猕猴桃DNA条形码标记的筛选

以5种野生猕猴桃为试验材料,采用DNA条形码技术,对6个DNA条形码标记rbcL、matK、psbA、trnL-F、ITS、trnH-psbA进行序列分析,筛选出能鉴别猕猴桃种间分子差异的DNA条形码,以期利用DNA条形码技术用于猕猴桃育种。结果表明:通过序列碱基含量分析,trnL-F和ITS条形码序列的GC含量最高,为51.1%~55.2%,trnH-psbA的GC含量最小,约为32.0%;通过Blast比对,结果显示5个猕猴桃野生种与基因库中已登录种类的6个DNA条形码相似度在99%以上,而有些与基因库中已登录种类有所差异,体现出猕猴桃种内的遗传多样性或种间存在基因渗透;从系统进化树结果分析显示,ITS标记能将上述5个野生种明显区分,基因进化多样性两两比对分析显示,5个猕猴桃野生种之间差异明显;Tajima’s中性检验中,trnL-F,ITS和matK具有较高的核苷酸多样性和中性检验值。研究比较了6种DNA条形码标记,认为ITS种间多样性较高,差异明显,较适宜作为猕猴桃DNA条形码。     

岩陀ITS2片段PCR扩增条件优化及物种鉴别研究

以岩陀植物叶片为材料,利用试剂盒提取方法提取植物叶片中的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增条件优化并对ITS2序列鉴别物种能力进行考察;通过单因素实验分别研究退火温度、DNA模板量、循环次数等因素对岩陀DNA条形码鉴别中所选的ITS2序列扩增反应的影响,并对扩增体系进行优化,采用Seqman7.1软件对测序峰图进行校对拼接,应用MEGA计算种内种间遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树;结果表明:优化后的PCR扩增反应体系总体积为25μL,含TaqPCR Master Mix 12.5μL、DNA模板量5ng、上下游引物(10mol/L)各1μL、dd H2O 9.5μL,ITS2序列在退火温度设置为60℃,循环次数为30次的条件下进行PCR扩增,获得清晰单一的电泳条带,ITS2测序成功率100%,比对后的序列长度475bp,GC含量约50%,种内种间变异存在重叠,没有明显的Barcoding gap;结论:通过试剂盒提取岩陀植物叶片DNA,在优化后的PCR扩增反应体系对ITS2序列进行扩增,可以满足后续对鬼灯檠属多基原植物岩陀的亲缘关系、物种鉴别和遗传多样性等领域的研究,但ITS2序列不适合岩陀种DNA条形码鉴别。     

忍冬属四种不同种质农艺学性状比较及DNA条形码鉴定研究

以忍冬属不同来源的4种种质为试材,采用形态分类学的方法,根据株高、叶长、叶宽、叶的形状、花开时间等农艺性状,对不同种质进行了比较分析,同时采用分子生物学的方法,以5对引物对4份种质的DNA条形码序列进行PCR扩增和测序,构建聚类图,并分析物种的亲缘关系。结果表明:忍冬属4种种质在农艺学性状上差异不明显,如采用形态学的方法进行鉴别容易导致误判,然而这4种种质在DNA条形码序列上存在着丰富的遗传多样性,研究认为在对金银花种质进行亲缘关系鉴定时,借助DNA条形码序列特性与农艺学性状相结合能有效区分物种之间的差异,鉴定结果相对可靠。     

基于NCBI数据对五味子种质遗传多样性的分析

以NCBI核酸数据库中五味子DNA序列为研究对象,采用MEGA 6.0和DnaSP6软件分析法,研究了ITS2、PEPC、trnH-psbA和matK 4个目标片段的序列特征,以期获得五味子的遗传多样性和种质资源的来源。结果表明:ITS2序列的变异位点最多为15个;PEPC序列的单倍型最多为11个;最大遗传距离在ITS2序列之间为0.046;PEPC序列具有最高单倍型多样性为0.985,ITS2序列具有最高核苷酸多态性为0.004 93,所有序列的转换/颠换值均小于2;且4种序列构建的邻接法系统树结果均可以分为3个主要分支。     

