蛭弧菌AS212菌株的分离、鉴定及其裂解特性

从中华鳖(Trionyx sinensis)养殖池水中分离纯化到一株能裂解细菌的细菌AS212菌株,对其进行了形态观测和16S rRNA基因序列分析,构建了系统进化树,测定了其对不同来源菌株的裂解谱,分析了其对水体中细菌的裂解能力。结果表明,AS212菌株呈短杆状,端生单根鞭毛,直径0.6～0.7μm、长度1.0～1.2μm;该菌株不仅能裂解大肠埃希氏菌(Escherichia coli)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、弧菌等革兰氏阴性菌,还能裂解无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、芽孢杆菌等革兰氏阳性菌;基于细菌16SrRNA基因序列的同源性分析结果表明,该菌株与未得到培养物(uncultured bacterium)的2株细菌AB286342和AM490748同源性最高,为96%,但与所选的典型蛭弧菌亲缘关系较远,不能将其分类到已有的蛭弧菌相关的属中;其对养殖水体细菌裂解能力优于消毒剂。     

鲢腐败希瓦氏菌株的16S rRNA鉴定

从患病鲢(Hypophthalmichthys molitrix)体表分离获得1株革兰氏阴性细菌,菌株编号为BD1-5,通过细菌形态学观察、革兰氏染色镜检、16S rRNA序列分析以及构建系统发育树分析等进行鉴定研究.结果表明,患病白鲢体表皮肤溃烂,尤其尾部溃烂严重;对该病例主要组织进行镜检未见明显寄生虫;分子生物学检...     

高淀粉酶蛋白酶活力枯草芽孢杆菌菌株的筛选及鉴定

筛选高淀粉酶、蛋白酶活力枯草芽孢杆菌菌株,用于研制高效净水微生态制剂。通过对枯草芽孢杆菌液体发酵所产生的淀粉酶、蛋白酶活力的研究,从来源不同的10株枯草芽孢杆菌样品中筛选出2株蛋白酶及淀粉酶活力相对较优的菌株H001、H008,并对该2株菌株的形态、菌落形态、生理生化特征进行鉴定。基本确认所筛选到的菌株均属于芽孢杆菌属,可用于制备高效净水微生态制剂。     

产胞外蛋白酶菌株的筛选及环境因素对其产酶活性的影响

采集渔-稻复合系统中的水稻根际淤泥,筛选出有较强产胞外蛋白酶能力的菌株并研究环境因素对其产酶活性的影响。结果显示,通过初筛、蛋白酶复筛等筛选得到一株菌株(编号PRO9);此菌株所产产胞外蛋白酶能够促进水体中有机物质发生氨化反应,减少有机氮含量。此菌还具有产胞外碱性磷酸酶的能力。菌株鉴定结果显示此菌为芽孢杆菌。PRO9菌株所产的胞外蛋白酶在67℃下酶活性最为活跃,最适pH为7,属于中性蛋白酶。     

罗氏沼虾木糖葡萄球菌Xia-5#菌株的分类鉴定

Xia-5#菌株是从患肌肉白浊病的罗氏沼虾虾苗病灶分离列的1株有致病力的菌株，经形态学观察、生理生化特性分析和16S rRNA序列测定分析对其进行分类鉴定，其主要特性为：革兰氏阳性拟球菌，无鞭毛，无荚膜，不产生芽孢，发酵葡萄糖、果糖、甘露糖、麦芽糖、乳糖、阿拉伯糖、核糖、蔗糖及甘露醇产酸，β-半乳糖苷酶、过氧化氧酶及脲酶阳性，氧化酶、血浆凝固酶、V—P反应、精氨酸双水解酶均为阴性，对新生霉素具有抗性；菌株的16S rRNA序列分析结果表明：Xia-5#菌株与葡糖球菌属的菌株聚为一类，而与链球菌属的菌株距离较远，与已登录的木糖葡萄球菌16S rRNA序列的相似性大干99％，只在其中的3个核苷酸位置上存在差异；综合两方面的分类鉴定结果，将Xia-5#菌株归类鉴定为葡萄球菌属的木糖葡萄球菌(Staphylococus xylosus)。     

乌江网箱养殖患病花鲈的细菌分离与分子鉴定

摘 要：利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从病害花鲈分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ。对9株菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到约600bp的片段。将扩增结果进行测序,测序结果输入到NCBI （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析。结果表明：Ⅰ为杀鲑气单胞菌,同源性98%;II为不动菌属,同源性97%;III为肺炎克雷伯氏杆菌,同源性98%;IV为嗜水气单胞菌,同源性99%;V为希瓦氏菌,同源性99%;VI为腐生葡萄球菌同源性99%;VII为枯草芽孢杆菌,同源性99%;Ⅷ为沙雷氏菌属,同源性95%;Ⅸ为杀鲑气单胞菌,同源性97%。     

