禽呼肠孤病毒C-98分离株S3基因的克隆及序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒S3基因序列设计一对引物,以禽呼肠孤病毒内蒙古分离株(C-98)基因组RNA为模板,应用RT-PCR方法获得病毒的S3基因,并克隆到pMD19-T载体后测序。应用计算机软件将所测定序列与参考毒株ARV 176、ARV S1133、ARV 138的S3基因序列进行比较,核苷酸同源性分别为99.8%,99.6%,87.7%,推导其氨基酸同源性分别为99.5%,98.9%,94.8%。应用PHD程序和DNAStar软件,对S3基因所编码的σB蛋白结构进行预测,结果表明,σB蛋白为结构紧密的球状蛋白分子。     

番鸭呼肠孤病毒MW9710株δC蛋白基因的克隆和序列分析

根据已发表的番鸭呼肠孤病毒（DRV）δC蛋白基因的核苷酸序列设计引物，应用RT-PCR技术，扩增番鸭呼肠孤病毒δC蛋白基因，经T／A克隆，插入到pMD18-T载体上，测序分析结果表明MW9710株δC蛋白基因的开放阅读框为810nt，编码由269个氨基酸组成，分子量为29．4Ku的δC蛋白，应用BLAST等分子生物学软件分析，其与法国DRV89330株的δC蛋白基因的同源率达93％，所推导的氨基酸的同源率达93％，与ARV的核苷酸无同源性，推倒的氨基酸的最大同源率为26％。经Antheprot 5．0蛋白质软件分析表明：MW9710株δC蛋白具有较大的疏水性和抗原性，无跨膜区，为进一步研究该基因的表达和研制基因工程疫苗及诊断试剂奠定基础。     

禽呼肠孤病毒C-98分离株M1基因的克隆及序列分析

参考GenBank发表的禽呼肠孤病毒M1基因序列设计2对引物（M1-1、M1-2）。应用RT-PCR扩增禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的M1基因序列。将纯化的目的基因片断与PMD19-T载体连接并转化DH5α感受态细胞，将经鉴定为阳性的重组菌送生物工程公司测序。结果表明,ARVC-98株M1基因片段长2283bp，具有完整的开放性阅读框架，编码732个氨基酸残基的μ1蛋白。ARVC-98分离株M1基因与ARV参考毒株M1的核苷酸同源性为89．1％～99．7％，与哺乳动物M1基因序列同源性较低，约为28％。     

中国禽呼肠孤病毒番鸭分离株的纯化及其核酸与结构蛋白分析

将番鸭呼肠孤病毒国内分离株在番鸭成纤维细胞(DEF)上克隆纯化3次后．在鸡成纤维细胞(CEF)上增殖，收获的细胞培养物经3次冻融，采取差速离心、超速离心、非线性蔗糖密度梯度离心和脱糖处理相结合的方法进行提纯；对不同梯度区带的蛋白提取物经电镜观察、毒价(TCID50)和含毒量测定得到病毒纯化物；最后对病毒纯化物进行琼脂糖核酸电泳和SDS-PAGE蛋白电泳分析。结果，核酸电泳得到10条RNA带，分列呈“334”形式的3组，其迁移率除M3基因外无明显差异；蛋白电泳得到分子质量分别为149．0、129．0、111．0、79．0、75．0、50．0、42．0、39．0、37．0、35．9、32．0、29．0 ku的12条蛋白带，其中5个蛋白的分子质量与参考株S1133相近。该分离株具有禽类呼肠孤病毒核酸和蛋白电泳图谱的共同特征。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因克隆与序列分析

参考GenBank新型鸭呼肠孤病毒（New-type duck reovirus,NDRV）S3基因序列设计合成一对引物,对新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因进行RT-PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序.结果显示扩增产物为1 104 bp,与预期的目的片段大小一致.相似性分析QY株S3基因核苷酸序列与ARV代表株、MDRV代表株和DRV代表株,相似性分别59.4％ ～ 60.0％、61.1％～ 61.3％和96.7％～ 98.6％;氨基酸的相似性分别为67.6％～ 68.7％、68.1％～68.9％和95.4％～ 98.4％.表明QY株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离病毒QY株是不同于禽呼肠孤病毒和番鸭呼肠孤病毒的独立基因群.     

禽呼肠孤病毒μNS非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)M3基因序列,设计并合成了一对跨越μNS非结构蛋白基因完整开放阅读框(ORF)的特异性引物,对ARV的10个毒株进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,10个毒株μNS蛋白基因ORF的核苷酸序列全长均为1908 bp,编码635个氨基酸。这10个毒株之间的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别都在98%以上。将它们与哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)、番鸭呼肠孤病毒(DRV)等进行核苷酸及推导的氨基酸序列比较,并进行遗传系统树分析,结果表明ARV与MRV有较大的差异,与DRV差异较小。     

