胰腺癌细胞株Runx3基因启动子区CpG岛甲基化的检测

目的 探讨胰腺癌细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化水平.方法 应用甲基化特异性PCR方法检测Panc -1、BxPC-3、AsPC-1三种胰腺癌细胞株及正常胰腺组织RunX3基因启动子区CpG岛甲基化水平.结果 在Panc-1、BxPC-3、AsPC-1细胞株中Runx3基因启动子区CpG岛的甲基化引物均发...     

不同品种鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞GHR和IGF 1 mRNA表达差异分析

为探讨生长激素受体（growth hormone receptor,GHR）和胰岛素样生长因子 1（Insulin like growth factor 1,IGF 1）在不同品种鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞中的表达差异。选择生长速度不同的金定鸭和高邮鸭为试验动物,采用实时荧光定量PCR方法检测鸭13,15,17,19,21和23胚龄时胸肌和腿肌成肌细胞GHR,IGF 1 mRNA的表达情况,并进行了品种间比较。结果发现：13胚龄时,高邮鸭胸肌和腿肌成肌细胞IGF 1的表达均显著高于金定鸭（P<0.05）;17胚龄是两个品种鸭GHR和IGF 1共同的表达高峰期;17胚龄之后,鸭胸肌和腿肌成肌细胞GHR和IGF 1表达均显著降低。在19,21胚龄时,高邮鸭胸肌成肌细胞2个基因的表达均显著高于金定鸭（P<0.05）,而腿肌成肌细胞GHR和IGF 1表达在品种间无显著差异（P>0.05）。鸭胚胸肌和腿肌成肌细胞GHR和IGF 1表达呈现极显著的正线性相关（P<0.01）。提示：GHR和IGF 1的表达谱及各自在品种间的变化规律基本一致;鸭胚骨骼肌成肌细胞GHR和IGF 1 mRNA表达有组织特异性,二者之间可能存在正调控的作用机制。     

猪 MKRN3 基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织甲基化模式分析

以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65日龄和100日龄的胚胎心脏组织为研究材料,对MKRN3基因启动子区CpG岛进行预测,根据预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法(BSP法),分析MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织的甲基化程度。结果显示:对于65日龄胚胎,猪MKRN3基因启动子区CpG岛在大白×梅山和梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织中均表现高度甲基化(75.6%、76.4%);对于100日龄的胚胎,大白×梅山杂交后代的胚胎心脏组织表现高度甲基化(80%),而梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织呈现低甲基化(35.6%)。由此可见,猪MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式随着正反交、胚胎发育时期不同而呈现出一定变化,即在胚胎发育65日龄时,正反交子代均具有高度甲基化;而在胚胎发育至100日龄,正交子代呈现高度甲基化,反交子代呈现低甲基化,说明在胚胎发育晚期父本或母本等位基因可能会发生明显的去甲基化。     

鸭发育早期骨骼肌TNNI1基因mRNA表达 及与肌纤维生长的相关性分析

为探讨慢收缩骨骼肌型Tnl(slow skeletal muscle troponin I,TNNI1)基因在鸭早期肌肉发育中的m RNA表达规律及与肌纤维发育的相关性,以地方品种高邮鸭为素材,采用实时荧光定量PCR方法,检测胚胎期21、25、27胚龄及出雏后5日龄时腿肌腓肠肌外侧头中TNNI1基因m RNA表达量,结果发现,25胚龄是TNNI1基因的表达高峰期,之后显著下调,并持续至5日龄。肌纤维类型变化则是随时间的推移,慢肌纤维比例逐渐升高,快白肌纤维比例逐渐下调;25胚龄时,慢肌纤维直径和横切面积均出现显著增高(P0.05),快白肌纤维横切面积则出现下调;之后,3种类型肌纤维直径和横切面积在各个时间点之间无显著差异(P0.05);相关性分析结果显示,TNNI1基因m RNA表达量与快红肌纤维比例呈显著负相关(P0.05),与肌纤维直径、横切面积均无显著相关性(P0.05)。提示TNNI1可能在鸭发育早期骨骼肌肌纤维类型转换中具有重要的作用。     

