特性。     

25份果桑种质资源农艺性状调查初报

对25份果桑种质资源的单芽果数、果径、果长、单果平均重量和果实糖度共5个农艺性状指标进行调查与分析,结果表明,不同种质资源生长结实等性状有一定的差异。单芽果数量排前三的是白玉王、江椹20号和丰田4号,分别是11.20、11.05和10.50颗;果径排在前三的是红果3号、云桑2号和叶果1号,分别是1.976±0.123cm、1.923±0.207cm和1.888±0.315cm;果长排在前三的是长A17、台湾长果桑和嘉陵40号,分别是5.058±0.572cm、4.909±0.648 cm和4.249±0.541cm;单果平均重量排在前三的是嘉陵30号、嘉陵40号和叶果1号,分别是6.695g、6.681g和5.496g;桑椹糖度排前三的是台湾长果桑、长A17和红玛瑙,分别是23.166±0.057%、21.700±0.100%和20.000±0.100%。     

37份山羊豆种质资源的遗传多样性SSR分析

利用筛选出的10对SSR多态性引物对国外引进的37份山羊豆种质资源进行遗传多样性SSR分析,共扩增出102个等位基因,变异范围为8~13个等位基因;多态信息含量变异范围为0.778~0.879,平均值为0.830;基因多样性变异范围为0.805~0.888,平均值为0.848;期望杂合度变异范围为0.081~0.757,平均值为0.457。37份山羊豆种质显示出丰富的遗传多样性,不同地理来源种质资源多样性水平存在一定的差异。主成分分析与聚类分析结果基本一致,37份材料基本按照地理来源分布聚类,部分材料有交叉。     

柱花草种间亲缘关系SSR分析

为研究柱花草(Stylosanthes spp.)种间的亲缘关系,本研究利用23个SSR标记对柱花草属14个种的33份材料的遗传关系进行了研究。结果表明,23个SSR标记在不同柱花草种间均具有多态性,共检测到等位基因138个,每个标记可检测到4～10个等位基因,平均6个;每个标记的多态性信息含量在0.501～0.830,平均为0.700。聚类分析和主成分分析结果表明, 33份供试柱花草种质可分为5类,根据包含的基因组类型分别命名为AB类、AC类、J类、DE类、G类。毛叶柱花草(S. subsericea)和有钩柱花草(S. hamata)(I)的亲缘关系最近,有钩柱花草(I)与头状柱花草(S. capitata)的遗传关系较远。     

22份禾本科牧草种质适应性评价

对22份澳大利亚引进牧草种质进行试验评价,通过对产量、株高、长势、存活株数、分枝分蘖数、萌发能力、病级和虫级等指标的测定,并利用灰色关联度分析与主成分分析法综合评价其适应性,结果表明,各参试牧草中,产量最高的为俯仰臂形草Brachiaria decumbens、卡松古拉狗尾草Setaria anceps Kazungula、湿生臂形草B. humidicola、坚尼草Paspalum maximum、珊状臂形草B. brizantha Mekong、卡琳达罗得虎尾草Chloris gayana PIONEER Rhodes和甘巴草Andropogon gayana GAMB;综合评价中,适应性最强的牧草为坚尼草、俯仰臂形草、甘巴草、卡松古拉狗尾草。     

32份广东桑类型桑树种质资源亲缘关系的SRAP标记分析

广东桑类型是由分布在广西壮族自治区和广东省的广东桑种形成的桑树栽培类型。利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对两广地区的部分广东桑类型桑树种质资源的亲缘关系进行分析,为地方桑树种质资源的遗传多样性保护和利用提供依据。选用22对SRAP引物组合在32份桑树种质材料中共扩增出144条带,其中有44条多态性带,多态性比率30.56%,平均每对引物组合扩增出2条多态性带。32份桑树种质材料间的遗传相似系数值变化范围为0.826 4～1.000 0,平均值0.894 4,说明供试广东桑类型桑树种质材料间存在较高遗传变异。采用UPGMA法进行聚类分析,将32份桑树种质材料划分成3类:第Ⅰ类包括了20份来自广西的地方品种资源,第Ⅱ类包括了3份来自广东的选育品种资源和7份来自广西的选育品种资源,第Ⅲ类的2份种质资源分别来自广西和广东。同一类群的各亚类群又多以同一地理来源的品种或亲本有相近、相同血缘的品种聚集。研究结果说明SRAP标记能很好地揭示同一桑种不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,广东桑类型桑树种质资源的遗传多样性与地理来源有密切关系。     

