基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构，并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础，本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便，通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示，比格犬肠道菌群在门水平上有6个门，相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲，相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目，相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科，其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

芽孢杆菌制剂对苏姜猪弱仔猪生长性能及粪便菌群的影响北大核心

试验旨在研究芽孢杆菌制剂对弱仔猪的生长性能、免疫性能、粪便菌群的影响。选择遗传背景、胎次、营养相同的28日龄断奶苏姜仔猪42头(公、母各半),随机分为2组,每组7个重复,每个重复3头。对照组猪为基础日粮,芽孢杆菌制剂组在基础日粮中添加1 kg/t芽孢杆菌制剂。试验期35 d。结果显示,与对照组相比,芽孢杆菌制剂组的仔猪平均日增重极显著提高(P<0.01),平均日采食量显著提高(P<0.05),腹泻率极显著降低(P<0.01)。与对照组相比,芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群厚壁菌门的相对丰度降低,拟杆菌门和螺旋体门的相对丰度增加;芽孢杆菌制剂组仔猪粪便菌群普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)、未指明的拟杆菌目(Unspecified_Bacteroidales)、未指明的拟杆菌目S24-7菌属(Unspecified_S24_7)相对丰度显著增加,未指明的毛螺菌科(Unspecified_Lachnospiraceae)、链球菌属(Streptococcus)、未指明的梭菌目(Unspecified_Clostridiales)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、劳特氏菌属(Blautia)相对丰度明显减少。研究表明,日粮中添加芽孢杆菌能够改善弱仔猪的生长性能,促进肠道有益生菌群生长繁殖。     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

正常和腹泻水貂肠道微生物16S rRNA测序差异性分析

为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因，本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序，并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示，与正常水貂相比，腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知，水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异，对疾病的诊断和治疗有一定的意义，并对微生态制剂的发展提供了数据支持。     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响，应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明，青海牦牛瘤胃液可见物种（Observed species）及Chao1指数（Chao1 index）与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著（P<0.01），ACE指数差异显著（P<0.05）；青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛，说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化，而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数（Shannon index）以及辛普森指数（Simpson index）差异不显著（P>0.05），说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明，牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门；青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门（P<0.05），变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属（P<0.05）。数据分析得出，拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用，而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用，推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

断奶马驹小肠菌群多样性分析

本试验旨在研究断奶马驹十二指肠、空肠和回肠菌群的多样性，为全面评价断奶后马属动物小肠发育、健康、功能等提供参考依据。选取6匹平均体重为（147.08±4.86） kg的哈萨克断奶马驹为研究对象，在相同的饲养管理和饲粮营养水平条件下饲养60 d。采集断奶马驹十二指肠、空肠和回肠的内容物，采用16S rRNA高通量测序技术检测各肠段内容物中菌群的多样性。结果显示：1）断奶马驹十二指肠菌群的ACE指数和PD＿whole＿tree指数均显著高于空肠（P<0.05）。2）在门水平上，厚壁菌门是十二指肠、空肠和回肠中最主要的优势菌，其次是变形菌门和拟杆菌门，其中空肠中厚壁菌门的相对丰度比回肠提高了26.98%(P<0.05)，回肠菌群中变形菌门和梭杆菌门的相对丰度显著或极显著高于十二指肠和空肠（P<0.05或P<0.01）。在科水平上，回肠中肠杆菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度均显著高于空肠（P<0.05），且巴斯德氏菌科的相对丰度还显著高于十二指肠（P<0.05）；十二指肠中瘤胃球菌科的相对丰度较空肠提高了156.04%(P<0.05)。在属水平上，回肠中肠...     

合生素对断奶新西兰肉兔生长性能及盲肠微生物菌群结构的影响

试验旨在探究合生素代替抗生素对断奶新西兰肉兔生长性能及盲肠微生物菌群结构的影响。选取300只35日龄断奶新西兰肉兔,随机分为3组,每组5个重复,每个重复20只兔,对照组肉兔饲喂基础日粮,抗生素组在基础日粮中添加土霉素,合生素组在基础日粮中添加0.04%合生素（由枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌与低聚木糖配伍而成）,试验期42 d。结果显示：与抗生素组和对照组相比,合生素组肉兔的平均日增重、平均日采食量及成活率显著升高（P<0.05）,腹泻率显著降低（P<0.05）;合生素组肉兔盲肠微生物菌群中,脱硫杆菌门（Desulfobacterota）、放线菌门（Actinobacteriota）、脱硫弧菌纲（Desulfovibrionia）、巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）、另支菌属（Alistipes）和毛螺菌科NK4A136组（Lachnospiraceae＿NK4A136＿group）相对丰度显著升高（P<0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）、丙型-变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）相对丰度显著降低（P<0.05）,盲肠...     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性研究北大核心CSCD

