猕猴桃SC-SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用SC-SSR标记对32份猕猴桃种质材料进行了遗传多样性分析。从48对SC-SSR引物中筛选了11对引物进行PCR扩增,共扩增出200个条带,其中多态性条带194个,多态性比率为97.00%。各引物Nei's基因多样性指数(H)平均为0.272 6,Shannon's信息指数(I)平均为0.420 7。供试材料两两间的遗传相似系数(GS)在0.460 0~0.980 0之间,平均值为0.677 0,变幅为0.520 0,说明供试材料间存在较大的遗传差异。在遗传相似系数为0.70处可将32份猕猴桃材料分为3组:第一组中华猕猴桃+美味猕猴桃、第二组毛花猕猴桃、第三组软枣猕猴桃,聚类所得与猕猴桃传统分类基本一致。利用6对引物扩增的13个多态性位点构建了32份猕猴桃种质的DNA指纹图谱,可以将它们区分并准确鉴定。     

32个棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

 以我国2010年32个主栽品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从95对SSR引物中,挑选出多态性高、稳定性好、均匀分布在棉花26条染色体上的40对引物,共扩增出161种多态性基因型,平均每对引物扩增出4.025种。引物多态信息量（PIC）0.2989～0.7585,平均为0.5407。11对引物在13个品种上有特征带型,最少利用5对引物就可以将32份材料完全区分开。利用NTSYS-pc V2.10软件聚类分析表明：长江流域棉区品种间遗传差异最大,黄河流域棉区次之,新疆棉区最小;常规种遗传基础较杂交种窄。     

22种石斛兰遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

为合理利用收集保存的石斛兰种质资源,采用ISSR分子标记方法对22种石斛兰的亲缘关系及遗传多样性进行分析。从100条引物中共筛选出6条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对22种石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出241条谱带,其中多态性谱带241条,多态性条带比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算22种石斛兰的平均观测等位基因数(Na)为1.983,平均有效等位基因数(Ne)为1.167,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.133,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.247,22种石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算22种石斛兰的遗传相似系数为0.698 4～0.878 7;基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.795处,可将22种石斛兰划分为10个类群,UPGMA聚类结果与传统的形态学分类结果一致。利用3对引物构建的DNA指纹图谱均可单独鉴别出22种石斛兰。该研究为石斛兰种质资源鉴定、杂交育种亲本选择等提供了理论基础。     

常规粳稻品种遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

构建常规粳稻品种指纹图谱、分析遗传多样性和筛选特异性标记可以为水稻品种的亲本选配、品种鉴定和分类评价提供理论依据。本研究以长江中下游稻区和东北稻区的粳稻品种为试验材料,利用分布于12条染色体上的SSR标记进行扩增,通过8%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行标记筛选;分别利用POPGENE 1.32软件和NTSYS 2.10e软件进行遗传多样性和遗传相似性分析并采用UPGMA法聚类,PIC-CAL计算多态信息含量PIC。结果从400个SSR标记中筛选到190个多态性标记,对67个粳稻品种进行了遗传多样性分析;观测等位基因数的变化范围为2～6,平均值2.794 7;Shannon's指数的变化范围为0.077 8～1.391 6,平均值0.520 9;Nei's基因多样性指数变化范围为0.029 4～0.707 1,平均值为0.294 2。多样性分析结果显示,长江中下游稻区粳稻品种与东北粳稻品种间、浙江粳稻品种与江苏粳稻品种间有一定的差异,但总体上观测等位基因、Shannon's指数和Nei's基因多样性指数值较低。遗传相似性分析结果显示,变化范围为0.531 6～0.957 9,可区分开长江中下游稻区粳稻品种和东北粳稻品种。利用筛选出的24个多态性标记用于构建指纹图谱和26个特异性标记用于品种判别。67个品种间多样性较丰富,但各地区种植的水稻品种遗传相似性较近。指纹图谱的构建和特异性标记的筛选,为亲本选配、品种权保护、稻米品质的监督与管理提供帮助。     

