基于Cyt b基因序列的大叶蝉亚科部分种类分子系统学分析

为探讨吸汁类害虫大叶蝉亚科种类间的系统发生关系,选用线粒体Cyt b基因432 bp片段进行扩增、测序,分析大叶蝉亚科9属21种昆虫的系统发育关系.结果表明:Cyt b基因的多序列中,有227个核甘酸变异位点,变异率为52.5％,简约信息位点206个,占总位点数的47.7％;T、C、A、G碱基平均含量分别为38.8％、17.4％、33.2％、10.6％,A+T平均含量为72.0％,明显高于G+C含量(28.0％).T、C转换大于A、G,T、A颠换占主体.密码子第1、3位点转换已达到一定饱和.以横脊叶蝉亚科(Evacanthinae)的2种类(黑条脊额叶蝉、褐带横脊叶蝉)以及杆叶蝉(Hylicinae)作为外群,基于432 bp编码的144个氨基酸序列构建了系统树,MP树和NJ树结构基本一致,均支持大叶蝉各属的单系性,构建的系统树和雄性外生殖器一些特征演化吻合.故Cyt b基因是大叶蝉亚科属种系统发育十分有效的基因.     

鲫4个群体线粒体Cytb序列和D-loop区的比较分析

采用线粒体Cyt b和D-loop 2种分子序列标记,比较分析了鲫(Carassiu auratus)4个群体(野生鲫,养殖群体彭泽鲫、方正鲫、异育银鲫)的碱基组成、遗传多样性和群体遗传结构等。通过PCR扩增与测序技术,分别获得了长度为1 120 bp的Cyt b部分序列和长度范围为907~925 bp的D-loop全序列。较之Cyt b,各群体D-loop区具有更高的A+T含量,更低的G+C含量,还具有更高的核苷酸多样性,但两者在各群体中均具有相似的单倍型多样性,显示了D-loop比Cyt b更适合于研究鲫群体遗传结构的分子标记。不同群体间相比较,野生鲫群体具有较高的遗传多样性,养殖群体多样性较低;野生鲫和3种养殖群体鲫间均存在显著的遗传差异。     

达氏鳇亲鱼群体mtDNA Cyt b基因和D-loop区 的序列特征及遗传多样性分析

通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。     

大鰭鳠线粒体控制区结构及其比较分析

对采自长江水域四川-重庆段大鰭鳠Mystus macropterus线粒控制区的克隆测序,并与长吻鮠Leiocassis longirostris、圆尾拟鲿Pseudobagrus tenuis和光泽黄颡Pelteobagrus nitidus mtDNA控制区序列进行比较分析,发现大鳍鳠线粒体控制区序列有腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)含量高,鸟嘌呤(G)含量低的特点.同时,大鳍鳠线粒体控制区包括3个主要识别区域:扩展终止相关序列、中央保守序列和保守序列.对哺乳动物,鸟类及其他脊椎动物线粒体控制区序列的比较分析,大鳍鳠中央保守序列区CSB-D,CSB-E,CSB-F与哺乳动物和其他鱼类的中央保守区相一致;大鰭鳠保守序列区的CSB-3比CSB-2的变异大些,与一些鱼类相比较,也有显著的差别.大鳍鳠在不同的种属间存在大致相同的保守区段,其中CSB-D和GTGGG-box结构较保守.该研究可以为将来进行大鰭鳠的种群分化研究和资源保护研究提供基础.     

金色鳜鱼选育群体与野生群体的遗传变异分析

采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。     

三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析

[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(O_L区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNA^Ser(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型...     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、二代测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser~((UCN))、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser~((AGY))外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与㊣属、半㊣属和细鳊属亲缘关系上较远。     

基于D-loop和Cyt b序列的大海马遗传变异分析

[目的]对大海马D-loop和Cyt b序列进行遗传变异分析。[方法]基于D-loop和Cyt b部分序列对东山岛(20尾)和泉州市(20尾)养殖场大海马进行遗传变异分析。[结果]获得的D-loop和Cyt b序列分别为707~709 bp和404 bp,且2种序列在2个大海马群体之间极其保守。D-loop和Cyt b序列G+C含量明显低于A+T含量,C含量也低于G含量,Cyt b序列第3位密码子G含量最少。东山岛和泉州市的大海马(各20条)D-loop序列的平均核苷酸差异数分别为0.489和0.958,且分别定义了3种和6种单倍型,东山岛和泉州市的大海马(各20条)Cyt b序列在2个群体之间相似度为100%,只定义了1种单倍型。[结论]研究表明D-loop和Cyt b序列在2个大海马群体中变异较小。     

贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究*

 务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

四种■属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种■属(Sillago)鱼类:斑■(Sillago aeolus)、亚洲■(S.asiatica)、多鳞■(S.sihama)和少鳞■(S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同■属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞■和亚洲■首先聚类、再与多鳞■和斑■相聚,斑■是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

基于Cyt b序列的贵州境内两江流域月鳢群体遗传结构

【目的】分析贵州境内月鳢自然群体间的遗传关系及其遗传背景,为贵州土著鱼类资源的保护和开发利用提供理论依据。【方法】以贵州境内长江流域(乌江、清水江)和珠江流域(都柳江、猫营河)的4个月鳢群体(共130尾月鳢样本)为研究对象,采用PCR技术扩增月鳢线粒体Cyt b编码区,分析月鳢自然群体的遗传结构。【结果】贵州月鳢Cyt b基因946 bp序列的A+T含量为53.7%,高于G+C含量(46.3%),其碱基组成表现为C的含量最高、G的含量最低,呈较强的反G偏倚性;130个月鳢样本定义6种单倍型,总体核苷酸多样性指数为0.001 98,单倍型多样性指数为0.734;群体间平均遗传距离为0.002 29,猫营河-都柳江群体的遗传距离最大(0.003 08),乌江-猫营河群体的最小(0.001 31)。【结论】贵州月鳢整体遗传多样性水平低,群体间存在一定的遗传分化。     