本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。     

葡萄籽原花青素对育肥猪生长性能、养分消化及粪便菌群的影响

试验旨在研究葡萄籽原花青素（Grape Seed Procyanidins,GSPs）对育肥猪生长性能、养分消化以及粪便菌群的影响。选取96头平均体重为70.16 kg的杜×长×大三元杂交猪按照单因素完全随机设计分为4个组,每组6个重复栏,每栏4头猪。对照组饲喂基础日粮,GSPs组在基础日粮中分别添加100、150、200 mg/kg GSPs。预试期5 d,试验期28 d。结果表明：日粮中添加不同浓度的GSPs对育肥猪生长性能无显著影响,但降低了粗蛋白质的表观消化率（P<0.001）;150、200 mg/kg GSPs组有机物的表观消化率低于对照组（P<0.001）;随着GSPs添加量的增加,猪粪便中厚壁菌门的相对丰度降低（P<0.05）,拟杆菌门升高（P<0.05）,变形菌门降低（P<0.05）;添加GSPs后乳杆菌科、梭菌科、瘤胃菌科的UCG-005、UCG-002、UCG-014菌属的相对丰度降低,而普雷沃氏菌科＿NK3B31＿group、普雷沃氏菌科＿UCG-001、拟普雷沃氏菌属、产粪甾醇真细菌的相对丰度增加。由此可见,育肥猪日粮中添加GSP...     

单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响北大核心CSCD

本试验旨在探究饲粮中添加单宁和裂壶藻粉对滩羊生长性能及瘤胃菌群多样性的影响。选取体重[(25.53±3.18)kg]相近的5月龄健康滩羊公羔48只,随机均分为4组,每组12个重复,对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁,试验Ⅱ组饲喂基础饲粮+2.0%裂壶藻粉,试验Ⅲ组饲喂基础饲粮+0.4%单宁+2.0%裂壶藻粉。试验期共105 d,其中预试期15 d,正试期90 d。结果表明:1)与对照组相比,试验Ⅰ组羊只的总增重显著增加(P<0.05)。2)各试验组的操作分类单元数目均低于对照组,表现为对照组>试验Ⅰ组>试验Ⅱ组>试验Ⅲ组。3)与对照组相比,试验Ⅲ组Sobs指数、Ace指数和Chao1指数均出现显著下降(P<0.05),与试验Ⅰ组相比,试验Ⅲ组Ace指数和Chao1指数也出现了显著下降(P<0.05)。4)在门水平上,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的优势菌门均为拟杆菌门和厚壁菌门,试验Ⅲ组的优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。与对照组相比,各试验组脱硫菌门、Patescibacteria的相对丰度出现显著变化(P<0.05),浮霉菌门的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。5)在属水平上,普雷沃氏菌属和理研菌科_RC9_肠道群为优势菌属。与对照组相比,各试验组未排位拟杆菌目_BS11_肠道群、理研菌科_RC9_肠道群、未排位拟杆菌目_RF16_群、norank_Muribaculaceae和韦荣氏球菌科_UCG-001的相对丰度出现显著变化(P<0.05),脱硫弧菌属的相对丰度出现极显著变化(P<0.01)。6)与试验Ⅰ组相比,试验Ⅱ组的滩羊瘤胃菌群的氨基酸代谢功能通路相对丰度显著降低(P<0.05)。综上所述,饲粮中添加单宁和裂壶藻粉均会影响滩羊生长性能及瘤胃微生物菌群结构,促进部分有益菌的增殖,并改善代谢功能;并且,以单独添加0.4%单宁的效果最好,同时添加0.4%单宁和2.0%裂壶藻粉效果次之,单独添加2.0%裂壶藻粉效果不明显。     

日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响

试验旨在探究日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响。选择健康无病、体重相近、4月龄的去势努比亚公羊24只，随机分为2组，每组12个重复，每个重复1只羊，对照组羊饲喂基础日粮，试验组在基础日粮中添加100 g/kg茉莉花渣，制成全价颗粒饲料。预试期7 d，正式试验期45 d。结果显示，与对照组相比，试验组山羊的粗蛋白表观消化率极显著降低（P<0.01），酸性洗涤纤维的表观消化率极显著提高（P<0.01）。微生物测序结果表明，对照组和试验组在门水平上的优势菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门；试验组解琥珀酸菌属、普雷沃氏菌属＿UCG＿001和克里斯藤森菌科＿R＿7群相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类的拟杆菌科相对丰度显著低于对照组（P<0.05）。研究表明，日粮中添加茉莉花渣提高了纤维降解菌的相对丰度，改善了山羊对纤维物质的消化。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