125份武夷山茶树种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱的建立

为开展武夷山茶树种质资源的科学利用与创新研究,本研究利用筛选出的12条ISSR引物对125份武夷山茶树种质资源进行分析。结果显示,12条引物共扩增出167个位点,其中多态性位点有160个,多态性比率为95.8%。供试茶树的遗传相似系数介于0.461 1~0.922 2之间,平均值为0.631 8,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了125份茶树种质的亲缘关系。从160个多态性位点中筛选出18个多态性最丰富的位点,建立125份武夷山茶树种质资源的DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的茶树种质。     

新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料, 从5000对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上(每条染色体上选择2~3对)的75对核心引物,检测到多态性位点226个, 每个标记检测到的基因型位点数在2~12之间, 平均为3.01个;引物多态信息量(PIC)值介于0.0799~0.8752之间, 平均值为0.6624。结果显示, 在51份新陆早棉花常规品种中, 可利用特征引物将21份品种一次性区分开。利用40对引物可以完全区分开新陆早51份常规品种, 并构建供试品种的指纹图谱。同时利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明, 51个新陆早棉花品种遗传相似系数变化范围为0.4269~0.9873, 平均值为0.7071, 说明新陆早棉花品种之间遗传多样性较狭窄;遗传相似系数矩阵和聚类分析将51个新陆早品种分为4大类型, 与原品种选育系谱高度吻合。     

基于SSR标记新疆陆地棉的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】利用Simple sequence repeats(SSR)标记构建新疆近40年间审定的120个陆地棉品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。【方法】从586对候选引物中筛选得到78对多态性高、扩增稳定且均匀分布于棉花染色体上的引物,并用这78对引物构建120个陆地棉品种的DNA指纹图谱。【结果】78对核心引物在120个材料中检测到392个等位位点,其中多态性位点324个,多态性比率达82.7%。24个标记位点在17个品种上具有特征谱带。采用12对引物组合即可鉴定120个棉花品种。聚类分析显示,120个陆地棉品种遗传相似系数变化范围为0.50~0.96,平均为0.73,遗传相似系数偏高,表明新疆陆地棉品种的遗传基础较狭窄。【结论】引物组合法是构建DNA指纹图谱最有效的方法。遗传相似系数矩阵将120个陆地棉品种分为三大类群,与系谱来源较为吻合。     

东北地区水稻区试新品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义.本研究从500对SSR引物中筛选出10对核心引物,用于构建东北地区近两年区域试验品种的DNA指纹图谱.遗传多样性分析结果显示,在100对多态性位点上只检测到300个等位基因,平均每个位点的等位基因数是仅为3个,平均PIC值为0.3753,平均Shannon-Weiner多样性指数为0.6445,明显低于国内其它稻区水平.因此,认为东北地区当前的种质资源遗传多样性相对狭窄.     

32个甜菜品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

为了对国外引进的甜菜品种进行鉴别以及分析不同甜菜品种之间的亲缘关系,利用SSR标记构建了32份引进甜菜品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。从101对SSR引物中筛选出了21对谱带清晰、易于识别的引物,这21对引物共检测出127个等位位点,其中多态性位点为107个,多态性比率为83.6%,每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~11个,平均每对引物扩增出6.1个基因型,扩增的条带大小在90~500 bp之间。利用3对引物SB04,S6和S7的引物组合构建的指纹图谱就能够区分32个品种。聚类分析结果表明,在遗传距离0.17处,所有的供试品种被分为3类,从分子水平上说明甜菜品种之间的遗传基础比较狭窄。聚类分析结果与甜菜品种的来源具有很好的一致性,基本上是同一公司或者同一国别的品种被聚在了一起。     

