基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V 、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树.序列差异和同源性分析结果显示:由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100％;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7％;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9％.由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6％;R1与S1同源性最高、为98.7％.由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7％,R1与S1为99.4％.采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近.     

一株益生芽孢杆菌的分离与鉴定

[目的]为优良益生菌的开发提供理论依据。[方法]以采自中国农业科学院北京畜牧兽医研究所鸡舍附近的土壤样品为材料,采用稀释平板法对其中的菌株进行分离与纯化培养,并对分离菌株的生理生化特性和淀粉酶活性进行测定。[结果]从土壤样品中分离到一株芽孢杆菌（编号为P-31）,结合16S rDNA测序、系统发育树分析和生理生化鉴定结果,确定该菌株为巨大芽孢杆菌,其16S rDNA GeneBank登录号为GU271136;水解酶活性测定结果显示,该菌株具有产蛋白酶和淀粉酶的活性。[结论]该研究所分离的菌株P-31具有良好的益生菌开发前景。     

基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5%,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1%,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1%;由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9%,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2%;由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7%,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3%,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicidaS21序列相似度最高为99.6%,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。     

一株产抗霉菌活性物质的海洋细菌鉴定

[目的]为了研究柄海鞘体内的微生物能否产生具有抗菌功能的活性物质。[方法]从烟台海域的柄海鞘中筛选到一株细菌,命名为N2。采用透明圈法进行抑菌试验,同时进行菌落形态、常规生理生化研究和细菌鉴定系统测试。为了进一步确定菌株N2的分类学地位,测定其16S rRNA基因序列,与相关细菌种属相应序列的同源性进行比较,并构建系统发育树。[结果]菌株N2具有抑制霉菌生长的特性;菌株N2属于革兰氏阳性菌,杆状,具有鞭毛,菌落呈乳白色,菌株N2与Bacillus属细菌的特征相似;菌株N2与枯草芽孢杆菌的亲缘关系最近,相似性达99%。[结论]菌株N2可鉴定为枯草芽孢杆菌,可以将其作为潜在的海洋有益菌应用于抗肿瘤和植物病害的防治。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

一株高产脂肪酶产生菌16S rDNA的序列分析

[目的]对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础.[方法]对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLΠ-4)进行培养,提取其基因组DNA.设计16S rDNA通用引物,扩增16S rDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序.[结果]提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16S rDNA基因片段,长度为1528 bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16S rDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌.[结论]初步将高产脂肪酶细菌JTΠ-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌.     

1株苯酚高效降解菌的筛选与鉴定

从某焦化厂排水沟采集污泥,通过以苯酚为唯一碳源的培养基逐步驯化,获得耐酚能力高达2 200 mg/L的菌株JDM-2-2.利用形态观察、生理生化检测、16S rDNA序列分析将其初步鉴定为炭疽芽孢杆菌.菌株JDM-2-2在30℃和pH值7.0条件下,42 h内能将800 mg/L的苯酚彻底降解,属苯酚高效降解菌.     

一株高地芽孢杆菌的鉴定与促生能力研究

从野生大豆根瘤内分离出菌株Y1并对其进行分子生物学鉴定,观察其特性以及对大豆的促生作用。16S rDNA鉴定表明,菌株Y1为高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis);采用Salkowski法验证该菌株产生长素(IAA)的能力,发现其产IAA的量为38.49 mg/L。同时该内生菌具有解有机磷和无机磷的能力,溶磷量分别为71.48、152.36 mg/L。将菌剂接种到大豆幼苗后观察其促生能力,结果显示,接种该菌株可显著增加大豆的株高和根长,同时,大豆叶片光合参数也有所提升。该结果可为研发新型微生物肥料提供优质菌种,为进一步研究芽孢杆菌属促生潜力提供理论依据。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

用16S rDNA序列分析方法鉴定4个拮抗细菌

用1对16SrDNA通用引物，对4个拮抗细菌96-38、96-41、96-79和9682的基因组DNA进行扩增，PCR产物经克隆、测序、同源性分析表明，这4个菌株的16SrDNA全长均为1513bp，同源性达99．79％，仅在13个碱基位点存在差异。Blast分析发现，这些菌株与Genbank收录的芽孢杆菌属5个菌株16SrDNA序列的同源性为99．1％～99．9％，由此推断这4个拮抗细菌为芽孢杆菌属细菌。     

基于16S rDNA序列的4株气单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株气单胞菌属(A eromonas)细菌的16 S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,通过BLAST软件在GenBank中查找同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均为99.2％,Aeromonas sp.T4与序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均为97.9％,A eromonas sp.T5与序列GQ205446.1相似度最高,均为99.4％,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1相似度最高,为99.6％;其他两种方法的结果相似度略低.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T4与序列HM778618.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T5与序列GQ232759.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1亲缘关系最近.     

