堆型艾美耳球虫保定株裂殖子3-1E基因的克隆与序列分析

依据GenBank中收录的堆型艾美耳球虫(Eimeria acervulina,E.acervulina)关国株(US)3-1E基因序列,设计特异性引物,以堆型艾美耳球虫保定株裂殖子基因组RNA为模板,利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增获得3-1E基因序列部分片段,将此片段克隆至pGM-T Easy载体中,经PCR、限制性内切酶鉴定和克隆片段的序列测定、比较,结果表明该克隆片段扩增准确、可靠.序列比较发现,此片段与E.acervulina美国株(US)株、E.acervulina QH株cDNA的核苷酸同源性分别为99.4%和99.6%.     

柔嫩艾美耳球虫BJ株EtlA基因的克隆及序列分析

本文参照已发表的柔嫩艾美耳球虫(E．tenella)折光体蛋白基因序列，根据其阅读框及载体序列特点，两端分别加上EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ酶切位点设计引物，以E．tenella BJ株的总RNA为模板，进行RT—PCR扩增，成功扩增出EtlA基因。将PCR产物与pGEM—T载体连接后，转化JM109感受态细胞，蓝白斑法筛选阳性克隆并测序。测序表明，该基因全长1978bp，其阅读框大小为1944bp；与Gen Bank登记的EtlA基因相比较，有6个部位、共7个碱基发生了突变，其中5个有意义突变，2个无意义突变，同源性达99．5％。与堆型艾美耳球虫(E．acervulina)的EalA基因的同源性为79．3％，而与牛艾美耳球虫(E．bovis)的同源性只有19．5％。表达产物具有核苷酸转氢酶的功能，推测可为子孢子侵入宿主细胞提供能量。     

柔嫩艾美耳球虫ZJ株5401基因的克隆和序列分析

利用RT—PCR方法扩增出了柔嫩艾美耳球虫(E．tenella)ZJ(浙江)株的子孢子表面抗原5401基因。把这一基因片段克隆到PGEM—T克隆载体上，得到的阳性克隆经PCR鉴定及酶切分析，结果表明重组子(pGEM—T—5401)中含有5401基因，该序列全长为864bp，序列本身是一个开放阅读框，将克隆得到的基因与国外报道的5401基因比较，有两个碱基发生有义突变，引起两个氨基酸发生突变，核苷酸同源性为99．8％，氨基酸同源性为99．3％。克隆出的5401基因可以用于将来重组疫苗的研究。     

柔嫩艾美耳球虫BJ株Et1A基因的克隆及序列分析

本文参照已发表的柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)折光体蛋白基因序列,根据其阅读框及载体序列特点,两端分别加上EcoRⅠ和HindⅢ酶切位点设计引物,以E.tenellaBJ株的总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,成功扩增出Et1A基因。将PCR产物与pGEM-T载体连接后,转化JM109感受态细胞,蓝白斑法筛选阳性克隆并测序。测序表明,该基因全长1978bp,其阅读框大小为1944bp;与GenBank登记的Et1A基因相比较,有6个部位、共7个碱基发生了突变,其中5个有意义突变,2个无意义突变,同源性达99 5%。与堆型艾美耳球虫(E.acervulina)的Ea1A基因的同源性为79 3%,而与牛艾美耳球虫(E.bovis)的同源性只有19 5%。表达产物具有核苷酸转氢酶的功能,推测可为子孢子侵入宿主细胞提供能量。     

猪胸膜肺炎放线杆菌外膜脂蛋白基因的克隆及序列分析

以国内主要流行的猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)QH-1、HN-7菌株的基因组DNA为模板，通过PCR方法扩增出外膜脂蛋白(OML)基因片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，经酶切和PCR鉴定，对阳性克隆进行序列测定。将测序结果分别与标准菌株进行比较，QH—1株的核苷酸序列与血清1、9、11、12型参考株的同源性达99．1％～99．9％；HN-7株的核苷酸序列与血清7、3、4、6型参考株的同源性达97．3％～100％，与其他血清型参考株的同源性较低。     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了S4对扩增σC蛋白基N的引物，对mDRV ZJ99株的RNA抽提物进行RT—PCR扩增，获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序，序列经同源性比较，发现mDRV ZJ99株σC蛋白基N序列与福建MW9710株对应基N的同源性为99．5％，与法国89026株对应基因的同源性为94．2％，与法国89330株对应基因的同源性为95．0％；相应的氨基酸序列同源性分别为98．9％、94．1％、93．7％。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果，与国外学者对mDRV σC蛋白的报道相似。     

