鸡CAPN1基因3'-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3'-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性.结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体.经x2检验,群体处于Hardy-weinberg非平衡状态(P＜0.05).CAPN1基因3'-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P＜0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P＞0.05).     

牛CAPN3基因多态性及与肉质性状相关性分析

以中国草原红牛、西门塔尔牛、利木赞牛、天一冈山黑牛为试验对象,利用PCR-SSCP结合测序的方法进行SNPs检测,并采用SPSS软件分析CAPN3基因的遗传多态性与肉质性状的关系。结果表明,仅在草原红牛及天一冈山黑牛中发现第46 414处（NC_007308）发生G→T的突变,且发生G→T突变的位点所对应不同基因型的个体,其大理石花纹、失水率、滴水损失和剪切力这些肉质性状存在显著差异,而西门塔尔牛和利木赞牛中未发现此突变。     

鸡CFL2基因3′UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3′UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析。结果表明:在鸡CFL2基因3′UTR区预测到5个microRNA靶位点。在CFL2基因3′UTR区发现G577A位点,该位点为KpnⅠ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经χ2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P<0.05)。结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考。     

CAPN1基因PCR-SSCP多态性对鸡肉质性状的影响

为了分析寿光鸡CAPN1基因的多态性与部分肉质性状的关系,试验采用PCR-SSCP方法对CAPN1基因外显子2,3及其侧翼序列进行多态性检测.结果表明:CE2引物扩增的座位在群体检测到3种基因型即AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.531,0.327,0.143;CE3引物扩增的座位在群体也检测到3种基因型即C...     

延边黄牛PRKAG3基因第10外显子单核苷酸多态性及其与肉质性状的相关分析

采用PCR-SSCP方法对120头延边黄牛PRKAG3基因的多态性进行检测,结果发现第10外显子存在C4738T突变,产生3种基因型。不同基因型与肉质性状均值差异显著性检验结果发现,基因型CT与a*24、b*24、油酸存在一定的负相关（P＜0.05）;与嫩度、谷氨酸、精氨酸、丙氨酸、缬氨酸和脯氨酸有一定的正相关（P＜0.05）;基因型CC与天冬氨酸存在一定的正相关（P＜0.05）。     

鸡钙蛋白酶抑制蛋白基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探讨钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)基因作为影响鸡肉质性状候选基因的可能性,本研究以8个优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对CAST基因的部分编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果发现了CAST基因1个多态性位点(G→T),使试验鸡群表现出AA、BB和AB这3种基因型。利用SAS(8.01)软件统计分析了3种基因型与优质鸡肉质性状的相关性,结果表明,CAST基因的多态性对鸡肌内脂肪含量、肌纤维密度和直径有显著的影响(P0.05),对其他肉质性状无显著影响(P0.05);推测CAST基因可能对鸡肉质性状具有很大的影响或与控制肉质性状的主基因连锁。     

鸡CFL2基因3'UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3'UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明:在鸡CFL2基因3'UTR区预测到5个microRNA靶位点.在CFL2基因3'UTR区发现G577A位点,该位点为Kpn Ⅰ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经X2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态.该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P＜0.05).结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考.     

芦花鸡PRKAG3基因单核苷酸多态性及与肉质性状的相关性分析

为研究芦花鸡PRKAG3基因的多态性及与肉质性状相关性,采用PCR-SSCP方法检测PRKAG3基因外显子11的遗传多态性。结果检测到TT、TG和GG三种基因型,测序结果证实在2832位点存在T→G突变,为有意突变,统计分析表明,此多态位点与芦花鸡呈显著相关,pH值为GG基因型极显著低于TG基因型和TT基因型(P<0.01),而TG基因型显著低于TT基因型(P<0.05);其它肉质性状在不同基因型间差异不显著。此结果提示,PRKAG3基因对芦花鸡pH值具有较大的遗传效应,可以初步推断PRKAG3是控制这一性状的众多基因之一,可能是影响芦花鸡pH值的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育芦花鸡pH值的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

