番鸭IFN-α mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中鸭IFN-α基因(GenBank登录号:JF894229)序列设计并合成引物,并以鸭β-actin基因(GenBank登录号:GU564232)为内参,采用SYBR Green I染料法,建立检测鸭IFN-αmRNA的实时荧光定量Real-time PCR方法(RT-PCR)。将IFN-α和β-actin基因分别克隆至pMD18-T载体上,鉴定出阳性重组质粒为标准品(p-IFN-α和p-β-actin),分别建立番鸭IFN-α和β-actin实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,Ct值在13.27~27.54与11.86~25.32范围内呈现良好的线性关系,相关系数均大于0.99(r>0.99),扩增产物的熔解曲线分析均各自只出现1个特异性单峰,无引物二聚体,Tm值分别为(93.6±0.26)℃和(85.3±0.15)℃,最低检测限分别为9.37×102copies/μL和3.71×101copies/μL,检测周期从样品的处理到荧光定量PCR结束仅需4 h左右。本研究建立的鸭IFN-α基因实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性强、检测周期短,为番鸭IFN-αmRNA的定量分析奠定了基础。     

山羊地方性鼻内肿瘤病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立山羊地方性鼻内肿瘤病毒(Enzootic nasal tumor virus of goats,ENTV-2)快速检测方法,根据ENTV-2 env基因保守区域设计引物和TaqMan探针,通过优化反应条件,建立TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、重复性与临床检测效果进行验证。结果显示,该方法建立的标准曲线在重组质粒浓度为1.019×10⁹—1.019×10²copies/μL时,相关系数R²为0.998,Ct值和重组质粒浓度有良好的线性关系;与相关的其他5种羊常见病原无交叉反应,最低检测限度为10.19 copies/μL,组间和组内的变异系数均在1.5%内。利用本研究建立的方法与常规RT-PCR对20份临床样品进行对比检测,两种方法的ENTV-2阳性检出率分别为60%(12/20)和30%(6/20),两种方法的总符合率为70%(14/20)。结果表明,本研究建立的方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为ENTV-2的诊断和流行病学调查提供技术手段。     

实时荧光定量RT-PCR检测鹿源致病性大肠杆菌aphA基因mRNA表达水平

从临床分离的20株鹿源耐氨基糖苷类药物大肠杆菌中选取2株高度耐药菌,4株中度耐药菌和1株低度耐药菌,利用实时荧光定量RT-PCR方法检测编码磷酸转移酶aphA基因mRNA的表达水平。结果表明,2株高度耐药株Ct值（Cycle threshold,即反应管内荧光信号到达设定域值时所经历的循环数）最小,平均为23.40,但这2株之间Ct值也存在着差异;4株中度耐药株之间差异不大,Ct值平均为27.20;而1株低度耐药株Ct值最大,为31.53。这说明不同耐药程度的7株菌在mRNA表达水平上存在差异,且aphA基因的转录、表达水平与耐药水平成正相关。     

荧光定量RT-PCR检测雏鸡感染NDV强毒后胸腺和法氏囊中TLR2与TLR4 mRNA的表达

Toll样受体2(TLR2)和Toll样受体4(TLR4)在识别病原微生物过程中发挥重要作用。为了定量检测TLR2、TLR4 mRNA表达水平,研究病原与机体的相互作用,本研究建立了检测鸡TLR2、TLR4 mRNA表达水平的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)方法,检测了新城疫病毒强毒(vNDV)感染SPF雏鸡后36h、48h时胸腺、法氏囊中TLR2、TLR4 mRNA表达量变化。结果显示该方法特异性好,RRT-PCR产物分别在85.5℃、83.3℃出现单特异峰,对TLR2、TLR4的扩增效率分别为105.91%和95.30%,相关系数分别为0.9980、0.9996,最低检测限分别为108拷贝/反应和461拷贝/反应。感染后36h vNDV显著抑制TLR2、TLR4基因在法氏囊、胸腺中的表达;感染后48h时,法氏囊、胸腺中TLR2基因的表达水平显著升高,胸腺中TLR4基因的表达显著升高,而法氏囊中TLR4基因的表达仍处于抑制状态。本研究证明TLR2和TLR4参与了鸡体对NDV的感染应答。     

