鸭巴泰病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立鸭巴泰病毒(Batai virus,BATV)SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测方法,研究根据鸭BATV非结构蛋白(NSs)基因特征,设计引物,经条件优化后建立检测BATV感染的qRT-PCR方法。用建立的qRT-PCR方法对临床72份疑似BATV感染的病料进行检测,并对阳性样品进行病毒分离,评价两种方法的符合率。结果表明,当病毒NS基因含量为3.59×10~2~3.59×10~7拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.9994,扩增效率为98%。最低检测限为3.59×10~2拷贝/μL;扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(81.60±0.16)℃,对鸭源常见病毒(如鸭甲肝病毒、禽坦布苏病毒、禽Ⅰ型副黏病毒、H9N2亚型禽流感病毒、新型鸭呼肠孤病毒和番鸭呼肠孤病毒)检测均为阴性,组内变异系数和组间变异系数分别为0.49%~1.99%和0.58%~2.18%。临床送检的72份病料SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的阳性率为4.17%(3/72),并分离到2株鸭源BATV,2种方法的阳性符合率为66.67%(2/3)。建立的基于SYBRⅠ检测BATV的qRT-PCR方法、特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于BATV的分子流行病学研究。     

鸭出血性卵巢炎的初步研究

2010年6月以来,我国部分地区所饲养的种鸭和蛋鸭发生一种疾病,以突发产蛋急剧下降为特点,根据病变,暂将该病称为鸭出血性卵巢炎(duck hemorrhagic ovaritis,DHO)。从不同地区的发病鸭群采集34份样品,取15份样品进行病毒分离,获得10个鸡胚分离物和5个鸭胚分离物。RT-PCR检测结果表明,15个分离物均为禽流感阴性,14个分离物为新城疫阴性。选分离株YY5株进行了电镜观察和PCR排查,结果表明,该毒株的毒粒直径为40~50 nm,呈鸭瘟病毒、水禽细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭甲肝病毒、鸭星状病毒、鸭圆环病毒、鸭冠状病毒、鸡传染性支气管炎病毒PCR阴性,但为黄病毒RT-PCR阳性。基于黄病毒NS1序列合成引物,用RT-PCR检测15株病毒分离物和其余19份临床样品,黄病毒阳性率为82.4%。用YY5株的221-nt NS1序列进行分析的结果显示,YY5株与黄病毒科黄病毒属恩塔亚病毒群(Ntaya virus group)的巴格扎病毒(Bagaza virus)具有相近的遗传进化关系,但遗传距离介于病毒种的水平。用一株鸭胚分离株感染91日龄临近开产的麻鸭和232日龄的产蛋麻鸭,可复制出卵泡膜出血的病变。结果表明,从DHO自然病例分离到一种新的黄病毒,暂称为鸭黄病毒(duck flavivirus,DFV),DFV可能与DHO有关。     

一种从鸭新分离的黄病毒研究初报

从以产蛋下降为主的樱桃谷种鸭以及出现神经症状的雏鸭各分离出1株病毒,分别命名为BZ株和LC株.该2株病毒对SPF鸡胚和健康鸭胚均能产生相同的病变,分离病毒不能凝集鸡、鸭、鹅、鸽等的红细胞,在鸭胚成纤维细胞(DEF)能够产生典型的细胞病变(CPE),电镜下观察到约50 nm的病毒粒子.病理组织学研究表明,二者在临床上均可导致脑组织危害,表现为脑膜水肿、血管充血和皮质层神经胶质细胞增生等.血清学检测表明,分离病毒与禽流感病毒(AIV)、鸭瘟病毒(DEV)、新城疫病毒(NDV)等病原无交叉.生物学特性鉴定该病原为有囊膜单股RNA病毒.利用不同禽病的特异性引物分别进行PCR或RT-PCR,均未扩增出特异条带.设计随机引物进行RT-PCR,扩增出基因片段,利用GenBank进行Blast同源比较,结果发现,分离病毒与以色列火鸡脑膜脑炎病毒(Israelturkey meningo-encephlitis virus,TMEV)和在马来西亚发现的Tembumu病毒至少在2段基因上具有较高的同源性,属于黄病毒属.测序表明,分离病毒与Tembumu病毒的非结构蛋白(NS5基因)和囊膜蛋白(E基因)的核苷酸同源性为86.7%～90.2%和87.0%～91.8%,与TMEV的NS5基因和E基因的同源性为72.4%～73.2%和72.7%～72.8%.2分离株之间E基因和NS5基因的核苷酸同源性均为99.5%.血清中和试验表明,BZ株阳性血清可以中和LC病毒,因此证实二者可能是同一种病毒.综合以上研究,建议将该病命名为"鸭病毒性脑炎"(Duck viral encephalitis disease).     

