利用ISSR分子标记对25个烟草种质资源的遗传多样性分析

[目的]利用ISSR分子标记研究烟草遗传的多样性。[方法]利用ISSR分子标记对25个烟草种质资源进行了遗传多样性分析。[结果]从50条ISSR引物中共筛选出5条引物,对25份材料烟草基因组DNA进行有效扩增,共扩增出100个位点,其中有76个多态性位点,多态性比率为76.0%。用NTSYSpc-2.10e软件计算烟草种质间的Jaccard遗传相似系数,25种烟草种质之间的遗传相似性系数界于0.313~0.938,平均遗传相似性系数为0.737。野生烟与栽培烟草相似系数较低,说明它们之间存在较高的遗传多样性。利用UPGMA进行的系统聚类分析表明,25个烟草种质资源可划分成2组,3个野生烟聚成一类,22个栽培烟草种质聚成另一大类。[结论]供试栽培烟草的遗传多样性相对较低,迫切需要拓宽栽培烟草的遗传基础。     

利用RAMP和ISSR标记分析大麦种质资源的遗传多样性

 利用RAMP和ISSR两种标记分别对60份大麦种质资源遗传多样性进行了检测。结果发现，两种标记都能揭示材料间较高的遗传多样性，其中ISSR标记多态性又高于RAMP标记。在RAMP分析中，每个引物可扩增出1～10条DNA片段，平均为5.27条；22个RAMP引物共扩增出116条DNA片段，其中98条具有多态性，多态性比率（PPB）为84.48%；平均多态信息量（PIC）为0.277；每个位点有效等位基因数（Ne）为1.602；材料间遗传相似系数GS变化范围为0.551～0.965，平均值为0.830。在ISSR分析中，每个引物可获得1～10条DNA片段，平均为5.95条；19个ISSR引物共扩增出113条DNA片段，其中111条具有多态性，多态性比率（PPB）为98.23%；平均多态信息量（PIC）为0.427；每个位点有效等位基因数（Ne）为2.033；材料间遗传相似系数GS变幅为0.203～0.931，平均达0.676。聚类分析表明，两种标记都能将供试材料完全区分开，聚类结果具有一定的相似性，但也存在明显差异。Mantel检测表明，这两种标记极显著相关（r = 0.346, t = 2.808）。     

23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析

利用SSR和ISSR标记分析23份烟草种质遗传多样性。结果表明:8个SSR引物和8个ISSR引物分别检测到66个和113个多态性位点。不同烟草种质之间的遗传相异系数在0.3259~0.8588(SSR)或0.1369~0.8161(ISSR)。以SSR、ISSR标记分别聚类以及两种标记混合聚类均在0.63处将23个材料分为4类:2个类群和2个独立个类Coker147、Val16或G140,一类群以红花大金元为基础聚类,另一类群以NC82为基础聚类。两种标记的结果相似,均可用来进行烟草种质资源的遗传多样性分析。     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析

[目的]明确山西主要玉米品系的主要遗传多样性特点.[方法]利用ISSR分子标记技术,对供试的玉米种质资源进行遗传多样性分析.[结果]用筛选出的9个多态性高、重复性好的引物对供试种质材料进行扩增,共扩增出清晰条带74条,多态性条带56条,多态性条带比率为75.7％.应用DPS软件对试验结果进行聚类分析,构建聚类分析树状图,在遗传相似系数为0.55处,将供试种质材料分为5个类群.[结论]为今后山西玉米育种与杂交亲本的选择提供理论依据.     

白芨种质资源遗传多样性的ISSR分析

近年来，由于过度采挖和自然繁殖困难，野生白芨资源正面临着灭绝的危险，因此很有必要了解白芨资源的遗传多样性现状。本文采用简单重复序列区间（issa）标记对14份小白芨（Bletilla fornwsoana）、5份白芨（B．striata）、2份黄花白芨（B.ochracea）和4份未确定种进行了遗传多样性的研究，从35个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物，共扩增出了124条DNA片段，分子量在259—2200bp，平均每条引物扩增出10．33条DNA片段，多态性比率为87．90％，采用POPGENE软件，计算了种间的Nei氏距离，并用UPGMA法构建了系统树，这25份供试材料明显聚为3大类：即小白芨、黄花白芨、白芨，与形态学的分类结果一致，其中根据4份未确定种的亲缘关系初步将其归入了不同的类群。25份白芨种质间的遗传距离为0．4483—0．7903。另外，UPGMA聚类结果表明，不同地理位置采集到的3种白芨样品种内和种间的遗传亲缘关系有明显的差异。     

