栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝(Chlamys farreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子(ITS-1和ITS-2)，PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序，分别得到了340bp和510bp的碱基序列，序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS-1分别为32.06％，20.59％，22.35％和25.00％，在ITS-2分别为30.00％，21.37％24.12％和24.51％。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大，可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。     

魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征

以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharca broughtonii)的核糖体转录间隔子ITS-1和ITS-2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21．91％、24．73％、28．20％和25．16％(ITS-1),27．02％、25．52％、25．52％和21．95％(ITS-2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现11S1和11S2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的11S1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入／缺失;对5种蚶科贝类的ITS-2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS-2群体序列研究中观察到的情况相同。     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。     

太平洋牡蛎不同组织DNA甲基化的F-MSAP分析

采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)技术对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)的6个组织进行全基因组CCGG位点甲基化水平的检测。结果表明: 鳃、闭壳肌、外套膜、唇瓣、性腺、消化盲囊6个组织的甲基化水平分别为: 31.77%、36.41%、32.00%、36.47%、32.77%和37.92%。甲基化模式分为全甲基化和半甲基化, 在太平洋牡蛎中, 全甲基化模式与总体甲基化水平一致, 消化盲囊、唇瓣、闭壳肌组织的甲基化水平较高, 而鳃、外套膜、性腺组织的甲基化程度较低; 半甲基化位点显著少于全甲基化位点, 并且不同组织间的半甲基化位点不存在显著性差异, 而从全甲基化位点及总甲基化水平分析, 不同组织之间甲基化水平差异显著。太平洋牡蛎中存在组织特异性甲基化片段和非组织特异性甲基化片段, 但却只在一个或部分个体中出现, 没有发现在所有研究个体中都存在的甲基化差异片段, 这可能与牡蛎较高的杂合度相关。对实验样品进行的荧光标记的扩增片段长度多态性(F-AFLP)分析发现, 样品间的确存在较大的遗传差异, 基于以上结果可以推测基因组甲基化水平可能与个体遗传背景相关联。

     

4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究

对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cyt b)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异.通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539 bp(16S rRNA)、601 bp(COI)和385 bp(Cyt b),其基因片段的A+T含量都较高.4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cyt b＞ COI ＞16S rRNA.Cyt b 基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene).根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远.     

远东偏顶蛤核糖体DNA第二转录间隔区(ITS2)测序及分析

利用通用引物成果扩增了远东偏顶蛤核糖体DNA第二转录间隔区序列,并对其进行了一致性比对和系统进化分析,结果表明:远东偏顶蛤ITS2序列全长共245bp,四个个体的序列无差异。与其他物种相比,与远东偏顶蛤一致性最高的物种为同属的偏顶蛤,系统进化树中,远东偏顶蛤与同属的其他两个种聚为一支。本文研究结果为该种的遗传进化及多样性研究提供了基础数据。     

太平洋牡蛎染色体G带和Ag－NORs研究

牡蛎科的种类染色体大多为２０条,其中又以Ｍ／ＳＭ染色体居多,仅从核型较难将它们区分,应用显带技术能反映染色体的“解剖学”特征,以提供更多的具鉴定性特征的信息［１］。牡蛎是我国重要的养殖贝类之一,目前尚无有关太平洋牡蛎（Ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａｇｉｇａｓ）带型研究的报道。本文对其Ｇ带和Ａｇ－ＮＯＲｓ带作了初步探索,为种间比较、染色体鉴定以及基因定位等基础理论研究提供参考。收稿日期：１９９８－０８－０３国家攀登计划Ｂ项目（专题编号：ＰＤ－Ｂ６－３－１）及国家高科技发展计划项目（８６３－８１９－０１－０…     

太平洋牡蛎中诺瓦克样病毒的RT-PCR法检测和病毒聚合酶区部分序列的分析

利用pH9.5的甘氨酸缓冲液性处理太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)匀浆液,PEG沉淀病毒粒子的方法对未知的是否污染有诺瓦克样病毒(Norwalk-like Virus,NLVs)的牡蛎样品进行处理,并提取病毒RNA,进行RT-PCR,凝胶电泳检测扩增结果。初步建立了牡蛎中NVLs的检测方法。纯化所得的特异PCR产物,克隆到T-载体中,筛选转化子,提取质粒,并进行PCR电泳鉴定。重组质粒序列测定结果在NCBI上进行BLASTn显示所得产物与已发表的诺瓦克样病毒的相应序列具有极高的同源性(>95％);根据Genebee在线分析系统AliBee-Multiple Alignment进行对中国的诺瓦克样病毒粪便分离株和牡蛎分离株的扩增序列进行相似性分析,结果从我国养殖的牡蛎样品中和胃肠炎病人粪便中分离出2个的诺瓦克样病毒之间无显著的差异。     