山西白猪DECR1基因多态性与生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测了192头山西白猪DECR1基因第5外显子位点的多态性,并采用最小二乘法拟合线性模型（GLM）对该位点多态性与山西白猪生长性状的关联性进行了分析。结果表明,DECR1基因第5外显子位点存在多态性,表现出CC、CD、DD 3种不同基因型。DECR1基因不同基因型对山西白猪6月龄体重、体高和胸围均有显著影响。CD基因型个体6月龄体重、体高、胸围都显著高于DD型个体（P＜0.05）;3种基因型对体长的影响均未达到显著水平（P＞0.05）,但呈现出CD＞CC＞DD的趋势;3种基因型对背膘厚的影响差异不显著（P＞0.05）,但呈现出CC＜CD＜DD的趋势。因此,初步推定CD基因型对选择有正向遗传效应。     

鸡PPARα基因多态性与肉质性状关联的研究

为探究鸡过氧化物酶体激活增殖受体(PPARα)基因与其肉质性状的关系,采用PCR-SSCP对鸡PPARα基因编码区进行了SNPs检测,并通过测序验证.结果显示:PPARα因编码区的630bp处有一个C→T的突变,导致所编码的210位氨基酸由ATC(异亮氨酸)变成了ATT(异亮氨酸),发生同义突变,形成CC,CT和TT三种基因型.最小二乘方差分析显示,PPARα在多不饱和脂肪酸中的十六碳二烯酸含量上,TT型基因与CT型基因差异显著(P＜0.05);在失水率上,CC基因型显著高于TT基因型(P＜0.05);在系水力上,TT和CT基因型均显著高于CC基因型(P＜0.05);在肌内脂肪含量方面,TT型显著高于CC型(P＜0.05).提示PPARα基因的作用可能参与鸡的糖脂代谢和能量代谢,可作为筛选影响鸡肉质性状候选基因的依据.     

延边黄牛PRKAG3基因多态性及其与肉质性状的相关分析

采用PCR-SSCP方法对120头延边黄牛PRKAG3基因的多态性进行检测,共发现C6529T、T6605C、A6608G和G6685A4个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CCGA)、H2(CCGG)、H3(TCGA)、H4(TCGG),其中H1为优势单倍型,其频率为0.590。结果表明:单倍型H3与蒸煮损失存在负相关(P0.05);单倍型H1与pH1、pH24呈正相关(P0.05),与L*24值负相关(P0.05);单倍型H4与油酸存在负相关(P0.05),与谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、精氨酸、丙氨酸和脯氨酸存在正相关(P0.05)。     

鸡MC3R基因多态性及其与屠体和肉质性状的相关性

以四川大恒家禽育种有限公司和四川省畜牧科学研究院培育的5个新品系纯系和3个杂交系鸡群为试验材料,对MC3R基因进行PCR扩增,采用PCR-SSCP技术结合测序分析了MC3R基因在上述鸡群中的多态性.结果表明8个鸡群中存在A 1 424 G的突变.经过基因型与屠体性状的关联分析得知各基因型除与半净膛率(SEP)和腿肌率(LMP)无显著影响(P＞0.05)外,对其它屠体性状则有显著(P＜0.05)和极显著影响(P＜0.01);与肉质性状相关分析结果显示,1 424位点仅对粗蛋白(CP)含量和肌内脂肪含量(IMF)影响显著(P＜0.05).     

肉牛PRKAG3基因多态性及其与胴体和肉质性状的关联分析

本研究以晋南牛、鲁西牛、西门塔尔、安格斯、海福特、利木赞和夏洛莱7个品种共267头肉牛为试验材料,采用PCR-RFLP技术检测PRKAG3基因多态性,找到了PRKAG3基因DNA序列中的2个突变位点T2643C和T2885C(DQ082736),同属第4内含子.2个基因多态性位点与肉牛胴体和肉质共9个性状的关联分析表明:PRKAG3基因T2885C变异位点的3个基因型间嫩度性状差异显著(P<0.05),CC基因型最dx-乘均值显著低于CD和DD基因型最dx-乘均值.本研究结果可为肉牛肉质性状标记辅助选择提供依据.     