利用ISSR分子标记分析香蕉品种的遗传多样性

利用ISSR分子标记技术对威廉斯B6及其选育亲本等国内外32个香蕉品种(系)的遗传多态性进行分析。从98对通用ISSR引物中筛选出7对多态性引物,共扩增出64条DNA带,其中51条为多态性带,多态性比例为79.69%,平均每个引物扩增的DNA带数为9.12条。供试香蕉品种间的遗传相异系数范围为0.0345～0.7500,平均相对遗传相异系数为0.03051。聚类分析结果表明,所有供试的32个香蕉品种(系)可分为四个类群,其中巴引103、野酸蕉和花蕉(观赏)分别为一类,其余29个品种(系)聚为一类。     

利用ISSR标记分析青麻种质资源遗传多样性

【目的】利用分子标记分析来自中国11个省（市）的48份青麻种质资源的遗传多样性,为青麻资源利用和育种提供分子生物学依据。【方法】利用内部简单重复序列多态性（ISSR）分子标记检测青麻种质资源的遗传多样性。【结果】在48份青麻种质资源中,9条ISSR引物扩增出82条带,多态条带比率（PPB）为88.89%,扩增产物片段大小在0.1～3.0 kb。基于UPGMA聚类,将青麻分为3大类。【结论】中国青麻的遗传多样性水平较高,实验结果支持青麻起源于中国。     

马尾松种质资源遗传多样性的ISSR分析

以35份马尾松种质资源为材料,研究马尾松嫩梢基因组DNA提取的最适方法;建立并优化马尾松ISSR反应体系;采用ISSR标记,结合聚类分析,对我国马尾松种质资源的遗传多样性进行了研究。结果表明:16条引物共扩增出153个条带,多态位点136个,每个引物检测到的条带数介于6~14之间;根据35份马尾松各资源的遗传系数进行聚类,可将35份资源划分为4个大类,即福建邵武、浙江仙居、江西德兴、福建连城各为1类,其余31份资源为1大类。     

烟草种质资源遗传多样性与亲缘关系的ISSR聚类分析

 【目的】深化烟草种质资源遗传多样性研究,为种质利用改良烟草提供科学依据。【方法】应用ISSR分子标记方法,以烟草属6个种共96份有代表性的种质为材料,进行遗传多样性与亲缘关系分析。【结果】（1）从90个ISSR引物中筛选出18个多态性引物对全部实验材料进行PCR扩增,共获得314条稳定的条带,其中多态性条带299条（占95.2%）。（2）应用Nei-Li相似系数法估算了96份材料间的遗传相似系数（GS）,其GS在0.28～0.97之间,遗传多样性丰富。其中普通烟草栽培品种间的GS在0.62～0.98之间,平均为0.78,品种间的遗传基础相对狭窄,普通烟草栽培种与野生种及黄花烟的GS在0.28～0.58之间,平均为0.42,种间遗传差异较大;（3）对91份普通烟草栽培品种的分子系统聚类分析表明：地理来源相同的部分品种有相对聚合现象或少部分国内外品种和类型出现交叉聚类,与其亲缘关系较近有关;个别品种自行一类,与其特异的遗传基础差异较大有关。【结论】ISSR是一种较有效、稳定和可靠的分子标记,本研究可为烟草育种的亲本利用及开展烟草遗传连锁图的构建和核心种质指纹图谱的绘制提供重要的科学依据。     

烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

利用ISSR标记分析36份番石榴种质资源的亲缘关系

采用ISSR分子标记技术对36份番石榴种质资源的亲缘关系进行分析,PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后,通过非加权配对算术平均法(UPGMA)进行数据分析,建立种质资源间的亲缘关系;从100条ISSR引物中筛选出9条多态性较丰富且稳定的引物,共扩增出165条带,其中多态性条带129条,多态性百分率为78.18%;扩增结果可将36份种质资源较好地区分开,各种质间遗传相似系数为0.70~0.93,平均遗传相似系数为0.815;在遗传相似系数0.75处,可将36份种质资源分成4组,与形态分类结果大致相符合。结果表明所收集的番石榴种质资源遗传基础较狭窄,但ISSR分子标记技术能较好地鉴别这些种质资源。     

19份苜蓿种质遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对19份国内外苜蓿种质的遗传多样性进行检测分析。12对ISSR引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增位点71个,其中多态性位点69个,多态性位点百分率为96.25%。引物的有效等位基因数、Nei′s基因多样性指数、Shannon′s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.50、0.30、0.46和0.33。供试苜蓿材料的遗传相似系数介于0.296~0.887,平均为0.617,表明被研究苜蓿材料遗传异质性较好。聚类分析结果显示,供试材料在遗传相似系数0.522处可被划分为两大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到17个,占到所有供试苜蓿种质总数的89.47%,第2类群包含的苜蓿种质数只有2个。主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

海巴戟ISSR遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对202份海巴戟种质材料进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：13条ISSR引物共扩增出65个位点,每个引物平均扩增出5个位点,其中多态性位点63个,占总数的9692%。在相似系数为063时,202份海巴戟种质分为5个类,表现出一定的地域分布规律。检测到有效等位基因数 Ne=16042,基因多样性 H=03488 ,Shannon′s信息指数 I=05206,说明202份海巴戟种质间存在着较高的遗传多样性。     