非小细胞肺癌与p16基因CpG岛异常甲基化的关系

目的 :探讨非小细胞肺癌中抑癌基因 p1 6的失活机制 ;方法 :采用甲基化特异性 PCR( MSP)法检测 30例非小细胞肺癌肿瘤组织、30例癌旁组织及 3例正常肺组织中 p1 6基因外显子 1的 Cp G岛异常甲基化情况。结果 :非小细胞肺癌中有 1 2例 ( 4 0 % )肿瘤组织检测到 p1 6基因 5’端 Cp G岛异常甲基化 ,而癌旁组织及正常肺组织均未检测到 p1 6基因的异常甲基化 ,两者之间差异有显著性 ( P<0 .0 0 1 )。结论 :p1 6基因 5’端 Cp G岛异常甲基化与非小细胞肺癌的发生发展有关 ,可能是该基因在非小细胞肺癌中的主要失活机制。     

牦牛和犏牛睾丸组织DDX4基因mRNA表达水平 与启动子区甲基化

【目的】了解牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平和启动子区甲基化状态。【方法】采用real-time PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织DDX4基因mRNA表达水平,采用克隆测序技术获得牦牛和犏牛DDX4基因启动子区序列,采用亚硫酸氢钠测序法检测牦牛和犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化状态。【结果】牦牛睾丸组织中DDX4基因mRNA表达水平极显著高于犏牛（P＜0.01）;牦牛和犏牛DDX4基因启动子区1 370 bp,含有核心启动子区（251 bp）和CpG岛（918 bp）。犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化水平（86.5%）极显著高于牦牛（67.0%）（P＜0.01）。【结论】牦牛睾丸组织DDX4基因表达水平极显著高于犏牛,获得了牦牛和犏牛DDX4基因启动子区序列,且犏牛睾丸组织中DDX4基因启动子区甲基化水平极显著高于牦牛（P＜0.01）。     

犏牛及其亲本睾丸组织中印记基因SNRPN DMR甲基化与mRNA表达差异研究

【目的】研究犏牛与黄牛、牦牛睾丸组织SNRPN基因DMR甲基化状态、mRNA表达水平的差异,为揭示犏牛雄性不育的表观遗传机制提供依据。【方法】根据黄牛SNRPN基因序列设计引物,通过克隆测序获得牦牛SNRPN基因5'端序列,采用亚硫酸氢钠测序法检测犏牛及其亲本睾丸组织中SNRPN基因5'端DMR的甲基化状态,并采用Real-time PCR检测犏牛及其亲本睾丸组织中SNRPN基因的表达水平。【结果】牦牛SNRPN基因5'端序列长为1137bp,与黄牛的同源性达98.2%;生物信息学分析发现含有YY1和SP1等甲基化敏感位点。犏牛SNRPN基因DMR的甲基化水平(42.22%)极显著高于黄牛(21.08%)和牦牛(20.81%)(P0.01)。黄牛和牦牛睾丸组织中SNRPN基因mRNA表达水平高于犏牛,但未达到显著水平(P0.05)。【结论】犏牛睾丸组织SNRPN基因DMR的甲基化水平极显著高于黄牛和牦牛,且mRNA表达水平低于黄牛和牦牛,说明犏牛SNRPN基因可能是通过DMR区的高甲基化抑制其mRNA表达来阻滞精子发生减数分裂过程。     