水产养殖病原微生物的分子检测

随着水产养殖集约化程度的提高,虾类、贝类和鱼类养殖业受到病原微生物的严重影响。因此如何快速准确预测和诊断水产动植物疾病,就成为当前水产养殖业十分重要而突出的问题。随着分子生物学技术的发展,以核酸杂交、PCR、DNA指纹和16SrRNA检测等为代表的分子生物学技术在水产养殖病原体检测中已有大量应用并显示出巨大的应用前景。     

高产壳聚糖酶菌株的筛选及其产酶条件的优化

从虾塘底泥中分离到1株高产壳聚糖酶的菌株,将其命名为QY01.研究发现其最适培养基组分为胶体壳聚糖1.0%、葡萄糖0.1%、酵母粉0.3%、K2HPO4·3H2O 0.2%、MgSO4·7H2O 0.1%、NaCl 0.5%、(NH4)2SO4 0.5%、起始pH 6.最适培养条件为6%接种量,30℃、160 r/min培养72 h,在此条件下发酵液酶活可达10.87 U/mL,表明筛选到的菌株在降解壳聚糖方面具有较好的利用价值和开发前景.对QY01进行了16S rDNA形态特征及生理生化特性鉴定分析,经序列比对,该菌株与芽孢杆菌属的同源性高达99%;形态特征与生理生化鉴定结果与16S rDNA鉴定结果相符,初步鉴定为芽孢杆菌属(Bacillus sp.).     

好氧反硝化细菌YX-6 特性及鉴定分析

从对虾池塘筛选得到 1 株高效的好氧反硝化细菌,命名为YX-6。对该菌生长及反硝化性能间的关系进行研究; 同时研究了不同温度、pH、盐度及碳源对该菌生长及反硝化性能的影响。结果表明,该菌反硝化作用主要发生在对数生长期,可将亚硝酸盐氮由 10 mg/L降至 0;该菌最适生长及反硝化温度为 30 ℃ ;pH值范围为 7 ～ 9 时最适于该菌生长及反硝化性能的发挥。该菌最适盐度范围为 0 ～ 15;丁二酸钠、乙酸钠为该菌生长及反硝化的最适碳源。通过对YX-6 菌 株生理生化及 16S rRNA分子鉴定,初步鉴定为凝结芽孢杆菌（Bacillus coagulans）。对该菌株亚硝酸还原酶基因进行序列分析,结果表明,该菌含有亚硝酸还原酶nirS基因。

     

产低温碱性蛋白酶黄海黄杆菌YS-9412-130高产菌株的选育

以黄海黄杆菌YS－9412－130菌株为出发株,经亚硝基胍、硫酸二乙酯、紫外线（UV）与微波（MI）复合诱变和自然选育,获得1株产低温碱性蛋白酶高产稳定的突变株YS－9412－130－SW1－104,其产低温碱性蛋白酶为出发株的16倍。在摇瓶发酵培养条件下,酶活力达2320U／ml(20℃测定）,该诱变株具有Ref^r、Str^r、Amp^r和Met^-、Lys^-标记。突变株与出发菌株在细胞形态上比较,结果表明二者没有显著差异。     

菲牛蛭细菌性疾病的病原检验及药物防治

对菲牛蛭(Hirudinaria manillensis Lesson,1842)暴发性细菌性疾病的流行情况、临床症状、病原菌形态、生理生化特性、药物敏感性、病蛭的组织切片显微病理观察,病原16S rRNA基因分子鉴定以及4种中草药物对该病的治疗效果进行综合研究.结果表明,病原菌为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和奇异变形杆菌(Protues mirabilis).该病可由这2种菌单独或共同引发.2种菌的人工感染和再感染重复性好、致病性强,发病死亡率均超过80%.药物敏感试验表明,2株病原菌均对氨曲南、庆大霉素、新霉素和环丙沙星敏感,而用板蓝根和陈皮药浴治疗病蛭效果较好,治愈率可达80%.组织病理观察表明,患病部皮肤表皮角质层溃烂、脱落,肌肉发生溃疡、腐烂,肌纤维断裂、溶解、坏死,唾液腺排列混乱,部分出现断裂.上述结果表明这2种病原菌对菲牛蛭均具有较强的致病性.     