伪狂犬病病毒Min—A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列设计了1对引物，对PRVMin—A株进行了PCR扩增，扩增产物克隆于pGEM—TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明，目的片段包含1个1740bp的开放性阅读框(ORF)，编码由579个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明，PRVMin—A株与PRVEa株、SH株PE基因的核菩酸同源性分别为99．2％、98．7％；推导氨基酸的同源性分别为98．6％、97．2％。     

柔嫩艾美耳球虫马杜拉霉素抗药株与敏感株的mRNA差异显示

利用柔嫩艾美耳球虫马杜霉素敏感虫株裂殖子和抗药虫株裂殖子为材料,对马杜霉素敏感虫株和抗药虫株进行差异显示PCR,共回收34条电泳差异片段,反向Northern点杂交鉴定4个片段为真正差异片段,并对4个片段进行测序、B1ast同源性比较.来自于马杜霉素抗药虫株裂殖子的ACD3-2序列与柔嫩艾美耳球虫微线-5同源性99%,说明AcD3-2序列是该基因的部分序列,微线-5蛋白与虫体融解宿主细胞膜、入侵、运动和溢出有关,在第二代裂殖子时期,抗药性虫株该序列发生转录,而在敏感虫株中沉默;HCD1序列来自马杜霉素敏感虫株,与柔嫩艾美耳球虫表面抗原16和17序列同源性分别为83%和86%,说明与这2个基因同源.AGD5片段来自抗药虫株,HAD8-2序列来自敏感虫株,通过比较这2条序列可能为新序列.     

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

利用RT—PCR技术扩增出了4株NDV分离株(HeB—4—99，Hed—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02)F基因539bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T载体上。经酶切分析、质粒PCR鉴定及核苷酸序列测定，成功获得了4株NDV分离株F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示，4株分离毒株的核苷酸序列具有95．9％～100％的同源性，与LaSota的核苷酸序列同源性为81．09／6～81．8％，与F48E9的核苷酸序列同源性达85．8％～89．3％。推导氨基酸序列分析表明，4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为^112RRQKRF^117，具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点，与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明，HeB—4—99、HeB—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02均归属于基因Ⅶ型。     

柔嫩艾美耳球虫海南株3-1E基因的克隆与序列分析

为了研究鸡柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)海南(HN)株3-1E基因的遗传变异情况,试验根据GenBank发表的鸡堆型艾美耳球虫(E.acervulina)美国株(US)3-1E基因cDNA序列(登录号为AF113613)的开放阅读框(ORF)设计1对引物,采用RT-PCR方法从E.tenella HN株总RNA中扩增3-1E基因,将扩增产物与pMD18-T载体连接后进行测序和序列分析,并与已发表的E.tenella相关序列进行比较。结果表明:E.tenella HN株3-1E基因全长为513 bp,与已发表的国内外虫株的3-1E基因序列相比,核苷酸有5个位点发生变化,其中有4个位点的变化引起氨基酸发生改变,还有1个位点的变化未引起相应氨基酸发生改变。经系统发育树分析发现:同种间比较,E.tenella HN株3-1E基因与E.tenella sporozoite antigen株的遗传关系最近;同属间比较,E.tenella HN株3-1E基因与E.acervulina US株的遗传关系最近。     

特异PCR方法用于鸡的3种艾美耳球虫混合感染鉴别的研究

用单卵囊分离法获得的鸡的3种艾美耳球虫（每种各2株）卵囊：柔嫩艾美耳球虫（Eimeria tenella）、巨型艾美耳球虫（E．maxima）、堆型艾美耳球虫（E．acervulina）。经纯化、提取基因组DNA后，用报道的种特异引物做PCR扩增分析，以确定是否为纯种。结果发现这3种球虫均存在混合感染的情况。该结果为进一步研究这3种球虫奠定了基础，并说明特异PCR方法能够有效地、快速地鉴别球虫虫种。     