鸭胚骨骼肌成肌细胞中MyoD1和Myf5基因的表达与分析

以高邮鸭和金定鸭为研究对象,采用实时荧光定量PCR方法测定生肌调节因子MyoD1和Myf5基因在不同发育阶段鸭胚（13、15、17、19、21和23胚龄）骨骼肌成肌细胞中的表达水平,分析MyoD1和尬庐基因在鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞中的表达模式和差异．结果表明,Myf5和MyoD1基因在胸腿肌成肌细胞中呈现不同的表达规律：胸肌成肌细胞中,Myf5基因的表达呈“低→高→低→较高”的趋势,类似反“-”形;MyoD1基因的表达呈“低-高-低”的趋势,在金定鸭17胚龄时达到高峰后迅速下降（P〈0．01）,并维持在低水平,类似“∧”形,而在高邮鸭17胚龄时达到高峰后维持高水平至19胚龄（P〉0．05）,再下降并维持在低水平（P〈0．05）,类似“∩”形．腿肌成肌细胞中,岣筘基因的表达呈“低-高-低”的趋势,类似“∧”形;MyoD1基因的表达呈“较高→低→高→低”的趋势,类似“－”形．结果提示：Myf5和MyoD1基因在骨骼肌成肌细胞中的表达具有时间和品种依赖性;两基因在两品种鸭胸腿肌中均在17胚龄时达到高峰,表明17胚龄可能是成肌细胞分化和增殖的一个重要时期．     

绵羊MTNR1a基因mRNA表达量的季节性差异

本试验分别于春分、夏至、秋分和冬至4个节气,随机选择体况良好体重相近的蒙古羊8只,外科手术取下丘脑、垂体组织样品,采用RT-PCR方法对其褪黑素受体MTNR1a基因表达进行半定量分析.结果表明:绵羊MTNR1a基因表达存在明显的季节性节律,下丘脑MTNR1a基因表达量在夏至时最低,秋分时最高,春冬季节相近;垂体MTNR1a基因表达量在秋分时最低,夏至时最高,春冬季节也相近.     

西藏小型猪IGFBP-3基因甲基化与表达差异分析

为研究西藏小型猪类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)基因甲基化及表达差异,对IGFBP-3基因的CpG岛甲基化程度、mRNA及蛋白表达水平进行分析,并以军牧一号猪为对照。结果表明:西藏小型猪肝脏组织中IGFBP-3基因CpG岛甲基化水平显著高于军牧一号猪(P<0.05);西藏小型猪不同组织中IGFBP-3mRNA表达量均显著高于军牧一号猪(P<0.05);同时肾脏中IGFBP-3蛋白含量显著高于军牧一号猪(P<0.05)。这为猪生长发育调控及促生长机制提供了分子依据。     

PGC-1α基因在两种类型鸡骨骼肌间的表达差异

为了检测过氧化物体增殖物激活受体γ辅激活因子1-α(PGC-1α)基因mRNA在鸡骨骼肌组织中的分布以及在速生型隐性白羽鸡和慢生型清远麻鸡品种间的表达差异,采集不同周龄(0、2、4、6、8、10、12)隐性白羽鸡和清远麻鸡的胸肌和腓肠肌组织样,提取总RNA,以β-actin基因为内参基因,进行实时荧光定量PCR。对PGC-1α基因mRNA进行均一化处理,利用荧光阈值(Ct值)计算PGC-1α基因mRNA在不同骨骼肌组织以及速生型和慢生型鸡品种间的表达量。发现PGC-1α基因在鸡骨骼肌组织不同发育阶段广泛表达,在初生时表达量最高,并显著高于其他各周龄的表达量;相同周龄时,慢生型清远麻鸡骨骼肌中PGC-1α表达量大多高于速生型隐性白羽鸡。表明不同类型鸡骨骼肌PGC-1α mRNA表达具有特定的发育模式,并可能与鸡肉品质存在关联。     