应用SSR和ISSR标记分析非AA型野生稻资源的遗传多样性

利用SSR、ISSR标记分析了24份非AA型野生稻及4份AA型对照的遗传多样性。结果表明,11对SSR引物共检测到104个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段9.5个。非AA型野生稻的特异性片段74个,占总片段数的71.2%;8个ISSR引物共检测到166个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段20.8个。非AA型野生稻的特异性片段113个,占总片段数的68.7%。两种标记构建的亲缘关系树基本相似。非AA型野生稻遗传多样性丰富,且具有很多独特的性状,可以为水稻育种提供丰富的种质资源。     

木薯种质资源遗传多态性ISSR分子标记的研究

[目的]研究广西壮族自治区亚热带作物研究所保存的39份木薯种质资源遗传多样性。[方法]筛选出对木薯具有较好多态性和效果的ISSR引物,应用筛选出的引物对39份木薯种质资源进行PCR扩增,并对扩增条带进行统计和分析。同时根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。[结果]筛选出10个ISSR引物,每个引物检测等位基因3～9个,平均为7个,获得70个扩增带形,扩增产物的片段大小范围在150～2 000 bp之间;聚类分析得到,在遗传相似系数0.67上将39个木薯品系分为2个类群,同时聚类分析结果表明,木薯之间的遗传距离基础非常狭窄,遗传相似系数大多在0.80～1.00之间。[结论]为我国优质木薯的育种奠定基础。     

新疆籽用西瓜ISSR反应体系的建立及其遗传多样性研究

【目的】研究籽用西瓜遗传多样性,对籽用西瓜品种进行遗传多样性和聚类分析,为杂种选育提供一定的理论依据。【方法】以60份籽用西瓜种质资源为材料,对ISSR引物UBC801~UBC900进行筛选。【结果】筛选出多态性较好的ISSR引物10条。利用10条ISSR引物扩增60份籽用西瓜种质资源,共获得44个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~7个,平均等位变异数4.4个。其中多态性条带为24条,10条ISSR引物的多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.042 3~0.674 0,平均为0.358 2,遗传相似系数的变异范围为0.318~0.992,平均为0.779。利用UPGMA法进行聚类分析,新疆籽用西瓜分为6大组,第一组为材料47(40036),第二组为材料8(新籽瓜8号),第三组为材料10(红秀2号)、11(普通红大片)、12(新籽瓜4号)、13(紫荆红)、14(40002)、15(40004)、16(40008),第四组为材料7(新籽瓜1号),第五组为材料52(40045),其余的都归类为第六组。【结论】ISSR对籽用西瓜种质资源遗传多样性和亲缘关系确定相比其他分子标记更有优势,更为全面的基因组DNA信息,品种间较丰富的遗传多样性信息。利用ISSR标记分析60份籽用西瓜遗传多样性,参试材料来源、籽色、大小不同,亲缘关系差异较大,新疆籽用西瓜种质资源遗传多样性丰富。     

Genetic Diversity of Cultivated Chinese Chive Germplasm by ISSR and RAPD Markers

利用RAPD(RandomAnaplifiedPolymorphicDNA)和ISSR(Inter-simpleSequenceRepeat)两种分子标记技术对20份韭菜栽培品种进行了遗传多样性研究。结果表明,筛选后选用的12个ISSR引物和15个RAPD引物分析分别产生了258和101条扩增产物带,其中多态性条带(即20个韭菜品种中一个或多个但不是全部具有的带)分别为132和40条,分别占总数的51.2%和39.6%。,也就是说12个ISSR引物和15个SSR引物对韭菜不同品种的扩增可分别产生51.2%和39.6%的多态性带。根据两种标记的结果,利用NTSYS软件计算Nei氏遗传距离,然后以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法进行聚类分析,发现供试材料之间具有较低的遗传多样性。其品种间遗传距离分别只有0.02-0.2和0.04-0.13,且大部分品种并没有按来源省份聚在一起。鉴于此,又对两种标记的多样性分析结果利用Mantel(1968)检验进行相关性检测,发现两种结果存在较低的相关性:r=0.47174,P<0.05。     

用ISSR标记构建烟草核心种质的指纹图谱

利用ISSR分子标记对23份烟草核心种质进行分析。从39个ISSR引物中筛选出8个多态性强的引物,构建了23份烟草种质的ISSR指纹图谱,共扩增出113个多态性谱带,多态性比率为100%。Va116、NC82、NC27NF、G140等15个烟草核心种质有特异分子标记,用1个该特异引物就能将它们与其他核心种质相区分。从8个引物中选择3~4个扩增谱带加以组合,就能完全区分23份烟草核心种质。结果表明,ISSR分子标记构建烟草种质指纹图谱是很有效的。