鸭坦布苏病毒病RT-P CR检测方法的建立

鸭坦布苏病毒病是近年来新发的危害养鸭业较严重的传染病之一.自2019年疑似病例在云南发生以来,给云南养鸭业造成严重损失.针对鸭坦布苏病毒(DTMUV)保守的非结构蛋白NS5基因序列,设计1对引物,建立DTMUV的RT-PCR检测方法.该方法特异性地扩增出718 bp,检测的敏感度为3.24 pg/μL;对鸭肝炎病毒、新...     

SYBR Green Ⅰ定量RT-PCR快速检测H5亚型禽流感病毒方法的建立

针对H5亚型禽流感H基因保守序列设计引物,建立基于SYBR Green Ⅰ检测模式的荧光定量RT-PCR(real-time ILT-PCR,RtLT-PCR),最低检测限为2.1x102拷贝质粒DNA,扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm=(79.5±0.3)℃,对H5N1亚型和H5N2亚型禽流感病毒灭活抗原均有阳性扩增,对H7、H9亚型禽流感病毒、健康鸡、鸭组织及其它家禽常见病原11NAJL扩增,可重复性好,批内变异系数及批间变异系数分别为2.99%和5.12%;检测速度快,从样本处理到报告结果仅需5 h.     

新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法.     

对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法的建立与应用

建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测对虾的Taura综合症病毒(Taura syndrome virus,TSV).选取TSV基因组的保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针,扩增产物长度为73 bp.以含有TSV目的扩增片段的质粒为标准品,进行实时定量RT-PCR反应,结果表明质粒DNA在6～6×106个拷贝,共7个数量级的范围内有"S"型扩增曲线.根据病毒拷贝数与Ct值制备了标准曲线,可以用于病毒的定量分析.该方法的检测灵敏度为6个病毒粒子.该方法的重现性好,组内的实验变异系数为0.04%～2.70%,组间实验变异系数为0.92%～4.67%.引物和探针对于对虾基因组RNA、黄头病毒RNA都没有扩增反应,表现出良好的特异性.实时定量RT-PCR检测TSV方法的建立,对于虾病的临床诊断及流行病学研究具有重要意义.     

鸭坦布苏病毒荧光定量RT-PCR方法的建立及应用

为建立鸭坦布苏病毒（duck tembusu virus,DTMUV）荧光定量RT-PCR（qRT-PCR）检测方法,对DTMUV的NS5基因设计特异性引物和MGB探针,使用RT-PCR扩增NS5基因并将其连接到pEASY?-T1载体上构建重组质粒,提取阳性重组质粒作为qRT-PCR阳性模板绘制标准曲线,用SYBR Green I法检测MGB探针法qRT-PCR的引物是否有非特异性扩增,并进行特异性、敏感性、重复性试验和临床样品检测。结果显示：MGB探针法qRT-PCR标准曲线的相关系数为0.999 3,其引物没有非特异性扩增;对于其他阳性样本,如鸭肝炎病毒（DHV）、新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV）等抗原无扩增曲线,只能检出DTMUV;qRT-PCR敏感性可达3×102 copies/μL,是普通RT-PCR的10 000倍;批内和批间重复性试验变异系数（CV）为0.08%~0.49%,均小于0.5%。从云南省不同地区采集20份临床出现产蛋下降症状的病鸭组织,应用试验建立的qRT-PCR方法检出12份阳性样品,而普通RT-PCR检出10份,两者的阳性率分别为60%（12/20）和50%（10/20）。结果表明,本试验成功建立了基于DTMUV NS5基因的MGB探针qRT-PCR检测方法,其标准曲线线性关系显著,特异性强,与其他禽源性病原无交叉反应性,敏感性和重复性良好,敏感性和阳性检出率较普通RT-PCR高,更适合于DTMUV感染的临床诊断和流行病学调查。     