鸭发育早期骨骼肌异步发育和IGF-I/MSTN-A mRNA表达的相关性

【目的】选择生长速度不同的高邮鸭和金定鸭为试验模型,比较2个不同品种鸭胚胎期和出雏早期骨骼肌中胰岛素样生长因子I（insulin-like growth factor I,IGF-I）、肌肉生长抑素A（myostatin A,MSTN-A）mRNA的表达规律及其与胸浅肌和腓肠肌（简称为胸腿肌）发育模式的相关性。【方法】在鸭13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄时,记录体重、胸浅肌（PM）和腓肠肌外侧头（LM）的重量,采用实时荧光定量PCR方法研究骨骼肌中IGF-I和MSTN mRNA的表达规律。【结果】本试验证明鸭早期发育过程中,体重和骨骼肌重的变化呈现极显著的品种和时间特异性;鸭胚胎期胸/腿肌的IGF-I和MSTN-A mRNA的表达与体重、胸/腿肌重均呈极显著的负相关,各自与胸/腿体指数则呈反式的相关性（正/负）,均在13胚龄有一个表达高峰,IGF-I和MSTN-A mRNA表达之间存在极显著的正相关;鸭PM中IGF-I mRNA表达转折点的出现时间与胸肌绝对生长和相对生长变化趋势是吻合的,而LM中IGF-I mRNA的表达与腿肌生长和肌纤维特性变化均不相符;鸭胚胎期MSTN-A mRNA的表达趋势与骨骼肌生长和肌纤维数量形成高峰同步;胸腿肌中IGF-I/MSTN-A mRNA表达比值的变化趋势和肌纤维特性变化吻合,PM中的IGF-I/MSTN-A mRNA表达比值的差异点和PM重量出现品种差异的时间点一致。【结论】在胚胎发育中后期和出雏后早期,鸭的胸腿肌呈现异步发育模式,骨骼肌中IGF-I和MSTN mRNA表达的相对水平参与骨骼肌生长速率的调节。     

高邮鸭IGF-1基因SNP位点变异与骨骼肌生长发育相关性分析

胰岛素样生长因子1(IGF-1)是动物生长轴重要基因之一,在调节动物生长发育和代谢中具有重要作用。采用LDR法检测IGF-1基因在高邮鸭群体中多态性,筛选与高邮鸭骨骼肌生长性状相关SNP位点。结果表明,在IGF-1基因第二内含子上检测到g.110 431GT突变,形成GG、GT、TT三种基因型,该突变位点具有中度多态信息含量,在高邮鸭中处于哈代-温伯非平衡状态。相关分析表明,该突变位点与70日龄体重、胸腿肌重、胸肌肌纤维面积和直径、腿肌肌纤维密度显著相关,可作为高邮鸭生长发育早期选育分子标记。     

鸡生长发育早期骨骼肌IGF1R mRNA表达规律研究

以生长速度不同的花山麻鸡和清远麻鸡为试验素材,采用实时荧光定量PCR方法检测鸡9、12、16、21胚龄(E9 d、E12 d、E16 d、E21 d)和出雏后7日龄(7 d)时胸肌和腿肌中IGF1R mRNA表达变化情况,并与肌肉质量进行相关性研究。结果发现,21胚龄时,花山麻鸡和清远麻鸡胸肌质量都出现了显著降低,腿肌质量持续增长。花山麻鸡胸肌IGF1R mRNA表达呈前高后低趋势,9胚龄时表达量最高,之后显著降低并维持在较低的水平,出雏后7日龄时表达量再次下降;清远麻鸡在胸肌中的表达则呈“波浪形”,9胚龄和16胚龄表达量升高,其他日龄表达量显著降低。腿肌中,花山麻鸡IGF1R mRNA表达量在16胚龄之后显著降低;清远麻鸡腿肌IGF1R mRNA表达呈依次递减模式,各时间点之间差异显著(P<0.05)。品种间各个时间点胸肌和腿肌IGF1R mRNA表达量均呈显著差异(P<0.05)。两个品种骨骼肌IGF1R mRNA表达与胸肌、腿肌质量均呈极显著相关(P<0.01)。以上结果初步揭示了生长发育早期不同品种鸡胸肌和腿肌IGF1R基因表达发育变化趋势和品种差异,为深入研究IGF1R基因在鸡肌肉发育中的调控机理提供基础资料。     