厚朴超微粉对黄羽肉鸡生长性能、血清生化指标和肠道菌群结构的影响

为研究厚朴超微粉对黄羽肉鸡生长性能、血液生化指标和肠道菌群结构的影响,试验选用1日龄健康黄羽肉鸡母鸡240只采用单因子完全随机设计分成2组,每组6个重复,每个重复20只。对照组饲喂基础日粮,厚朴组在基础日粮中添加2 g/kg厚朴超微粉,试验期9周。结果显示：与对照组相比,厚朴组21日龄平均日增重显著提高（P<0.05）,料重比显著降低（P<0.05）,63日龄的白蛋白、总蛋白、总胆固醇、低密度脂蛋白和高密度脂蛋白含量显著下降（P<0.05）,盲肠菌群Chao1指数和ACE指数显著降低（P<0.05）,盲肠菌群门水平上,拟杆菌门相对丰度显著提高（P<0.05）,厚壁菌门相对丰度显著降低（P<0.05）,而属水平分析发现厚朴组拟杆菌属相对丰度显著提高（P<0.05）,瘤胃球菌属和毛螺菌属相对丰度差异显著（P<0.05）。结果表明,饲粮添加2 g/kg厚朴超微粉提高黄羽肉鸡生长性能和改善盲肠微生物菌群结构。     

西藏地区荷斯坦犊牛断奶前后粪便菌群差异分析

本试验旨在研究西藏地区荷斯坦犊牛断奶前后粪便菌群的变化情况。在365头2021年出生的荷斯坦犊牛中,选取8头体重相近的健康荷斯坦犊牛,在断奶前[（60±2）日龄]和断奶后[（120±2）日龄]采用直肠采粪法采集粪便样品,检测其中菌群组成。结果显示：1）断奶前后犊牛粪便菌群的Sobs指数、Ace指数、Chao1指数、Simpson指数、Shannon指数均存在显著差异（P<0.05）。2）主坐标分析显示,断奶前后犊牛粪便菌群的Beta多样性也存在显著差异（P<0.05）。3）在门水平上,断奶前犊牛和断奶后犊牛均以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门为优势菌;与断奶前犊牛相比,断奶后犊牛粪便菌群中Patescibacteria和Campilobacterota的相对丰度显著下降（P<0.05）。4）在科水平上,断奶前犊牛和断奶后犊牛均以毛螺菌科、颤螺旋菌科、普雷沃氏菌科为优势菌;与断奶前犊牛相比,断奶后犊牛粪便菌群中颤螺旋菌科、鼠杆菌科、理研菌科、丹毒丝菌科、克里斯滕森菌科、 Anaerovoracaceae、梭菌科、 norank＿o＿RF39、 Monoglobaceae和U...     

添加菊粉和单宁对湖羊瘤胃挥发性脂肪酸和微生物区系的影响

研究旨在日粮中添加菊粉和单宁对湖羊瘤胃挥发性脂肪酸和瘤胃微生物区系的影响。试验采用单因素试验设计，选用体重相近、健康无病的断奶湖羊公羔24只，随机分为4组，每组6只。对照组饲喂基础饲粮，试验组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组分别在基础饲粮中添加0.1%菊粉、0.1%菊粉+2%单宁、0.1%菊粉+2%单宁+4%聚乙二醇（polyethylene glycol,PEG）。饲养75 d后屠宰，采集瘤胃内容物用于测定瘤胃挥发性脂肪酸和微生物多样性。结果表明：试验Ⅱ组中乙酸/丙酸值显著提高（P<0.05）；试验Ⅲ组中异丁酸比例显著降低（P<0.05）。试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组中OTU数量、Chao1指数显著降低（P<0.05）。在门水平上，拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门的相对丰度占总菌门的95%以上。与对照组相比，试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组显著提高了拟杆菌门、变形菌门的相对丰度（P<0.05），显著降低了厚壁菌门、螺旋体门和纤维杆菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，与对照组相比，试验Ⅱ、Ⅲ组中理研菌科RC9菌属的相对丰度显著增加（P<0.05），而瘤胃球菌科NK4A214菌属的相对丰度显著降...     

滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的比较研究

目的 研究滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的差异。方法 选取健康的断奶滩羊公羔,屠宰后采集瘤胃、十二指肠、空肠和回肠内容物,利用16S rDNA高通量测序技术分析瘤胃和小肠菌群结构及多样性。结果 十二指肠样品Chao1指数高于瘤胃、空肠和回肠,瘤胃样品Shannon指数和Simpson指数均高于其他部位,但差异不显著（P>0.05）。瘤胃液中拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋菌门（Spirochaetae）、丝状杆菌门（Fibrobacteres）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,十二指肠中广古菌门（Euryarchaeota）的相对丰度与瘤胃相比有升高的趋势（0.05<P<0.10）,空肠和回肠中厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠。瘤胃中的未鉴定菌属（Unidentified）、理研菌属_RC9（Rikenellaceae_RC9_gut_group）、密螺旋体属_2（Treponema_2）、瘤胃球菌属_NK4A214（Ruminococcaceae_NK4A214_group）、普雷沃菌属_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,空肠中Family_ⅩⅢ_AD3011_group相对丰度显著（P<0.05）高于其他部位。结论 滩羊羔羊瘤胃中细菌的多样性更丰富,瘤胃微生物与十二指肠、空肠和回肠的细菌区系显著不同。