广东茄科雷尔氏菌16S rDNA序列分析

应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16S rDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%～100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1～12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458～460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中.     

柑橘黄龙病病原菌的鉴定及16S rDNA序列分析

采用Nested-PCR技术检测顺昌果园红心柚树中柑橘黄龙病病原的携带情况,通过黄龙病病原菌16S rDNA测序和构建系统发育树比较不同类型柑橘黄龙病原菌之间的进化关系,采用特异引物扩增16S rDNA片段鉴别不同黄龙病病原菌,结合限制性内切酶酶切确定该红心柚园黄龙病病原的类型,并分析不同类型柑橘黄龙病病原16S rDNA序列差异性.结果表明:所取的12株红心柚树叶片样品中有7株树的叶片中检测出黄龙病病原,黄龙病病原的阳性检出率为58.33％,其中4个为显性性状,3个为隐性性状.柑橘黄龙病病原菌16SrDNA进化分析及限制性内切酶XbaI酶切结果表明,顺昌柑橘黄龙病病原菌属于亚洲型.不同类型柑橘黄龙病病原菌16S rDNA的序列差异性分析表明,亚洲种与非洲种的差异性为2.75％,非洲种与美洲种的差异性为3.90％,亚洲种与美洲种的差异性为3.44％.     

16SrDNA对四种常见细菌中的鉴定与应用

本实验利用16SrDNA序列分析技术,对来自犊牛腹泻粪便中的四株菌（A菌,B菌,C菌,D菌）进行菌种鉴定。使用16SrDNA通用引物,通过PCR扩增分别得到1500bp,与GenBank中序列进行比对。结果表明：A菌与肠杆菌属、B菌与短小芽孢杆菌、C菌与大肠杆菌、D菌与变形杆菌的同源性最高,相似率均达到了99％,初步确定A菌为肠杆菌属、B菌为短小芽孢杆菌、C菌为大肠杆菌、D菌为变形杆菌。本试验的目的是为16SrDNA在临床细菌的鉴定提供客观理论依据。     

拮抗放线菌111A202的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自药用植物假橐吾的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16 S rDNA序列分析.结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑.细胞壁化学组分Ⅰ型.以16 S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树,111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S.albidoflavus)的16 SrDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%.根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S.albidoflavus 111A202).     

北京地区枣疯病植原体16SrDNA基因序列分析

利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物R16F2n/R16R2对北京昌平区西峰山村小枣患病植株总DNA进行PCR扩增,结果得到约1.2 kb的特异性DNA片段.对克隆扩增获得DNA片段测序,结果表明,北京昌平地区枣疯病植原体16S rDNA基因片段长1248 bp,与韩国枣疯病植原体同源性最高,为99.51%.序列同源性比较的结果表明克隆到的植原体归属于榆树黄化组16SrV-C亚组.     

硫酸盐还原菌EMZY-1生理生化特性研究及16S rDNA序列分析

菌株EMZY-1是一株从中国大庆油田回注水中分离得到的硫酸盐还原菌(SRB).通过对该菌株的形态、培养特征、生理生化特征的研究以及16S rDNA序列分析表明:该菌株为革兰氏阳性菌;细胞为棒杆状,端生孢子,大小约0.3×1.7(μm);温度低于10℃、高于60℃无明显生长;pH低于5.0、高于12.0无明显生长;NaCl质量浓度达到10; 菌株不能生长;能在蔗糖、葡萄糖、甘露醇为C源的培养基上生长;NH4+、NO3-为菌株良好N源.菌株EMZY-1属于梭菌科.16S rDNA序列分析表明该菌与梭菌科中的Garciella nitratireducens菌同源性最高(99;),GenBank的注册号为EU275367,国内尚未见报道该类SRB.