鸭黄病毒SDbz株的分离与初步鉴定

鸭黄病毒病为近年来新发的鸭病,给养鸭业带来了极大的经济损失。为了深入研究本病的防制,本试验对鸭黄病毒(duck flavivirus,DFV)进行了分离鉴定。取疑似感染DFV的病鸭病料,经细菌分离初步排除细菌感染后,应用RT-PCR检测呈现DFV阳性,处理后将其接种到鸭胚成纤维细胞(DEF)和健康鸭胚上进行病毒分离传代。结果显示,在DEF细胞上第1代48 h就开始出现CPE,随着时间的延长CPE更加明显,通常在72~96 h产生典型CPE;接种鸭胚每一代均出现死亡,且死亡时间多集中于接种后60~72 h,死亡鸭胚胚体水肿、出血、发育不良、胚肝严重出血、肿胀或斑驳样坏死等病变。将病毒DEF细胞和鸭胚分离物应用血凝试验、毒价测定、病毒中和试验、RT-PCR及人工感染试验进行检测鉴定,证明所分离到的病毒为DFV,并将其命名为DFV SDbz株。     

鸭黄病毒病的临床病理学观察及病原学检测

本试验通过病理解剖、组织学检查、电镜观察及RT-PCR等方法对一起鸭产蛋下降性疾病进行初步研究。解剖病鸭发现,脾脏肿大,卵泡膜出血、变性;组织学检查结果表明,病鸭肝细胞呈现严重的脂肪变性,脾脏淋巴细胞数量减少;病料细菌分离结果为阴性;黄病毒RT-PCR检测阳性;电镜下可观察到直径为40～60 nm的病毒粒子;参照黄病毒属NS5基因设计合成引物,扩增得到360 bp的目的片段;遗传进化分析表明:该核酸序列与黄病毒科黄病毒属恩塔亚病毒群(Ntaya virus group)的巴格扎病毒(Bagaza virus)的NS5核酸序列同源性最高。     

H6亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究旨在建立一种快速、特异、敏感的H6亚型禽流感病毒(AIV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。针对H6亚型AIV的血凝素(HA)基因序列保守区设计1对引物,并优化反应条件。结果表明,该方法的最低检测限为1.07×101拷贝质粒DNA,与常规PCR相比,灵敏度高出1 000倍;扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(80.81±0.08)℃,组内变异系数为0.08%～0.99%,组间变异系数为1.85%,可重复性好;对H1、H3、H5、H7、H9亚型禽流感病毒及新城疫病毒等其他呼吸道病原体无扩增;检测快速,从样本处理到报告结果仅需3.5 h。     

鼠肺炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据鼠肺炎病毒NS2基因保守区设计一对特异性引物,建立了一种快速、灵敏、特异的PVM检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行了评价。结果显示,标准品浓度在1.0×10~1～1.0×10~7copy/μL之间时,其浓度的对数值与荧光定量RT-PCR实验中的Ct值之间有良好的线性相关性(相关系数R~2=0.9988),且该标准品检出限为1.0×10~2copy/μL。该方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒、古典猪瘟病毒、牛病毒性腹泻粘膜病病毒、禽流感病毒均无扩增反应,引物具有良好的特异性。同时,该方法实验间的变异系数为0.51%～1.56%,均小于2%,表明该方法扩增稳定性高、重复性强。结果表明:该研究新建的PVM实时荧光定量RT-PCR检测方法有着特异性好、灵敏度高、重复性强的优点,可用于PVM的监测以及流行病学研究。     

新型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中已发表的1型鸭病毒性肝炎(duck hepatitis virus type 1,DHV-1)和新型鸭病毒性肝炎(new type duck hepatitis virus,N-DHV)全基因序列,在非同源区域设计一对新型鸭病毒性肝炎特异性引物P1/P2,对鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鹅细小病毒细胞毒、流感病毒等鸭常见病病原进行RT-PCR扩增.结果表明引物特异性良好,引物P1/P2仅能特异性扩增出N-DHV的638bp基因片段;敏感性试验结果表明:N-DHV RNA最低检出量为21 pg.同时对临床样品的检测中发现DHV-1和N-DHV存在混合感染的情况.该方法的建立为鸭病毒性肝炎病毒尤其是新型鸭病毒性肝炎病毒的鉴定及快速诊断提供了可靠的依据.     