基于形态特征和线粒体 16S rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化

对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]之间。以日本鳀(Engraulis japonius)和欧洲鳀(Engraulisencrasicholus)为外群构建的NJ树和ML树中,赤鼻棱鳀位于进化树的基部,是最早分化出来的种;进化树显示,黄吻棱鳀和中颌棱鳀关系最近。本研究结果支持形态学得出的赤鼻棱鳀最先分化的结论,认为中颌棱鳀和黄吻棱鳀可能为同一个种,至于汉氏棱鳀(T.hamiltonii)和杜氏棱鳀(T.dussumieri)的分类地位有待进一步确认。     

Isolation,Screening, and Identification of Proteolytic Lactic Acid Bacteria from Indigenous Chao Product

The aim of the study was to isolate, select, and identify proteolytic lactic acid bacteria (LAB) from chao, a traditional fermented fish from Pangkajene and Kepulauan Regency, South Sulawesi, Indonesia. LAB was isolated by poured plate method. Proteolytic LAB were selected using agar skim milk media. Protease activity of LAB was determined based on the amount of tyrosine released in unit/mL. Proteolytic LAB were identified using API 50 CHL kit and 16S rRNA gene sequence analysis. The result showed that a total of 60 isolates were obtained from chao, and 57% of them were cocci-shape. Fifteen isolates were halotolerant proteolytic LAB. Their R values and protease activity were 2.11–3.39 and 0.267–0.304 U/mL, respectively. Identification by API 50 CHL kit showed that four rod-shape isolates were Lactobacillus plantarum, and two others were Lactobacillus curvatus. Cocci-shape isolates could not be identified as cocci bacterium. Rep-PCR results showed that there were two kinds of bands, namely thick and thin. Two isolates were selected from two types of bands that had the highest R for the analysis of 16S rRNA gene sequences, namely Ags1-3 and Ags7-3. The results showed that Ags1-3 isolate was identified as Lactobacillus plantarum and Ags7-3 as Pediococcus acidilactici.     

大黄鱼结节病病原菌—诺卡氏菌的鉴定及其系统发育分析

一株分离自浙江台州、舟山海水网箱养殖患结节病大黄鱼（Larimichthys crocea）的病原菌,经生理生化试验及形态结构观察显示,该菌株革兰氏阳性,好氧,具有弱抗酸性,菌体呈长或短杆状,或细长分枝状,过氧化氢酶阳性、氧化酶阴性,还原硝酸盐,不水解酪素、黄嘌呤、酪氨酸、淀粉和明胶,能以柠檬酸盐为唯一碳源生长.对其16S rRNA基因进行PCR扩增、测序和系统发育分析,结果表明,该菌株与诺卡氏菌属的菌株亲缘关系最近,与（鱼师）鱼诺卡氏菌（Nocardia seriolea JCM 3360^T）的16S rRNA基因序列相似性达99.9%.据此鉴定结果认为,该菌株为（鱼师）鱼诺卡氏菌（Nocardia seriolea）.[中国水产科学,2006,13（3）：410-414]     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

16S rRNA在海洋微生物系统分子分类鉴定及分子检测中的应用

16SrRNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到了广泛认同，随着微生物核糖体RNA数据库的日臻完善，该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文总结了16SrRNA作为海洋微生物系统分子分类鉴定的理论基础和具体方法，分析了用16SrRNA研究海洋微生物的进化关系，并且对16SrRNA在海洋微生物分子检测中的应用作一评述。     

一株多重耐药中华鳖源弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定

从患典型鳃腺炎病中华鳖（Pelodiscus sinensis）肝脏和腹水处进行细菌接种,分离获得一株细菌。综合菌落形态,16 S rRNA 序列进化分析和 API 细菌生化鉴定系统判定,所得菌株为弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）（SX43）。动物回归实验显示,分离株对小鼠的半数致死量（LD50）为106．5 CFU,显示该菌株具有较强的致病性,可从实验幼鳖体内再次分离到相同的病原菌。常用药物的抗菌敏感性测定显示,菌株 SX43对头孢哌酮、头孢曲松、头孢呋辛、复方新诺明、氯霉素高度敏感。     

文蛤病原菌——需钠弧菌的鉴定和生物学特性分析

从患病文蛤Meretrix meretrix体内分离出一优势菌株WT01,回归感染试验证明是文蛤的致病菌。对该菌形态、生理生化特征、盐度、温度和PH值生长条件以及16S rRNA基因序列进行了研究。结果表明,该菌为革兰氏阴性菌,发酵葡萄糖产酸不产气,氧化酶阳性,生长需NaCl,无色素,不发光,在TCBS平板上形成圆形黄色菌落,对弧菌抑制剂O／129敏感,具有弧菌属的典型特征。16S rRNA基因序列分析表明,该菌与需钠弧菌Vibrio natriegen的亲缘关系最为接近,其同源性达999／6以上。因此,将该菌鉴定为需钠弧菌。实验显示其半数致死量为5．5×10^6CFU／g。19种抗菌药物药敏试验结果表明,该菌对氟哌酸、复方新诺明、菌必治、先锋必、链霉素、氯霉素和庆大霉素等抗生素较为敏感。并对其胞外产物的生物学特性进行了分析。