4种海参16SrRNA和COI基因片段序列比较及系统学研究

采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;刺参和其他科3种海参种间的序列差异远远高于刺参种内差异。从GenBank中选取7条海参序列与本研究所测序列一同构建了NJ和ME系统树。根据2种基因片段的系统学分析均表明,刺参属和拟刺参属亲缘关系很近,可能有共同的起源。而海参科未与同属于楯手目(Aspidochirolida)的刺参科聚类,而与枝手目瓜参科和沙子鸡科聚为一支,与形态学的分类不一致。     

长牡蛎食物组成的高通量测序分析

为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成,于2019年8月,以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象,运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究.结果显示,扩增18S rDNA V4区平均得到111,359个有效序列短片段...     

盐度骤降对近江牡蛎和长牡蛎能量收支的影响

采用实验生态学方法,研究了盐度骤降(盐度分别为10、20,自然海水为对照组)对近江牡蛎(Crassostreaariakensis)和长牡蛎(Crassastreagigas)生理代谢的影响.结果显示,盐度骤降对长牡蛎和近江牡蛎的耗氧率(OR)、排氨率(NR)、排粪率(FER)均有显著影响(P＜0.05),且2种牡蛎对...     

Sequencing of 16S−23S rRNA internal transcribed spacer and its application in the identification of Nocardia seriolae by polymerase chain reaction

A method for the diagnosis of nocardiosis in yellowtail (Seriola quinqueradiata), using polymerase chain reaction (PCR), was developed in this study. Primers specific for Nocardia seriolae were synthesized based on the alignment of 16S?23S rRNA internal transcribed spacer region sequences of N. seriolae. The primers did not amplify specific PCR product from other fish pathogens. However, two and three fishes could be diagnosed as infected with N. seriolae by clinical signs and bacterial isolation. PCR amplification of N. seriolae by specific primers detected six infected fishes. Thus, the primers used in this study are useful in detecting nocardiosis in fish.     

Genetic differentiation between Zhe oyster Crassostrea plicatula and pacific oyster Crassostrea gigas populations in China assessed by microsatellite analysis

ABSTRACT:   Genetic differentiation and relationships between Crassostrea plicatula and Crassostrea gigas populations from China were studied by means of the microsatellite technique. Seven loci were used to screen five populations each collected from C. plicatula and C. gigas . All loci showed high polymorphism for all populations, as observed in average number of alleles per locus (19.1–28.1), and average expected heterozygosity (0.891–0.954). Significant departures from Hardy–Weinberg equilibrium due to heterozygote deficiency were observed over most populations at each locus and were best explained by null alleles. F _ST values showed significant genetic differentiation between C. plicatula and C. gigas populations. According to the neighbor-joining tree constructed on the basis of the genetic distance ( D _A), the ten populations fell into two distinct groups ( C. plicatula and C. gigas groups), and the results of principal coordinate analysis and assignment tests also supported the neighbor-joining clustering. The outcomes presented here suggested that the microsatellite markers have great potential for differentiating C. plicatula from C. gigas populations. The information obtained in this study has important implications for the suitable management and conservation of these genetic resources in China.     

太平洋牡蛎卵母细胞发育及卵黄发生的超微结构

利用透射电镜观察了太平洋牡蛎（ Ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａ ｇｉｇａｓ） 卵母细胞的发育及卵黄发生。卵母细胞的发育可分为卵黄合成前卵母细胞与卵黄合成期卵母细胞２ 个阶段。卵黄颗粒来源于线粒体、内质网、高尔基体、吞饮小泡等多种细胞器。     

太平洋牡蛎生理活动的季节变化

以大窑湾养殖太平洋牡蛎离体鳃为材料,周年观察鳃片的匍匐速度以及鳃片在不同盐度海水中和无氧状态下的耐受力。以此作为生理活动指标,描述了其季节变化。显示繁殖季节牡蛎的生理活动下降。同时发现本海区牡蛎鳃缘附有大量真枝螅,对牡蛎鳃纤毛的活动和生长有一定影响。     