堆型艾美耳球虫子孢子表面抗原基因cSZ1的克隆及序列分析

根据已报道的堆型艾美耳球虫(Eimeria acervulina)子孢子表面抗原基因cSZ1的cDNA序列设计特异性引物,以孢子化12h的E.acervulina广东株卵囊的总RNA为模板,用RT-PCR方法成功克隆了其子孢子表面抗原基因cSZ1(cSZ1(Gd))的cDNA。所克隆cSZ1(Gd)的cDNA全长940bp,其中第3～512位是其阅读框架,共编码170个氨基酸,两端为非编码区。与已报道的cSZ1基因的cDNA序列相比,cSZ1(Gd)有4个位置的核苷酸发生了变异,即原序列中第294、443、569、586位的G、G、G、A在cSZ1(Gd)分别为A、A、A、G,二者核苷酸序列的同源性为99.57％(936/940),其中阅读框架的核苷酸同源性为99.61%(508/510)。比较根据核苷酸序列推导的氨基酸序列,第294位的变异导致了所编码氨基酸由缬氨酸(V)变为异亮氨酸(Ⅰ),而第443位的变异则为无义突变,氨基酸序列的同源性为99.41％(169/170)。     

丝状支原体丝状亚种SC型中国不同地区分离株脂蛋白Q基因的分子特征

根据已发表的丝状支原体丝状亚种SC型（MmmSC）脂蛋白Q（LppQ）基因序列设计并合成一对引物，利用PCR扩增方法，从我国不同省区的MmmSC分离株HVRI—X、BenI、QingI、MuI和模式株PG1中获得了LppQ基因1303 bp的片段，将该片段克隆到PMD18-T载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger’s双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了HVRI-X、Ben Ⅰ、oing Ⅰ、Mu Ⅰ株和模式株PG1 LppQ基因核苷酸序列。核苷酸序列比较结果显示，国内4个MmmSC分离株与GenBank公布的LppQ基因核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99％以上；与模式株PG1的核苷酸序列同源性在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。，国内4个MmmSC分离株之间的核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。对HVPI X株LppQ基因氨基酸亲私陛和蛋白表面可能性进行了分析，证实LppQN末端富含亲水氨基酸，比C末端更有可能定位在蛋白表面。     

猪圆环病毒2型GD株ORF2基因的序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型（PCV2）0RF2基因序列，设计一对引物，应用PCR从本室鉴定分离的PCV2 GD株的细胞培养物中扩增出ORF2基因（702bp）。将此基因片段克隆入pMD18-T载体，筛选获得重组质粒pMD—ORF2并对其测序，结果表明所克隆的ORF2基因与其他PCV2的0RF2基因核苷酸序列同源性在92．1％～99．9％之间，推导的氨基酸序列同源性在90．2％～99．5％之间。     

柔嫩艾美耳球虫杨凌株3-1E基因的克隆、表达与蛋白结构预测

应用PCR技术,从柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)孢子化卵囊子孢子cDNA表达文库中扩增得到鸡E.tenella杨凌株(YL)子孢子表面抗原3-1E基因。序列分析表明,E.tenella YL 3-1E基因的开放阅读框(ORF)为513个碱基,编码170个氨基酸,与报道的E.tenella甘肃株(GS)3-1E基因相似性为99.8%,两者推导的氨基酸序列相似性为99.4%;而与文献报道的堆型艾美耳球虫(E.acervulina)美国株(US)3-1E基因序列的相似性为98.8%,推导的氨基酸序列相似性为98.8%。利用生物信息学和分子生物学软件对3-1E基因编码的蛋白进行结构预测,结果表明,该蛋白为结构松散的球状蛋白。将3-1E基因亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,构建pGEX-3-1E重组质粒并在大肠杆菌BL21中进行表达,表达产物经SDS-PAGE分析,表明成功地表达出了分子量为44.7 ku的融合蛋白。该研究为球虫基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

堆型艾美球虫表面抗原基因cSZ1在大肠埃希氏菌中的表达

根据已克隆的堆型艾美球虫(Eimeria acervulina)广东株子孢子表面抗原基因cSZ1的cDNA序列设计了特异性引物，用PCR方法扩增cSZ1的开放阅读框架(ORF)后克隆至表达载体pET-32a( )，构建了重组表达质粒pET-32a( )-cSZ1，并将其转化至大肠埃希氏菌BL21(DE3)。经IPTG诱导，获得了cSZ1重组抗原在大肠埃希氏菌中的高效表达，表达产物量可达菌体总蛋白的9．3％，融合蛋白的分子质量约为40ku。重组菌诱导表达的产物经SDS—PAGE后，用堆形艾美球虫感染鸡的超免疫血清进行免疫印迹分析，结果为阴性，提示cSZ1所编码的抗原可能主要是T细胞抗原表位。     