番石榴遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

为研究59份番石榴种质资源的遗传多样性,并绘制指纹图谱。以番石榴为试材,利用ISSR分子标记技术和UPGMA聚类分析方法,绘制番石榴DNA指纹图谱。利用筛选获得的10条ISSR核心引物对59份番石榴样品进行扩增,共得到126条条带,其中多态性条带113条,多态率为89.68%。通过UPGMA聚类分析得知,59份供试番石榴种质资源样品间遗传相似系数为0.50～0.96,平均遗传相似系数为0.73。根据遗传距离的远近,可将59份种质资源分成4组,第1组包含种质34份,第2组包含种质6份,第3组包含种质18份,编号C26‘草莓’番石榴样品单独为第4组。成功构建了59份番石榴种质的DNA指纹图谱,可用于番石榴种质资源的分类与鉴定。     

西瓜核心种质遗传多样性分析及指纹图谱构建

深入了解西瓜核心种质资源的群体结构及遗传多样性,可以准确指导亲本间杂交组合的有效配置,避免具有相似遗传背景材料的组合,以便提高育种效率.据此,本研究通过采用45对具有多态性的SSR标记对不同来源的78份西瓜核心种质进行了多元统计分析.结果表明,45个SSR标记共检测出175个位点,其中具有多态性位点数为165个,多态性...     

74个观赏海棠品种的遗传多样性及指纹图谱构建

观赏海棠种质资源丰富,表型鉴定与分类难度大。本试验以74个观赏海棠品种为材料,利用SSR分子标记以及表型性状测定,分析观赏海棠的遗传多样性并构建指纹图谱。利用20对谱带清晰、多态性好的引物对74个种(品种)进行PCR扩增及遗传多样性分析,共检测到766个等位基因,扩增出的多态位点百分率达100%,每个位点的平均等位基因数为38.3个。遗传多样性信息含量变化幅度为0.86～0.97,基因多样性指数平均值为0.94,表现出丰富的遗传多样性。从分子水平上探讨其亲缘关系,基于SSR的聚类结果可将74个观赏海棠品种分为四大类。最终利用3对SSR引物成功地构建了74个观赏海棠的指纹图谱,为海棠种质资源的保护、开发利用及创新提供参考和依据。     

新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆截止2012年审定的23份新彩棉品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从5000对SSR引物中,挑选出多态性高、稳定性好、均匀分布在棉花26条染色体上的52对引物,在23份新彩棉品种中筛选出核心引物47对,SSR扩增检测到多态性基因型位点数共计162个,每个标记检测到的基因型位点数在2~7之间,平均为3.45个;引物多态信息量(PIC)值介于0.4537~0.8686之间,平均值为0.7096。结果显示:在23份新彩棉品种中,14份品种采用特异或特征引物可以一次性区分开,其余9份品种需要采用引物组合来实现区别该品种与其他品种。最少选用18对特异引物及组合引物就可以完全区分开新彩棉1~23号品种。利用18对SSR标记构建了新彩棉1号至23号品种的指纹图谱。利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明:23个新彩棉品种遗传相似系数变化范围是0.3781~0.9298,平均为0.5511,表明新彩棉品种之间存在着丰富的遗传多样性。     

麦冬遗传多样性的RAPD分析及分子指纹图谱构建

以福建莆田、泉州、福安等地及浙江崇寿、湖北襄樊、四川三台等地34个自然居群的麦冬类植物为试材,以80 条 10 碱基随机引物进行RAPD 分析,研究百合科植物麦冬及山麦冬不同自然居群间的遗传多样性。试验筛选出15条有效引物,共扩增获得 1566条DNA多态性带,通过聚类分析,构建DNA 分子系统树图,确定了其居群及种间亲缘关系。结果表明,不同自然种群间麦冬类植物遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性,其中野生资源比栽培类型遗传多样性更大;不同自然居群间遗传差异与地理分布联系并不紧密,而与形态差异联系较密切。     