褪黑素受体Mel 1b基因mRNA和蛋白在鸭不同组织中的表达与分布

褪黑素广泛的生理作用是通过与其膜受体(Mel 1a、Mel 1b、Mel 1c)结合介导的。褪黑素受体在机体内广泛分布,但因受体亚型、物种、组织不同而异。采用RT-PCR、real-time PCR和免疫组化技术探究了Mel 1b在鸭不同组织(包括鸭脾脏、心脏、肾脏、大脑、胸肌、卵巢、肺脏、肝脏、胰脏组织)中的表达分布及相对表达量。结果表明,鸭Mel 1b mRNA在脾脏、心脏、肾脏、大脑、胸肌、卵巢、肺脏、肝脏、胰脏中均有表达,且Mel 1b受体蛋白均存在于大脑、肺脏、肝脏、胸肌、肾脏、心脏、胰脏中(脾脏、卵巢未成功测试)。Real-time PCR结果表明,各组织中Mel 1b mRNA表达量存在差异,在卵巢中的表达量最高,其次为肺脏,在脾脏、心脏、肾脏和肝脏中的表达量也明显高于大脑中的表达,但在胸肌和胰脏中的表达量要稍低于大脑中的表达量。Mel 1b在鸭各组织中普遍表达分布,进一步说明了其介导褪黑素广泛的生理功能,特别是对生殖功能的调节。     

鸭肝脏IGF1基因早期发育表达

IGF1是重要的生长调控因子,在胚后生长发育过程中的主要来源为肝脏。以高邮鸭、金定鸭2个地方鸭品种为研究对象,对胚胎期和出雏早期鸭肝脏IGF1 mRNA的表达规律进行了比较研究。采用荧光定量PCR和原位杂交技术研究了鸭13、17、21、25、27胚龄和出雏后7 d肝脏IGF1mRNA的表达情况。结果表明,2个品种鸭肝脏IGF1mRNA在13胚龄均已有少量表达,到出雏前鸭肝脏IGF1表达量显著增高,7 d时,IGF1 mRNA在高邮鸭肝脏的表达量显著高于金定鸭。原位杂交结果显示,肝脏循环系统中IGF1 mRNA的表达明显高于周边肝脏组织。肝脏IGF1 mRNA的表达可能在鸭早期发育过程中发挥着重要作用。     

mRNA差异显示技术研究中外猪种肉质性状差异表达基因

利用mRNA差异显示技术对广东省地方品种蓝塘猪和引进品种大白猪达到经济成熟时的眼肌组织mRNA进行比较分析,并对差异显示条带同收产物进行PCR扩增,检测到与肉质性状相关的5条ESTs在2个猪种中存在表达差异,其中ESTsp7在大白猪种中表达量高,而ESTsp8、ESTsp9、ESTsp10和ESTdp11在蓝塘猪中表达...     

基于表达谱芯片挖掘鸡骨骼肌不同类型肌纤维的差异表达基因

【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯片筛选出的差异表达基因进行验证,采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向鸡PPARGC1A基因的RNA干扰慢病毒载体进行基因功能研究。【结果】芯片结果共发现差异倍数在2倍及以上的基因1 224个(P0.05,FC≥2),以趾长伸肌作为参照,比目鱼肌中上调基因为654个,下调基因为570个,尽管芯片和荧光定量PCR两种方法得出的差异倍数并不完全一致,但所选基因的表达趋势是一致的,表明芯片结果是可靠的。对差异表达基因进行GO(GO ontology)功能分类,共发现了74个显著性GO,主要分为生物学过程、分子功能和细胞组分等3大类。基于KEGG Pathway分析发现,一些已知的与肌纤维类型转换、肌肉发育以及脂质代谢相关的信号通路在两种类型的肌肉中被显著富集。综合差异基因的GO、KEGG Pathway和共表达网络分析,推测PRKAG3,ATP2A2以及PPARGC1A可能是与肌纤维类型性状紧密关联的关键基因。进一步对PPARGC1A基因进行功能研究发现,PPARGC1A基因的敲低,引起了PPP3CA,MEF2C以及SM等慢肌纤维标志基因以及与肌纤维发育与转换相关基因表达水平的显著降低,而快肌纤维标志基因FWM的表达水平则显著上升。【结论】揭示了鸡红肌和白肌两种不同类型肌肉间的转录组差异,证明了PPARGC1A基因能够与钙离子信号通路相关基因协同从而在鸡肌纤维类型组成和转换中发挥着重要作用,从而为中国地方鸡肉品质性状的遗传改良提供一定的理论依据。