基于SSR标记的72份猕猴桃种质资源聚类分析

利用SSR分子标记对72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定理论基础。研究结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物可以完全区分供试材料,均为多态性条带;共检测出70个等位基因,每对引物可检测到等位基因数9-17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点,多态性信息含量（PIC）变化范围在0.792-0.904之间,平均为0.828;遗传多样性结果表明,供试材料的遗传距离的范围为0.029-0.329,平均遗传距离为0.176;聚类分析结果表明,供试材料在相似系数0.087的水平上可分为六大类,其结果与传统的形态学分类大体一致。     

22份虉草种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记法对来自不同地域的22份虉草(Phalaris arundinacea L.)种质材料进行遗传多样性和亲缘关系分析,为虉草种质资源有效利用提供理论依据。用10条扩增清晰、多态性较好的引物,共扩增出160个位点,其中多态性位点145个,多态性位点百分率(PPB)为90.62%,平均有效等位基因数(Ne)为1.5263±0.0874,平均Nei’s基因多样性(H)为0.3063±0.0436,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.4601±0.0646,种质间遗传相似系数(Gs)为0.4938~0.8250。通过UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类方法对22份虉草材料进行聚类分析。结果表明,在Gs为0.58时可将22份虉草材料分为两大类群,第Ⅰ类群包含A-1和A-2共2份材料,其余材料均归为第Ⅱ类群;在Gs为0.71时可将第Ⅱ类群的20份材料细分为4个亚类群,第Ⅰ亚类群包含9份材料,主要来自俄罗斯西北部和中国中西部地区;第Ⅱ亚类群包含6份材料,多数来自俄罗斯中东部和中国镇江地区;第Ⅲ亚类群包含3份材料,来自中国和美国;第Ⅳ亚类群包含2份材料,来自中国通辽地区。用ISSR标记技术可有效揭示虉草种质资源的遗传多样性,试验中来自不同地域的22份虉草种质材料遗传多样性较为丰富。试验结果表明虉草种质资源遗传分化与地理来源有一定的相关性,但遗传聚类与地理来源不完全一致。     

36份苜蓿种质材料遗传多样性的SSR分子标记

采用SSR分子标记方法,对36份不同苜蓿种质材料的基因组DNA进行扩增,并用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对扩增结果进行了检测,结果表明:9对SSR引物共扩增出146个等位基因位点,扩增出的DNA片段大小在100~2000bp之间,其中多态位点72个,多态位点百分率43.57%;基因多样性指数平均值为0.1502,Shannon信息指数平均值为0.2047;多态信息量(PIC)平均值为0.8962。用Structure2.3软件对36份苜蓿材料进行结构分析,可将其划分为1个混合群体和4个特定类群,供试材料具有显著异质性,可用于苜蓿育种及优良基因挖掘利用。     

两类SSR对苜蓿属种质遗传多样性和亲缘关系的比较研究

利用33对细胞核SSR标记和28对叶绿体SSR标记对38份苜蓿属种质进行了遗传多样性和亲缘关系分析。在38份苜蓿属种质中,叶绿体SSR标记的平均等位变异数高于细胞核SSR标记,而遗传多样性指数则相反;分别用细胞核SSR、叶绿体SSR和61对SSR标记对38份苜蓿属种质进行聚类,结果显示:3次聚类都把38份苜蓿属种质划分为一年生和多年生苜蓿两个大类群;以相似系数0.8为准,3次聚类结果的差异主要显示在一年生苜蓿内部尤其是蒺藜苜蓿种质内的品种(系)划分上。     

苜蓿新品系Dy-2006亲缘关系的SSR分析

应用SSR分子标记对苜蓿新品系Dy-2006等6个苜蓿品种(品系)亲缘关系进行了分析.8对SSR引物共扩增出128个位点,106个位点显多态性,多态位点比率82.81%;不同苜蓿品种(品系)SSR多态性百分率存在一定差异,在32.81%～45.31%之间.遗传相似度(F)和遗传距离(D)的变化分别范围在0.9062～0.9689和0.0326～0.0762.聚类分析结果显示,新品系Dy-2006与龙牧801亲缘关系相对较近,与阿尔冈金亲缘关系较远,并与其它供试品种存在一定差异,为一个相对独立的品系.     

