舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析

克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cyt b基因1 141 bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cyt b基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0.096 7~0.227 5之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0.096 7,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0.227 5;序列变异的转换/颠换比值在2.293 0~7.358 7之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

应用细胞色素b序列对鲷科鱼类进行种类鉴定的可行性研究

从NCBI分子生物学数据库下载鲷科鱼类10属12种共24条Cytb序列,通过序列比对最终获得1070bp的共有序列。其中,共检测到675个单态位点,393个变异位点,2个未知位点,没有检测到插入缺失。每个种具有的种特征性位点数为4到24个不等,平均约为12.42个。种间遗传距离分布范围为0.105±0.010(SE)到0.220±0.017(SE),均值为0.180±0.0231(SD),而种内遗传距离要小于或等于0.018±0.004(SE),均值为0.007±0.006(SD),因此,种间遗传距离要远远大于种内遗传距离。系统发育分析发现,来源于同一种内的2条序列都被聚为一个类群。以上分析显示不同鲷科种类能够通过Cytb序列较好的进行区分,据此提出,当2个鲷科鱼类个体基于以上Cytb序列计算得到的遗传距离如小于0.018时可以初步判断属于同一种,大于0.105则为不同种。研究为鲷科鱼类的分子种类鉴定提供了部分基础资料。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系

鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析

通过测定盘丽鱼属鱼类绿盘丽鱼(S.aequifasciataaequifasciata)、褐盘丽鱼(S.aequifasciataaxelrodi)和盘丽鱼(S.discus)线粒体DNA细胞色素b(mtDNAcytb)基因全序列,结合对GenBank中蓝盘丽鱼(S.aequifasciataharaldi)该序列的比较分析,共检测到23个变异位点,占全序列的2.02%,其中22个为转换,1个为颠换,碱基替换多发生在密码子的第三位点。盘丽鱼与其它3种盘丽鱼属鱼类的遗传距离在0.005～0.01之间,而绿盘丽鱼、褐盘丽鱼和蓝盘丽鱼彼此间的遗传距离在0.012～0.014之间,由此推测盘丽鱼似还没有分化到种的水平;本文还在绿盘丽鱼、褐盘丽鱼、蓝盘丽鱼和盘丽鱼4种盘丽鱼属鱼类的cytb基因比较分析的基础上构建了系统进化树。     

暗纹东方鲀线粒体细胞色素b及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方纯（Takifugu fasciatus）肝脏的线粒体DNA为模板，按照红鳍东方豚（Takifugu rubripes）线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，克隆并测定线粒体细胞色素b（Cyt b）及其侧翼tRNA基因的全序列，结果显示，克隆的暗纹东方纯Cyt b基因（1137bp）及其5’端上游的tRNA^Glu基因和3’端下游的tRNA^Thr基因序列共1327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方纯与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析，显示暗纹东方纯与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性，与同属红鳍东方纯的同源性最高，为96．1％；与同目不同科的矛尾翻车纯（Masturus lanceolatus）和翻车纯（Mola mola）的同源性分别为74．1％和74．8％。tRNA^Glu基因由69个碱基组成，tRNA^Thr基因由72个碱基组成，与红鳍东方纯相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率高，稳定性好。根据暗纹东方纯与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较，结果与传统的分类地位基本吻合。     

二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析

利用PCR技术克隆了二长棘犁齿鲷(Parargyrops edita Tanaka)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,该基因的全长为1140bp,并将该基因与GenBank中犁齿鲷、金头赤鲷、真赤鲷、四长棘鲷、黄牙鲷、平鲷、黑棘鲷和灰鳍棘鲷的Cytb序列进行了比较,共检测到407个核苷酸变异位点,占总序列的35.7%。同时结果也显示,二长棘犁齿鲷与犁齿鲷亲缘关系最近,序列差异仅为1.5%,与传统分类一致,它们应同属于犁齿鲷属;与金头赤鲷和真赤鲷的遗传差异分别为8.3%和8.4%,也处于种间的分化水平,且以较高的置信度(100%)在分子系统发育树上聚为一支,是否应该将它们归为一个属还有待于深入研究。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％）,A＋T〉C＋G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33．4％,G的使用率较低,为17．1％;密码子第3位A的使用率高,为34．2％,而G的使用率较低,仅为7．9％;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11．％,远高于其他氨基酸。     