禽呼肠孤病毒C-98分离株L1基因的克隆与序列分析

参考禽呼肠孤病毒S1133株（GenBank）L1基因序列设计3对特异性引物,采用RT-PCR方法对禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的L1基因进行了克隆和序列测定。结果表明：获得的C-98 L1基因全长3959 bp,其中包括21 bp的5’非编码区和56 bp的3’非编码区,阅读框位于5’端第22位核苷酸与3’端第3903位核苷酸之间。将C-98株与国内外禽呼肠孤病毒群和哺乳动物呼肠孤病毒群的不同分离株进行序列比较,结果显示：C-98与台湾地区分离株919和美国分离株1733、2408、S1133亲缘关系最近,其核苷酸同源性分别为99.8%、99.7%、99.7%、99.4%;与哺乳动物呼肠孤病毒L3基因核苷酸及其编码的氨基酸同源性较低,为43%～45%。     

新型鸭呼肠孤病毒广东分离株σC蛋白基因序列分析

从广东湛江某肉鸭养殖场发生脚软、关节肿大为临床特征和脾脏肿大、肝脏有坏死灶为病变的樱桃谷鸭病料中分离到一株新型鸭呼肠孤病毒,命名为GD693。对新型鸭呼肠孤病毒GD693株σC蛋白基因进行 RT-PCR 扩增、克隆和测序,并与参考毒株σC蛋白基因序列进行比对分析。结果显示：GD693株与新型呼肠孤病毒（NDRV）代表毒株处于进化树的同一大分支,但却处于一个单独的分支,同属于基因2型,具有相近的遗传演化关系;与NDRV代表毒株091株、TH11 株的σC蛋白基因序列进行比较分析,存在核苷酸和氨基酸的序列改变,毒株有可能发生变异或毒力增强。     

禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S2基因的克隆及序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S2基因设计引物,对禽呼肠孤病毒内蒙古地区分离株C-98和禽呼肠孤病毒天津地区分离株T-98进行总RNA的提取,以其为模板,应用RT-PCR方法扩增病毒S2基因的cDNA片段,将纯化的cDNA片段克隆到pEASY-T1载体后进行序列测定。结果表明,获得的ARV C-98和ARV T-98的S2基因全长为1324bp,包括15bp的5′非编码区和58bp的3′非编码区,阅读框位于5′端第16位核苷酸和第1266位核苷酸之间。ARV C-98和ARV T-98分离株S2基因的核苷酸同源性很高,达到了99.8%,将C-98、T-98株的S2基因核苷酸序列和参考毒株的S2基因序列进行同源性分析,结果表明,ARV C-98和ARV T-98分离株的S2基因与参考毒株ARV 176、ARV 918、ARV 919、ARV 1733、ARV GX2010、ARV S1133和DRV YJLS2基因的核苷酸同源性最高,在99.2%～99.8%之间;与参考毒株ARV 138和ARV AVS-BS2基因的核苷酸同源性在92.1%～94.1%之间;与参考毒株ARV601SI、ARV 916和ARV 1017-1S2基因的核苷酸同源性在87.3%～87.8%之间;与参考毒株DRV 091、DRV S12和DRV S14 S2基因的核苷酸同源性在77.3%～78.2%之间;与参考毒株MRV 3、MRV 3-jin-1和MRV 3-T3D S2基因的核苷酸同源性最低,在2.4%～5.5%之间。遗传进化树分析显示:ARV C-98和ARV T-98分离株与参考毒株共分为4个遗传进化分支。     

中国禽(番鸭)呼肠孤病毒分离株S1基因全序列分析

采用RT-PCR技术,分别以DRV-YH、DRV-YJL两株中国禽(番鸭)呼肠孤病毒RNA为模板,扩增了S1全基因的cDNA片段.将S1 cDNA克隆到T载体后进行序列测定,测序结果表明所扩增的cDNA片段长1643个核苷酸,包含了完整的S1基因的三个开放阅读框架(ORF1,ORF2和ORF3)和基因两端的非编码区.核苷酸序列比较分析结果表明:DRV-YH与ARV-S1133,176分别有6个,10个核苷酸的差异,DRV-YJL与ARV-S1133,176分别有8个,12个核苷酸的差异,DRV-YH与DRV-YJL有4个核苷酸的差异.     

禽呼肠孤病毒σNS基因的克隆及其功能分析

采用RT—PCR技术对8株禽呼肠孤病毒（ARV）σNS基因进行了扩增，将获得的PCR产物分别与pMD18-T载体连接。测序结果表明，所构建的克隆质粒中均含有相应的σNS蛋白基因，大小为1107bp。经DNAStar软件分析，除R1株外，其他ARV毒株的σNS基因核苷酸及其推导氨基酸序列与标准毒株S1133和1733株的同源性很高。Antheprot5．0蛋白分析软件的分析结果表明，σNS蛋白无跨膜区，拥有较多的疏水区和抗原位点，可作为诊断候选蛋白。     

鸡呼肠孤病毒分离与鉴定

从广西玉林市某鸡场出现跛行、瘫痪、跗趾关节和腱肿胀等症状的不同发病鸡群中分离到两株病毒。经病毒分离培养、理化特性鉴定、血清中和试验、动物回归试验、抗体检测以及PCR诊断,确定所分离到的两个病毒株为禽呼肠孤病毒。     