鸭NOD1荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立鸭先天免疫受体核苷酸寡域1(NOD1)的荧光定量RT-PCR检测方法,依据GenBank中鸡NOD1序列设计特异性引物,克隆获得鸭NOD1序列,设计鸭NOD1、凋亡相关碱性蛋白(ARBP)荧光定量RT-PCR特异性引物,以鸭脾脏mRNA反转录后的cDNA为模板,通过构建质粒阳性标准品,建立检测鸭先天免疫受体NOD1转录水平的荧光定量RT-PCR方法。结果显示,建立的荧光定量RT-PCR方法对NOD1 mRNA的最低检测量为102拷贝,在1012~102拷贝范围内线性关系很好,R2≥0.999。该方法具有良好的特异性和重复性。应用于感染鸭疫里默氏杆菌Yb2株樱桃谷鸭脾脏中NOD1转录水平的检测,表明该方法可用于临床检测且适用性良好。     

RT-PCR技术检测绵羊卵巢内Ghrelin的表达

为了明确Ghrelin在绵羊卵巢有腔卵泡上是否存在表达,本研究利用实时定量RT-PCR技术检测了绵羊卵巢有腔卵泡内的卵母细胞、卵丘细胞和壁层颗粒细胞的Ghrelin蛋白的表达量情况。结果揭示绵羊卵巢有腔卵泡内各类型细胞Ghrelin mRNA的相对表达量大致相同。绵羊卵巢有腔卵泡内各类型细胞Ghrelin蛋白的表达及Ghrelin mRNA的表达模式,尤其是卵母细胞中的表达,揭示这一新型分子在绵羊卵巢上具有潜在的调控作用。     

禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为满足禽流感病毒高通量快速检测的需要,建立了一种能够检测各亚型禽流感病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性和灵敏度进行评估,使用该方法与农业行业标准NY/T772—2013中的禽流感病毒RT-PCR方法同时进行临床样品检测。结果显示,该方法检测耗时短、特异性好,检测下限达10-4 ng/μL,与传统的RT-PCR方法阳性符合率为100%。结果表明,本方法能实现对禽流感病毒的安全、特异、快速、灵敏、简单、高通量检测,从而弥补了现有传统检测技术的不足。     

3种猪细胞因子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立猪细胞因子SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank中3种重要的猪细胞因子即猪白细胞介素-2(interleukin-2,IL-2)、α-干扰素(interferon α,IFN-α)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor,TNF-α)的基因序列,设计特异引物扩增目的基因.将3种基因克隆至pMD18-T载体上,得到各自阳性克隆质粒,以3种阳性质粒为标准品建立标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验.结果表明,当标准品稀释度为1×10¹~1×10⁶ 拷贝/μL时,3种基因的Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数均≥0.992.熔解曲线分析表明,产物为特异性单峰且重复性较好.应用建立的方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)TJM-F92株免疫的30日龄猪外周血单核细胞(PBMC)中IL-12、IFN-α和TNF-α表达量进行检测,结果发现,免疫了PRRSV TJM-F92株的猪PBMC细胞内3种细胞因子表达量均极显著升高(P< 0.01).研究结果为IL-12、IFN-α和TNF-α的定量分析提供了技术平台.     

鸭IFN-γ mRNA实时荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立检测鸭IFN-γmRNA表达的实时荧光定量RT-PCR方法,根据GenBank中鸭IFN-γ基因序列,在保守区域设计并合成一对引物,采用SYBR Green I染料,建立检测鸭IFN-γmRNA的实时荧光定量RT-PCR方法(real-ti me RT-PCR)。试验以PCR产物为标准品,建立标准曲线,随后进行熔解曲线分析和稳定性研究。结果Ct值线性范围为12.0~33.0,相关系数为0.997;熔解曲线显示产物为单特异峰,Tm为82.5±0℃;组内变异系数(CV%)为4.26%;组间试验无显著差异(P>0.05)。建立的检测鸭IFN-γmRNA的Real-ti me RT-PCR方法具有检测范围广、扩增效率高、特异性好、重复性和稳定性良好等特点。     