甜菜品种SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

筛选出20对多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记引物对供试甜菜品种进行PCR扩增,根据扩增产物构建SSR指纹图谱,并分析其遗传多样性。结果显示,共检测出112个等位基因,平均每对引物5.6个,利用获得的等位基因计算遗传距离,107个品种的遗传距离变化范围在0.065~0.467之间,平均遗传距离0.298。Shannon’s多样性指数变异范围0.78~2.90;PIC值介于0.08~0.83;Nei’s指数介于0.39~1.87。利用类平均法（UPGMA）进行聚类分析,可将107个甜菜品种分为2个类群。类群Ⅰ29个品种,类群Ⅱ78个品种。类群Ⅰ和Ⅱ又可分为多个亚群。结果表明,每个甜菜品种有区别于其他品种唯一的数字指纹,说明用于试验的20对SSR标记适用于甜菜品种真实性的鉴定,同时甜菜品种指纹图谱库的构建也为甜菜品种鉴定提供技术基础。     

贵州省2011年水稻区试品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

采用农业行业标准( NY/T 1433 - 2007)中推荐的24对水稻SSR引物,构建了贵州省2011年水稻区域试验中晚组参试品种(组合)的DNA指纹图谱.结果显示,共检测出107个等位基因,平均4.458个;平均PIC值为0.728;Shannon-Wiener指数平均为1.433,变幅0.415( RM 19)～1.848( RM 336).参试品种间遗传相似系数为0.56～0.99.SSR检测结果表明,贵州省2011年水稻区试品种的遗传多样性相对狭窄.     

青萝卜种质遗传多样性分析与指纹图谱构建

采用SSR分子标记对青萝卜种质资源进行遗传多样性分析和指纹图谱构建能够为其合理保护和高效利用提供重要技术手段。本研究采用100对萝卜SSR引物对38份青萝卜种质进行PCR扩增,筛选出12对条带清晰、重复性好、多态性高的引物,平均每对引物扩增出来的条带数目为2.25条,多态性条带的比率为100%。使用Popgene 1.32软件计算出38份青萝卜种质的平均有效等位基因数(Ne)为1.642 7,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.372 1,Shannon信息指数平均值(I)为0.550 2,结果表明这些青萝卜种质资源具有较丰富的遗传多样性。采用NTSYS 2.10e软件计算出38份青萝卜种质的遗传相似系数范围为0.240～0.963,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数为0.61处,可将38份青萝卜种质分为三大类。利用12对引物为38份青萝卜种质构建的DNA指纹图谱具有唯一性,能够有效区分每份种质。该研究可为青萝卜的种质资源鉴定、杂交种选育等提供理论依据。     

48个果用银杏品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

随着银杏果用品种数量逐渐增多,依靠形态学区分已十分困难,构建一个快速有效的分子指纹图谱便显得尤为重要。本研究针对48个主要的银杏果用栽培品种,从本实验室自主开发的SSR引物中筛选出40对重复性高、多态性好的SSR引物对其进行PCR扩增。结果显示,40对SSR引物共扩增出136个等位基因,平均等位基因数为3.4。48个银杏品种的Nei's基因多样性指数(H)为0.467 9,Shannon's指数(Ⅰ)则为0.828 9,遗传多样性水平偏低,且表现出较强的"地域性",这与育种材料和育种手段的单一有着密切关系。最后,仅利用8对多态性高的SSR引物组合就成功构建了能区分48个银杏品种的指纹图谱,将为银杏种质资源的鉴定和遗传利用提供高效技术手段。     

镇巴天麻的遗传多样性与SSR指纹图谱分析

为研究镇巴天麻的遗传多样性,分析不同天麻种质资源间的差异,本研究利用11对SSR引物对镇巴产红天麻和全国其他地区不同变型的天麻种质资源进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。研究结果表明：11对引物共检测出64个基因位点,平均每对引物5.82个;镇巴红天麻种群具有较高的遗传多样性(A=2.727 3, H=0.562 5, I=0.891 5);天麻种群间遗传分化强烈(F_st=0.343 1);聚类分析结果显示,相同变型的天麻种群首先聚在了一起,相同变型的不同种群也能被完全区别开来,SSR指纹图谱在变型水平和种群水平上鉴定效率良好;从20个镇巴红天麻样本中共检测出有20种基因型,Simpson指数(D)为1.000,表明SSR指纹图谱在个体水平上也有着良好的鉴定效率。本研究为天麻种质资源保护及良种选育提供理了理论依据和技术支持。