延边黄牛PRKAG3基因第10外显子单核苷酸多态性及其与肉质性状的相关分析

采用PCR-SSCP方法对120头延边黄牛PRKAG3基因的多态性进行检测,结果发现第10外显子存在C4738T突变,产生3种基因型。不同基因型与肉质性状均值差异显著性检验结果发现,基因型CT与a2*4、b2*4、油酸存在一定的负相关(P0.05);与嫩度、谷氨酸、精氨酸、丙氨酸、缬氨酸和脯氨酸有一定的正相关(P0.05);基因型CC与天冬氨酸存在一定的正相关(P0.05)。     

鸡胰岛素样生长因子1受体基因G26336A、C111014A多态位点的检测及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用DNA池测序和PCR-SSCP技术,对鸡IGF1R基因的G26336A、C111014A位点进行多态性检测,并与鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明,G26336A位点AA基因型个体56日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在84日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05)。C111014A位点CC、CD基因型个体初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体在300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步表明,IGF1R基因可能是影响鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

牛组织蛋白D基因多态性与肉质、胴体性状的关联分析

以51头西门塔尔和鲁西黄牛的杂交后代作为试验动物,扩增组织蛋白酶D(cathepsin D,CTSD)基因部分外显子,通过DNA测序方法检测到该基因第5、6、8外显子共4个SNPs(T581C、T599C、A861T、A1128G)的遗传变异。SAS软件采用最小二乘法拟合线性模型,将几个位点的不同基因型与牛肉质、胴体性状进行关联分析。结果表明,位于CTSD基因外显子5的T581C突变与大理石纹性状呈显著相关(P<0.05),BB基因型显著优于AA和AB基因型,这为T581C作为肉牛大理石纹的分子标记提供了一定的理论依据。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

松辽黑猪L-FABP基因外显子2多态性及与肉质性状的相关性分析

以松辽黑猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测了肝脏脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因外显子2的多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明,在外显子2发现多态性位点,有AA、AT和TT三种基因型;测序发现在1760 bp处存在T→A的碱基突变.并导致了苯丙氨酸变为亮氨酸;该位点的多态性对松辽黑猪的大理石纹和IMF含量均有显著影响(P<0.05),大理石纹为AA型显著高于TT型(P<0.05),AT型与AA型,AT型与TT型之间差异均不显著(P>0.05);IMF含量为AA型和AT型显著高于TT型(P<0.05),AA型和AT型之间差异不显著(P>0.05);其他内质性状的不同基因型之间差异不显著(P>0.05).因此推断L-FABP基因可能是影响猪肉质性状的主效基因或是与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

猪A-FABP基因5'调控区多态性及与肉质性状的相关分析

以松辽黑猪和军牧1号白猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测A-FABP基因5'-调控区的多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关分析。结果表明:在5'-调控区的1 246～1 530 bp之间发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果表明,在1 321 bp处存在C→A的碱基突变;该位点的多态性对松辽黑猪和军牧1号白猪的大理石纹均有显著影响(P0.05);BB型显著高于AA型或AB型,AA型和AB型之间差异不显著;对IMF含量均有极显著影响(P0.01);BB型或AB型极显著高于AA型,BB型和AB型之间差异不显著。由此推断,A-FABP基因可能是影响猪肉质性状的一个主效基因或是一个与影响肉质性状的QTL连锁的基因。     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤澳麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因r结合蛋白1(insulin-Like growth factor-binding protein-1,IGFIIP 1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应.结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C,5692AAT插入).对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型.最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P<0.05).