太湖大银鱼(Protosalanx chinensis)细胞色素b基因序列多态性分析

为科学保护太湖大银鱼种质资源,制定合理的野生资源保护策略,实现太湖大银鱼资源的可持续发展和利用,以细胞色素b基因(cyt b)作为分子标记,对太湖大银鱼野生群体进行遗传多样性分析。通过PCR扩增与序列测定获得了cyt b基因全长序列(1 141 bp)。在35条同源cyt b基因序列中,A、T、G和C碱基的平均含量分别为21.67%、29.25%、16.71%和32.36%,A+T的含量(50.92%)略高于G+C的含量(49.07%)。Cyt b中共检出13个变异位点,总变异率为1.14%,其中9个为简约信息位点,4个为单一信息位点。35条cyt b序列共定义12个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,NJ法构建的单倍型系统进化树显示所有单倍型聚为一支,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.850±0.045和0.002 96±0.000 17,平均核苷酸差异数为3.378。中性检验分析结果显示Tajima’s D值为0.224 52,且差异不显著(P0.10),这表明太湖大银鱼种群稳定,没有经历种群扩张。     

五指山猪线粒体基因组全序列测定与分析

采用PCR及TA克隆测序技术,获得五指山猪线粒体基因组全序列(KJ909516),并对其特征进行具体分析。结果表明,五指山猪线粒体基因组序列全长16 689bp,碱基组成为A(34.7%)、C(26.2%)、G(13.3%)、T(25.8%),包含13个蛋白编码区,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-Loop区)。13个蛋白质编码基因中,ND2、ND3和ND5起始密码子为ATA,ND4L起始密码子为GTG,其余均为ATG。蛋白编码基因ND1和ND2终止密码子为TAG,Cyt b终止密码为AGA,COXⅡ、COXⅢ、ND3和ND4的终止信号为不完全密码子T,其余均为TAA。22个tRNA中除tRNASer(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型三叶草结构。线粒体控制区全长1 254bp,含有22个长度为10bp的串联重复序列ACGTGCGTAC。5种中国小型猪蛋白质编码基因的比对结果说明,五指山猪在ND2和ND5基因上与其他4个猪种存在明显差异,可为能量代谢差异研究提供分子学依据。     

从线粒体DNA控制区基因比较石鸡和大石鸡的遗传变异

采用聚合链式反应和直接测序方法测定石鸡和大石鸡线粒体DNA(m tDNA)控制区全序列,分析m tDNA 3个区的序列变异,比较两种石鸡的遗传变异。石鸡m tDNA控制区全序列长1 154 bp,大石鸡是1 157 bp。与大石鸡相比,石鸡m tDNA控制区在第187位,第1 060位和第1 110位缺失。两种石鸡之间,m tDNA控制区I区、II区和III区的序列变异率分别为5.70%,0.64%和3.22%,I区的变异速率最快。石鸡m tDNA控制区的碱基含量是:T32.13%,C27.17%,A26.43%和G14.23%,大石鸡的分别是T32.30%,C26.79%,A26.10%和G14.81%。t-检验分析显示,石鸡和大石鸡m tDNA控制区的4种碱基含量差异都极显著。两种石鸡间的遗传距离是0.038 4。根据分子钟计算,它们的分歧时间大约在190万年前。它们的物种形成主要受青藏高原的隆升和更新世第2次寒冷期的影响。     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser^(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser^(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与属、半属和细鳊属亲缘关系上较远。     

亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性分析

[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。     

巨魾线粒体DNA ND6基因克隆及多态性分析

利用GenBank数据库中鮡魾科鱼线粒体ND6基因序列保守区设计引物,采用PCR技术克隆并测序,共得到12尾巨魾ND6基因全序列。用DNAMAN 5.0软件比对序列,MEGA 5.0软件分析科不同鱼类的进化关系,结果表明:巨魾ND6基因序列全长为516 bp,碱基含量分别为14.20%、34.50%、40.20%、11.00%,其中"A+T"含量(54.40%)高于"G+C"含量(45.50%),存在4个单倍型,发生3次颠换;12个个体4个单倍型间的平均相对遗传距离为0.003;将巨魾与其他14种鱼类的ND6基因用Neighbore-Joining(NJ)法构建系统发育树,发现巨魾单独聚为1支。研究将为今后鱼类线粒体基因组的研究提供科学依据。     

南江黄羊FSH β亚基基因内含子1序列的测定

利用牛、绵羊等动物FSHβ亚基基因序列设计引物,采用PCR法扩增并测定出南江黄羊FSHβ亚基基因内含子1全序列(GenBank登录号:AY838283)。山羊FSHβ基因内含子1全序列长641bp,A、C、G、T 4种碱基分别占35.73%,13.88%,17.47%,32.92%;A T(68.65%)的含量远高于G C(31.35%)的含量。所测定7个个体的碱基序列完全一致,表明FSHβ基因内含子1的保守性较强。