应用ITS2序列片段对木瓜及其近缘属植物的分子鉴定研究

运用ITS2序列对木瓜及其近缘属植物进行DNA条形码分子鉴定,探讨利用ITS2条形码序列对木瓜及近缘物属植物鉴定的可行性。对试验样品进行DNA提取纯化、PCR扩增并双向测序得到22条ITS2序列,将所得22条序列和GenBank数据库下载的8条木瓜及其近缘植物的ITS2序列用Clustal X软件进行比对,BioEdit软件人工校正;利用MEGA5.05软件计算种内、种间遗传距离,并采用K2P距离法构建NJ和ML树,评价序列的鉴定效果。木瓜及其近缘属植物种内遗传距离变异区间为0 ~ 0.0274,平均0.0029,木瓜及近缘属植物种间遗传距离变异区间为0.011 ~ 0.112,平均0.075,种间距离明显大于种内距离;构建木瓜及其近缘属各物种NJ和ML系统进化树,二者结果一致,各物种均聚为一支,形成单系类群,支持率均在50%以上。ITS2条形码序列能够快速准确地鉴定木瓜属及其近缘属植物。     

基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析

对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。     

方斑网衣的分子鉴定和系统发育学分析

为鉴定方斑网衣中的隐存种,以新疆地区的方斑网衣为试验材料,用分子系统发育学方法,研究了方斑网衣核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)碱基组成信息、变异位点以及简约信息位点、种内的遗传距离、遗传距离聚类情况、ITS位点系统发育树分析以及基于条形码间隔自动检索鉴定方斑网衣隐存种类。结果表明:方斑网衣ITS基因片段长度为528 bp,其中62个为变异位点、43个为简约位点、460个为保守位点、G+C碱基组成占总含量的56.1%、G+C含量高于A+T含量、单倍型多样性(haplotype(gene)diversity,Hd)为0.993、核酸多样性(nucleotide diversity,Pi)为0.048 76;基于遗传距离构建的聚类树同系统发育树分支聚类情况一致,分为2个大分支;通过条形码自动检索法鉴定出方斑网衣可为2个种。通过综合分析鉴定出方斑网衣2个隐存种即方斑网衣原种(Lecidea tessellata var.tessellata)和方斑网衣蓝变种(Lecidea tessellata var.caesia)。     

基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列,基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp,共有173个多态性变异位点,其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中,trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个,单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA（Hd = 0.775,Pi = 0.02143）,最低的为5′trnL-trnF（Hd = 0.481,Pi = 0.00072）。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高（Hd = 0.854,Pi = 0.00949）。Tajima’s D检验中,4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著,楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部,不同居群间基因交流频繁,多数居群间遗传分化较少,与地理距离不完全相关。     

基于ITS序列分析秦巴山区黑木耳菌株的遗传多样性

通过黑木耳菌株的ITS序列分析,对秦巴山区44个黑木耳菌株进行遗传多样性研究。采用CTAB法提取黑木耳菌株基因组DNA,进行PCR扩增,对扩增产物测序,并通过软件ClustalX 1.83和MEGA 5.0进行序列比对以及系统发育树的构建。结果表明:秦巴山区黑木耳菌株遗传多样性较丰富,部分菌株之间同源性较高,甚至可能为同一品种,当相似系数为0.002时,聚类为5个分支,其中耳268与其它菌株亲缘关系较远,为今后秦巴山区黑木耳菌株的遗传多样性及优良品种的遗传育种奠定了理论基础。     

基于拮抗及ITS序列分析的河南香菇主产区种质资源鉴定及遗传多样性分析

应用核糖体基因转录间隔区域（Internal Transcribed Spacer,ITS）序列及拮抗法对河南食用菌主产区香菇栽培菌株进行鉴定,并分析遗传多样性。以收集的41个香菇栽培菌株为样本,两两之间进行拮抗测试分析,提取DNA并进行PCR扩增、回收、测序,采用比对邻接法（neighbor-joinging,NJ）构建系统进化树。结果表明,16个差异菌株拮抗现象明显,其余菌株无拮抗或者拮抗不显著,41个香菇菌株初步分为16个不同菌株及7个不同亚种;ITS序列比对及系统发育分析将41个香菇品种聚为独立进化的4个大类,即3个不同的菌株和8个不同的亚种,种内遗传距离为0.000 0～0.006 5,与Pleurotus ostreatus(KY962509)种间遗传距离为0.374 0。综上所述,“ITS+拮抗法”结合可以明确区分菌株间拮抗、无拮抗及拮抗不明显现象基因序列的相似度、遗传距离的差异及亲缘关系的远近,为香菇品种的鉴定提供理论支撑。     

苹果属15个种的叶绿体DNA变异与遗传分化

[目的]利用叶绿体基因(cpDNA)标记,对近十年间在我国苹果属植物的主要密集分布区收集的15种苹果属植物的叶绿体DNA进行序列变异分析,开展其遗传分化和遗传结构研究.[方法]利用4对叶绿体DNA引物扩增722份种质的4个非编码区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5'trnL...     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