新兴猪IFN-α成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据NCBI GenBank上登录的猪IFN—α基因序列设计了1对引物，应用PCR技术直接从3周龄新兴猪肝细胞中扩增出了约500bp的基因片段；将该片段克隆到pMD 18-T载体，经PCR、酶切及序列测定，该克隆片段由501个核苷酸组成，共编码166个氨基酸，与NCBI GenBank上登录的2个猪IFN—α基因序列(登录号为M28623和X57191)比较，核苷酸的同源性分别为99．4％和99．2％。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株S1基因5''端的变异

对自海南海省、广西省发生鸡传染性支气管炎（IB）鸡群分离的4株IBV分离株（HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98、GX－2／98）的主要免疫原纤突蛋白S1基因经RT－PCR扩增其5'端的1．2kb的目的片段，将其插入载体pMD 18-Tk ,在大肠杆菌中实现目的的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及PCR鉴定后，以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列，并与GenBank中的参考毒株（H120、SD－1／97和Holte）相应序列作比较，分析其同源性。结果表明，HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98及SD－1／97与疫苗株H120的核苷酸序列同源性分别为99．5％、99．2％、97．9％和99．5％，其推导氨基酸序列同源性分别为99．1％、98．9％、96．9％和99．2％。GX－2／98与Holte株的核苷酸序列同源率为99．0％，其推导的氨基酸序列同源性为98．6％，而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为70％左右，氨基酸序列的同源性仅为68％左右。     

猪生殖与呼吸综合征病毒N基因的扩增与克隆

应用RT—PCR方法扩增出猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的核衣壳蛋白基因(N基因)，并将其克隆到pET-32a载体，构建了高效原核表达载体pETN。将pETN重组质粒转化BL21(DE3)宿主菌后，对插入片段进行了序列测定及同源性分析。结果表明，插入片段序列与PRRSV美洲型ATCC VR2332株的ORF7核苷酸序列同源性达99．9％，与分离毒株的同源性达99．0％。     

鸡艾美耳球虫18SrDNA序列与系统进化分析

为了确定鸡艾美耳球虫（Eimeria）不同种以及来自不同地区同种不同株之间的亲缘关系,研究其分类地位,对实验室保藏的柔嫩艾美耳球虫（Etenella）、毒害艾美耳球虫（Eneeatrix）、巨型艾美耳球虫（Emaxima）、堆形艾美耳球虫（Eaaervulina）等4种15株鸡球虫孢子化卵囊的18SrDNA基因进行克隆、测序,并与从GenBank下载的鸡球虫18SrDNA序列一起,使用软件DNAstar 5．0 MegAlign进行系统发育分析。结果显示,4种艾美耳球虫种间同源性在94．6％～99．4％之间,7株柔嫩艾美耳球虫的株间同源性在99．0％-99．9％之间,5株巨型艾美耳球虫的株间同源性在96．9％～99．8％之间。用该4种鸡球虫的18SrDNA序列与GenBank下载的另外4种鸡球虫18SrDNA序列构建系统发育树,显示这8种鸡艾美耳球虫形成2个分支,即堆形艾美耳球虫（EASH）、巨型艾美耳球虫（EMSH）、变位艾美耳球虫（Emivati）、和缓艾美耳球虫（Emitis）、布氏艾美耳球虫（Ebrunetti）、早熟艾美耳球虫（Epraecox）构成1个分支,柔嫩艾美耳球虫（ENSH）、毒害艾美耳球虫（ETAS）构成另1分支。巨型艾美耳球虫、柔嫩艾美耳球虫各株的系统发育树均根据地域关系产生2个分支。柔嫩艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫的亲缘关系较近,不同地理区域的同种不同株的亲缘关系相对较远,种间和种内的鉴定结果与普通生物学结果一致。本研究提示18SrDNA基因可用于鸡球虫不同种／株的分类鉴定,为艾美耳球虫分子遗传学鉴定提供了理论基础。