胭脂鱼细胞色素b基因序列测定及亚口鱼科系统进化分析

为了解胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)的遗传变异及亚口鱼(Catostomidae fish)的分子系统学,测定了3尾胭脂鱼的细胞色素b基因序列,并结合GenBank上5条亚口鱼科鱼类的相应序列一并分析。结果如下:1)共获得3尾胭脂鱼的细胞色素b基因1144 bp的一致序列,三条序列完全相同,无变异位点。2)构建的系统发育树显示,颈棱亚口鱼属(Xyrauchen texanus)和吸口鱼属(Moxostoma robustum)构成1支,胭脂鱼属(M yxocyprinus)、长背亚口鱼属(Cycleptus elongatus)和牛胭脂鱼属(Ictiobus)构成另1分支。3)自然选择检验显示,该基因在进化过程中主要受到负选择的作用。4)胭脂鱼属和牛胭脂鱼属的分歧时间最短(大约3.725百万年),颈棱亚口鱼属和长背亚口鱼属的分歧时间最长(大约5.375百万年)。     

九种鲱科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因相对速率测试及分歧时间估计

对鲱科9种鱼类的线粒体细胞色素b(cytb)基因序列进行综合分析。结果表明:(1)用Ne ighbour-Join ing(NJ)法构建的分子系统树显示盖纹沙丁鱼属的3种鱼类形成一个单系类群,鲱属2种鱼类形成一个单系类群,它们的bootstrap支持率均为100%。金色小沙丁鱼和短体小沙丁鱼形成一个单系类群,在NJ树中的支持率达到或超过50%。欧洲黍鲱与太平洋鲱和大西洋鲱是单系起源,其bootstrap支持率高达100%。系统发育结果还支持沙丁鱼属鱼类与盖纹沙丁鱼属鱼类是单系类群,支持率分别为87%和95%。但单系类群I(包括大西洋鲱、太平洋鲱、欧洲黍鲱)和单系类群Ⅱ(包括欧洲沙丁鱼、加州沙丁鱼、南美拟沙丁鱼、斑点盖纹沙丁鱼)之间的系统发育关系尚不明确,因为它们之间的支持率很低。(2)dN/dS的比值显著的小于1(Z-test),提示由于功能限制,cytb基因受到强烈的负选择作用。(3)基于Tajim a的1D和2D相对速率测试表明,分子钟假说在鲱科鱼类中是成立的;鲱科鱼类的分歧时间是0.12至13.45百万年间。     

养殖褐牙鲆细胞色素b基因序列的初步研究

对养殖褐牙鲆(Paralichthys olivacews)的线粒体DNACytb基因的部分序列进行测定，测得的目的DNA片段的长度为410bp，其A(104bp)、T(119bp)、C(117bp)、G(70bp)4种碱基平均含量分别为25．4％、29．0％、28．5％、17．1％。在28个褐牙鲆个体中共出现了3种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1种和第3种单倍型个体数分别为10尾(占白化褐牙鲆样本数的如90．91％)和1尾(9．09％)；6尾黑化褐牙鲆均出现第1种单倍型(100％)；正常褐牙鲆出现的3种单倍型尾数分别为7尾(占正常褐牙鲆样本数的55．56％)、2尾(22．22％)和2尾(22．22％)；测得的序列与既知序列间在第6bp、第19bp和第402bp碱基处出现差异。由于褐牙鲆Cytb基因的高度同源性，研究其白化、黑化和正常状态时出现的序列差异，对于寻找褐牙鲆白化机理研究的分子标记意义重大。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

中国鲷科鱼类分类和系统发育研究进展

鲷科(Sparidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes),鲈形目(Perciformes),鲈亚目(Percoidei).目前已报道世界有34属133种,广泛分布于大西洋、印度洋和太平洋的温带至热带水域,在世界海洋渔业中占有重要地位.虽然此类群系统学研究已有250多年历史,但是在亚科、属、种(亚种)等不同分类阶元上仍然存在颇多争议和疑问,有必要对其进行深人研究.本文总结了近百年来有关鲷科鱼类的分类和系统发育研究的文献资料,厘定了中国鲷科鱼类的有效物种和种名,修订了过去文献中出现的主要同物异名和错误的命名种,初步确认中国鲷科鱼类现有7属18种(或亚种);在探讨鲷科鱼类分类地位的基础上,指出了当前中国鲷科鱼类系统分类研究中存在的问题,展望了今后研究的方向,旨在为深入研究M科鱼类以合理保护和利用其资源提供参考依据.