禽呼肠孤病毒鸡源分离株的鉴定与人工感染试验

从临床患病鸡关节病料中分离到一株病毒，在电镜下观察到病毒粒子无囊膜，有双层衣壳，外衣壳直径约75nm，内核约50nm；分离病毒株对酸、热有较强的抵抗力，对乙醚不敏感；病毒感染鸡胚成纤维细胞上能产生以融合细胞为特征的CPE；爪垫接种1日龄雏鸡表现出明显的病毒性关节炎临床症状，并伴有吸收障碍型和坏死型的病理变化；血清中和交叉试验表明，该病毒分离株与国内的2株番鸭源呼肠孤病毒（YH和YB）分离株和国外S1133呈不同程度的交叉反应。通过对分离病毒株进行电镜观察、理化特性试验、病毒感染力测定、致病性试验、血清学试验，可以确定该分离病毒为禽呼肠孤病毒。     

禽呼肠孤病毒广西分离株σ3基因的克隆和表达

采用RT_PCR技术扩增禽呼肠孤病毒广西分离株R1σ3基因,将σ3基因克隆至PGEX_4T_1载体上,测序结果表明插入的片段为σ3目的基因。切下目的基因σ3,重组到含有谷胱甘肽(GST)的融合蛋白质粒表达载体PGEX_4T_1,获得重组质粒经PCR酶切以及序列分析鉴定,表达σ3基因插入的位置,大小和阅码框架均正确,表明成功构建了融合表达载体PGEX_R1_σ3。构建好的重组质粒,经1mmol/LIPTG诱导,在大肠杆菌DH5α中得到了表达。融合蛋白GST_R1_σ3的分子量为60ku,以包涵体形式存在。Westernblot分析表明,融合蛋白能够与ARV阳性血清发生特异性反应,表明该重组蛋白具有良好的抗原性和特异性。     

禽呼肠孤病毒AH11株的鉴定与人工感染研究

通过SPF鸡胚接种,自疑似病毒性关节炎青脚麻鸡的关节液中分离出一株病毒.采用PCR获得了该病毒的SI基因部分序列,该序列与GenBank中7个禽呼肠孤病毒(ARv)代表性分离株的相应基因序列进行同源性分析结果表明,扩增序列与所比较序列同源性在80.5％～98.0％之间,表明所分离病毒为ARV(命名为ARV-AH 11株).该毒株接种1日龄SPF鸡,可引起严重的生长不良和部分鸡脚爪变形,且攻毒组鸡ARV抗体均为阳性(抗体效价平均为1:2 007.1).     

新型鸭呼肠孤病毒S组基因克隆及序列分析

采用RT-PCR方法对NDRV-QY分离株的S组基因编码区进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,QY株S组基因包含的ORF大小分别为1 517 bp、1 251 bp、1 104 bp和1 104 bp。将QY株的S组基因各节段编码区核苷酸序列及其推导氨基酸序列与正呼肠孤病毒属的呼肠孤病毒的相似性比较和遗传进化分析结果表明,QY株与ARV、TRV、MDRV、NDRV均有不同程度的同源性,其中与NDRV的同源性最高,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均达90%以上。QY株与NDRV、MDRV、ARV同在正呼肠孤病毒的第Ⅱ亚群,与NDRV处在同一个分支,与MDRV和ARV处在不同分支,建议将新型鸭呼肠孤病毒分类在正呼肠孤病毒属的第Ⅱ亚群当中。     

禽呼肠孤病毒σB蛋白单克隆抗体的制备及鉴定

为了制备禽呼肠孤病毒(ARV)σB蛋白的单克隆抗体,以实验室保存的融合蛋白His-σB为免疫原免疫BALB/c小鼠,经过融合、筛选、亚克隆后,获得2株能稳定分泌抗σB蛋白单克隆抗体的特异性杂交瘤细胞株,分别命名为3C3、4H11。经间接ELISA方法测定,2株单抗的亲和力解离常数分别为5.17×10-10和5.04×10-10,均为高亲和力抗体。2株单抗的重链类型分别为Ig G2a和Ig G2b。间接免疫荧光和Western Blot结果分析表明,该两株单抗均能特异性识别ARV感染DF-1细胞后产生的σB蛋白。以Western blot方法利用单抗检测不同截短的σB蛋白,初步确定3C3、4H11两株单抗抗原识别表位分别位于101 aa~120 aa之间和121 aa~140 aa之间。该单抗为检测ARV及研究ARVσB蛋白的生物学功能奠定了基础。     

广东新型鸭呼肠孤病毒σB蛋白基因克隆及序列分析

为研究广东新型呼肠孤病毒（NDRV）的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒（ARV）和番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了S4对扩增σC蛋白基N的引物，对mDRV ZJ99株的RNA抽提物进行RT—PCR扩增，获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序，序列经同源性比较，发现mDRV ZJ99株σC蛋白基N序列与福建MW9710株对应基N的同源性为99．5％，与法国89026株对应基因的同源性为94．2％，与法国89330株对应基因的同源性为95．0％；相应的氨基酸序列同源性分别为98．9％、94．1％、93．7％。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果，与国外学者对mDRV σC蛋白的报道相似。