TaqMan实时荧光RT-PCR快速检测H5亚型禽流感病毒

根据GenBank中100个H5亚型禽流感病毒分离株的HA基因核苷酸保守序列设计引物和TaqMan探针,对荧光定量RT-PCR反应体系和条件进行优化,并对该方法进行评价.结果表明:该方法对H5N1亚型和H5N2亚型禽流感病毒灭活抗原均有阳性扩增,对H7、H9亚型禽流感病毒、健康鸡、鸭组织及其他家禽常见病原RNA无扩增;敏感度高,最低检测限为21个拷贝质粒DNA;可重复性好,批内变异系数及批间变异系数分别为2.01%和4.93%;检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4 h.     

TaqMan实时荧光RT-PCR快速检测H5亚型禽流感病毒

根据GenBank中100个H5亚型禽流感病毒分离株的HA基因核苷酸保守序列设计引物和TaqMan探针,对荧光定量RT-PCR反应体系和条件进行优化,并对该方法进行评价.结果表明:该方法对H5N1亚型和H5N2亚型禽流感病毒灭活抗原均有阳性扩增,对H7、H9亚型禽流感病毒、健康鸡、鸭组织及其他家禽常见病原RNA无扩增;敏感度高,最低检测限为21个拷贝质粒DNA;可重复性好,批内变异系数及批间变异系数分别为2.01%和4.93%;检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4 h.     

SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测犬瘟热病毒方法的建立及应用

根据GenBank发表的犬瘟热病毒(CDV)核衣壳蛋白(NP)基因序列,设计合成一对引物,建立了基于SYBR Green Ⅰ Real-time RT-PCR检测CDV核酸.以含有83 bp扩增产物的pGM-T载体质粒为参考,构建了标准曲线.对该方法的特异性、敏感性、可重复性进行了评价,与常规RT-PCR及胶体金免疫检测技术(GIA)进行了敏感性比较.结果表明,该方法能特异性检测到CDV的扩增信号;检测范围在5.2×102～5.2×108拷贝之间有良好的线性关系,相关系数为0.999,扩增效率为96.80%;敏感度高,最低检测限为52拷贝,比常规RT-PCR高103倍,比GIA高105倍;组内变异系数为0.51%～1.90%,组间变异系数为1.96%～2.63%.用建立的Real-time RT-PCR检测11例临床病例.CDV阳性率为100%.对犬瘟热弱毒活疫苗中的CDV进行定量,其含量在1.24 X105～4.88 X 105拷贝/头份之间.该方法的建立为CDV的早期快速诊断、分子流行病学调查及疫苗质量监测等提供了一种新的快速定量检测手段.     

Ⅰ型鸭肝炎病毒PCR-DHPLC检测方法的建立

用RT-PCR结合变性高效液相色谱技术(DHPLC),建立Ⅰ型鸭肝炎病毒的快速检测方法.根据获得的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV I)RNA聚合酶基因序列,应用Primer Premier5.0软件设计了1对引物,RT-PCR扩增产物经变性高效液相色谱进行快速检测.以正常鸭胚尿囊液、正常鸭肝组织、鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、鹅细小...     

新型鸭病毒性肝炎病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上登录的新型鸭病毒性肝炎病毒(N-DHV)基因组序列,设计合成内外2对引物,优化PCR反应条件,建立了检测新型鸭肝炎病毒的巢式RT-PCR方法.结果显示,该方法对Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(DHV-Ⅰ)、新城疫病毒(ND)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、鸭病毒性肠炎病毒(DEV)、鸭细小病毒(DPV)的扩增结果均为阴性;该方法第1次扩增的敏感性是10 pg,第2次扩增的敏感性是0.1 pg,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍.结果表明,建立的巢式RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等优点,可以准确快速检测出极低含量的N-DHV,解决了新型鸭肝炎病毒不易在组织病料中检出困难的难题,为新型鸭病毒性肝炎的快速诊断、净化及深入研究奠定了基础.