鸡血藤及其混伪品matK基因分析和分子鉴定

以鸡血藤及其4种常见混伪品为试材,采用植物基因组DNA提取试剂盒提取鸡血藤样品总DNA,并采用matK基因通用引物扩增和测序,从GenBank获取鸡血藤4种混伪品的matK基因序列,采用DNAMAN、MEGA等生物软件比对分析序列差异,计算遗传距离并构建聚类树,研究matK基因对鸡血藤及其混伪品的鉴别效果。结果表明:获得的鸡血藤及其混伪品matK序列长度为690bp,平均GC含量为31.1%,共发现236个差异位点,占总碱基数的34.2%。8个鸡血藤样品matK序列在41bp处存在A-G碱基差异。鸡血藤与混伪品之间的种间变异大于鸡血藤样品内的变异。基于matK基因序列建立的聚类树能够明显地鉴别鸡血藤及其混伪品。matK基因可作为鉴别鸡血藤及其混伪品的标准DNA序列。     

不同地区松茸ITS序列分析及系统发育研究

对吉林省延吉市和云南省昆明市松茸子实体的ITS序列进行遗传多样性研究。提取两个地区松茸子实体的基因组DNA,应用特异引物对其ITS序列进行PCR扩增及测序,并对云南省昆明市松茸样品进行克隆及测序。之后从GenBank上获取5个地区7条松茸ITS序列,并利用MEGA、BLAST、DNAMAN和ClustalX软件进行对比分析和构建系统发育树。对云南松茸样品克隆发现,ITS序列中有A与G、T与c的颠换,并插入1个碱基T。序列对比发现,松茸ITS序列长度在600bp～604bp范围内,G＋C含量在43．0％～44．2％之间,共有41个变异位点,ITS2变异位点数要多于ITSl的变异位点数。同时,多个位点存在着转换、颠换、插入和缺失,表明不同产地松茸ITS序列在进化过程中存在差异,为真菌分类、鉴定等研究提供了重要的资料和依据。     

不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

利用nrDNAITS探讨雄性不育“YX-1”与宁夏枸杞的亲缘关系

采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.利用nrDNA ITS(核核糖体DNA基因内转录间隔区)序列,探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"与其它7份宁夏枸杞材料的亲缘关系.结果表明:首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其它7份枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559～633 bp,平均为612 bp,初步从基于ITS序列得出的NJ聚类图可以判断枸杞雄性不育"YX-1"在DNA水平与其他7个枸杞品种存在差异,其与四倍体88024亲缘关系较近.基于nrDNA ITS区序列分析可作为探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"亲缘关系的一种新方法.     

杧果种质遗传多样性的表型分析和AFLP分析

 利用表型和AFLP标记,对中国热带农业科学院南亚热带作物研究所杧果种质资源圃的56份国内外杧果种质进行遗传多样性分析。结果表明：这些种质的表型性状表现出较大的差异,多样性指数（H′）在0.56 ~ 1.64之间,平均为1.05,表型性状欧氏距离系数在0.02 ~ 0.45之间。8对AFLP引物共扩增出713条谱带,其中多态性带为630条,占88.36%,遗传相似性系数0.38 ~ 0.85之间。Mantal测量结果表明表型和基因型距离矩阵间存在显著的正相关（r = 0.72,P = 0.05）。表型性状和AFLP分子标记分析的结果相对一致,56份杧果种质具有较丰富的遗传多样性。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

山东省栽培灵芝属菌株的分子特征

提取27个山东省栽培灵芝属菌株的基因组总DNA,PCR扩增获得其ITS序列,构建基于ITS序列的系统进化树。结果表明,供试灵芝菌株分布于3个聚类组,分别为Ⅰ组(Ganoderma lingzhi sp.nov.)、Ⅳ组(G.applanatum)和Ⅴ组(G.siense)。研究明确了山东省栽培灵芝属菌株的分类地位、亲缘关系和分子特征,为山东省灵芝属种质资源保护、遗传改良和新品种选育提供理论依据。     

基于核糖体基因的灰树花分子系统关系分析

为探讨灰树花的分子系统关系,通过PCR扩增获得灰树花(Grifola frondosa)18S r DNA、ITS r DNA序列,构建系统发育树,分析灰树花属级的亲缘关系,以及不同地域灰树花菌的种内遗传多样性。结果表明,灰树花起源于多孔菌科,ITS r DNA构建的系统发育树可以把来自亚洲和美国的菌株区分开,说明灰树花的地理距离和遗传距离存在一定的相关性,且灰树花可能为复合种群。