狂犬病病毒荧光定量RT-PCR快速检测试剂盒的评价及应用

基于目前在我国人群和动物中流行的狂犬病病毒（RV）均属于基因Ⅰ型,在本室所建立的基因Ⅰ型RV荧光定量RT-PCR方法的基础上,组装了可以便捷使用的RV快速检测试剂盒。对4 577份临床样品的检测结果表明,该试剂盒的检测灵敏度达4.68个TCID50,与《狂犬病防治技术规范》规定的套式RT-PCR灵敏度相当,而且稳定性良好,可以冷冻保存8个月以上。所研制的荧光定量RT-PCR快速检测试剂盒具有操作简便、快速、特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点,既适合单个临床样品的确诊,又适合RV流行病学监测的大规模筛查。     

鸭黄病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

根据鸭黄病毒E蛋白基因序列设计了1对特异性引物和TaqMan探针,建立了实时荧光定量RT-PCR检测鸭黄病毒的方法.根据舍鸭黄病毒目的扩增片段的质粒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线(y=-3.39 X+43.18,r=0.973).该方法具有特异性,对鸭病毒性肝炎病毒、禽流感病毒、新城疫病毒、腺病毒、鸭瘟病毒、猪乙脑病毒的核酸都没有扩增反应.敏感性试验显示,建立的此方法最低可检出1.9个TCID50病毒核酸.该方法对5只健康雏鸭人工感染86 h后的组织器官样品(盲肠扁桃体除外)的检测结果均为阳性,与病毒分离鉴定的阳性符合率为100％.结果表明,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过3h,为鸭黄病毒病提供了一种敏感特异的定量检测方法.     

猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立和初步应用

根据GenBank公布的猪瘟病毒基因组5′非编码区基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列区作为扩增区域,设计1对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立了一个用于猪瘟病毒快速定量检测的SYBR Green Ⅰ 荧光定量RT-PCR方法。试验结果表明该方法重复性好,反应批内循环阈值差异不显著。与猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型等猪源病毒无交叉反应,具有高度的特异性,而且灵敏度高,最小检出量为2×102病毒基因组拷贝数。利用此方法对15例临床样本进行检测,其结果与兔体交叉免疫试验一致,表明此方法可作为猪瘟实验室快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具。     

荧光定量RT-PCR检测鸡CD4、CD8基因表达水平

白细胞分化抗原CD4和CD8在机体免疫应答及其信号传递过程中发挥着重要作用。本试验建立了定量检测鸡CD4和CD8 mRNA表达水平的SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR（RRT-PCR）方法,并采用该方法对26-50日龄商品鸡外周血淋巴细胞（PBL）中CD4和CD8 mRNA表达水平进行了检测。结果显示：所建立的RRT-PCR对CD4和CD8 mRNA的扩增效率分别为93%和91%;线性范围分别在10^-4-10^-9和10^-3-10^-9;相关系数分别为0.998 0和0.999 9;最低分别能检测105和120拷贝;熔解曲线分别在78.2和86.7℃附近出现1个单特异峰;组内变异系数分别在1.13%-2.15%和1.17%-3.68%,组间变异系数分别在1.16%-3.25%和1.66%-2.86%。26-50日龄鸡PBL CD4和CD8的mRNA表达水平有小幅波动,与采用流式细胞术检测结果的报道一致。本试验建立的RRT-PCR方法敏感性高、稳定性和再现性好,为检测鸡CD4、CD8基因表达水平提供了精确定量的新方法。     

猪捷申病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

参考Gen Bank中猪捷申病毒(PTV)基因序列,通过比对分析,设计引物和Taq Man探针,建立荧光定量RT-PCR检测方法。该方法的最低检测灵敏限度为12.6拷贝/μL,组内组间重复试验的变异系数均小于2%,具有较好的特异性,对猪常见病原如猪瘟病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒和伪狂犬病病毒等均没有特异性扩增。用本研究建立的荧光定量RT-PCR方法检测来自猪场的156份猪粪便,阳性检出率为38.5%,与套式RT-PCR符合率达100%,表明本试验建立的荧光定量RT-PCR方法适用于PTV的快速批量筛检,为PTV感染的流行病学调查提供了必要的技术手段。     