栉孔扇贝和太平洋牡蛎的唇瓣结构

运用石蜡切片和扫描电镜技术研究了栉孔扇贝和太平洋牡蛎的唇瓣结构。结果表明，2种贝的唇瓣结构都是中间一层结缔组织，两侧被覆纤毛柱状上皮，结缔组织中富含血腔隙。栉孔扇贝唇瓣的粘膜上皮由柱状细胞和杯状细胞组成；而太平洋牡蛎由柱状细胞、杯状细胞和嗜酸性粒分泌细胞组成。扫描电镜下，2种贝唇瓣的褶皱面呈现沟和嵴，纤毛浓密；光滑面纤毛较少。太平洋牡蛎唇瓣褶皱面的游离边缘部分和光滑面有大量的球状突起，这是杯状细胞所在处。纤毛和粘液在食物分栋和运输中起重要作用。     

不同温度下太平洋牡蛎三倍体和二倍体生物能量学比较

对一龄太平洋牡蛎三倍体和二倍体能量收支比较研究的结果表明,在５～３０℃下,二倍体摄入能量的３２％为粪能、３．６５％为排泄能、４１．６６％消耗于呼吸、２２．８１％用于生物生长;三倍体摄入能量的２３％为粪能、７．５４％为排泄能、４０．６５％的能量用于呼吸、２８．７８％为生长。经协方差检验,倍性和温度对牡蛎的生长能、同化能和排泄能影响显著,对代谢能和摄食能作用不明显。实验还表明,二倍体Ｋ２值平均３３．９     

低渗诱导太平洋牡蛎三倍体以及与其他诱导方法的比较

通过低渗方法抑制受精卵第二极体(PB2)的释放,诱导太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)三倍体.在水温为23～25℃的条件下,分别采用不同低渗海水(盐度分别为4、6、8、10、12、14、16),在不同处理时机,即第1个第一极体(PB1)出现、30%的PB1出现、40%的PB1出现、50%的PB1出现以及第1个第二极体(PB2)出现时,对太平洋牡蛎受精卵进行10 min、15 min、20 min、25 min持续处理.处理后,于正常盐度海水中孵化,收集D形幼虫,通过流式细胞仪进行倍性测定,确定最佳诱导条件.结果表明,当太平洋牡蛎受精卵PB1出现40%时,在盐度为8的低渗海水中,持续处理15 min,得到最高三倍体诱导率为(89.16±1.39)%.与对照组相比,低渗诱导获得的三倍体幼虫表现出明显的生长优势.将低渗方法同高温(32℃)、低温(2℃)和6-DMAP(450μmo1/L)处理等多倍体诱导方法进行比较,结果显示,低渗组的卵裂率和孵化率显著高于高温、低温和6-DMAP诱导的太平洋牡蛎三倍体(P＜0.05).6-DMAP诱导的三倍体率虽略高于低渗诱导,但差异不显著(P＞0.05).通过综合评价指数(Ie)比较,认为低渗诱导多倍体的方法比高温、低温和6-DMAP诱导具有明显的优势.     

乳山宫家岛以东牡蛎养殖水域秋季海—气界面CO2交换通量研究

为探讨规模化贝类养殖对海—气界面CO2交换通量的影响,选择山东乳山市宫家岛以东太平洋牡蛎养殖水域作为研究区域,根据2011年10月大面调查获得的pH、总碱度(TA)、叶绿素a等基础数据,分析了该区域表层海水溶解无机碳(DIC)体系各分量的浓度、组成比例及平面分布特征,估算了海—气界面CO2的交换通量,定量了浮游植物的固碳贡献。结果表明,秋季乳山宫家岛以东牡蛎养殖水域表层海水DIC浓度范围1 953.20～2 130.74μmol/L,平均值(2 048.73±57.19)μmol/L;HCO3-是DIC的主要成分,占88.25%;表层海水pCO2范围为220.08～262.29μatm,平均值(246.46±23.00)μatm;该区域秋季海—气界面CO2交换通量在-53.78～-21.93 mmol/(m2.d),平均值为-42.09 mmol/(m2.d),表现为强的CO2汇;该区域浮游植物的固碳强度变化范围为460.27～725.64 mg/(m2.d),平均为(593.27±91.98)mg/(m2.d),海—气界面较强烈的CO2交换通量主要由浮游植物的光合作用贡献;养殖区与对照区海—气界面CO2交换通量差异不显著,表明太平洋牡蛎呼吸、钙化生理活动释放的CO2对海—气界面CO2的交换影响不大。