22份百脉根种质资源表型数量性状的遗传多样性分析

本研究对22份百脉根(Lotus corniculatus)种质资源的11个表型性状指标进行多样性研究分析。结果表明：除种宽外,22份百脉根种质间的表型性状均存在显著变异,表型性状指标变异幅度为12.11%～69.48%,各表型性状之间存在显著或极显著相关性。主成分分析表明,茎长、株高、冠幅、种子周长、种子长、种子宽和种子长宽比的主成分载荷较高,是造成百脉根种质表型性状差异的主要因素。根据聚类分析将22份百脉根种质分为3个类群,其中,第Ⅰ类群种质的种子小,但植株高大,第Ⅱ类群种质的种子小且植株矮小,第Ⅲ类群种质的种子和种荚大但植株矮小。综合评价11和12号这2份种质资源整体表现优良,且归属于第Ⅲ类群,具有种荚和种子较大的特性,可作为选育种子高产品种的目标亲本利用。本研究结果可为百脉根的种质应用和品种选育提供理论参考。     

苜蓿遗传多样性和亲缘关系的SSR和ISSR分析

在苜蓿(Medicago sativa L.)基因组SSR和ISSR分析的基础上,筛选出8对SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(品系)中获得126条多态性位点.利用SSR和ISSR标记对其DNA指纹图谱和遗传多样性进行研究.采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,将55个苜蓿种质划分为4个大类群和7个类型,为苜蓿引种、亲本选配和种质资源评价提供依据.分子标记分析结果表明:我国苜蓿地方品种遗传基础广阔,在基因型表现特异性的同时又有较强的地域性;我国苜蓿育成品种间的遗传距离大,表现出遗传基础的异质性.     

17份果桑品种主要经济性状评价分析

为筛选出适合新疆种植的果桑品种,对17个果桑品种进行栽培试验,调查各果桑品种的产量相关性状,进行比较分析。结果表明,“中椹1号”“8632”和“红果1号”3个品种单株产量较高,可溶性固形物含量中等,丰产性较好,适合在南疆地区露地栽培。“红果2号”“台湾2号”“一串红”和“四季果”,单株产量最低,适应性较差。新疆本地品种“和田白桑”可溶性固形物含量最高,口感浓郁,但是产量较低。     

122份柚类种质资源及近缘种的AFLP与SSR遗传多样性分析

据2005年第11期《中国农业科学》报道 华中农业大学柑桔研究所和江西农业大学农学院的科技人员．结合SSR引物和AFLP分子标记。评估110份柚类基因型、12份野生近缘种分子系统关系．探讨国内外柚品种间的遗传距离与亲缘关系．为中国柚类种匝资源收集保存、分类鉴定、合理开发利用与品种选育提供理论依据。UPGMA聚类分析结果显示。122份基因型在相似系数0．61时，分成8个组群，其中，柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。     

中国西南区鸭茅种质遗传变异的SSR分析

用SSR标记对来自中国西南地区(四川、云南、贵州、重庆)的11份鸭茅种质的110个单株进行遗传多样性研究。结果表明,1)21对引物共扩增出多态性条带143条,平均每对引物扩增出6.8条,多态性条带比率 (PPB) 达90.7%;多态性信息含量(PIC)范围为0.17(A01F24)~0.45(A01E02),平均为0.33;Shannon多样性指数(I)范围在0.046 3~0.347 7,表明供试鸭茅种质具有丰富的遗传多样性。2)AMOVA分析表明,63.93%的遗传变异存在于种质内部,种质间变异仅为21.93%,二倍体与四倍体鸭茅群体间遗传差异不显著。3)对各地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度可将11份鸭茅分为2大类:来自重庆和贵州的3份二倍体材料YA2006-3、YA2006-4 和YA02-101聚为I类,其余8份材料聚为II类,来自相同或相似生态地理环境、相同倍型的材料基本聚为一类,呈现出一定的相关性。