小鼠IL-1β、TNF-αTaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及脑心肌炎病毒感染小鼠的检测

为探讨脑心肌炎病毒(EMCV)感染后促炎细胞因子的表达水平、从分子水平深入研究EMCV的致病机制,本研究分别建立了检测小鼠IL-1β、TNF-α和管家基因β-actin的TaqMan real-time PCR检测方法.该方法标准曲线的相关系数均达到0.998以上,检出下限均达到10 copies/μL质粒标准品,组内与组间的变异系数均小于2％.应用该方法对猪源EMCV GXLC株人工感染小鼠的脑、心、脾中IL-1 β、TNF-α mRNA的转录水平进行检测,发现感染后第4d IL-1β、TNF-α mRNA的转录水平达到峰值,并且与小鼠发病死亡高峰存在明显的时间相关性.本研究所建立的TaqMan real-time PCR检测方法为小鼠促炎细胞因子的检测及定量分析提供了技术手段.     

H9亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据H9亚型禽流感病毒HA基因上的保守序列,设计合成引物,以阳性H9亚型禽流感病毒HA基因重组质粒为标准品做标准曲线,建立了荧光定量逆转录聚合酶链反应检测方法。结果表明:本试验建立的标准曲线循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.997,灵敏度约为6拷贝/μL,对新城疫病毒和其他禽病病毒无交叉反应,特异性好,重复性佳,对193份临床泄殖腔棉拭样品的检测,其结果与经典病毒分离方法符合率大于90.0%。该方法为H9亚型禽流感病毒检测提供了一种特异、敏感、快速、较便宜、高通量、生物安全性好的定量检测手段,将在禽流感病毒临床样品快速筛检、流行病学监测等方面显示良好的应用前景。     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

塞内卡病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立塞内卡病毒(SVA)荧光定量RT-PCR(FQ-PCR)检测方法,本研究根据GenBank中SVA 3D基因保守区域序列设计了一对特异性引物和一条特异性探针,以SVA cDNA为模板,经优化反应条件,建立了SVA FQ-PCR检测方法,并对其进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法对28份临床疑似SVA感染样品进行了检测,并与本实验室建立的SVA RT-PCR方法检测结果及测序结果比较分析。结果显示,该方法仅对SVA出现阳性扩增信号,对BHK-21正常细胞对照和口蹄疫病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪圆环病毒Ⅱ型、猪伪狂犬病毒等5种病原均未出现扩增,特异性较强;该方法最低检测限为10.4拷贝/μL质粒标准品,比常规RT-PCR敏感性高10倍,敏感性较高;该方法批内及批间变异系数均小于4%,重复性好。利用该方法对28份疑似SVA感染样品检测显示,检出9份阳性样品,与测序结果一致,而常规RT-PCR仅检出6份阳性样品,其敏感性高于常规RT-PCR方法,两种方法的符合率为89.3%。本研究为SVA的早期检测提供了特异、敏感、快速的方法。     

猪δ冠状病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立与初步应用

本研究旨在建立一种灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。参照GenBank中PDCoV有关基因序列,设计一对特异性引物用于扩增PDCoV M 基因。将测序正确的基因片段克隆入pMD18-T载体,构建重组质粒作为建立标准曲线的病毒模板。设计合成一对特异性引物与TaqMan探针,进行反应条件和反应体系的优化,建立快速检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并进行该方法的灵敏性、特异性与重复性验证。结果表明,该方法能有效扩增1.0×10^1 ~1.0×10^9 拷贝·μL^-1 的PDCoV标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系。该方法的检测灵敏度为1.0×10^1 拷贝·μL^-1;对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒等病原不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%,重复性良好。对2017—2018年期间收集的河南省不同猪场的100份腹泻病料进行检测,PDCoV的阳性检出率为23%(23/100),与PDCoV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的符合率为100%。人工感染PDCoV的仔猪,取攻毒后不同时间的粪便样品,应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的灵敏度远远优于常规RT-PCR。上述结果表明,本研究所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法能够灵敏、特异地检测PDCoV,可用于临床PDCoV的检测。